Sirvi Kuupäev , alustades "2010-05" järgi
Nüüd näidatakse 1 - 20 54
- Tulemused lehekülje kohta
- Sorteerimisvalikud
listelement.badge.dso-type Kirje , Universitas Tartuensis : UT : Tartu Ülikooli ajakiri 2010 nr 5(Tartu : Tartu Ülikool, 2010-05) Merisalu, Merilyn, toimetajalistelement.badge.dso-type Kirje , Ladina keele grammatika soome-ugri filoloogidele II(Tartu Ülikool, 2010-05-04T05:38:52Z) Hindikainen, AnuAnimeeritud slaididest koosnev sisupakett (Keynote, ExeLearning)listelement.badge.dso-type Kirje , Ladina keele grammatika teoloogidele II(Tartu Ülikool, 2010-05-04T05:45:09Z) Hindikainen, AnuAnimeeritud slaididest koosnev sisupakett. (Keynote, ExeLearning)listelement.badge.dso-type Kirje , Jürikuul oli maa vesine, taevas tuhane.(Maaleht, 2010-05-07) Kallis, A.listelement.badge.dso-type Kirje , Role of endocannabinoid system and Wfs1 in regulation of emotional behaviour: behavioural, pharmacological and genetic studies(2010-05-07T11:52:47Z) Sütt, SilvaAnxiety disorders are the most prevalent psychiatric disorders. The molecular mechanisms of the development of anxiety disorders are largely unknown, therefore possible new therapeutic targets in the brain were investigated. In the present study we used cat odour and the elevated plus-maze exposure to elicit anxiety-like response in Wistar rats or Wfs1 gene-deficient mice. For gene expression analysis of the endocannabinoid system (ECS), Wfs1, Gabra1 and Gabra2 genes quantitative real-time-PCR was performed. We found that only strong stress – cat odour exposure – increased some ECS genes in the mesolimbic area, but decreased their expression in the amygdala and in periaqueductal gray matter. This is probably related with different activation of brain structures in response to anxiety. High exploratory activity rats had reduced expression of Wfs1 mRNA in the mesolimbic area and hippocampus, whereas low exploratory activity rats displayed inhibited expression of the Wfs1 gene in the temporal lobe compared to control group animals. Increased anxiety after cat odour exposure in C57Bl/6 mice was accompanied by decreased level of the Wfs1 gene in the mesolimbic area and temporal lobe. Female Wfs1-deficient mice displayed increased anxiety and sensitivity to the anxiolytic action of diazepam and ethanol. This is related to the reduced level of Gabra1 and Gabra2 mRNA expression in the frontal cortex and in temporal lobe. In the present study we found that ECS and Wfs1 protein are playing a major role in the adaptation of rodents to a novel and aversive environment.listelement.badge.dso-type Kirje , Kidney transplantation: Studies on donor risk factors and mycophenolate mofetil(2010-05-07T12:05:08Z) Kahu, JaanusKidney transplantation is a method of choice for treatment of patients with end-stage kidney disease. With the increasing number of people waiting for kidney transplantation the quality criteria for donor kidneys have been relaxed. Therefore it is crucial to assess the suitability of the donor, using kidney function, medical history, baseline biopsy, etc. Mycophelolate mofetil (MMF) has been widely used to avoid rejection after transplantation , although its benefits for long-term kidney graft survival have not been definitely demonstrated. We investigated patients with a kidney transplanted in Finland and in Estonia with follow-up time up to 6 years. Most of the studied donor risk factors influenced early graft function, while long-term graft survival was affected only by donor age, CMV serostatus and baseline histology. We found that CADI score is suitable parameter for donor kidney assessment. MMF improves graft survival in high-risk patients after kidney transplantation and reduces the negative prognostic implication of rejection episodes on graft survival. MMF dose reduction increased rejection risk, which can be avoided with concomitant tacrolimus usage.listelement.badge.dso-type Kirje , Autoimmunity in reproductive failure: a study on associated autoantibodies and autoantigens(2010-05-07T12:20:33Z) Reimand, KoitInfertility, biological inability of a person to contribute to conception, refers also to a couple unable to achieve pregnancy after one year of trying. Infertility touches, for a shorter or longer period, 10-15% of couples and is caused by a variety of different diseases and conditions. Autoimmunity – immune reactions targeted against self biomolecules – is shown to be involved in some certain cases of male as well as female infertility; some types of autoantibodies are in various ways related to reproductive failure. However, many corresponding autoantigens are still not identified. Furthermore, there is a kind of controversial data about the significance of the presence of certain autoantibodies in reproductive failure. This study focused on (i) characterizing common autoantibodies as a circumstantial evidence for an involvement of autoimmunity in female infertility; (ii) clarifying the situation of autoantigenic targets in female hypogonadism associated with premature ovarian failure (POF) and autoimmune polyendocrine syndrome type 1 (APS-1); (iii) finding out new testicular autoantigens besides the known ones concerning male gonadal failure and infertility. The study revealed that the non-organ-specific common autoantibodies (ANA and SMA types) are significantly more prevalent among female patients with infertility than among women of general population. Although this prevalence might be due to a variety of causes, the incidence strongly supports the argument for autoimmune reactions being involved in some cases of female infertility. Secondly, 3βHSD autoantibodies, reported as POF-associated (with 21% prevalence), appear to be seldom (prevalence 2.4%) in case of these patients. Therefore their significance as a single diagnostic biomarker for POF is modest. Thirdly, a testis-expressed protein TSGA10 reveals as an autoantigen by human testis cDNA library immunoscreening with APS-1 male patients sera. A few (7%) APS-1 male and female patients’ sera contained TSGA10 autoantibodies but without any clinical association with gonadal failure in these patients. These autoantibodies persist in an APS-1 male patient sera during 25 years follow up. However, the significance of TSGA10 autoreactivity in APS-1 remains indistinct.listelement.badge.dso-type Kirje , Variation in vowel quality as a feature of Estonian quantity(2010-05-11) Lippus, Pärtellistelement.badge.dso-type Kirje , Systematic studies on the subfamily Sterrhinae (Lepidoptera: Geometridae)(2010-05-11T06:48:44Z) Õunap, ErkiThis thesis focuses on problems related to the systematics of the moth subfamily Sterrhinae, one of the largest subfamilies of ‘loopers’ (Geometridae). Molecular phylogenetic analysis proved that the European ‘blood-vein’ is a complex of two closely related species, namely Timandra griseata and T. comae. There was also some evidence that these species may occasionally hybridize. I showed that the small Palaearctic genus Lythria belongs in the Sterrhinae subfamily rather than the Larentiinae subfamily, which was the previously prevailing opinion. This result was confirmed both using molecular phylogenetic analysis and examination of morphological characteristics. Moreover, I showed that certain morphological characteristics related to the wing venation that had previously been thought to be critical in distinguishing between Sterrhinae and Larentiinae are in fact unsuitable for that purpose, as they occur in both groups. Lythria venustata, a species hitherto only recorded in Kazakhstan, was shown to differ considerably from all other representatives of the genus Lythria. The remaining four Lythria species formed two groups of sister taxa: the widely-distributed Eurasian species L. purpuraria was closely related to L. plumularia, which is an endemic of European High Alps; L. cruentaria, another widely-distributed Eurasian species, was closely related to L. sanguinaria, whose distribution is confined to the Iberian Peninsula and southern France. Using molecular phylogenetic analysis I divided the subfamily Sterrhinae into two lineages: one comprising the tribes Rhodostrophiini, Scopulini and Sterrhini; and the other comprising the tribes Cosymbiini, Timandrini, Rhodometrini and Lythriini. This division is in concordance with recent morpho-cladistic analysis.listelement.badge.dso-type Kirje , Characterization of Myg1 gene and protein: expression patterns, subcellular localization, gene deficient mouse and functional polymorphisms in human(2010-05-11T06:59:20Z) Philips, Mari-AnneMyg1 is one of the most conserved genes that has been evolutionarily crucial to maintain from protozoans to humans. Despite that Myg1 has not been associated with any remarkable disease conditions or fundamental cellular processes. The main purpose of the current study was to characterize Myg1 (Melanocyte proliferating gene 1) gene and to generate relevant data about this novel gene and protein. In our study group, Myg1 was first identified as a most extensively up-regulated gene in the amygdaloid area of rats after cat odour-induced anxiety (Kõks et al, 2004). Studies linked to the current dissertation were designed to shed light on the function of the Myg1 gene that had previously been cited in only one scientific abstract (Smicun, 2000) describing Myg1 as a highly expressed gene in freely proliferating melanocytes and downregulated in malignant melanoma cells. In the current study we found that in adult tissues Myg1 mRNA expression is ubiquitous and homogeneous; in different embryonic phases Myg1 expression is characterized by a specific pattern and dynamic intensity, indicating developmental impact of Myg1. Myg1 localizes in the nucleus and mitochondria and we also demonstrated the existence of nuclear and mitochondrial targeting signals in the N-terminal region of human and mouse Myg1 proteins. We showed that Myg1 4Gln allele that has remarkable prevalence in the Nigerian population, disturbs mitochondrial entrance of Myg1. Because our subjects from the Estonian population were consistently homozygous for Myg1 4Arg allele, we can not confirm the relevance of Myg1 Arg4Gln, but our current results suggest that Myg1 has indispensable functions in the mitochondria. According to our studies it is most likely that Myg1 is involved in cellular pathways implicated in cellular stress, immune response, development and metabolism. Phenotyping of Myg1-deficient mice revealed that Myg1 (-/-) mice are vital, fertile and display no gross abnormalities. Myg1-deficiency caused moderate alterations in anxiety-related behaviour and stress-reactions in mice, but also remarkable reduction of sex-dependent behavioural differences. In our primary screen Myg1-deficient mice displayed no significant alterations in immune response or metabolic activity but several mild tendencies encourage us to study these functions further in Myg1 (-/-) mice. Both MYG1 promoter polymorphism -119C/G and Arg4Gln polymorphism in the mitochondrial signal of Myg1 have a functional impact on the regulation of the MYG1 gene. Our in vivo and in vitro promoter activity analysis together with association analysis confirms that -119C/G polymorphism influences MYG1 mRNA levels. Our results suggest that more active -119G is the risk-allele for the development of vitiligo and more specifically risk-allele for the maintenance of the active progression stage of the disease.listelement.badge.dso-type Kirje , The commuting bounded approximation property of Banach spaces(2010-05-11T10:00:56Z) Zolk, IndrekVäitekiri on funktsionaalanalüüsi alane uurimus. Funktsionaalanalüüs on matemaatikaharu, mille alguseks loetakse Banachi 1932. aastal ilmunud monograafiat lineaarsete operaatorite teooriast. Aproksimatsiooniomaduste (edaspidi a.o.) vallas on teinud 1950. aastatel põhjalikku tööd Grothendieck; ühele selle valdkonna põhiküsimusele (kas igal Banachi ruumil on a.o.?) andis (negatiivse) vastuse Enflo aastal 1972. Tänapäeval paeluvad a.o.-d paljusid Banachi ruumide uurijaid, kuna selles vallas on mitmeid pikka aega lahendamata jäänud probleeme. Väitekirja põhieesmärk on uurida kommuteeruvat tõkestatud a.o.-t (ja selle kompaktset versiooni). Ühelt poolt on see omadus üldjuhul nõrgem kui kommuteeruv meetriline a.o. või lõplikumõõtmelise lahutuse omadus, teiselt poolt aga tugevam kui tõkestatud a.o. Väitekirja teises peatükis tutvustatakse lugejale a.o.-te erinevaid versioone. Kolmandas peatükis tõestatakse, et Willise poolt konstrueeritud meetriline kompaktne aproksimeeriv pere Willise ruumil XW on kommuteeruv, niisiis näidatakse, et kommuteeruv meetriline kompaktne a.o. ja a.o. on erinevad omadused. Väitekirja neljandas peatükis parendatakse üht 1988. aastal Godefroy ja Saphari poolt saadud tulemust: näidatakse, kuidas Banachi ruumi X geomeetriline struktuur (M(a,B,c)-võrratus) võimaldab tõsta kommuteeruva tõkestatud kompaktse a.o. ruumilt X kaasruumi X*. Saadud tulemusele leitakse väitekirjas mitmeid rakendusi. Viiendas peatükis keskendutakse ruumile XJS, mille konstrueerisid aastal 1996 Johnson ja Schechtman. Ruumil XJS ei ole meetrilist a.o.-t, kuid on, nagu tõestatakse väitekirjas, kommuteeruv 6-tõkestatud a.o. Kuuendas peatükis võetakse kasutusele uus mõiste – asümptootiliselt kommuteeruv tõkestatud a.o. Näidatakse, et kui Banachi ruumil on asümptootiliselt kommuteeruv tõkestatud a.o., siis tal on separaabel lokaalse täiendatavuse omadus tugeval kujul.listelement.badge.dso-type Kirje , Kvalitatiivne uurimistöö ja internetifoorumid(2010-05-14T05:21:38Z) Pilt, MailiBeSt programmi toetusel loodud kursuse eesmärgiks on juhtida tähelepanu internetifoorumitele kui võimalikule uurimisallikate loomise keskkonnale ning vahendile. Käsitletavad teemad: 1) internetifoorumite-põhise uurimistöö kavandamine; 2) internet ja uurijaeetika; 3) allikate loomise meetodid internetifoorumite-põhises uurimistöös; 4) uurimisallikate kogumist ja selle tulemust mõjutavad tegurid internetifoorumite keskkonnas; 5) internetifoorumite abil kogutud allikate eripära ning uurimisvõimalused. Kursuse tulemusel valmib igal osalenul internetifoorumite keskkonnas loodud materjalikogu, mille loomisprotsessi ning edasise tegevuskava on õppija saanud kursusekaaslastega põhjalikult läbi arutada.listelement.badge.dso-type Kirje , Morphological and genetical variation within species complexes: Anthyllis vulneraria s. l. and Alchemilla vulgaris (coll.)(2010-05-14T05:52:52Z) Köster, EgleKäesolevas töös analüüsiti võrdlevalt hariliku koldrohu (Anthyllis vulneraria) ja hariliku kortslehe (Alchemilla vulgaris) liigikomplekside morfoloogilist ja geneetilist varieeruvust. Hariliku koldrohu puhul mõõdeti kokku 26 tunnust looduslikest populatsioonidest kogutud isendeil ja lisaks herbaarmaterjalil Eesti erinevatest herbaariumidest. Saadud mõõtmistulemusi analüüsiti statistiliste meetodite abil. Ka hariliku kortslehe morfomeetrilisteks analüüsideks kasutati looduslikest populatsioonidest kogutud isendeid, kuid analüüsiti geograafilisi ja ökoloogilisi mõjusid morfoloogilistele tunnustele. Lisaks hinnati hariliku koldrohu geneetilist mitmekesisust molekulaarsete tunnuste alusel kasutades valikulist restriktsiooni fragmentide amplifikatsiooni polümeraasi ahelreaktsioonil (AFLP). Töö tulemusel võib öelda, et nii A. vulneraria s. l. kui A. vulgaris (coll.) on liigikompleksid, mida iseloomustavad keerukas paljunemise süsteem, üleminevate seisunditega tunnused, kompleksi kuuluvate taksonite raskestimääratavus ning koldrohtude puhul ka arvatavate hübriidide esinemine. Kortslehtede puhul on tegemist püsivate tunnustega erinevates keskkonnatingimustes ning mikroliikide eristamine seega antud tulemuste põhjal igati õigustatud. Koldrohtude liigikompleksis aga on liikide eristumine vähem tõestatud – morfomeetrilisel analüüsil saadud tulemused toetavad viie mitte kaheksa liigisisese taksoni eristamist. Samade taksonite molekulaarne analüüs aga ei erista neist ühtegi. Seega on ilmselt vajalikud edasised uuringud morfoloogiliste tunnuste stabiilsuse hindamiseks sarnastel tingimustel või erinevate manipulatsioonide korral.listelement.badge.dso-type Kirje , Spectroscopic and phase-stabilisation properties of pure and rare-earth ions activated ZrO2 and HfO2(2010-05-17T12:04:39Z) Lange, SvenLaia keelutsooniga pooljuht- ja dielektrikmaterjalid on olulisel kohal mitmetes kaasaegsetes valgustus- ja elektroonikarakendustes. Tänu nendele materjalidele on osutunud võimalikuks mitmete luminofoorvalgustite (sh. valged LED-lambid), tahkislaserite ja innovaatiliste mikroelektroonika lahenduste väljatöötamine. Tingituna valdkonna olulisusest on tahkisefüüsikud tegelenud ligikaudu pool sajandit aktiivselt nii antud materjalide valmistamise, rakenduslike aspektide selgitamise kui ka fundamentaalteaduslike probleemidega. Antud teadustöö raames on uuritud kahe viimasel ajal järjest enam rakendusi leidva laia keelutsooniga oksiidmaterjali — ZrO2 ja HfO2 — optilisi ja struktuurseid omadusi. Tingituna nimetatud ainete võimalike modifikatsioonide mitmesusest ja struktuuri keerukusest on hoolimata juba läbi viidud teaduslikest uurimistöödest viimastega siiski seotud mitmeid üheselt lahendamata ja rakendusi pärssivaid probleeme. Nende hulgas on olulisel kohal kristallstruktuuri defektide (peamiselt hapniku vakantside) ja erinevate optiliselt aktiivsete haruldaste muldmetalli lisandite ja valguse poolt indutseeritud laengukandjate vaheline energiaülekanne ning samuti rakenduslikult rohkem huvi pakkuvate mittetasakaaluliste kristallifaaside lisanditega stabiliseerimise tingimused. Töös antakse põhjalik võrdlev ülevaade erinevatel meetoditel valmistatud ZrO2 ja HfO2 spektroskoopilistest ja faasistabilisatsiooni iseärasustest. Lähemalt vaadeldakse haruldaste muldmetalliooni lisandite energiaülekande mehhanisme oksiidis ning kirjeldatakse viimaste energeetilist paiknemist põhiaine tsoonide suhtes. Samuti kirjeldatakse uudset muldmetallioonide kiirgusspektrite peenstruktuuri analüüsil põhinevat kristallifaasi detektsiooni meetodit, mida kasutatakse kristallifaasi määramiseks nii mikro- kui nanoskaalas.listelement.badge.dso-type Kirje , Estonian ninth graders’ personality traits’ and motivational variables’ interrelations and associations with graded performance(2010-05-17T12:15:44Z) Aus, Kati; Tartu Ülikool. Psühholoogia Instituut; Kikas, Eve, juhendaja; Pullmann, Helle, juhendajalistelement.badge.dso-type Kirje , Are intuitions (of lay-speakers) relevant for determining which theory of reference is right?(2010-05-18T05:14:29Z) Karu, Kaimar; Tartu Ülikool. Filosoofiateaduskond; Cohnitz, Daniel, juhendajaIntuitsioonide kasutamist filosoofilise argumentatsiooni tõendusmaterjalina on kritiseeritud ning ühe vastusena sellele kriitikale on väidetud, et konkreetsetes kõnealustes argumentatsioonides ei ole intuitsioone üldse kasutatud. Ma näitan, et intuitsioonid on nendel kordadel siiski kasutust leidnud, kuid et intuitsioonide ebakõlbulikuks tõendusmaterjaliks tunnistamine vajab edasist analüüsi. Ma väidan, et intuitsioonid suudavad pakkuda meile relevantset informatsiooni ning arutlen tavainimeste intuitsioonide sobivuse ja olulisuse üle võrreldes filosoofide intuitsioonidega. Ma väidan, et teatud ülesannete jaoks on filosoofide intuitsioonid kõrgema väärtusega, kuid teiste ülesannete jaoks on tavainimeste intuitsioonid samaväärsed, isegi kui mitte sama täpsed. Hiljutised uuringud eksperimentaalfilosoofias on näidanud Lääne ja Ida inimeste intuitsioonide erinevust – ma kirjeldan neid uuringuid, analüüsin metodoloogilisi nõrkusi ning teen mitmeid parendusettepanekuid edasiste uuringute tarbeks, mis muudaks võimalikuks tavainimeste intuitsioonide kohta relevantsete ja täpsete andmete kogumise.listelement.badge.dso-type Kirje , Michel Foucault' filosoofiline nägemine kujutava kunsti näite põhjal(2010-05-19T05:05:25Z) Lepikult, Mirjam; Tartu Ülikool. Filosoofia ja semiootika instituut; Matjus, Ülo, juhendajaTeadusmagistritöö filosoofia erialallistelement.badge.dso-type Kirje , Paediatric stroke in Estonia: epidemiology and risk factors(2010-05-19T05:24:58Z) Laugesaar, RaelLastel esineb insulti sagedamini, kui üldiselt arvatakse. Laste insuldi uuringute arv on viimastel aastakümnetel tunduvalt kasvanud. Peamised edusammud lapseea insuldi diagnoosimisel on seotud neuroradioloogiliste uurimisvõimaluste olulise paranemisega ja arstkonna suurenenud teadlikkusega lapseea insuldist. Laste insuldi tekkemehhanism jääb tihti ebaselgeks, sest arvestada tuleb paljusid erinevaid riskitegureid. Eestis ja ka mujal Ida-Euroopas puudusid kuni praeguse uurimuseni laste ajuinsuldi epidemioloogiat käsitlevad uuringud. Töö eesmärgiks oli uurida perinataalse ja lapseea insuldi haigestumust, kliinilisi sümptomeid ja riskitegureid. Lisaks veel perinataalse insuldi neuroloogilist hilistulemust, lapseea arteriaalse isheemilise insuldi diagnoosimise kiirust ja kahe enimuuritud tromboosi soodustavate geenimutatsioonide (V hüübismisteguri Leideni mutatsioon ja protrombiini 20210G>A mutatsioon) seost laste isheemilisse insulti haigestumisega. Uurimuse tulemusena selgus, et perinataalse insuldi haigestumus Eestis on 63 juhtu 100 000 ehk 1 juht 1578 elussünni kohta – seda on rohkem kui varem teistes maades kirjeldatud. Lapseea insuldi esmashaigestumus Eestis on 2,73 juhtu 100 000 lapse kohta aastas, mis on sarnane teiste uuringute tulemustega. Ühel kolmandikul perinataalse insuldiga lastest esinevad neuroloogilised sümptomid (krambid, teadvushäire) vastsündinuperioodis (neonataalne insult). Ülejäänud kaks kolmandikku lastest jõuab eriarsti vastuvõtule keskmiselt 8 kuu vanuses peamiselt hemipareesi tõttu (tõenäoline perinataalne insult). Perinataalse insuldi riskiteguriteks olid sagedamini esmassünnitus, erakorraline keisrilõige, Apgari hinne 1. minutil alla 7, preeklampsia ja protrombootilised tegurid. Arteriopaatia, südamepatoloogia ja protrombootilised tegurid esinesid sagedamini lapseea ajuinfarkti korral. Kõigil perinataalse insuldiga lastel esines neuroloogilise jääkleiuna hemiparees. Epilepsia esines ühel kolmandikul nii neonataalse kui ka tõenäoliselt perinataalse insuldiga lastest. Lapseea ajuinfarkti diagnoos hilines keskmiselt 9,2 päeva. V hüübismisteguri Leideni ja protrombiini 20210G>A mutatsioonid suurendavad lastel sinovenoosse tromboosi riski 3 korda.listelement.badge.dso-type Kirje , Making inferences in case of attitudes(2010-05-19T06:51:00Z) Unt, Anto; Tartu Ülikool. Filosoofiateaduskond; Vihalemm, Rein, juhendajaVäitekirja on koondatud kolm hoiakuloogikateemalist artiklit, millest viimane on veel avaldamata. “Hoiakute” all mõistetakse siin lisaks uskumustele ja soovidele ka kohustusi. Kolme artiklit ühendavaks ideeks on arusaam, et hoiakutevahelistest järelduslikest seostest rääkides on mõttekas lähtuda skeemist “Hoiak A(p) leiab positiivse lahenduse parajasti siis, kui p”. Selline lähtekoht võimaldab põhjendada, miks ei saa hoiakuid (sh kohustusi) puhtloogiliste vahenditega üksteisest tuletada. Viimane asjaolu seletab ühtlasi paradokside rohkust deontilistes loogikates, st katsetes luua loogikat, kus oleksid paika pandud kohustuste vahel kehtivad järelduslikud seosed. Uute hoiakute tuletamise asemel nähakse töös loogika rolli hoiakute korral sedalaadi järeldustes, mis ütlevad, kas antud hoiak leiab mingis olukorras positiivse lahenduse või mitte. Kolmandas artiklis on erilist tähelepanu pööratud sellistele olukordadele, kus paistab, nagu kohustustest ikkagi saaks puhtloogiliselt uusi kohustusi tuletada. On katsutud näidata, et kõigi näidete korral on põhjust kahelda tulenemise “puhtloogilisuses”.listelement.badge.dso-type Kirje , Functional analysis of gene lists, networks and regulatory systems(2010-05-19T09:21:47Z) Reimand, JüriKaasaegne biotehnoloogia võimaldab kirjeldada elu aluseid suuremahulistes eksperimentides. Näiteks saab mõõta tuhandete geenide avaldumistasemeid, otsida DNA-st mustreid või kirjeldada interaktsioonivõrgustikke. Andmete interpreteerimine hõlmab arvutuslikke väljakutseid. Käesolev doktoritöö sisaldab meetodeid, arvutuslikke eksperimente ja tarkvara geenigruppide, võrgustike ja regulatoorsete süsteemide analüüsiks. Funktsionaalne analüüs on tõlgenduslik ülesanne, mille käigus seostatakse eksperimentaalsed leiud faktidega bioloogilistest protsessidest, komponentidest, jne. Kuna teadmiste baas on ebatäielik, kasutatakse selleks statistilise rikastatuse hinnangut. Töö käigus on arendatud kolm tööriista: g:Profiler, GraphWeb ja KEGGanim on veebipõhised vahendid geenigruppide, -võrgustike ja radade tõlgendamiseks. Samuti on logistilise regressiooni põhjal loodud algoritm eGLM (Ensemble Generalised Linear Models), mis valib andmetest tugevaimaid ennustavaid efekte. Töö bioloogiline osa pühendub pagaripärmi S. cerevisiae regulatsiooni analüüsile. Esmalt koostati transkriptsioonifaktoreid (TF) kirjeldav andmestik ning valideeriti see funktsionaalse analüüsi teel. Seejärel rakendati andmestikul eGLM meetodit protsessispetsiifiliste TF-ide ennustamiseks. Arvutused hästikirjeldatud rakutsükli andmetelel näitavad, et eGLM valib välja kõik põhiregulaatorid ning edestab standardseid meetodeid. Vähetuntud statsionaarfaasi (G0) analüüsis leiti relevantseid funktsioone, s.h. vananemine ja metabolismi aeglustumine. Mõned ennustatud TF-id valideeruvad ka eksperimentaalselt: teatud pärmimutantidel on G0-s tervetest rakkudest oluliselt erinev elunevus.
- «
- 1 (current)
- 2
- 3
- »