Sirvi Kuupäev , alustades "2018-06" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 15 15

Karyotype of the blastocoel fluid demonstrates low concordance with both trophectoderm and inner cell mass
(2018-06) Tšuiko, Olga; Zhigalina, Daria I.; Jatsenko, Tatjana; Skryabin, Nikolay A.; Kanbekova, Olga R.; Artyukhova, Victoria G.; Svetlakov, Anatoly V.; Teearu, Katre; Trošin, Aleksander; Salumets, Andres; Kurg, Ants; Lebedev, Igor N.
Objective To compare the genomic profiles of blastocoel fluid (BF), inner cell mass (ICM), and trophectoderm (TE) cells derived from the same blastocyst. Design Prospective study. Setting Academic and in vitro fertilization units. Patient(s) Sixteen donated cryopreserved embryos at blastocyst stage. Intervention(s) BF, TE, and ICM cells were retrieved from each blastocyst for chromosome analysis by means of next-generation sequencing (NGS). Main Outcome Measure(s) Aneuploidy screening and assessment of mosaicism in BF, TE and ICM samples with subsequent comparison of genomic profiles between the three blastocyst compartments. Result(s) Out of 16 blastocysts, 10 BF samples and 14 TE and ICM samples provided reliable NGS data for comprehensive chromosome analysis. Only 40.0% of BF-DNA karyotypes were fully concordant with TE or ICM, compared with 85.7% concordance between TE and ICM. In addition, BF-DNA was burdened with mosaic aneuploidies and the total number of affected chromosomes in BF was significantly higher compared with the TE and ICM. Conclusion(s) BF-DNA can be successfully amplified and subjected to NGS, but owing to increased discordance with ICM and TE, BF does not adequately represent the status of the rest of the embryo. To overcome biologic and technical challenges associated with BF sampling and processing, blastocentesis would require improvement in both laboratory protocols and aneuploidy calling algorithms. Therefore, TE biopsy remains the most effective way to predict embryonic karyotype, and the use of BF as a single source of DNA for preimplantation genetic screening is not yet advised.
Kaitseväe ajateenijate kehaline aktiivsus, alajäsemete vigastused ja põlveliigese valu: 2014-2016 aasta andmete analüüs
(Tartu Ülikool, 2018-06-01) Seppa, Andre
Aim: The aim of the study was to investigate physical activity, lower extremities injuries, and knee joint pain in conscripts as well as to find assosications between measured characteristics. Methods: Total 256 male conscripts aged of 18-27 of Kuperjanov Infantry Battalion, Estonian Defence Forces who entered military service in 2014 autumn (Oct. 2014), 2015 summer (Jul. 2015) and 2016 autumn (Oct. 2016) participated in the cross-sectional study used for this masters thesis. Questionaire for previous injuries of low extremities and sports related activity, Baecke habitual physical activity (PA) questionaire and Knee Injury and Osteoarthritis Outcome Score (KOOS) questionaire were used. Spearman’s correlation coefficients were calculated. Results: The Body mass index (BMI) of the conscripts was (mean±SD) 23,9±3,0 kg/m², BMI greater than 25 kg/m² was for 33,2%. 77,8% of conscripts participated in some sort of sports activity, mean period of sport activity was 6,6±3,9 year and training load was 7,5±5,5 hours per week. At least 48,4% of conscripts had one lower extremity injury before military service. Baecke questionaire PA work-related scores were 2,97±0,78; sport-related scores were 2,31±1,60; leisure time related scores were 3,07±0,62; total score was 8,50±1,92. KOOS questionaire mean scores were calculated for subscale of symptoms83,0±14,9; pain 87,6±15,1; function at activities of daily living (ADL) 91,5±12,1; sport 78,9±20,4; knee-related Quality of life (QOL) 80,0±19,0; total score was 86,6±13,4. Statistically significant association was found between low extremity injuries and sportsrelated PA scores, KOOS subscale of symptoms, pain and QOL scores. Conclusion: Results of the study demonstrated that 1/5 of conscripts were not involved in any kind of sports activity. Almost 50% of conscripts had injuries of lower extremities before military service. KOOS sport-related and QOL subscales’ scores were significantly lower compared to symptoms, pain and ADL related scores. Low extremity injuries were associated with sport-related PA, subjective estimation of knee joint related symptoms, pain and QOL. Key words: Conscripts, physical activity, knee joint pain, injuries of lower extremities, sport, leisure time physical activity.
Genomic imprinting in complex traits
(Tartu : University of Tartu Press, 2018-06) Pervjakova, Natalia
Soe ja kena kevade toob rõõmu meie südame
(Maaleht, 2018-06-07) Kallis, A.
Õppeaine “Tõenäosusteooria ja matemaatiline statistika” uurimine
(Tartu Ülikool, 2018-06-11) Rihkrand, Argo
Juunikuul on päris erinevad palged
(Maaleht, 2018-06-14) Kallis, A.
K-mer based methods for the identification of bacteria and plasmids
(2018-06-14) Roosaare, Märt; Remm, Maido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Mikroorganismid on Maad asustanud juba miljardeid aastaid ning neid leidub peaaegu kõikjal. Isegi meie oleme nendega lahutamatult seotud – baktereid elab nii meie nahal kui ka soolestikus. Osad bakteritest võivad aga olla patogeensed ja põhjustada haigusi. Näiteks oli keskajal suure hulga elanikkonnast tapnud Musta Surma põhjustajaks katkubakter Yersinia pestis. Tänapäeval aitavad meid bakterite vastu antibiootikumid, kuid järjest suurem probleem on antibiootikumiresistentsuse laialdane levik. Sellele aitavad kaasa plasmiidid – bakterites olevad DNA järjestused, mis on bakteri enda kromosoomist eraldiseisvad ning mida bakterid võivad kiirelt üksteisele edasi anda. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks oli luua bakterite ja plasmiidide tuvastamiseks meetodid, mis võimaldaksid töötada sekveneerimiskeskuste poolt toodetud toorandmetega. Ülesande lahendamiseks otsustasime kasutada k-meeridel põhinevat analüüsi. K-meer tähistab lühikest DNA juppi pikkusega k nukleotiidi. Pikema DNA järjestuse, näiteks bakterigenoomi, saab jagada lühemateks k-meerideks ning vaadelda seda kui k-meeride kogumit. Sellise lähenemise eeliseks on sõltumatus lugemi pikkusest – kõik lugemid sisaldavad k-meere ning analüüsides k-meeride hulki, on võimalik määrata algse proovi koostis. StrainSeeker on meie töögrupis loodud programm bakteritüvede määramiseks. Me arendasime välja uudse algoritmi, mis näitab proovis esineva bakteri eeldatavat asukohta kasutaja poolt ette antaval fülogeneetilisel puul. Lõime ka visuaalse kasutajaliidesega veebiserveri. Plasmiidide tuvastamiseks eeldasime, et plasmiidide arv bakteri rakus on tavaliselt suurem bakteri kromosoomi omast, seega võiks ka plasmiidi k-meeride keskmine esinemissagedus olla suurem kui bakteri kromosoomi k-meeride puhul. Me testisime oma programmi, mis sai nimeks PlasmidSeeker, nii simuleeritud kui ka reaalsete bakteri täisgenoomi sekveneerimisandmestikega, millede puhul oli teada proovide tegelik koostis. PlasmidSeeker leidis üles kõik proovides olnud plasmiidid ning määras täpselt ka nende koopiaarvu. Kokkuvõttes oleme oma tööga andnud panuse arvutuslikku mikrobioloogiasse, luues uued võimalused bakteriaalsete proovide analüüsiks.
Neurodevelopmental approach in the study of the function of Wfs1 and Lsamp, potential targets in the regulation of emotional behaviour
(2018-06-14) Tekko, Triin; Lilleväli, Kersti, juhendaja; Vasar, Eero, juhendaja; Palm, Kaia, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Psühhiaatriliste häirete kujunemises mängib olulist rolli aju areng. Geenid, mis osalevad emotsioonidega seotud ajupiirkondade arengus ja funktsioneerimises, on olulised psühhiaatriliste häirete seisukohalt. Wfs1 ja Lsamp geenid osalevad hirmu- ja ärevuskäitumise regulatsioonis. Wfs1 (Wolframi sündroom 1), nagu nimigi ütleb, on seotud samanimelise haruldase sündroomiga, mille sümptomid on diabetes insipidus, diabetes mellitus, nägemisnärvi kärbumine ja sensorineuraalne kurtus, sageli kaasnevad ka psühhiaatrilised häired. Wfs1 valk mängib olulist rolli insuliini sekretsioonis ja pankrease β-rakkude ellujäämise tagamises, selle funktsioonist ajus on vähem teada. Lsamp (limbilise süsteemiga seotud membraanivalk) osaleb neuriitide väljakasvu, aksonite sihtmärgini jõudmise ja sünaptogeneesi reguleerimises. Lsamp geenil on kaks evolutsiooniliselt konserveerunud alternatiivset esimest eksonit koos eraldi promootoritega, sellise struktuuri funktsionaalne tähtsus on teadmata. Nii Wfs1 kui Lsamp geeni puhul on näidatud kindlate alleelide seotust meeleolu- ja ärevushäirete, skisofreenia ja suitsidaalsusega. Enda doktoritöös uurisin Wfs1 ja Lsamp`i funktsiooni arengulisest vaatevinklist. Selgus, et Wfs1 ekspressioon on evolutsiooniliselt konserveerunud dopamiinergilist sisendit saavates ajupiirkondades, ning et Wfs1 suhtes puudulike hiirte hipokampuses on D1-tüüpi dopamiini retseptorite hulk suurenenud. Arengu käigus ekspresseerus Wfs1 ajutiselt paljudes ajupiirkondades; see laialdane ekspressioon polnud seotud arengulise endoplasmaatilise retiikulumi stressi vastuse regulatsiooniga, mis on üks Wfs1 põhilisi funktsioone täiskasvanud organismis. Lsamp`i puhul näitasime, et selle alternatiivsed promootorid on aktiivsed erinevate funktsioonidega ajupiirkondades: 1a-promootor on põhiline limbilises süsteemis, samas kui 1b-promootori aktiivsus piiritleb sensoorseid juhteteid. Lsamp`i promootorite aktiivsus hiirte hipokampuses, ventraalses striatumis ja temporaalsagaras korreleerus sotsiaalse- ja ärevusega seotud käitumise näitajatega. Saadud tulemused aitavad paremini mõista Wfs1 ja Lsamp`i rolli psühhiaatriliste häirete väljakujunemises ning näitavad suunda edasisteks uuringuteks.
Crystal structure-guided development of bisubstrate-analogue inhibitors of mitotic protein kinase Haspin
(2018-06-14) Kestav, Katrin; Lavõgina, Darja, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Rakujagunemine (sh mitoos) on ülitäpselt reguleeritud teatud ensüümide – proteiinkinaaside – koostöö poolt. Rakutsükli regulatsioonis oluliste proteiinkinaaside aktiivsuse muutumisel võivad rakud hakata kontrollimatult jagunema ning tagajärjeks on erinevate haiguste teke, millest tuntuimad on vähkkasvajad. Sellest lähtuvalt püütakse arendada ühendeid (inhibiitoreid), mis suudaksid kontrollida proteiinkinaaside aktiivsust ning oleksid kasutatavad vähivastaste ravimitena. Paralleelselt ravimiarendusega on oluline välja töötada lihtsasti kasutatavaid, kiireid ning täpseid diagnostilisi vahendeid, mis võimaldaksid määrata proteiinkinaaside kui biomarkerite hulka eri kudedes, sh kehavedelikes, ning seeläbi diagnoosida haigusi juba võimalikult varajases etapis. Proteiinkinaas kui ensüüm on ruumiline molekul, milles paiknevad teatud keemilise koostise ja kujuga „taskud“, kuhu saavad seostuda erinevad ühendid (sh inhibiitorid). Inhibiitorite disainil soovitakse konstrueerida sobiva kujuga ühend, mis sobituks võimalikult täpselt ensüümil oleva(te)sse „tasku(te)sse“. Selle tulemusel on võimalik saada kõrge: • afiinsusegasega (st tugeva seostumisvõimega just temale mõeldud „taskusse“, kusjuures mida täpsemalt ühend „taskusse“ paigutub, seda kauem ta seal püsib ja seda suurem on mõju) ja • selektiivsusega ühendeid (tunneb teiste seast ära just temale mõeldud „tasku“; siinjuures vajab ära märkimist, et inimorganismis on kokku 538 erinevat proteiinkinaasi). Antud uurimistöös võeti sihtmärgiks proteiinkinaas Haspin, mida on suhteliselt vähe uuritud, kuid on näidatud tema olulisus rakujagunemise regulatsioonis. Doktoritöö käigus arendati bisubstraatseid inhibiitoreid Haspinile, mille puhul ühendati linkeriga kaks erinevat Haspiniga seostuvat fragmenti (omavad ensüümil erinevaid „taskuid“ seostumiseks). Töö kõige silmapaistvamaks tulemiks on väga kõrge afiinsusega ning selektiivsusega (võrreldes teiste proteiinkinaasidega) Haspinile suunatud bisubstraatsed inhibiitorid. Lisaks sellele suudavad uudsed ühendid olla Haspiniga seotud mitmeid tunde, pikendades seeläbi oma mõju ensüümi aktiivsusele. Arendatud ühendite väljundiks on nende kasutamine Haspini signaaliradade uurimisel ja mõjutamisel ning Haspini kui potentsiaalse biomarkeri määramisel diagnostikas.
Õiguse kuritarvitamise keelamise põhimõte: Euroopa Kohtu seisukohtade mõju liikmesriigi maksuõigusele
(2018-06-15) Grauberg, Tambet; Kull, Irene, juhendaja; Lehis, Lasse, kaasjuhendaja; Tartu Ülikool. Sotsiaalteaduste valdkond
Dissertatsiooni keskseks küsimuseks on liikmesriigi võimalused tõkestada õiguse kuritarvitamist üldise põhimõtte abil, et leida tasakaal üksikisiku eneseteostamise vabaduse tunnustamise ja ühetaolise maksustamise vahel, s.o maksukohustuse vältimise tõkestamiseks. Maksukohustuslane on õigustatud saama teatud maksusoodustusi ja võib seejuures tegevuse planeerimisel maksustamise eeliseid ära kasutada. See on lubatud käitumine, mida riigi poolt aktsepteeritakse. Õiguskindluse põhimõtte kohaselt peavad õigusnormid olema õiguse subjektidele ettenähtavad, et maksumaksjal oleks võimalik teha maksustamise aspektist vaadatuna enda jaoks parim valik. Probleemid on seotud küsimusega, kuidas piiritleda lubatud maksude planeerimisest maksude vältimist, kui isik on teadliku tegevuse tulemusena loonud endale tingimused maksukohustuse vähendamiseks. Maksukohustuslase õigustatud ootusele korreleeruvad aga teised maksuõiguses olulised, kuid maksukohustuse ulatust mõjutavad põhimõtted – maksevõimelisuse põhimõte, ühetaoline ja võrdne maksustamine. Autor jõudis järeldusele, et maksude vältimise tõkestamise üldreegli kohaldamisel tuleb riigil arvestada õiguse kuritarvitamise keelamise põhimõttest tuletatavaid nõudeid maksude vältimise tõkestamiseks. Seaduslikkuse põhimõttest tulenevalt peavad maksumeetmed, mis tekitavad isikutele kohustusi, tulenema seadusest või kohtupraktikas omaks võetud tõlgendamise põhimõtetest. Mõlemal juhul seab reegli kohaldamisele piiranguid teised olulised põhimõtted, sh proportsionaalsuse ja EL õiguse tõhususe põhimõtted. Euroopa Kohtu poolt tunnustatud õiguse kuritarvitamise keelamise üldpõhimõtte järgi ei saaks maksumaksja otsustada enda maksukohustuse ulatuse üle, kuid võib oma majandustegevuse tehingulise ülesehituse raames arvestada maksustatavate asjaoludega, kui sellega ei kaasne seadusega vastuolus olevat maksueelist
Н. С. Гумилев — критик поэтов-символистов: динамика оценок и эволюция критического языка
(2018-06-26) Чабан, Александра; Пильд, Леа, juhendaja; Лейбов, Роман, juhendaja; Tartu Ülikool. Humanitaarteaduste ja kunstide valdkond
Nikolai Gumiljovi nimi oli aastakümneid Nõukogude Liidus keelu all ning tema loomingu uurimine Venemaal sai võimalikuks alles 1980-ndate lõpus, 1990-ndate aastate alguses. Samal ajal on Gumiljovi kirjanduslik ja eriti kriitikaalane tegevus tihedalt seotud vene modernismi arenguloogikaga ning selgitavad hõbeajastu vene kriitika arengut. Väitekirjas uuritakse sümbolistiliku luule (V. Brjussovi, F. Sologubi, A. Belõi, A. Bloki ja Vjatšeslav Ivanovi) hinnangute dünaamikat Gumiljovi kriitikas ning tema kriitikakeele arengu aspekte. Gumiljovi tähtsaim töö „Kirjad vene luulest“ (1908 – 1916) demonstreerib, kuidas toimub üleminek sümbolistlikult kriitikalt akmeistlikule. Gumiljovi retsensioonide sukeldumine sümbolistlikkusse kriitikasse võimaldab näha, et poeedist kriitiku positsioon ei kujutanud endast kogu tema kriitilise tegevuse jooksul kunagi autonoomset suletud süsteemi, mis keskendunuks vaid akmeismieelsete või akmeismijärgsete ülesannete lahendamisele. Gumiljovi kirjanduslik hoiak oli püsivalt evolutsioneerudes alati tihedas ja dünaamilises seoses laia ringi tema jaoks autoriteetsete tekstidega, milleks olid eelkõige V. Brjussovi, I. Annenski, A. Belõi ja A. Bloki kirjanduskriitilised tekstid. Gumiljovi arvustuste kõrvutamine tema jaoks kõige tähtsamate sümbolistlike kriitikute retsensioonidega näitab, et tema retsenseerimisvõtete lätteks polnud mitte ainult „vanemate“, vaid ka „nooremate“ sümbolistide arvustused. Väitekirjas tehtud vaatlused muudavad traditsioonilist arusaama Gumiljovi kriitilisest keelest, kuna annavad tõendust nooremate sümbolistide (eelkõige A. Belõi) olulisest mõjust literaadi kriitilise meetodi kujunemisele.
The procedure of guided core reflection for supporting the professional development of novice dance teachers
(2018-06-26) Sööt, Anu; Leijen, Äli, juhendaja; Anttila, Eeva, juhendaja; Tartu Ülikool. Sotsiaalteaduste valdkond
Sarnaselt teistele haridusdistsipliinidele, seisab kaasaegne tantsuharidus uute väljakutsete ees, otsides sobivaid formaate, strateegiaid ja metoodikaid. Ühelt poolt on tantsuharidus seotud suurenenud vajaduse ning teadlikkusega liikumisharrastuse olulisest rollist tänapäevase ühiskonna füüsiliselt passiivse eluviisi juures. Teisest küljest annab tants kui emotsiooni väljendus võimaluse kogeda kunstilist eneseväljendust. On tantsustiile, mis kalduvad pisut enam liikumise kui spordi või liikumise kui kunsti poole. Kuid üks ja ühine taotlus/soov on neil mõlemal poolel – vajadus analüüsiva, mõtestava, reflekteeriva tantsuõpetaja järele. Tantsuhariduse pedagoogiline praktika tõdeb küll refleksiooni olulisust erinevatel õpetamis- ja õppimistasanditel, kuid jätkuvalt on vähe arusaamist refleksiooni meetoditest ja fookusest. Käesoleva tööga otsiti sobivamat käsitlust ja protseduuri refleksiooni toetamiseks algaja tantsuõpetaja hariduses, mis võtaks arvesse erialaspetsiifikat. Nii oli käesoleva uurimistöö eesmärk i) anda ülevaade refleksiooni eesmärkidest, fookusest ja protsessidest algajate tantsuõpetajate koolitamise kontekstis; ii) uurida, kuidas refleksiooni kõige tulemuslikumalt algajate tantsuõpetajate koolitamisel kõrgkoolitasandil rakendada; iii) luua refleksioonimudel, mis toetaks algajaid tantsuõpetajaid ja hinnata, kuidas loodud mudel toimib ning milliseid tulemusi annab. Eesmärkide alusel püstitatud uurimisküsimustele vastamiseks viidi läbi kolm empiirilist uuringut, mille jaoks disainiti suunatud sügava refleksiooni 3-etapiline protseduur, viidi läbi erinevad refleksiooniprotseduurid, lisati protseduurile erialaspetsiifiline vaatenurk. Kokkuvõtlikult võib välja tuua, et käesoleva doktoritöö panus tantsuhariduse valdkonda on: 1) sügava refleksiooniprotseduuri, suunatud refleksiooni mudeli ja somaatlise vaatenurga seostamine ja selle alusel senini valdkonnas puudu olnud suunatud sügava refleksiooniprotseduuri metoodilise juhendi loomine, mis loob võimaluse arendada terviklikku ja reflektiivset lähenemist õpetajakoolituses; 2) juhendaja sekkumiste rolli teadvustamine refleksiooniprotsessi läbiviimisel; 3) õpetaja tegutsemise tasandite ja argumentatsiooni tasandite seostamine ja võrdlev uurimine, mis annab võimaluse toetada algaja õpetaja professionaalset arengut.
Biotic interactions affecting habitat use of myrmecophilous butterflies in Northern Europe
(2018-06-26) Vilbas, Margus; Esperk, Toomas, juhendaja; Teder, Tiit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Sinilibliklased on päevaliblikate sugukond, mille röövikutest valdav osa assotsieeruvad mingil eluetapil sipelgatega (mürmekofiilia). Enamasti produtseerivad röövikud sipelgatele suhkrurikast nektarit ning sipelgad omakorda kaitsevad neid kiskjate ja parasitoidide eest. Kui üldiselt on suhted vastastikku kasulikud (mutualistlikud) ning sipelgate kohalolu ei ole liblikate ellujäämiseks tingimata vajalik, siis osade liikide jaoks on sipelgaseoselisus eluliselt oluline (obligatoorne mürmekofiilia). Eestis on selliseid liike neli: ogasäär- ja mesika-sinitiib ja nõmme- ja soo-tähniksinitiib. Ogasäär- ja mesika-sinitiib on ainsad obligatoorselt mutualistlikud päevaliblikad Euroopas. Mõlemad liigi röövikud toituvad paljudel erinevatel toidutaimedel (polüfaagid) ning assotsieeruvad samal ajal vastavalt murelaste ja kuklastega. Tähniksinitiivad aga on niivõrd spetsialiseerunud, et pärast kindlal toidutaimel veedetud aega infiltreeruvad nad sipelgavastset teeseldes (kasutates keemilist varjestust) sipelgakolooniasse, kus nad viimaste sotsiaalse parasiidina (manipuleerivad sipelgaid end toitma; soo-tähniksinitiib) või suisa neist toitudes (nõmme-tähniksinitiib) valdava osa oma röövikuelust mööda saadavad. Sipelgakoloonias olles pakuvad liblikaröövikud oma võõrustajaile suhkrurikast nektarit, millest sõltuvuses töölisipelgatest orjad uue doosi ootuses liblikate käske täidavad. Kusjuures iga tähniksinitiib jääb enamasti suurema tõenäosusega ellu ühe kindla sipelgaliigi kolooniates (tähniksinitiivad on eranditult seotud rautsikutega). Oma keerulise elukäigu tõttu on tähniksinitiivad sattunud mitmel pool väljasuremisohtu. Nõnda on ka soo-tähniksinitiib ainus „kriitiliselt ohustatud“ ja reaalselt väljasuremisohus olev päevaliblikaliik Eestis. Nagu liblikad üldiselt, vajavad obligatoorsed mürmekofiilid eelkõige sobivat toidutaime, ent võtmetähtsus nende imeliste olendite jätkusuutlikul kaitsel lasub eelkõige nende sipelgatest peremeeste olemuse ja eripärade välja selgitamisel.
The relationship between competitive behaviour and the frequency and identity of neighbours in temperate grassland plants
(2018-06-26) Abakumova, Maria; Zobel, Kristjan, juhendaja; Semchenko, Marina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Taimed on paikse eluviisiga ning võivad reageerida välistingimustele morfoloogilise plastilisuse abil. Plastilised reaktsioonid ilmnevad mitte ainult eluta loodusele, vaid ka naabertaimede identiteedile (liigikaaslastele või teiste liikide esindajatele, sugulastele või mittesugulastele). Koosluses toimuvad evolutsioonilised protsessid võivad vormida taimeliigi plastilisust juhul kui paljude põlvkondade jooksul ümbritsevad taimeliiki teatud identiteediga naabrid. Minu doktoritöö aluseks oli meeskonnatöö, milles uuriti seitset Eesti poollooduslikku niitu ja viidi läbi suur potikatse. Töörühma liikmena leidsin, et uuritaval taimeliigil on suurim plastilisus kui kaks naabritüüpi (liigikaaslased ja teise liigi esindajad, sugulased ja mittesugulased) on koosluses tavalised ja ümbritsevad liiki sarnase sagedusega. Samuti leidsin, et taimed võivad hoiduda konkurentsist lähisugulastega ja olla mittesugulaste suhtes agressiivsemad. Siiski rohumaa liikide seas pole sugulaste äratundmist lihtne tuvastada. Selle ilmnemine sõltub paljudest tegurites, sealhulgas naabrite kasvutihedusest. Katsest selgus, et taimede konkurentne käitumine teisest liigist naabrite suhtes oli seotud liigi paljunemis- ja levimisstrateegiaga. Seemnetega paljunevad ja kaugele levivad liigid (näiteks liblikõielised) omasid tugevamat konkurentsivõimet. Samas vegetatiivselt paljunevad liigid, mis paigutavad tütarvõsusid lähestikku ja enamasti puutuvad kokku sama liigi esindajatega, olid teiste liikide suhtes nõrgad konkurendid. Kokkuvõtvalt võib öelda, et taimeliigid kasvasid kõige paremini nende naabritega, kellega nad sageli kohtusid oma kodukoosluses. Igal kooslusel on oma kujunemislugu ja evolutsioonilised mehhanismid, mis mõjutavad taimede ruumilist paigutust, konkurentsi ning püsisuhteid naabritega. Taimede võime ära tunda oma naabreid ja reageerida neile rohkem või vähem agressiivsel moel sõltuvalt liigi paljunemisstrateegiast avardab meie arusaamist nende keerukast käitumisest.
Global patterns of genetic diversity and phylogeography of Echinococcus granulosus sensu stricto – a tapeworm species of significant public health concern
(2018-06-29) Kinkar, Liina; Saarma, Urmas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Tsüstiline ehhinokokoos (CE) on haigus, mida põhjustavad Echinococcus granulosus sensu lato (s. l.) kompleksi kuuluvad paelussid. Sellesse kompleksi kuuluvate liikide hulgas on E. granulosus sensu stricto (s. s.) eriti oluline, olles ülemaailmselt kõige laialdasemalt levinud ning ka kõige sagedasem CE tekitaja inimesel. Kuigi liigi geneetilise struktuuri mõistmiseks oli läbi viidud mitmeid uurimustöid, esines olulisi lünki, kuna siiani oli kasutatud lühikesi mitokondriaalseid (mtDNA) järjestusi. Esiteks oli üheks kõige olulisemaks probleemiks E. granulosus s. s. mitokondriaalsete genotüüpide olemasolu ning eristamine. Teiseks, kuigi oli välja pakutud, et G1–G3 on mitogenoomi geneetilise sarnasuse alusel üks liik, ei olnud seda teaduslikult näidatud. Kolmandaks, senised geneetilise mitmekesisuse ning fülogeograafia analüüsid ei olnud võimaldanud mõista detailseid globaalseid mustreid vähese fülogeneetilise eristusvõime tõttu. Käesolevas doktoritöös analüüsiti ülemaailmselt kogutud parasiidiproove sekveneerides mitokondri genoomi pea täies pikkuses ning kaasates analüüsi ka mitmed tuumalookused. Esiteks tegime kindlaks, et E. granulosus s. s. koosneb kahest mitokondriaalsest genotüübist G1 ning G3 ja näitasime, et G2 ei ole eraldi genotüüp. Teiseks tegime kindlaks, et G1 ning G3 võib lugeda üheks liigiks. Kolmandaks näitasime, et genotüüpide G1 ja G3 geneetiline mitmekesisus on kõrge ning globaalsed alampopulatsioonid on geneetiliselt vähe diferentseerunud. Seda on suure tõenäosusega mõjutanud intensiivne ülemaailmne loomakaubandus ning -transport. Fülogeograafilise analüüsi tulemused näitasid, et E. granulosus s. s. üheks olulisemaks ekspansiooni keskpunktiks on olnud Lähis-Ida piirkond, mis on hästi tuntud lamba, veise ja kitse kodustamise piirkonnana – kõik need liigid on ka olulised E. granulosus s. s. vaheperemehed. Antud doktoritöö on aluseks tulevastele E. granulosus s. s. genotüüpide leviku, geneetilise mitmekesisuse ning fülogeograafia alastele analüüsidele.