Sirvi Kuupäev , alustades "2015-05-15" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 3 3

Exploiting high-throughput data for establishing relationships between genes
(2015-05-15) Peterson, Hedi
Geenid määravad ära, millistest RNA ja valgu molekulidest elusorganism koosneb. Ainult geenide tuvastamisest ei piisa, et aru saada kuidas organism toimib, millal ja kuidas erinevad geenide produktid avalduvad ja mida need teevad. Elusorganismi olemuse mõistmiseks ja bioloogiliste protsesside mõjutamiseks on vajalik aru saada geenide ja valkude omavahelistest seostest. Suure läbilaskevõimega tehnoloogiad võimaldavad hõlpsasti mõõta bioloogiliste protsesside erinevaid tahke. See omakorda on toonud kaasa andmemahtude üha kiireneva kasvutrendi ning vajaduse uute meetodite järele, mis aitaks toorandmeid analüüsida, andmeid omavahel kombineerida ning tulemusi visualiseerida. Samuti on kasvanud vajadus arvutuslike meetoditega katsetada, kas olemasolevad andmemudelid kirjeldavad bioloogilist uurimisobjekti piisavalt täpselt. Käesolevas uurimistöös on näidatud erinevaid bioinformaatilisi meetodeid, kuidas suuremahuliste ning eritüübiliste eksperimentaalsete andmete kombineerimist saab rakendada geenidevaheliste seoste leidmiseks. Suuremahulistele andmetele on integreerimise ja omavahel võrreldavaks tegemisega võimalik anda lisaväärtust. Töö käigus koondati kokku ja tehti avalikkusele ligipääsetavaks embrüonaalsete tüvirakkude regulatsiooni käsitlevate publikatsioonide lisafailides avaldatud info ESCDb andmebaasi näol. Neid andmeid kasutades on teadlaskonnal võimalik leida geenide vahelisi seoseid, mida eraldiseisvaid andmeid analüüsides ei ole võimalik välja selgitada. Andmebaasi kogutud info kombineerimisel arvutusliku mudeldamisega õnnestus leida käesoleva töö raames uus regulaator embrüonaalsetes tüvirakkudes — IL11. Lisaks võimaldas erinevate andmetüüpide kombineerimine leida embrüonaalsete tüvirakkude keskse regulaatori — OCT4 geeni alternatiivsed märklaudgeenide moodulid. Kasutades DNA konserveerumisinfot koos regulatoorsete motiivide analüüsiga leiti kolm uut rasvatüvirakkude diferentseerumise regulaatorvalku. Samuti käsitletakse töös automaatset grupeerimis- ja visualiseerimismetoodikat VisHiC, mis aitab esile tõsta huvitavaid geenigruppe, mida teiste meetoditega edasi uurida. Töös on näidatud erinevaid suuremahuliste andmestike integreerimise viise, mis võimaldavad leida selliseid geenidevahelisi seoseid, mida ei oleks võimalik leida kui analüüsiksime üht andmestikku korraga.
Development of ecosystems under human activity in the North-East Estonian industrial region: forests on post-mining sites and bogs
(2015-05-15) Karu, Helen
Eestis on põlevkivi kaevandatud umbes 1%-l maismaa pindalast. Üks olulisemaid kaevandamisega kaasnevaid keskkonnamõjusid Kirde-Eestis on looduslike- ja kultuurmaastike asendumine uute tehislike pinnavormidega, nagu karjääripuistangud ja tööstusjäätmete kuhilad. Käesoleva töö esmaseks eesmärgiks oli kirjeldada taimkatte ja mulla arengut Narva põlevkivikarjääri ja Kohtla-Järve poolkoksimägedele rajatud puistutes ning looduslikult taastuvatel aladel. Leiti, et 30 aastat peale metsastamist annavad karjääripuistangutel kõige enam puiduproduktsiooni arukase- ja sanglepapuistud. Samuti stimuleerivad lehtpuupuistud, eriti lepikud, mulla ja alustaimestiku arengut nii karjääripuistangutel kui poolkoksimägedel. Looduslikult uuenenud metsades on mulla paksus ja puiduproduktsioon võrreldavad hariliku männi istandustega, mis karjääripuistangutel domineerivad. Rohurinde liigiline koosseis karjääripuistangutel sõltub oluliselt istutatud puuliigist ning on kõige mitmekesisem looduslikult uuenenud aladel. Seega saab tööst teha praktilise järelduse: liigilise mitmekesisuse suurendamiseks karjääripuistangutel tuleks metsastamisel kasutada senisest enam lehtpuid ning jätta osa alasid looduslikule uuenemisele. Töö teiseks eesmärgiks oli analüüsida muutusi, mida on rabaökosüsteemides põhjustanud põlevkivielektrijaamadest pärinev aluseline õhusaaste ning veetaseme alanemine kuivendamise, turbakaevandamise ning põlevkivi allmaakaevandamise tõttu. Selleks uuriti taimestikku ja süsinikuringet Kalina ja Selisoo rabade servaaladel ning võrreldi neid looduslikus seisundis rabaga Kesk-Eestis. Leiti, et õhusaaste on põhjustanud olulisi muutusi mõlema raba, eriti aga Kalina taimestiku liigilises koosseisus. Nii õhusaaste kui veetaseme alanemine toovad kaasa puude kasvu kiirenemise ja samblarinde produktsiooni vähenemise. Süsinikuemissioonid turbast sõltuvad tugevasti veetasemest, samas kui õhusaaste mõju pole ilmselt oluline. Doktoritöö tulemused näitavad, et puisrabades ja suhteliselt kõrge veetasemega rabametsades võiks turbast pärinevate süsinikuvoogude hindamiseks kasutada keskmist veetaset ja/või puistu rinnaspindala.
Formation and Assessment of Landscape Recreational Values
(2015-05-15) Reimann, Mart
Väärtushinnangud on tänapäeva ühiskonnas kõneaineks järjest sagedamini. Otsustusprotsessid takerduvad tihti väärtuste konfliktidesse. Sellest tulenevalt on oluline väärtusi võrrelda ning seada prioriteedid otsustusprotsesside tõhustamiseks. Maastike väärtusi on uurinud ja võrrelnud nii sotsiaalteadlased, maastikuteadlased kui majandusteadlased, kasutades erinevaid meetodeid ja lähenemisviise. Arutelud erinevate meetodite eelistest ja puudustest on sageli jäänud valdkonnakeskseteks ning autori andmetel ulatuslikumad interdistsiplinaarsed võrdlused puuduvad. Lähtudes eelnevast on doktoritöö eesmärgid järgmised: - võrrelda erinevaid meetodeid maastike rekreatiivsete väärtuste hindamiseks; - hinnata erinevate hindamismeetodite sobivust planeerimis- ja otsustusprotsessideks; - analüüsida monetaarse ekvivalendi leidmise otstarbekust maastike rekreatiivsete väärtuste hindamisel. Töö põhitulemused on esitatud lisas olevas seitsmes publikatsioonis. Tulemusena võib öelda, et kõigil doktoritöös olevatel meetoditel on omad eelised ja puudused ning universaalset meetodit ei ole, kuid antud uurimustöö võimaldas analüüsida erinevate meetodite sobivust erinevates kontekstides ning on heaks lähtekohaks järgnevatele uuringutele.