Sirvi Kuupäev , alustades "2012-05-15" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 5 5

The application of tmRNA as a marker molecule in bacterial diagnostics using microarray and biosensor technology
(2012-05-15) Scheler, Ott
Bakterite uurimiseks on traditsiooniliselt kasutatud erinevaid kultuuris kasvatamise meetodeid. Kuigi mainitud meetodid on töökindlad ja täpsed, on nad samas ka küllaltki töö- ja ajamahukad ning ei võimalda kõikide bakterite uurimist. Seetõttu kasutatakse tänapäeval tihti nende uurimiseks erinevaid molekulaarbioloogilisi meetodeid, mis põhinevad spetsiifiliste nukleiinhappe järjestuste tuvastamisel ja kirjeldamisel. Käesolevas töös tutvustatakse erinevaid tehnoloogiaid, mida kasutatakse nukleiinahappe põhises bakteriaalses diagnostikas. Põhirõhk on erinevatel nukleiinhapete paljundamise meetoditel ning hübridisatsiooni-põhistel detektsiooni tehnoloogiatel. Käsitletud on erinevate mikrokiibi ja biosensor tehnoloogiate põhimõtteid ning nende võimalikke kasutusviise bakterite tuvastamisel. Lisaks antakse ülevaade DNA ja RNA järjestustest, mida saab kasutada markerjärjestusena erinevate bakterite tuvastamisel ja üksteisest eristamisel. Pikemalt tutvustatakse tmRNA molekule, mida kasutatakse markerjärjestusena käesoleva doktoritöö raames välja töötatud diagnostiliste meetodite puhul. tmRNA on kõikides bakterites leiduv, keskmiselt 300-400 nukleotiidi pikkune spetsiifiline RNA molekul, mis abistab rakus valgusünteesi mehhanismi, ning mille molekuli järjestuse põhjal on võimalik tuvastada ning eristada erinevaid bakteriliike ja ka kõrgemaid taksonoomilisi üksusi. Töö praktilises osas kirjeldatakse kahte erinevat meetodit, kus tmRNA detektsiooni kaudu tuvastatakse erinevaid baktereid. Nendest esimene põhineb tmRNA molekulide spetsiifilisel paljundamisel NASBA tehnoloogia abil, millele järgneb märgistatud tmRNA molekulide tuvastatamine ja täpne identifitseerimine mikrokiibi tehnoloogia abil. Teise puhul toimub tmRNA-de detektsioon märkevaba reaal-ajas toimiva biosensor süsteemi abil, mis põhineb optilisel mikroring resonaator tehnoloogial. Kuigi mõlema meetodi puhul kasutati testsüsteemina erinevaid hingamisteede haigusi põhjustavaid baktereid ning nende vastavaid liigispetsiifilisi tmRNA molekule, on kirjeldatud tehnoloogiad lihtsasti rakendatavad ka teiste RNA järjestuste ning erinevate bakteri-liikide korral.
Emission of greenhouse gases CO2, CH4, and N2O from Estonian transitional fens and ombrotrophic bogs: the impact of different land-use practices
(2012-05-15) Salm, Jüri-Ott
Eesti soode kogupindala hinnatakse 240,000–245,000 ha, seejuures on hinnatud nende katvuse vähenemist viimase 60 aasta jooksul 2.6–2.8 kordseks (Paal & Leibak, 2011). Juhul, kui soode looduslik seisund muutub inimtegevuse tõttu, võib muutuda ka nende kasvuhoonegaaside bilanss (sidujast võib saada allikas), eriti oluliseks teguriks kasvuhoonegaaside emissioonide muutustes on kuivendus. Töös on hinnatud kasvuhoonegaaside bilanssi boreaalsetes soodes tehtud uurimuste tulemuste põhjal ja Eesti erineva maakasutusega siirdesoodes ning rabades läbi viidud kasvuhoonegaaside (CO2, CH4 ja N2O) mõõtmiste põhjal. Saadud mõõtmistulemuste põhjal hinnati kuivenduse, turba kaevandamise ja päideroo (Phalaris) kasvatamise mõju kasvuhoonegaaside emissioonile ja süsiniku bilansile. Hinnanguliselt võivad ligikaudu 30,000 ha mahajäetud ja aktiivseid turbakaevandamisalasid emiteerida 191,499 t CO2 ekv. a-1. Juhul, kui need alad oleksid looduslikus olekus, toimuks nendel süsiniku akumuleerumine ulatuses 24,405 t CO2 a-1. Seeläbi on Eestis kaevandamise poolt rikutud rabade ja siirdesoode kasvuhooneefekt ligikaudu 10 korda suurem kui juhul, mil need alad oleksid endiselt looduslikus olekus. Süsinikubilanss arvutati ka päideroo istanduse kohta, kogutud andmete alusel saab väita, et võrreldes turbakaevandusaladega muudab päideroo kasvatamine jääksoodes need alad süsiniku emiteerijast süsiniku akumuleerijaks.
The role of voluntary certification in promoting sustainable natural resource use in transitional economies
(2012-05-15) Hain, Hando
Doktoritöö uurib vabatahtliku sertifitseerimise rolli ja mõjusid Ida-Euroopa üleminekutingimustes. Uurimus tugineb suurel määral juhtumiuuringule Eestis, kus möödunud 20 aasta jooksul on toimunud üleminek nn nõukogude plaanimajanduslikult majandusmudelilt kapitalistlikule turumajandusele. Tulemuste laiendamiseks Ida-Euroopale, uuriti FSC sertifitseerimisauditite käigus selle piirkonna metsamajandajatele kehtestatud parandusnõudeid. Üleminekumajanduse tingimuste välja selgitamiseks ja üldistuste tegemiseks on sertifitseerimise mõju Ida-Euroopas võrreldud Lääne-Euroopaga. Töös väidetakse, et sertifitseerimine täiendab edukalt avaliku sektori püüdlusi reguleerida metsaressursi jätkusuutlikku kasutust üleminekumajanduse tingimustes, kus valitsuse suutlikkus ühiskaupade kasutuse edukaks reguleerimiseks on piiratud. Peale Eesti iseseisvumist 1991, toimusid mitmed olulised muudatused. Omandireformi ja mitmete poliitiliste reformide samaaegne käivitamine tõi kaasa üldise poliitilise ja seadusandliku vaakumi ning vähenes valitsuse võimekus seaduste täitmist jõustada. Metsasektoris tõi see kaasa raiemahtude mitmekordse kasvu ja ebaseaduslike tegevuste levimise, mis omakorda mõjus negatiivselt Eesti metsanduse ja puidutööstuse mainele. Nendes tingimustes tekkis valitsusvälistel keskkonnaorganisatsioonidel ja tööstusel ühine huvi võtta kasutusele alternatiivseid metsaressursi kasutust suunavaid vahendeid, mis aitaksid parandada Eesti metsanduse toimimist ning mainet. Alates aastast 1998 hakati välja töötama Eestile sobilikku säästva metsanduse standardit ning aastal 2000 väljastati esimene FSC sertifikaat erametsaomanikule Lembit Laks. Aastal 2002 omandas FSC sertifikaadi kolm aastat varem moodustatud riigitulundusasutus RMK. Analoogilised protsessid toimusid ka mitmetes teistes Ida-Euroopa riikides, ning 21 sajandi alguses omandasid paljud (valdavalt avaliku sektori) metsamajandajad FSC sertifikaadi. Töö tulemused Eestis ja Ida-Euroopas näitavad, et sertifitseerimise käigus on nõutud mitmeid olulisi praktilisi muudatusi, mille järgimine aitab otseselt kaasa säästva metsamajandamise rakendamisele. Sertimisel on olnud positiivne mõju näiteks kemikaalide kasutuse vähendamisel, keskkonnariskide maandamisel, kaitsealade ja kaitsealuste liikide kaitsel, bioloogilist mitmekesisust soodustavate elementide kaitsel ja säilitamisel, läbipaistvamal suhtlusel huvigruppidega ja töötajate tööohutusnõuete rakendamisel. Eestis kaasati metsanduslikku diskussiooni uusi huvigruppe juba säästvat metsandust defineeriva standardi koostamise etapis, mille käigus tekkis mitmeid uudseid ideid, mis leidsid rakendamist ka praktikas. Samas ei ole sertifitseerimine Eestis mõjutanud näiteks lageraiete osakaalu ega raiete intensiivsust. Lisaks ei rakendatud sertimist laialdaselt erametsades, kus vajadus positiivsete muudatuste järele oli üleminekutingimustes suurim. Raiemahtude vähenemise ja säästlikuma metsakasutuse erametsades tõid kaasa eelkõige valitsuse poolt tehtud muudatused metsaseaduses ja selle rangem jõustamine, mis sai alguse aastal 2004. Töö tulemused annavad alust väita, et vabatahtlik sertifitseerimine on oluline täiendav võimalus soodustada jätkusuutlikku loodusressursside kasutust üleminekutingimustes, kus avaliku sektori võimekus ressursikasutust kontrollida ja suunata on piiratud. Samas on ka sertifitseerimise enda suutlikkus piiratud. Vabatahtliku iseloomu tõttu on sertifitseerimise kasutuselevõtt vähene väiksema vastutustundega majandajate seas.
Teoloogilised voolud Eesti Evangeeliumi Luteri Usu Kirikus aastatel 1917–1934
(2012-05-15) Rohtmets, Priit
Doktoritöös kirjeldatakse luteri kirikus aastatel 1917–1934 eksisteerinud teoloogiliste voolude kujunemist ja tegevust ning analüüsitakse voolude mõju kirikus toimunud kirikukorralduslikule ja teoloogilisele diskussioonile. Eelneva taustal jälgitakse kiriku õpetuslike ja kirikukorralduslike põhialuste arengut. Luteri kirikus, mis määratles end 1917. a vaba rahvakirikuna, kujunesid organisatsiooni asutamise järel välja kolm teoloogilist voolu: liberaalne, konservatiivne ja kiriklik-konfessionaalne. Voolude esilekerkimise ja moodustumise põhjuseks olid vaimulikkonnas valitsenud teoloogilised erimeelsused, ajendiks aga vaba rahvakiriku korraldus. Selle teoloogiliselt liberaalne tõlgendus ja selle mõjul 1918. aastal muudetud õpetusaluste paragrahv põhjustasid kirikus aastatel 1922–1925 teoloogiliste voolude esindajate vahel terava vastasseisu. Vaidluste ja kokkupõrgete tulemusena muutus vaba rahvakiriku kontseptsiooni tõlgendus senisest konservatiivsemaks ja kirikus algatati liberaalse voolu juhtivate vaimulike suhtes nn ketseriprotsessid. Liberaalse ja konservatiivse voolu esindajate kogudused registreerisid end oma vaadete kaitsmiseks ülejäänud kirikust erinevate põhikirjade alusel ja mitmedki kogudused tegutsesid järgnevatel aastatel iseseisvatena. Seetõttu asusid kiriklik-konfessionaalse voolu esindajad aastatel 1925–1934 võitlema kiriku organisatsiooni ühtsuse eest, vastandudes nii alalhoidlikule, eriti aga liberaalse voolu kogudustele ja vaimulikele. 1934. aastal sõlmiti kirikus küll rahu, kuid et õpetuslikud erimeelsused jäid varjutama ka järgmiste aastate kirikuelu, jätkusid kokkupõrked kuni Eesti iseseisvuse kaotuseni 1940. aastal.
Autoimmune Regulator: Characterization of Thymic Gene Regulation and Promoter Methylation
(2012-05-15) Kont, Vivian
Tüümuse medullaarsed epiteelirakud ekspresseerivad AIRE (Autoimmuunne Regulaator) valku, mis suunab perifeersete koespetsiifiliste geenide avatud geeniekspressiooni. Mutatsioonid AIRE geenis toovad endaga kaasa haruldase autoimmuunhaiguse APECED (Autoimmune Polyendocrinopathy Candidiasis Ectodermal Dystrophy), millega kaasneb immunoloogilise tolerantsuse kadumine mitmete endokriinorganite suhtes. Käesolevas töös leidsime, et koespetsiifiliste geenide ekspressioon sõltub Aire geeni koopiate arvust tüümuses ja Aire kui ka koespetsiifilised geenid ekspresseeruvad tüümuse medullas ning neil on sarnane avaldumismuster tüümuse erinevatel arenguetappidel. Aire geeni lisamise tingimustes tõusis koespetsiifiliste geenide mRNA tase. Tüümuse struktuuri lõhkumise tulemusena langes kõigi uuritud geenide ekpressioon. Antud tulemused näitavad, et Aire geenil on otsene roll koespetsiifiliste geenide ekspressioonil ja läbi Aire geeni on võimalik mõjutada tsentraalse tolerantsuse või autoimmuunsuse tekkimist. Kuna tüümuse kemokiinid on olulised tüümusesse sisenevate tümotsüütide migratsioonil, siis uurisime Aire geeni rolli tüümuse kemokiinide tootmises. Leidsime, et tüümuses Aire geeni puudumise tulemusena langevad CCR4 ja CCR7 ligandide tasemed ning CCR4 ligandid on Aire poolt reguleeritud CD80hi mTEC rakkudes. Sarnaselt koespetsiifilistele antigeenidele jälgisid ka tüümuse kemokiinid Aire avaldumismustrit sünnijärgsel perioodil. Aire geeni üleekspresseerimise tingimustes tõusis CCL5, CCL22 and CCL19 kemokiinide tase. Antud leidude puhul on tegemist Aire uudse rolliga tsentraalse tolerantsuse kujunemises. Edasi uurisime AIRE promooteri metülatsiooni ja leidsime, et AIRE promooter oli hüpometüleeritud mTECides ja cTECides ning CpG metülatsiooni tase tõusis AIRE negatiivsetes tümotsüütides. Samas oli AIRE promooter hüpometüleeritud Aire negatiivsetes tüümuse kasvajates ja perifeersetes kudedes. Ning leidsime positiivse korrelatsiooni AIRE ekspressiooni ja AIRE promooteril asuva aktiivse kromatiini märgise H3K4me3 vahel.