Sirvi Kuupäev , alustades "2016-07-01" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 9 9

MicroRNAs in disease and health: aberrant regulation in lung cancer and association with genomic variation
(2016-07-01) Võsa, Urmo; Annilo, Tarmo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Viimaste aastate geneetilised uuringud on näidanud et suur osa inimese genoomilt transkribeeritavast RNAst ei kodeeri keha “ehituskivideks” olevaid valke, vaid omab eelkõige regulatoorset rolli, mõjutades kuidas valke kodeerivad geenid oma funktsioone täidavad. Enim uuritud klass mittekodeerivaid RNAsid on väikesed ~20 nukleotiidi pikkused mikroRNAd, mis reguleerivad geenide aktiivsust, seondudes sihtmärgiks olevate RNAdega. MikroRNAd on olulised enamikes bioloogilistes protsessides ja on seotud paljude haiguste, sealhulgas vähkkasvajatega. Vähis omavad need potentsiaali võimalike ravimisihtmärkidena ja biomarkeritena mida saaks tulevikus kasutada kasvajate varasemaks avastamiseks ning täpsemaks dignoosimiseks. Käesoleva töös uuriti, milliste mikroRNAde ekspressioonitasemed on muutunud mitteväikerakulises kopsuvähis. Selleks määrati kopsuvähi proovidest 858 mikroRNA tasemed. Analüüsi tulemusena leiti 72 mikroRNAd mille tase oli vähis muutunud ja mis võivad seetõttu olla seotud vähitekkega või omada potentsiaali biomarkerina. Ühe mikroRNA puhul leiti seos ka patsiendi operatsioonijärgse elulemusega. Kuna selle ja teiste sarnaste uuringute tulemused on üsna varieeruvad, viidi läbi süstemaatiline meta-analüüs, kasutades spetsiaalset järjestatud geeninimekirjade analüüsimiseks loodud meetodit. Kahtekümmet uuringut hõlmava analüüsi tulemusena leiti kopsuvähis seitse üles- ja kaheksa allareguleeritud mikroRNAd. Kuna paljude RNAde taset rakus mõjutavad varieeruvad positsioonid inimese genoomis, siis järgmisena uuriti kas selline geenide avaldumise kontroll võib toimuda mikroRNAde seondumise kaudu. Selleks analüüsiti inimese genoomset varieeruvust bioinformaatiliselt ennustatud mikroRNA sihtmärkides ja tuvastati mitu geeni, mille regulatsioonis sellised variandid tõenäoliselt olulist rolli mängivad. Samas kinnitavad tulemused, et mikroRNAd on ainult üks võimalik osa geenide avaldumise kontrollist. Käesolev töö andis uusi teadmisi mikroRNAde kohta kopsuvähis, aitas süstematiseerida eelnevat informatsiooni ning sidus mikroRNAde regulatoorse potentsiaali normaalse geneetilise varieeruvusega.
RNA polymerase II-dependent transcription elongation in Saccharomyces cerevisiae
(2016-07-01) Peil, Kadri; Kristjuhan, Arnold, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Kõikides eukarüootsetes rakkudes viib valke kodeerivate geenide transkriptsiooni läbi RNA polümeraas II (RNAPII). Protsessi, mille käigus sünteesitakse mRNA, nimetatakse transkriptsioonitsükliks ning see tsükkel jaotatakse kolme etappi – transkriptsiooni initsiatsioon, elongatsioon ning terminatsioon. Käesolevas töös uurisin RNAPII elongatsiooni mehhanisme, kasutades mudelorganismina pagaripärmi Saccharomyces cerevisiae. Antud töö esmaseks eesmärgiks oli tekitada kõrgel tasemel transkribeeritava mudelgeeni sisse nn. vaigistavate valgukomplekside poolt heterokromatiinne ala ning uurida selle struktuuri mõju transkriptsiooni läbi viivale RNAPII kompleksile. Selgus, et elongatsiooni etapis olev RNAPII suudab transkribeerida läbi heterokromatiini ning see viib vaigistavate valgukomplekside eemaldamisele. Lisaks selgus, et heterokromatiini läbimiseks RNAPII poolt on vajalik histoon H3 56. positsioonis oleva lüsiinijäägi atsetüleerimine. Teiseks huvipakkuvaks küsimuseks oli, mis juhtub siis, kui kõrgel tasemel transkribeeritavasse mudelgeeni viia sisse replikatsiooni algusala (origin), millel moodustuvad pre-replikatiivsed kompleksid. Nägime, et elongatsiooni etapis olev RNAPII suudab eemaldada kodeerivas alas moodustunud pre-replikatiivsed kompleksid ilma, et selline kokkupuude häiriks toimuvat transkriptsiooniprotsessi. Lisaks taastatakse pärast transkriptsiooni lõppemist pre-replikatiivsed kompleksid inaktiveeritud replikatsiooni algusaladel ning sellised uuesti moodustunud kompleksid on järgnevas S-faasis funktsionaalsed. Lõpetuseks, eelnevates, terveid rakupopulatsioone hõlmavates katsetes oli näidatud, et RNAPII kompleksid jaotusid geenil ebaühtlaselt. Sellest tulenevalt oli käesoleva töö kolmandaks eesmärgiks uurida RNAPII komplekside jaotumist kõrgelt transkribeeritaval mudelgeenil ühe raku tasemel. Vastupidiselt eelnevatele tulemustele leidsime, et RNAPII kompleksid jaotusid ühtlaselt kogu geeni ulatuses.
Estimating limit of detection for mass spectrometric analysis methods
(2016-07-01) Evard, Hanno; Kruve, Anneli, juhendaja; Leito, Ivo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Avastamispiir (AP) on üks olulisemaid parameetreid analüüsimeetodite valideerimisel. See näitab madalaimat analüüdi kontsentratsiooni, kus võime hea tõenäosusega öelda, et analüüt on tõesti proovis sees. See parameeter on seega oluline tulemuste õigeks tõlgendamiseks ja analüüsimeetodi karakteriseerimiseks. Näiteks võib tuua dopingu ained sportlase veres, narkootilised ained kurjategija uriinis, mürkained toidus, ohtlikud kemikaalid keskkonnas jne. Erinevad standardid, mis avastamispiiri määramist reguleerivad, pole aga omavahel kooskõlas ning seega on tekkinud väga palju erinevaid AP hindamise metoodikaid. Lisaks teevad tihti need metoodikad eeldusi või lihtsustusi, mida pole selgitatud piisavalt viies seega valel kasutamisel ebaadekvaatsete tulemusteni. Esineb ka muid probleeme. Näiteks pole ka piisavalt kirjeldatud avastamispiiri igapäevase kontrollimise korrektseid metoodikaid. Massispektromeetria (MS) on laialt levinud ja hea tundlikkusega analüüsitehnika, mille tõttu on avastamispiir nende puhul eriti oluline. Käesoleva töö käigus võrreldi erinevaid AP hindamise metoodikaid ja uuriti olulisi eksperimendi disaini aspekte kasutades andmeid MS analüüsimeetoditelt. Need tulemused koondati kokku spetsiifiliste soovitustega skeemiks, kus on olulised AP hindamise aspektid välja toodud. Võtmesõnad: Avastamispiir, valideermine, massispektromeetria, vedelikkromatograafia, paberpihustus ionisatsioon
The Semiotic Construction of Identities in Hypermedia Environments: The Analysis of Online Communication of the Estonian Extreme Right
(2016-07-01) Madisson, Mari-Liis; Ventsel, Andreas, juhendaja; Tartu Ülikool. Humanitaarteaduste ja kunstide valdkond.
Väitekiri keskendub paremäärmusliku võrgusuhtluse ning selle vahendusel toimuvate identiteediloomeprotsesside semiootilisele uurimisele. Nii julgeolekuorganisatsioonid kui ka mitmed akadeemilised tööd on välja toonud, et tänapäevases vähemuste õigusi tunnustavas maailmas toimub kõige aktiivsem ksenofoobsete ja rassistlike ideede koondumine ning paremäärmuslike kogukondade moodustumine eelkõige internetis. Semiootika metakeel võimaldab paremäärmusliku suhtluse relatsioonilist mõtestamist, mis võtab arvesse rahvusradikaalsete sõlmekeste omavahelistes interaktsioonides kujunenud tähendushierarhiaid kui ka nende dünaamilist suhestumist laiema sotsiokultuurilise kontekstiga. Tuginedes eesti paremäärmuslikus võrgustikus läbi viidud mitteosalevale vaatlusele, teiste uurimuste tulemustele ning kultuurisemiootika kontseptuaalsetele alustele, keskendub siinne doktoritöö neljale allteemale, mis aitavad avada rassistliku ja ksenofoobse tähendusloome võtmeaspekte. Esiteks selgitan paremäärmuslikku tähendusloomet organiseerivad dominantseid seosteraamistikke, mis suunavad nii konkreetsete sündmuste tõlgendusi kui ka nende seostamist kogukondliku mäluga. Teiseks avan semiootilisi mehhanisme, mis võimaldavad pealtnäha paradoksaalseid paremäärmuslikke enesekirjeldusi, kus põimitakse rassistlikke ja ksenofoobseid vaated ühiskonnas üldaktsepteeritud liberaaldemokraatia ja multikulturalismi diskursustesse kuuluvate tähistajatega, nagu õigus võrdsele kohtlemisele, vähemuste kaitse, sõnavabadus jne. Kolmandaks näitan, millised paremäärmuslikku tähendusloomet määravad ja suunavad dominandid viivad polariseeruva ja olemasolevaid stereotüüpe taastootva kajakambrisuhtluseni. Neljandaks avan uue maailmakorra (NWO) vandenõuteooriate rolli paremäärmuslaste enesekirjeldustes kui ka ühiskondlike sündmuste ja nähtuste mõtestamisel. Lisaks osutatud fookustele keskendub käeolev doktoritöö ka üldise teoreetilise raamistiku väljaarendamisele, mis lubab avada vandenõuteooriate semiootilist tähistamisloogikat ka väljaspool paremäärmuslikku suhtlust. Samuti selgitan e-Eesti identiteedidiskursust, mis seob tänapäevased info-ja kommunikatsioonitehnoloogiad tugevalt konkreetsete väärtuste ning ühiskonnavisioonidega. E-Eesti diskursusel on tähtis roll nii riigi ametlikes enesekirjeldustes kui ka mitmesuguste perifeersemate sfääride identiteediloomes.
210Pb in Estonian air: long term study of activity concentrations and origin of radioactive lead
(2016-07-01) Isakar, Kadri; Realo, Enn, juhendaja; Kiisk, Madis, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Maa sees on tema sünnist saadik mitmeid radioaktiivseid materjale, mis lagunevad millekski uueks, mis laguneb omakorda millekski järgmiseks, mis laguneb omakorda millekski jne. Niisuguste radioaktiivsete lagunemisridade elemente nimetatakse nende järjekorra alusel emanukliidideks ja tütarnukliidideks. Üks tuntumaid lagunemisrea liikmeid on radoon, mis oma gaasilise oleku tõttu maapinnast õhku rännata suudab ning mille kogunemist eluruumidesse võimalikult palju pärssida püütakse. Vähem räägitakse radooni tütardest, kelle kurikuulsus samuti radooni nime alla koondatud on. Üks neist tütarnukliididest on plii ehk täpsemalt plii 210 ehk 210Pb. “210” tähistab kindlat tüüpi pliituumade massi ehk neutronite ja prootonite koguarvu tuumas. 210Pb on kasulik abivahend keskkonnas toimuvate transpordiprotsesside uurimisel, järvesetete vanuse määramisel ning samuti radooni ja kõigi tema tütarde kiirgusmõju hindamisel. Neiks töödeks on aga eelnevalt vaja teada 210Pb igapäevast kogust meie elukeskkonnas, sh välisõhus. Käesoleva töö raames koguti iganädalasi õhuproove ning analüüsiti 210Pb sisaldust Tõravere, Narva-Jõesuu ja Harku välisõhus, tulemused on antud aastate 2001-2008 kohta. 210Pb kogust õhus mõõdetakse ühikutes Bq/m3, mis näitab, kui palju radioaktiivseid lagunemisi ühe sekundi jooksul ühes kuupmeetris õhus juhtub. Kuna kogused on väikesed, peame kasutama eesliidet “milli-“ ehk ühikuks saab mBq/m3. Tulemused: Tõraveres 0,12 mBq/m3 kuni 2,77 mBq/m3, Narva-Jõesuus 0,08 mBq/m3 kuni 2,53 mBq/m3, Harkus 0,01 mBq/m3 kuni 2,16 mBq/m3. Väärtused muutuvad väga suurtes piirides, mis mujal maailmas saadud tulemustega võrreldes ning õhumasside liikumisi arvesse võttes ongi täiesti tavaline. Uuriti ka, kust 210Pb meile saabuda võiks ning selleks arvutati ülemaailmse andmebaasi (NOAA USA-s) abil õhu liikumise trajektoorid, mis koondusid proovide kogumispunktidesse. Koondtulemus näitas, et nii Tõraverre, Narva-Jõesuusse kui ka Harkusse saabub 210Pb-rikas õhk idast ja kagust ning 210Pb-vaene õhk läänest. Seda põhjendatakse asjaoluga, et maismaa kohal on 210Pb sisaldus oluliselt suurem kui merel.
The Social Organisation of Science as a Question for Philosophy of Science
(2016-07-01) Eigi, Jaana; Lõhkivi, Endla, juhendaja; Tartu Ülikool. Humanitaarteaduste ja kunstide valdkond.
Tänapäevast teadusfilosoofiat iseloomustab üha kasvav huvi teaduse sotsiaalsete aspektide ja sotsiaalse korralduse vastu – selle vastu, kuidas sotsiaalsed väärtused ja sotsiaalsed suhted ning struktuurid võivad mängida rolli teadmise loomises ja kuidas neid peaks teaduse korraldamises ja teaduspoliitikas arvesse võtma. Minu väitekirja eesmärk on arutleda mõnede selle teemaga seotud küsimuste üle. Ma näitan, et mõjukal käsitlusel teaduse sotsiaalsest korraldusest demokraatlikus ühiskonnas – Philip Kitcheri hästikorraldatud teaduse mudelil – on tõsiseid probleeme, mis ohustavad selle filosoofilist paikapidavust ja potentsiaalset rakendatavust. Nagu Kitcher, usun ka mina, et teadusfilosoofilised argumendid peavad arvesse võtma teaduse võimet ühiskonda mõjutada. Minu kriitika näitab aga, et vastutustundliku ja efektiivse teaduskorralduse saavutamiseks ei piisa sellest, kui nõuda, et uurimistöö planeerimise ja rakendamise kohta käivate otsuste tegemisel tunnistataks ühiskonna huvisid, nagu seda pakub Kitcher. Toetudes Helen Longino ideedele, väidan ma, et avalikkuse esindajate perspektiivid ja teadmised võivad olla relevantsed ka teadmise loomisel. Vaatlemaks, kuidas selline kaasav lähenemine võiks toimida praktikas, pöördun ma teaduspoliitika uuringute poole: ka teaduspoliitikat on viimastel aastakümnetel iseloomustanud huvi avalikkuse esindajate kaasamise vastu. Ma näitan, et mõnikord on need demokratiseerimiskatsed piisavalt sarnased sellega, mida soovitaks teadusfilosoof. Nende protsesside kulgemise analüüs võib seega olla kasulik, mõistmaks, kuidas konkreetne poliitiline ja sotsiaalne olukord võib pakkuda võimalusi avalikkuse esindajate kaasamiseks ning millised faktorid võivad teadlaste ja avalikkuse koostööd takistada. Ma teen järelduse, et teadusfilosoofide osalemine sääraste demokratiseerimiskatsete korraldamises võib olla võimaluseks teha sotsiaalselt relevantsemat teadusfilosoofiat.
High entropy alloys: study of structural properties and irradiation response
(2016-07-01) Tamm, Artur; Aabloo, Alvo, juhendaja; Klintenberg, Mattias, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Järgmise põlvkonna tuumaelektrijaamades kasutatavad materjalid peavad toimima ekstreemsetes keskkonnatingimustes nagu tugev kiiritus, kõrge temperatuur ning tugev korrosioon. Uudne materjalide klass - kõrge entroopiaga sulamid - on üks võimalikke kandidaate tuumarakendusteks tänu nende sobilikele omadustele. Kõrge entroopiaga sulamid koosnevad viiest või enamast põhielemendist ning moodustavad ühefaasilise tahke lahuse. Seni on neid vähe uuritud kiirituskoste seisukohast. Kuna eksperimendid ei ole võimelised uurima kiirituse toimel tekkivaid protsesse tänu nende kiireloomulisusele, tuleb nende uurimiseks kasutada arvutisimulatsioone. Simulatsioonide tulemused sõltuvad kasutatavatest mudelitest ning seetõttu tuleb uurida erinevaid tulemusi mõjutavaid põhjusi. Käesolevas töös uuriti kolme aspekti, mis võivad mõjutada kiiritussimulatsioone. Esiteks arvutati aatomite vaheline lähimõju kristallis, kasutades kvantmehaanika meetodeid. Saadud tulemuste põhjal loodi uus meetod empiiriliste potentsiaalide modifitseerimiseks nii, et potentsiaalidest saadud lähimõju oleks kooskõlas kvantmehaanika arvutustega. Teiseks uuriti kahe kõrge entroopiaga sulami - NiCrCo ja NiCrCoFe - struktuuriomadusi arvutisimulatsioonidega. Tulemustest selgus, et elemendid ei ole vaadeldavates materjalides juhuslikult jaotunud, mida aga üldjuhul eeldatakse kõrge entroopiaga sulamites. Kolmandaks arvutati elektronide pidurdavat toimet kiiresti liikuvale aatomile, kasutades selleks kvantmehaanika meetodit. Leitud tulemuste rakendamiseks klassikalistes simulatsioonides loodi uudne mudel ning rakendati seda Ni kristallis ja NiFe sulamis võrevõnkumiste kustumise uurimiseks. Kõik eelpool kirjeldatud uuringud annavad olulist informatsiooni kiiritussimulatsioonide teostamiseks kõrge entroopiaga sulamites.
Studies on cellular and molecular mechanisms that drive normal and regenerative processes in the liver and pathological processes in Dupuytren’s contracture
(2016-07-01) Viil, Janeli; Jaks, Viljar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Maks on imetaja suurim siseorgan, mis omab unikaalset taastumisvõimet, kuid pidev krooniline maksakahjustus põhjustab tema regeneratsioonivõime vähenemist, fibroosse armkoe tekkimist ja maksa funktsioonide kadumist. Sageli on lõppstaadiumis oleva kroonilise maksahaiguse ainsaks ravivõimaluseks maksasiirdamine. Leidmaks maksasiirdamisele alternatiivseid ravimeetodeid, on oluline uurida maksa regeneratsiooni ja haiguslike protsessidega seotud molekulaarseid ja rakulisi mehhanisme. Käesolevas töös uurisime, kuidas maksa aeglaselt jagunevad rakud panustavad koe taastamisse, millised rakuvälise maatriksi muudatused leiavad aset vastusena maksakahjustusele ja kuidas need võiksid mõjutada rakkude käitumist. Samuti uurisime, kas signaalirajad, mis on olulised maksafibroosis, omavad rolli ka teist tüüpi fibrootilises haiguses ja lõpuks viisime läbi suuremahulise kemikaalide skriinimise, leidmaks AKT1-PDPK1 interaktsiooni inhibiitorit, mis vähendaks kasvajate-ja fibroosiseoselise AKT1 aktivatsiooni. Töö tulemusena leidsime, et maksa aeglaselt jagunevad rakud on unipotentsed sapijuharakud, mis aktiveeruvad ainult kroonilise kahjustuse korral. Samuti selgus, et maksa rakuvälise maatriksi muutused sõltuvad kahjustuse tüübist ning erinevad maatriksi komponendid omavad hepatotsüütide ja sapijuharakkude proliferatsioonile erinevat mõju. Uurides fibrootilisi protsesse Dupuytren´i kontraktuuri koes, avastasime, et haige koe erinevad komponendid sünteesivad erinevaid fibroosi ja proliferatsiooni soodustavaid molekule, moodustades haiguse arenguks sobiliku keskonna. Töö viimases osas kirjeldasime AKT1-PDPK1 interaktsiooni inhibiitori, väikesemolekulaarse ühendi NSC156529, identifitseerimise protsessi. NSC156529 vähendas AKT valgu ja tema sihtmärkvalkude aktiivsust ning pidurdas rakkude kasvu in vitro ja tuumori kasvu in vivo. Seega on NSC156529 sobiv alusmolekul uudsete ravimite väljatöötamiseks selliste haiguste nagu kasvajad ning fibroos vastu, mille puhul AKT signaaliraja aktiivsus on kõrgenenud.
Universitas Tartuensis : UT : Tartu Ülikooli ajakiri 2016 nr 7
(Tartu : Tartu Ülikool, 2016-07) Merisalu, Merilyn, toimetaja