Browsing by Author "Paluoja, Priit"

Now showing 1 - 5 of 5

A molecular tool for menstrual cycle phase dating of endometrial samples in endometriosis transcriptome studies
(2019) Saare, Merli; Merli, Triin; Teder, Hindrek; Paluoja, Priit; Palta, Priit; Koel, Mariann; Kirss, Fred; Karro, Helle; Sõritsa, Deniss; Salumets, Andres; Krjutškov, Kaarel; Peters, Maire
Transcriptome profiling of 57 endometrial receptivity genes specifies the menstrual cycle phase of endometrial samples.
Andmebaas ja selle veebipõhine kasutajaliides loote geneetilise sõeluuringu analüüsiks
(2017) Paluoja, Priit; Kaarel Krjutškov; Priit Adler
Bakalaureusetöö raames valmis uudne tarkvara Tervisetehnoloogiate Arenduskeskuse AS (Tervise-TAK) poolt väljatöötamisel oleva tervishoiuteenuse – geenitesti jaoks. Teenus sisaldab lapseootel naise ehk patsiendi varajast geneetilist sõeluuringut, et tuvastada loote kromosoomi võimalikke väärarenguid.Loodud tarkvara on multidistsiplinaarne, hõlmates endas patsiendi kliinilise proovi ja isikuandmete teekonda arsti kabinetist laborisse, läbi andmeanalüüsi protsesside kuni automaatse raporti genereerimiseni. Protsess lõpeb arsti teavitamisega, et geenitest on valmis ja tulemused on koondatud raportisse. Andmeanalüüsi algoritmi välja töötamine ei olnud autori ülesanne, kuid autor tegi andmeanalüüsi väljatöötajatega koostööd, et luua koos toimiva lahenduse testversioon.Tarkvara kiirendab geenitesti tulemuste jõudmist patsiendini, vähendab andmete dubleerimist ja sellest tekkivate sisestusvigade tõenäosust. Lisaks hõlbustab tarkvara geenitesti tellimist, tulemuste verifitseerimist ning on veebipõhise lahendusena tervishoiuteenuse pakkujatele hõlpsalt kasutusele võetav.Tegu on unikaalse veebirakendusega Eestis, sest töö kirjutamise hetkel tellivad tervishoiuteenuse pakkujad analoogseid geeniteste ilma tarkvaralahenduseta. Eelnevale toetudes tõstab loodud lahendus tervishoiu üldist kvaliteeti.
Creating basis for introducing non‐invasive prenatal testing in the Estonian public health setting
(John Wiley & Sons, Ltd., 2019-11) Žilina, Olga; Rekker, Kadri; Kaplinski, Lauris; Sauk, Martin; Paluoja, Priit; Teder, Hindrek; Ustav, Eva‐Liina; Tõnisson, Neeme; Reimand, Tiia; Ridnõi, Konstantin; Palta, Priit; Vermeesch, Joris Robert; Krjutškov, Kaarel; Kurg, Ants; Salumet, Andres
Objective The study aimed to validate a whole‐genome sequencing‐based NIPT laboratory method and our recently developed NIPTmer aneuploidy detection software with the potential to integrate the pipeline into prenatal clinical care in Estonia. Method In total, 424 maternal blood samples were included. Analysis pipeline involved cell‐free DNA extraction, library preparation and massively parallel sequencing on Illumina platform. Aneuploidies were determined with NIPTmer software, which is based on counting pre‐defined per‐chromosome sets of unique k‐mers from sequencing raw data. SeqFF was implemented to estimate cell‐free fetal DNA (cffDNA) fraction. Results NIPTmer identified correctly all samples of non‐mosaic trisomy 21 (T21, 15/15), T18 (9/9), T13 (4/4) and monosomy X (4/4) cases, with the 100% sensitivity. However, one mosaic T18 remained undetected. Six false‐positive (FP) results were observed (FP rate of 1.5%, 6/398), including three for T18 (specificity 99.3%) and three for T13 (specificity 99.3%). The level of cffDNA of <4% was estimated in eight samples, including one sample with T13 and T18. Despite low cffDNA level, these two samples were determined as aneuploid. Conclusion We believe that the developed NIPT method can successfully be used as a universal primary screening test in combination with ultrasound scan for the first trimester fetal examination.
Loote DNA osahulga arvutamine madala katvusega täisgenoomi sekveneerimisandmetest
(2019) Paluoja, Priit; Priit Palta; Kaarel Krjutškov
Käesoleva töö eesmärk oli leida ja kalibreerida arvutuslik metoodika loote rakuvaba DNA fraktsiooni määramiseks raseda naise vereproovis. Tegemist on rakendusliku teadusuuringuga, mis on eeltingimuseks NIPT testi usaldusväärseks rakendamiseks tervishoiusüsteemis. NIPT on kõige täpsem ja kaasaegsem mitteinvasiivne loote sünnieelne kromosoomihaiguste sõeluuring, mis põhineb madala katvusega täisgenoomi sekveneerimisandmete analüüsil. Metoodika võimaldab määrata loote rakuvaba DNA hulka raseda naise vereproovis nii poiss- kui ka tüdruklootele, mis on vajalik, et iga raseduse rakuvaba DNA analüüsi tulemus oleks usaldusväärne ja arstile ning patsiendile edastatud tulemus tõene. Käesolevas töös kasutati madala katvusega üle-genoomsetest Illumina platvormiga läbiviidud sekveneerimise katsetest saadud 416 Eesti päritolu naise NIPT proove, et välja töötada Y-kromosoomi põhine loote rakuvaba DNA hulga määramine poiss-loodetele. Välja töötatud Y-kromosoomi põhist meetodit kasutati SeqFF arvutusliku metoodika valideerimiseks Eesti NIPT proovidel. SeqFF rakendamine Eesti NIPT proovidel võimaldab määrata loote rakuvaba DNA hulka nii poiss- kui ka tüdrukloodetel. Väljatöötatud algoritm on integreeritud Eestis pakutavasse NIPT täppismeditsiini teenusesse NIPTIFY.
TAC-seq: targeted DNA and RNA sequencing for precise biomarker molecule counting
(2018) Teder, Hindrek; Koel, Mariann; Paluoja, Priit; Jatsenko, Tatjana; Rekker, Kadri; Laisk-Podar, Triin; Kukuškina, Viktorija; Velthut-Meikas, Agne; Fjodorova, Olga; Peters, Maire; Kere, Juha; Salumets, Andres; Palta, Priit; Krjutškov, Kaarel
Targeted next-generation sequencing (NGS) methods have become essential in medical research and diagnostics. In addition to NGS sensitivity and high-throughput capacity, precise biomolecule counting based on unique molecular identifier (UMI) has potential to increase biomolecule detection accuracy. Although UMIs are widely used in basic research its introduction to clinical assays is still in progress. Here, we present a robust and cost-effective TAC-seq (Targeted Allele Counting by sequencing) method that uses UMIs to estimate the original molecule counts of mRNAs, microRNAs, and cell-free DNA. We applied TAC-seq in three different clinical applications and compared the results with standard NGS. RNA samples extracted from human endometrial biopsies were analyzed using previously described 57 mRNA-based receptivity biomarkers and 49 selected microRNAs at different expression levels. Cell-free DNA aneuploidy testing was based on cell line (47,XX, +21) genomic DNA. TAC-seq mRNA profiling showed identical clustering results to transcriptome RNA sequencing, and microRNA detection demonstrated significant reduction in amplification bias, allowing to determine minor expression changes between different samples that remained undetermined by standard NGS. The mimicking experiment for cell-free DNA fetal aneuploidy analysis showed that TAC-seq can be applied to count highly fragmented DNA, detecting significant (p = 7.6 × 10−4) excess of chromosome 21 molecules at 10% fetal fraction level. Based on three proof-of-principle applications we demonstrate that TAC-seq is an accurate and highly potential biomarker profiling method for advanced medical research and diagnostics.