Sirvi Kuupäev , alustades "2008-10-24" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 4 4

Universitas Tartuensis : Tartu Ülikooli ajaleht. 2008 Nr 33
(Tartu : Tartu Ülikool, 2008-10-24) Jürgen, Liina, toimetaja; Sootak, Varje, toimetaja; Rajalo, Sigrid, toimetaja
Design, functionlization and application of an in situ synthesized oligonucleotide microarray
(2008-10-24T08:06:19Z) Pullat, Janne
In molecular diagnostics, microarray-based assays enable the flexible identification of disease-associated SNPs, mutations (including indels), gene copy numbers, viruses, and other pathogens. These assays are usually quite robust, highly parallel, and are increasingly used in diagnostics laboratories. With the photolithographic maskless synthesis of oligonucleotide microarrays assisted by micromirrors (i.e., as are used in slide beamers), microarray production has changed remarkably. Bench-top instruments have been developed that enable the in situ parallel synthesis of many oligoprobe arrays, each with thousands of features. The basic aim of the present study was to use one of the first microarray instruments of its kind. The Geniom One (febit biomed GmbH, Heidelberg, Germany) platform was used to produce oligonucleotide arrays in the 3´ → 5´ and 5´ → 3´ directions. Reaction parameters were determined for diagnostic purposes for two different diagnostic assay formats: oligonucleotide hybridization and APEX. The main aim was to understand how the biochip microchannel, as the reaction vessel, influences the hybridization or APEX reaction parameters. Parameters affecting the success of the APEX reaction, such as hybridization temperature, PCR product concentration, incubation time, and signal intensity variability, were analyzed and optimized. in situ sünteesitud oligonukleotiidide mikrokiibi disain, funktsionaliseerimine ja rakendamine Oligonukleotiidide mikrokiibi tehnoloogia platvormi on senini käsitletud kui kiiret, odavat ja paindlikku genoomse variatsiooni analüüsi meetodit. Vastavalt sellele, millist biloogilist materjali kasutataskes mikrokiibile sidumiseks, nimetatakse neid spetsiifilisemalt näiteks DNA, oligonukleotiidide, raku, koe, valgu, antikeha, peptiidi jne. mikrokiipideks. Kuigi kommertsiaalselt kättesaadavatel tehnoloogiatel on ka rida eeliseid (ostad ja kasutad etteantud piirides), säilib endiselt vajadus kiirelt ja spetsiifiliselt koostada erinevaid uusi DNA analüüsi- ja diagnoosikiipe. Käesolevas doktoritöös on kasutatud mikrokiipide valmistamiseks oligonukleotiidide paralleelset sünteesi in situ tehnoloogiat firmas febit biomed GmBH poolt ehitatud integreeritud aparaadiga ”Geniom One” (febit biomed GmbH, Heidelberg, Saksamaa). Nii on võimalik sünteesida oligopraimereid mõlemas, nii 5´-3´kui ka 3´-5´ sünteesi suunas. Esimene on vajalik Arrayed Primer Extension ehk APEX reaktsiooni läbiviimiseks, ja teine esitatud sünteesi suund nukleiinhapete hübridisatsiooni puhul kasutatavates meetodites. una mikrokiibi analüüsi abil soovitakse üheaegselt detekteerida aina suuremat arvu variatsioone, siis suureneb ka sellel toimuva analüüsireaktsiooni kompleksus. Seega kujuneb ühe mikrkokiikiibi praimeritemaatriksi kavandamine multiparameetriliseks ülesandeks. Käesolevas doktoritöös on esitatud ka reaktsioonisüsteemi enda parameetrite nagu reaktsiooniruumi geomeetria ja analüüdi molekulide massiülekande efekti mõju analüüsireaktsiooni (hübridisatsiooni) toimumise efektiivsusele. Kaheosalise hübridisatsiooni teooria mudeli (TCM) alusel on võimalik demonstreerida, et tugevalt difusioonist mõjutatud analüüsitavate molekulide transport oligonukleotiidide praimeritele on sõltuv reaktsiooni lahuse kontsentratsioonist ja sellest johtuvalt lahuse viskoossusest, lisaks mängib olulist rolli ka mikrokiibi pinna omadus.
Sex and environmental factors determine the behavioural phenotype of mice lacking CCK2 receptors: implications for the behavioural studies in transgenic lines
(2008-10-24T08:11:39Z) Abramov, Urho
Even despite thorough standardisation of experimental conditions, the behavioural studies often produce contradictory results. Different laboratories have reported variable behavioural findings in mice with genetic invalidation of cholecystokinin CCK2 receptors. The goal of the present study was to establish possible sources of such variation by revealing the contribution of sex and pre-experimental environmental factors to the behavioural phenotype of CCK2 receptor deficient mice. Female mutant mice did not develop social isolation-induced anxiety, they were more sensitive to anxiolytic and sedative effects of ethanol and their intake of ethanol solution was significantly increased. By contrast, male mutant mice showed altered locomotor effects of ethanol and impairment in the rota-rod performance. Also, the development of behavioural phenotype in mice, lacking CCK2 receptors, was substantially affected by pre-experimental housing conditions. Standard-housed CCK2 receptor deficient mice were more anxious, showed stronger stress-induced analgesia and impaired water maze performance, whereas enrichment-housed mutant mice showed sex-dependent phenotype in the hot-plate test and rota-rod. To test the applicability of alternative housing conditions for the estimation of reproducibility of behavioural phenotypes, B6 and 129 strains were studied. The behavioural differences between the two lines were not significantly altered by pre-experimental housing conditions. The present results indicate, that the behavioural phenotype of a transgenic mouse line can be affected by sex and environment-related factors, suggesting more complex approach to the study of behaviour in transgenic lines. Vaatamata katsetingimuste standardiseerimisele annavad käitumuslikud uurimused sageli vastukäivaid tulemusi. Vastuolulisi leide on avaldatud ka koletsüstokiniini CCK2 retseptorite geneetilise puudulikkusega hiirte kohta. Käesoleva töö eesmärk oli selgitada nende vastuolude võimalikke põhjuseid, uurides katseloomade soo ja katse-eelsete keskkondlike tegurite mõju käitumusliku fenotüübi väljendumisele. Emastel mutantsetel hiirtel ei tekkinud sotsiaalsest isolatsioonist tingitud ärevuse tõusu, nad olid tundlikumad etanooli ärevusvastasele ja sedatiivsele toimele, ning nende etanooli tarbimine oli märkimisväärselt tõusnud. Seevastu isastel mutantsetel hiirtel oli muutunud etanooli motoorikat mõjutav toime ning oli häiritud tasakaal ja koordinatsioon rota-rodi testis. Samuti mõjutasid CCK2 puudulikkusega hiirte käitumusliku fenotüübi avaldumist katse-eelsed majutustingimused. Tavakeskkonnas majutatud mutantsed hiired oli nende metsikut-tüüpi pesakonnakaaslastest ärevamad, neil esines tugevam stressist tingitud analgeesia ning nõrgem ruumilise õppimise ja mälu võime vesi-puuri katses. Rikastatud keskkonnas majutatud CCK2 puudulikkusega hiirtel esinesid seevastu soost-sõltuvad erinevused metsikut-tüüpi pesakonnakaaslastest kuuma plaadi katses ja rota-rodi testis. Testimaks alternatiivsete keskkonnatingimuste rakendatavust käitumusliku fenotüübi korratavuse hindamiseks, teostati katse B6 ja 129 hiireliinidel. Selgus, et erinevad katse-eelsed majutustingimused ei mõjutanud oluliselt nende hiireliinide vahelisi käitumuslikke erinevusi. Käesolevad tulemused näitavad, et hiireliini käitumuslikku fenotüüpi mõjutavad nii katselooma sugu kui ka katse-eelsed keskkondlikud tegurid, viidates vajadusele kasutada keerukamat lähenemist transgeensete hiirte käitumuslikul uurimisel.
Theory of vibronic transitions with strong nonlinear vibronic interaction in solids
(2008-10-24T11:55:39Z) Boltrushko, Vadim
Nonlinear electron-lattice (vibronic) dynamics of solids and molecular systems belongs to important unsolved problems in the physics of condensed matter. This work provides an innovative treatment of the vibronic coupling. A theory of electronic transitions with taking into account the quadratic vibronic interaction in multimode systems is developed. An efficient algorithm for calculating the absorption line shapes is presented for the case of strong nonlinear vibronic coupling and arbitrary number of vibrations. Applying the path integral method, the calculation of the spectrum is carried out by means of the eigenvalue problem, where elements of matrices are given by the time-dependent causal pair-correlation functions of configurational coordinates contributing to the transition. Attention is paid to the systems with soft local phonon dynamics in the final electronic state. Using the method of Fourier amplitudes, the analytical solution is obtained for the case of strong negative quadratic vibronic coupling, which corresponds to the soft phonon dynamics in the final electronic state. This explains some anomalous line shapes in crystals, glasses and superfluid helium droplets in the case of transitions between the states with different force constants. The study also includes the detailed description of mode mixing effects in vibronic spectra and the possible applications of the theory to quantum diffusion and to chemical reactions. Mittelineaarse elektron-võnkedünaamika tahkistes ning molekulaarsüsteemides on üks tähtsamaid probleeme kondenseeritud aine füüsikas. Käesolevas töös esitatakse vibrooninteraktsiooni uudne käsitlus. On välja arendatud elektronsiirete teooria, mis võtab arvesse ruutvibrooninteraktsiooni efekte paljumoodilistes süsteemides. Neeldumisspektrite kujude arvutamisel kasutatud algoritm arvestab suvalise kristallvõre võnkumiste arvuga tugevat mittelineaarset vibrooninteraaktsiooni. Keerukate spektrite arvutamise rajaintegraalide formalismi abil asendati maatriksi omaväärtuste leidmisega, kusjuures maatrikselemendid sisaldavad ajast sõltuvaid paariskorrelaatoreid elektronüleminekus osalevatest konfiguratsioonkoordinaatidest. Käsitletakse süsteeme, mille eritunnuseks on pehme lokaalne dünaamika elektroonses lõppseisundis. Arendati Fourier-amplituudide meetodit ning leiti lõppseisundi pehmele foonondünaamikale vastav analüütiline lahend tugeva negatiivse ruutvibrooninteraktsiooni korral. Selline lahend võimaldas tõlgendada kristallides, klaasides ning ülivoolava heeliumi tilkades vaadeldavate spektrijoonte anomaalseid kujusid kui erinevate jõukonstantidega seisundite vahel toimuvate elektronüleminekute resultaati. Antud töö sisaldab muuhulgas ka moodide segunemisefektide põhjaliku kirjelduse vibroonsetes spektrites ja osutab võimalikele teooria rakendustele kvantdiffusiooni nähtuste ja keemiliste reaktsioonide uurimisel.