Sirvi Kuupäev , alustades "2018-05-17" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 6 6

Fis regulates Pseudomonas putida biofilm formation by controlling the expression of lapA
(2018-05-17) Ainelo, Hanna; Teras, Riho, juhendaja
Bakterid elavad looduses valdavalt biofilmis, pinnale kinnituvate bakterite kogumis. Biofilmis elamisel on bakterite jaoks mitmeid eeliseid. Biofilmis elavad bakterid on kahjulike keskkonnamõjude eest paremini kaitstud ja heades tingimustes aitab pinnale kinnitumine nendesse tingimusesse jäädagi. Biofilm ei ole kasulik mitte ainult bakteritele, vaid paljud biofilmi moodustavad bakterid on vajalikud ka taimedele. Üheks selliseks bakteriks on Pseudomonas putida, mida uurin oma doktoritöös. P. putida moodustab biofilmi taime juurtel ja kaitseb taimi, ka põllumajanduslikult olulisi kultuure, haigustekitajate eest ning soodustab nende kasvu. Käesoleva töö käigus leiti juhuslikult, et P. putida biofilmi mõjutab bakteri keskne regulaatorvalk Fis. Kui bakterid satuvad headesse tingimustesse, siis Fis-i roll on suunata nad kiirelt kasvama ja kui toitained saavad otsa, siis aeglustada kasv jälle maha. Me nägime, et liiga palju Fis-i tootvad bakterid ei suuda ringi liikuda. Sealt tekkis kahtlus, et äkki nad ei liigu sellepärast, et jäävad hoopis paigale ja moodustavad biofilmi. See teooria osutus tõeseks ja püstitas kohe järgmise küsimuse, kuidas Fis suunab bakterid biofilmi moodustama? Me leidsime, et Fis soodustab ühe väga suure kleepvalgu tootmist. See kleepvalk, LapA, on biofilmi tekkeks väga oluline, kuna võimaldab bakteritel nii pinnale kui teineteisega kleepuda. Käesolevas töös näitasime, et Fis seondub kahes kohas lapA geeni ette ja just neid kohti kasutades soodustab LapA tootmist. Lisaks kirjeldasime need kohad (promootorid), kust algab lapA mRNA tootmine. Kui tavaliselt on ühel geenil üks või kaks promootorit, siis lapA geenil on neid lausa kuus. Kokkuvõttes lõi see töö uusi teadmisi P. putida biofilmi regulatsioonist ja aitab seega paremini mõista selle kasuliku mullabakteri elu väga olulist etappi.
The role of global regulator Fis in regulating the expression of lapF and the hydrophobicity of soil bacterium Pseudomonas putida
(2018-05-17) Lahesaare, Andrio; Teras, Riho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Bakteritel on pikaaegse evolutsiooni käigus välja kujunenud omadused ja mehhanismid selleks, et olla kohanemisvõimelised ja jääda ellu mitmesugustes keskkonnatingimustes. Vastavalt vajadusele muudavad bakterid oma eluvormi, ujudes vabalt keskkonnas ringi või olles paiksed ja moodustades koos teiste bakteritega ühise kooseluvormi, mida nimetatakse ka biofilmiks. Biofilmis elades on bakterid paremini kaitstud kahjulike keskkonnamõjude eest. Üleminek liikuvalt eluviisilt paiksele algab tavaliselt bakterite kinnitumisega elusale või elutule pinnale. Erinevatele pindadele kinnitudes võivad bakterid tekitada tõsist kahju näiteks meditsiini ja tööstusvaldkondades. Samas, biofilmi moodustavaid baktereid on kasutatud ka edukalt näiteks mürgiste ühendite eemaldamiseks keskkonnast. Üks peamisi bakteriraku pinna omadusi, mis aitab kinnitumisele kaasa, on hüdrofoobsus. Hüdrofoobsema pinnaga rakud liituvad ehk agregeeruvad omavahel paremini, tänu millele nad vähendavad kättesaadavat rakupinda kahjulikele ainetele. Näiteks mullabakter Pseudomonas putida muudab oma rakupinda hüdrofoobsemaks kokkupuutel erinevate toksiliste ainetega. P. putida on kosmopoliitne bakter, mis tihti elab taimejuurtel ja soodustab taimede kasvu. Üldiselt mullabakterid eelistavad elada taimejuurte ümber risosfääris, sest taimed eritavad juurte kaudu bakterite jaoks kergesti kasutatavaid toitaineid. Samas, taimed võivad juurte kaudu ümbritsevasse mulda eritada ka toksilisi ühendeid. Seega bakterid peavad kohanema nii kasvu soodustavate kui ka pärssivate tingimustega. Käesolevas töös kirjeldatakse P. putida pinna hüdrofoobsufaktorit LapF-i ning selle geeni regulatsiooni Fis-ga. Varem ei ole avaldatud seoseid LapF-i ja P. putida pinna hüdrofoobsuse vahel ega ole ka teada detailsemat infot lapF geeni ekspressiooni regulatsiooni kohta. P. putida rakud, mis toodavad pinnavalku LapF, on stressitingimustes hüdrofoobsemad võrreldes rakkudega, kus puudub LapF. LapF-st tulenev hüdrofoobsem rakupind võib omada potentsiaalset kaitsvat rolli P. putida’le. LapF-ga P. putida’l on soodustatud rakkude liitumine, tänu millele vähendatakse toksilistele ainetele kättesaadavat rakupinda. Kirjeldatud kaudne kaitsemehhanism võib olla üks seni avastamata LapF-i rolle mullabakteris P. putida.
Computational investigation of the electrical double layer at metal–aqueous solution and metal–ionic liquid interfaces
(2018-05-17) Ruzanov, Anton; Lust, Enn, juhendaja; Ivaništšev, Vladislav, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Käesolevas teadustöös uurisime metalli ja vesilahuse ning metalli ja ioonse vedeliku vahelist elektrilist kaksikkihti, keskendudes pindkihi dipoolse struktuuri analüüsile. Hindasime selle komponente elektrilise kaksikkihi kompaktses osas, mis jääb Helmholtzi välise kihi ja metalli pindkihi vahele. Alustasime pindkihi struktuuri ning elektrilise kaksikkihi diferentsiaalmahtuvuse arvutusliku uuringuga vismuti, galliumi ja elavhõbeda pinnal vesilahustes. Saadud tulemused kinnitavad molekulide adsorptsiooni olulist rolli elektrilise kaksikkihi omaduste kujunemisel. Seejärel kogusime arvutuslikke andmeid metalli ja ioonse vedeliku pindkihi struktuuri kohta, ning uurisime kuidas see määrab pindkihi dipoolse ehituse ning diferentsiaalmahtuvuse. Kasutasime ioonse kaksikkihi mudelit, mis sobib nii vastasioonide adsorptsiooni tõttu tekkinud dipooli kui ka anioonide ja katioonide vastastikuste mõjutuste tõttu tekkinud dipooli kirjeldamiseks. Süsiniku pinnal paiknevat ioonpaari käsitlevas uuringus näitasime, et kovalentne side vähendab oluliselt dipoolmomenti väärtust ning potentsiaalilangust elektroodi–elektrolüüdi pindkihis, mille tulemusena suureneb elektrimahtuvus. EMImBF4 ioonassotsiaatide võrdlemisel kulla, vismuti ja süsiniku pinnal selgus, et elektrolüüdikihi dipool mõjutab oluliselt mahtuvuse elektroodi potentsiaalist sõltuvuse kõvera kuju. Põhimõtteline erinevus vesilahuse ja ioonse vedeliku elektrilise kaksikkihi omaduste vahel tuleneb nende molekulaarse ja ioonse struktuuri erinevusest. Esitatud andmed annavad kasulikku teavet vesilahuse ja ioonvedeliku adsorptsiooni kohta erinevatel metallidel. Teave nende tegurite vastastikuste mõjude kohta võib aidata leida seoseid metalli ja elektrolüüdi pindkihi struktuuri ning pindkihtide toimimise vahel energia muundamise ja salvestamise seadmetes.
Genomic imprinting in complex traits
(2018-05-17) Pervjakova, Natalia; Mägi, Reedik, juhendaja; Metspalu, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Juba 1980. aastate alguses läbi viidud katsed loomade rakutuumade siirdamisega tõid esile epigeneetilise nähtuse, mida hakati nimetama geneetiliseks vermimiseks (genomic imprinting). Selle fenomeni tõttu tekivad vanemaspetsiifilised erinevused geenide ekspressioonis. Diploidses organismis ekspresseeruvad tavaliselt mõlemalt vanemalt päritud geenikoopiad. Vermitud geenide puhul ekspresseerub ainult üks geenikoopia, samas kui teine koopia on inaktiveeritud. Nüüdseks on inimestel leitud juba peaaegu 150 vermitud geeni. Kuna geneetilise vermimise eeldused tekivad sugurakkudes, arvati pikka aega, et see muster püsib sarnasena kõikides kudedes. Uuemad tööd, milles on kasutatud inimeste ja katseloomade erinevaid rakke on siiski näidanud, et vermitud geenide ekspressioonimuster sõltub nii koest kui ka organismi arengujärgust. Enamik vermitud geene on leitud platsentast või embrüonaalsetest kudedest ning on vähe informatsiooni samade geenide ekspressioonimustrite kohta täiskasvanud organismi kudedes. Seetõttu on oluline uurida iga vermitud geeni vermimismudelit erinevates kudedes, et oleks võimalik hinnata selle geeni mõju haigusele. Käesoleva töö raames uurisime vermitud geenide ning nendega seotud kontrollregioonide metülatsioonimustreid, kasutades selleks täiskasvanud inimese somaatilisi kudesid. Koeproovide uurimisel leidsime, et vermitud geene iseloomustab promootori-spetsiifilises piirkonnas suurema arvu poolmetüleeritud nukleotiidide esinemine, mis võib viidata vanema-spetsiifilisele metülatsioonile. Lisaks tuvastasime, et ICR-id geeniregioonides, mis olid algselt vermitud sugurakkudes ehk ootsüütides ja spermatosoidides, võivad hiljem somaatilistes rakkudes oma poolmetüleeritud oleku kaotada. Hilisemad uuringud on seostanud poolmetüleeritud oleku kadu geenide bialleelse ekspressiooniga. Seetõttu on alust oletada, et, platsentas vermitud geenid võivad hilisemates arengustaadiumites omada bialleelset ekspressiooni.
Maikuu ilm on alati pirtsakas olnud
(Maaleht, 2018-05-17) Kallis, A.
Development of computational model for nuclear energy systems analysis: natural resources optimisation and radiological impact minimization
(2018-05-17) Auzans, Aris; Tkaczyk, Alan Henry, juhendaja; Vainikko, Eero, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Paljud riigid püüavad piirata kasvuhoonegaaside heitkoguseid ja püüavad keskenduda süsinikuvabadele energiaallikatele, mistõttu on tuumaenergia jätkuva arutelu teema, et laiendada kogu maailma energiatootmise segmenti ja katta baaskoormuse nõudeid. On vaja hinnangut turul pakutavatele uraanitarnetele ja vastavat ressursside optimeerimise konteksti, tegemaks otsuseid, mis mõjutavad tuumaenergia pikaajalist arengut, ning hoiatab poliitikakujundajaid võimalikest uraaniturul toimuvatest muutustest, et aidata teha tehnoloogilisi valikuid. Käesoleva töö eesmärgiks on demonstreerida ja katsetada arenenud simulatsioonimeetodeid ja kontseptsioone, et luua realistlikumaid kütusetsüklite simulaatoreid ja seeläbi luua otsusetegijatele vajalik abivahend. Lisaks lahendab töö optimeerimisparadigma, leidmaks soodsaima tuumakütusetsükli tehnoloogia, mis aitab säästa loodusvarasid, suudab minimiseerida kõrgetasemelist radioaktiivsete jäätmete mõju loodusele ja vähendades tuumamaterjalide levikust tulenevat