Sirvi Autor "Viht, Kaido, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 8 8

Aktiivse proteiinkinaasi N3 tootmine imetajarakkudes bakuloviiruste abil
(Tartu Ülikool, 2024) Undrits, Elisabeth; Viht, Kaido, juhendaja; Sedman, Tiina, juhendaja; Kopantšuk, Sergei, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Proteiinkinaas N3 seonduvate inhibiitorite arendamise vastu on kasvav huvi, kuid katseteks aktiivse kinaasi tootmiseks tuleb optimeerida ekspressioonisüsteem, millega saaks toota nii PKN3 kui seda aktiveerivat kinaasi PDPK1. Käesolevas töös kasutati mitme geeni koekspressiooniks imetajarakkudes MultiBacMam™ tehnoloogiat, mille käigus loodi 11 dual promootoriga (ekspresseerimiseks putukas ja imetajas) bakuloviirust. Valkude ekspressiooni kontrolliti immunofluorestsentsmikroskoopia ja Western blot meetoditel.
Anioonse fragmendi mõju proteiinkinaaside CK2 ja DYRK1A inhibiitorite afiinsusele
(Tartu Ülikool, 2018) Issajev, Artjom; Viht, Kaido, juhendaja; Uri,Asko, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Käesolevas töös iseloomustatakse CK2 bisubstraatsete inhibiitorite seondumisvõimet proteiinkinaasile DYRK1A. Võrreldi 16 inhibiitorit, mis erinesid üksteisest proteiinkinaasi ATP-taskusse suunatud struktuurielemendi ja sellega seotud anioonse fragmendi poolest. Töö tulemused näitasid, kuidas nimetatud struktuursed erisused muudavad inhibiitorite afiinsust ja selektiivsust CK2 ja DYRK1A suhtes. Lisaks avastati kõrgafiinne DYRK1A fluorestsentssond, mida saab kasutada uute DYRK1A inhibiitorite iseloomustamiseks.
ARC-inhibitors: from reliable biochemical assays to regulators of physiology of cells
(2018-05-11) Rahnel, Hedi; Uri, Asko, juhendaja; Viht, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Inimrakk on keeruline süsteem, mis koosneb paljudest molekulidest ning rangelt reguleeritud molekulidevahelisest kommunikatsioonist. Proteiinkinaasid on valgud, mis rakus olulisi protsesse kontrollivad. Häireid proteiinkinaaside töös on seostatud nt vähkkasvajate ja südameveresoonkonna haigustega. Üheks võimaluseks nende haigustega võidelda on piirata proteiinkinaaside liigset aktiivsust molekulidega, mida nimetatakse inhibiitoriteks. Selleks, et teha kindlaks, milline inhibiitor sobib proteiinkinaasi aktiivsuse reguleerimiseks rakkudes, tuleb inhibiitorite omadusi võrrelda. Antud doktoritöös optimeeriti kaks meetodit. Esimene võimaldab mõõta proteiinkinaasi ja inhibiitori omavahelist sobivust rakuvabas keskkonnas (katseklaasis). Arendatud meetod on võrreldes varasemate käsitlusviisidega märgatavalt tundlikum. Selleks, et rakku sisenenud inhibiitori koguse kohta aimu saada, töötati doktoritöö käigus välja kvantitatiivne meetod. Teades, kui palju inhibiitorimolekule on rakkudesse sisenenud, oli võimalik ennustada, kui võimekas inhibiitor rakkudes on. Järgmisena arendati kahele olulisele proteiinkinaasile inhibiitorid, mille omadusi hinnati muuhulgas ka rakendades eelmainitud meetodeid. Näidati, et arendatud inhibiitorid sisenesid edukalt rakkudesse, seostusid tugevasti sihtmärk-kinaasile ning mõjutasid nende aktiivsust. Võrreldes kommertsiaalselt saadavate inhibiitorite ning kliinilistes katsetustes olevate ühenditega, näitasid uued inhibiitorid rakkudes märgatavalt paremat tõhusust. Proteiinkinaaside aktiivsuse mõjutamine inhibiitoriga võimaldas selektiivselt tappa vähirakud jättes samadel tingimustel normaalsed rakud elujõuliseks. Katsed vereproovidega näitasid, et inhibiitorid aitasid efektiivselt vältida vereproovides agregaatide ehk trombi algete tekkimist. Doktoritöö tulemused toetavad uute meetodite kasutamist inhibiitorite analüüsimiseks ning uut tüüpi inhibiitorite edasi arendamist ravimiarenduses ning proteiinkinaaside rollide uurimises.
Bifunctional inhibitors and photoluminescent probes for studies on protein complexes
(2017-07-06) Ivan, Taavi; Uri, Asko, juhendaja; Viht, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Inimraku elutegevus on reguleeritud keeruliste protsesside kaudu. Ühed kõige olulisemad informatsiooni edasikandvad muutused on valkudevahelised interaktsioonid ja valkude fosforüülimine. Valkude fosforüülimist teostavad proteiinkinaasid, mis katalüüsivad fosforüülrühma ülekannet nukleotiidilt (milleks on enamasti ATP) sihtvalgule. Kõrvalekaldeid proteiinkinaaside normaalsest aktiivsuses on seostatud komplekssete ja sageli raskesti ravitavate haigustega, näiteks erinevad neurodegeneratiivsed haigused (Parkinson, Alzheimer), südame- ja veresoonkonnahaigused, diabeet ning vähkkasvajad. Seetõttu on ravimitööstuse kõrgendatud tähelepanu suunatud proteiinkinaaside aktiivsuse reguleerimisele inhibiitoritega. Tänaseks päevaks on kasutusloa saanud enam kui 30 proteiinkinaaside inhibiitorit, mis on märkimisväärselt aidanud parandada vähktõbe põdevate inimesete elukvaliteeti ja elulemust. Käesoleva töö raames töötati välja ja iseloomustati mitmekülgseid ja tundlikke meetodeid, mis võimaldasid iseloomustada mitmete proteiinkinaaside aktiivsust biokeemilistes katsetes, inhibiitorite sidumise tugevust proteiinkinaasidele, proteiinkinaas:inhibiitor kompleksi lagunemise kiirust ja jälgida reaalajas proteiinkinaasi aktiivsust imetajarakkudes. Eriliseks teeb meetodid nendes rakendatud orgaaniline sond ARC-Lum, millel on unikaalsed optilised omadused. Esiteks, proovi ergastamisel kiirgub valgust vaid juhul, kui ARC-Lum sond on kompleksis proteiinkinaasiga. Teiseks, kiirgunud valgusel on pikk eluiga, mis võimaldab vähendada mittespetsiifilise signaali mõjusid. ARC-Lum sondi rakendamisel arendati uudse struktuuriga bifunktsionaalsed ARC-tüüpi inhibiitorid, mis saavutasid senikirjeldatud inhibiitoritest kõrgeima afiinsuse proteiinkinaasi PKAc suhtes (Kd < 10 pM). Võrreldes ravimina kasutatavate inhibiitoritega inhibeerivad uued ained proteiinkinaase oluliselt (kuni tuhat korda) madalamatel kontsentratsioonidel. Arendatud inhibiitorite võimekust demonstreeriti väga tugeva valkudevahelise interaktsiooni lõhkumisel ja pakuti välja uudne lahendus sihtida tugevaid valkudevahelisi interaktsioone bifunktsionaalsete inhibiitoritega
Development of stimuli-responsive and covalent bisubstrate inhibitors of protein kinases
(2022-11-21) Sõrmus, Tanel; Viht, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Proteiinkinaasid on laialdaselt levinud ensüümid, mis katalüüsivad valkude fosforüülimist. Valkude fosforüülimine mõjutab arvukate mehhanismide kaudu pea kõiki raku funktsioone. Proteiinkinaaside talitlushäirete korral võib nende aktiivsus muutuda liigseks, mis on seotud erinevate haigustega, nt vähkkasvajatega. Proteiinkinaaside liigse aktiivsuse mahasurumiseks arendatakse inhibiitoreid, mille ülesandeks on tugevalt proteiinkinaasiga seonduda ning see seeläbi inaktiveerida. Viimase kahekümne aasta jooksul on ravimina kasutusele võetud ligi sada proteiinkinaasi inhibiitorit, mida rakendatakse enamasti vähkkasvajate raviks. Tartu Ülikoolis, arendatakse bisubstraatseid proteiinkinaasi inhibiitoreid, mida nimetatakse ARC-inhibiitoriteks. Bisubstraatsus väljendub inhibiitori võimes seonduda korraga kahte proteiinkinaasi sidumispiirkonda, kuhu peaksid muidu seonduma substraadid. Tänu sellele saavutavad ARC-inhibiitorid väga tugeva seondumisvõime ja hea selektiivsuse. Selles töös demonstreeriti, et optimeeritud struktuurimodifikatsioone kasutades oli ARC-inhibiitoritele võimalik lisada täiendavaid omadusi. Nimelt konstrueeriti kõrge seondumisvõimega proteiinkinaasi inhibiitorid, mille seondumisvõime ilmneb või kaob välise stiimuli rakendamisel (näiteks LED-valgustiga valgustamisel või redutseeriva keskkonna loomisel). Proteiinkinaasi inhibiitorite aktiivsuse kaudne juhtimine võiks viia tulevikus näiteks valgustundlike vähiravimiteni, mida saab kehas lokaalselt aktiveerida. Samuti töötati välja kovalentsed ARC-inhibiitorid, mis moodustavad proteiinkinaasiga seondumisel pöördumatu keemilise ehk kovalentse sideme. Kovalentse mehhanismi abil töötavad ravimid võimaldavad haigust tekitavaid sihtmärke teistest paremini eristada. Uute inhibiitorite struktuuride disainimisel oli oluline osa varasemalt mõõdetud valgu-inhibiitori kristallstruktuuridel, mis võimaldasid ennustada proteiinkinaasi ja inhibiitori vahelisi interaktsioone. Töö illustreerib bisubstraatsete inhibiitorite modifitseerimise paindlikkust uute omaduste lisamiseks.
Fluorometric assays for characterization of protein kinase inhibitors
(2006) Vaasa, Angela; Uri, Asko, 1953-, juhendaja; Viht, Kaido, juhendaja
Rakumembraani läbivate proteiinkinaasi CK2 bisubstraatsete inhibiitorite arendamine
(Tartu Ülikool, 2013) Saarist, Stella; Viht, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Keemia instituut
The Effect of Distant Structural Fragments on Long Lifetime Photoluminescence Properties of ARC-Lum Probes
(Tartu Ülikool, 2025) Enageli, Lizi; Enkvist, Erki, juhendaja; Viht, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Bioinseneeria instituut
Previously discovered bisubstrate inhibitors exhibit room-temperature phosphorescence when complexed with protein kinase CK2. Such compounds can serve as valuable probes for studying protein kinases in the cell lysates and other biologically derived samples. In the present work, the effect of structural fragments distant from the phosphorescent moieties on the photoluminescence properties of the probes is investigated. Additionally, the influence of oxygen removal on photoluminescence is characterized. The findings of this work contribute to the design of novel, bright probes for CK2.