Sirvi Autor "Tamman, Hedvig, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 4 4

Poomisvastuse mõju Pseudomonas putida mõõdukate faagide infektsioonitsükli valikule
(Tartu Ülikool, 2025) Mägi, Elise; Tamman, Hedvig, juhendaja; Rosendahl, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Mõõdukad bakteriofaagid (faagid) võivad viljeleda nii lüsogeenset kui ka lüütilist elutsüklit ning on võimelised ühelt elutsüklilt teisele üle minema. Infektsioonitsükli valiku eelistust kujundavad mitmesugused nii bakterist kui ka keskkonnast lähtuvad mõjurid. Leidub viiteid, et üheks selliseks elutsükli mõjuteguriks võiks olla ka bakteri poomisvastus, mille vallandab stressitingimustes alarmoon ppGpp. On teada, et P. putida PaW85 genoom sisaldab nelja krüptilist profaagi, kuid seni pole isoleeritud ühtegi seda bakterit nakatavat mõõdukat faagi, mistõttu pole olnud võimalik ppGpp mõju neile uurida. Käesoleva töö eesmärk oli välja selgitada ppGpp ja ühtlasi ka poomisvastuse mõju P. putida profaagide lahkumissagedusele bakteri genoomist ning isoleerida keskkonnatüvedest nakatamisvõimelisi mõõdukaid faage. Tulemused näitavad, et poomisvastus soodustab lüsogeensust profaagidel P1 ja P4, kuid profaagide P2 ja P3 lahkumissagedusele ppGpp mõju ei avalda. Samuti õnnestus KAR37 tüvest isoleerida esimene P. putida PaW85 nakatav mõõdukas faag ViKa.
Pseudomonas putida bakteriofaagide keskkonnast eraldamise meetodid
(Tartu Ülikool, 2024) Laipaik, Juhan Mattias; Tamman, Hedvig, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Bakteriofaagide ehk baktereid nakatavate viiruste isoleerimiseks keskkonnaproovidest on välja töötatud mitmeid erinevaid meetodeid. Töö käigus rakendati neist kolme, milleks olid üleöö rikastus, lühike rikastus ja sadestamine, eesmärgiga täiendada Tartu Ülikooli Geneetika õppetooli Pseudomonas putida bakteriofaagide kollektsiooni. Võrreldi meetodite tõhusust ja peremeestüve, temperatuuri ja söötmelisandite mõju isolatsiooniprotsessile. Lõpptulemustena isoleeriti edukalt mitu uut bakteriofaagiliiki. Lisaks täheldati töö käigus madalama inkubatsioonitemperatuuri positiivset mõju bakteriofaagide kasvule. Kahe kasutatud peremeestüve võrdlusel ilmnes, et tüvel, millel on eemaldatud rloC geen, on suurem resistentsus faagidele, kuid mõjutab erinevaid faagiperekondi erinevalt, võimaldades selektiivsemat bakteriofaagide isolatsiooni.
Pseudomonas putida RES toksiini mõju vähendavad supressormutatsioonid
(Tartu Ülikool, 2024) Grinkevitš, Maria; Tamman, Hedvig, juhendaja; Hõrak, Rita, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Kuigi kromosomaalsete toksiin-antitoksiin süsteemide täpne roll bakterites pole veel selge, on levinud arvamus, et üks nende funktsioonidest võib olla faagiresistentsuse tagamine. Sander Blei bakalaureusetöö (2023) tulemused viitasid, et P. putida RES toksiin võib kaitsta bakterit üksikute faagide vastu, kuid tulemused olid kõikuvad. Sellest lähtuvalt oli käesoleva töö eesmärgiks selgitada RES toksiini võimalikku mõju faagide nakatamisefektiivsusele ja uurida toksiini supressiooni võimalusi. Tulemused näitasid, et RES toksiin suurendab bakteri faagiresistentsust. Supressormutantide analüüs viitas, et P. putida GroESL šaperon mõjutab RES toksiini aktiivsust.
Stringent response in the infection of lytic phages of Pseudomonas putida
(Tartu Ülikool, 2025) Rikberg, Roger; Tamman, Hedvig, juhendaja; Lewańczyk, Alicja Cecylia, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
As the most abundant group of organisms on Earth, bacteria inhabit nearly every environment and are therefore frequently exposed to stress, including bacteriophage infection. Stringent response, induced by the alarmone molecule (p)ppGpp, is a common stress response in bacteria to overcome different stressful conditions. Pseudomonas putida, known for its versatile metabolism, is widely used in environmental studies and biotechnology. However, the role of stringent response in phage defence remains poorly understood. Therefore, this thesis aims to ascertain whether the stringent response influences the infection of lytic phages in P. putida, focusing on phage adsorption and burst size. The results of this study show that, in general, phage infection in liquid media are consistent with solid media results. While the stringent response does not notably affect adsorption, it can influence the length of latent period and reduce the burst size of infecting phages.