Sirvi Kuupäev , alustades "2019-04" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 11 11

Universitas Tartuensis : UT : Tartu Ülikooli ajakiri nr 4
(Tartu : Tartu Ülikool, 2019-04) Merisalu, Merilyn, toimetaja
Avatud juurdepääsu ja avaandmete nõuded ning nende järgimine H2020 projektides. Andmehaldusplaan
(Tartu Ülikooli raamatukogu, 2019-04-04) Tarkpea, Tiiu; Sipria-Mironov, Elena; Lembinen, Liisi
Aprill on nagu pirtsakas naine – vahel kena, vahel kole, vahel koguni ohtlik
(Maaleht, 2019-04-04) Kallis, Ain
RNA fragmentation by MazF and MqsR toxins of Escherichia coli
(2019-04-04) Mets, Toomas; Kaldalu, Niilo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Bakterite elu on täis väljakutseid: nad peavad toime tulema ohtlike kemikaalide, vaenulike naabrite ja toitainete puudusega. Erinevate ohtude vastu võitlemiseks on bakteritel välja arenenud mitmed stressile reageerimise mehhanismid. Bakteriaalsed toksiin-antitoksiin süsteemid on väikesed parasiitsed üksused, millest mõned on rakud suutnud värvata stressivastuse radadesse. Nendelt geneetilised üksustelt toodetakse raku kasvu pärssivat toksilist valku ja seda inaktiveerivat antitoksiini. Kuna antitoksiinid on ebastabiilseid tuleb neid stabiilsete toksiinide kontrolli all hoidmiseks pidevalt juurde toota. Seega, kui moodul peaks kaotsi minema või antitoksiinide tootmine on takistatud, vabanevad toksiinid ning pärsivad rakkude kasvu. Stressivastuses osalevaid toksiine peetakse peamiselt kasvuregulaatoriteks, mis vastusena kahjulikele teguritele vähendavad rakkude metaboolset aktiivsust. Hiljutised uurimused väidavad, et osadel toksiin-antitoksiini süsteemidel on rakus keerukam funktsioon - nad reguleerivad spetsiifiliste geenide avaldumist. Selle kõige silmapaistvamaks näiteks on Escherichia coli endoribonukleaasist toksiin MazF, mis arvatakse erinevate stresside korral ümberprogrammeerivat kogu raku translatsioonilise masinavärgi. Spekuleeritakse, et MazF muudab ribosoomide translatsioonilist eelistust eemaldades 16S rRNA küljest anti-Shine-Dalgarno järjestuse. Sellised ribosoomid arvatakse transleerivat kärbitud 5’ otstega stressiga seotud geenide mRNA-sid, mis on samuti MazFi poolt tekitatud. Me uurisime RNA lõikamist MazFi ja teise endoribonukelasse toksiini, MqsRi, poolt Escherichia colis ning ei näinud mingeid tõendeid, mis toetaks sellist keerukat translatsiooni ümberprogrammeerimise mehhanismi. Me näeme, et MazF ja MqsR käituvad ainult kui kasvupärssijad, mis lõikavad kõike kättesaadavat struktureerimata RNA-d. Traditsiooniliselt peetakse Escherichia coli endoribonukleaasidest toksiine ainult mRNA lagundajateks, kuid meie andmed viitavad sellele, et kasvu pidurdatakse ka läbi prekursor rRNA-de lagundamise.
Radiological assessment of the Bayer process
(Minerals Engineering, 2019-04-13) Goronovski, Andrei; Vind, Johannes; Vassiliadou, Vicky; Panias, Dimitrios; Tkaczyk, Alan Henry
Naturally occurring radionuclides were studied through the Bayer process by calculating their mass flows. Aluminium of Greece (AoG) provided sample materials and plant data from several process stages. Measurements of radionuclide concentrations were carried out by gamma-ray spectroscopy. The performed measurements show that in the specific case of the AoG plant, the majority of the natural radionuclides were introduced with karst bauxites, which showed higher activity concentrations for nuclides compared to lateritic bauxites. Most of these nuclides accumulated in the bauxite residue, while only a minor portion of uranium isotope 238U was found in alumina, corresponding to 3% of its input value. Uranium was observed to partially dissolve in the process liquors similarly to 40K, whereas the latter was not associated with aluminium hydroxide. All the materials studied in the current research work had radionuclide concentrations well below the exemption limits set by EURATOM Basic Safety Standard, indicating that these naturally occurring radionuclides do not pose a radiological hazard for workers of the AoG plant or the public.
A framework for mobile web of things
(2019-04-15) Liyanage, Mohan; Srirama, Satish Narayana, juhendaja; Chang, Chii, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Internet on oma arengus läbi aastate jõudnud järgmisse evolutsioonietappi - asjade internetti (ingl Internet of Things, lüh IoT). IoT ei tähista ühtainsat tehnoloogiat, see võimaldab eri seadmeil - arvutid, mobiiltelefonid, autod, kodumasinad, loomad, virtuaalsensorid, jne - omavahel üle Interneti suhelda, vajamata seejuures pidevat inimesepoolset seadistamist ja juhtimist. Mobiilseadmetest nagu näiteks nutitelefon ja tahvelarvuti on saanud meie igapäevased kaaslased ning oma mitmekülgse võimekusega on nad motiveerinud teadustegevust mobiilse IoT vallas. Nutitelefonid kätkevad endas võimekaid protsessoreid ja 3G/4G tehnoloogiatel põhinevaid internetiühendusi. Kuid kui kasutada seadmeid järjepanu täisvõimekusel, tühjeneb mobiili aku kiirelt. Doktoritöö esitleb energiasäästlikku, kergekaalulist mobiilsete veebiteenuste raamistikku anduriandmete kogumiseks, kasutades kergemaid, energiasäästlikumaid suhtlustprotokolle, mis on IoT keskkonnale sobilikumad. Doktoritöö käsitleb põhjalikult energia kokkuhoidu mobiilteenuste majutamisel. Töö käigus loodud raamistikud on kontseptsiooni tõestamiseks katsetatud mitmetes juhtumiuuringutes päris seadmetega.
On the coevolution of galaxies and their host clusters
(2019-04-15) Deshev, Boris Zhivkov; Finoguenov, Alexis, juhendaja; Tenjes, Peeter, juhendaja; Ziegler, Bodo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Galaktikad pole ruumis ühtlaselt jaotunud. Pidevalt mõjuva gravitatsioonilise tõmbe tõttu moodustavad nad erineva tihedusega struktuure: hiiglaslikke, väga väheste galaktikatega tühikuid; tühikuid ääristavaid “seinu”; seinte lõikumisjoont markeerivaid filamente; filamentide ristumiskohtades paiknevaid galaktikaparvi. Galaktikaparved võivad omakorda moodustada superparvi – suurimaid struktuure Universumis. Selles struktuuride võrgustikus toimub pidev areng, mille käigus galaktikagrupid ja väiksemad parved ühinevad suurematega. Omavahel võivad ühineda ka suured galaktikaparved. Vaatlusandmed näitavad, et erinevate struktuuride galaktiline koostis on erinev. Kõige hõredamates keskkondades domineerivad aktiivse tähetekkega spiraalgalaktikad, kuid suurte parvede siseosasid asustavad valdavalt tähetekketa elliptilised galaktikad. Seni ei ole täielikku selgust, milliste mehhanismide toimel on galaktikate tüüp ning tähetekke kiirus seotud keskkonnatihedusega. Käesolevas väitekirjas otsimegi seoseid galaktikate ja neid ümbritseva keskkonna arenemise vahel. Selleks analüüsime galaktikate tähetekke aktiivsust ühes kokkupõrkefaasis olevas galaktikaparves. Samuti uurime külma, tähetekkeks vajaliku gaasi sisaldust galaktikates, mis paiknevad ühes ebatavaliselt rohke tähetekkega galaktikaparves. Lõpuks võrdleme neid kaht parve suurema parvevalimiga, mille liikmed paiknevad meist ligikaudu samal kaugusel. Jõuame järeldusele, et sarnase massiga parvede põrkumise tagajärjel tähetekkeaktiivsus kahaneb. Samas võib põrke algfaasis tähetekkeaktiivsus lühiajaliselt ka suureneda. Näeme, et 2,5 miljardit aastat nooremana paistvate galaktikaparvede gaasisisaldus on sarnane praeguse Universumi parvede omaga, ning et aktiivse tähetekkega galaktikate suurem osakaal kaugetes galaktikaparvedes on tõenäoliselt seotud parvedest väljaspool toimuvate protsessidega.
Understanding the vicious circle of segregation: the role of leisure time activities
(2019-04-18) Kukk, Kristiina; Tammaru, Tiit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Migratsioon on globaalselt kasvamas ning see tõstatab teravalt küsimuse immigrantide integreerumisest sihtriigis. Sotsiaal-majanduslik ebavõrdsus kattub tihi kuuluvusega etnilisse vähemusse ning paneb aluse segregatsioonile kõigis eluvaldkondades. Käesolev väitekiri panustab paremasse arusaamisesse sellest, kuidas segregatsiooni toodetakse ja taastoodetakse erinevates eluvaldkondades keskendudes rahvuserinevustele vaba aja tegevustes. Väitekiri leiab vastused küsimusele, kuidas Nõukogude Liidust lahkumine ning sellega seosnevad sotsiaalsed muutused mõjutasid sotsiaalset ning etnilist ebavõrdsust ja segregatsiooni? Millised on erinevused eestlaste ja venelaste vaba aja tegevuste vahel? Kuidas on etnilised erinevused vaba aja tegevustes ajas muutunud? Ning kuidas on etniline eluaseme segregatsioon ja etniline segregatsioon vaba aja tegevustes omavahel seotud? Nendele küsimustele vastamiseks on kasutatud erinevaid andmeid: Euroopa riikide indeksid, Eesti rahva- ja eluruumide loendus, Aja kasutuse uuring ning süvaintervjuud. Peamised tulemused on järgnevad. Eestis tervikuna püsib etniline vaba aja segmentatsioon tugevalt, kuid ühe linna tasemel (Tallinn) on näha, et eestlased ja venelased on asunud tegema vabal ajal samu tegevusi. Samas, need tegevused leiavad endiselt aset erinevates asukohtades. Vaba aja segregatsioon ilmneb nii linnaosade lõikes, erinevate vaba aja asutuste lõikes ühes linnaosas ning ka ühe ürituse siseselt. Isegi kui leidub üritusi, kus nii eestlased kui ka venelased osalevad, kiputakse suhtlema oma rahvuskaaslastega. Sügavad ja tähenduslikud rahvusgruppide vahelised kontaktid toimuvad vaid eestlaste ning tugevalt assimileerunud venelaste vahel. Lühidalt, kuigi vaba aja segmentatsioon on kadunud, on etniline segregatsioon endiselt kõrgel tasemel ning see on seotud nii eelistustega kui ka eluaseme segregatsiooniga.
Päevitaja dilemma: kreemitada või mitte kreemitada?
(Maaleht, 2019-04-18) Kallis, Ain
The role of oxidative stress in Wolfram syndrome 1 and hypothermia
(2019-04-25) Porosk, Rando; Kilk, Kalle, juhendaja; Mahlapuu, Riina, juhendaja; Soomets, Ursel, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Wolframi sündroom on haruldane autosomaalne retsessiivne haigus, mida iseloomustavad juveniilne diabeet (magediabeet, tüüp I suhkrudiabeet), nägemisnärvi kahjustus, kuulmishäired, progressiivne neurodegeneratsioon, endokriinsed kahjustused ja psühhiaatrilised probleemid. Wolframi sündroom on põhjustatud mõlemas alleelis esinevatest mutatsioonidest WFS1 geenis, mille tõttu geeni produkt, wolframiin, ei oma enam tavapärast funktsiooni. Mutantse wolframiini puhul kuhjuvad voltumata valgud endoplasmaatilise retiikulumi luumenisse ning põhjustavad endoplasmaatilise retiikulumi stressi (ka oksüdatiivset stressi) ja sealse homoöstaasi häirumist ja apoptootilise raja käivitumist. Antud töö peaeesmärgiks oli kirjeldada Wfs1-defektiga (KO) hiire metaboloomi ning oksüdatiivse stressi taset erinevates kudedes (maks, süda, neerud ja pankreas) ja biovedelikes (veri ja uriin) enne ja pärast antioksüdantide manustamist. Lisaks analüüsida missugune on hüpotermia mõju glutatiooni (GSH) süsteemile erinevates rakuliinides. Selgus, et nooremad KO hiired kasutavad energia saamiseks eelkõige glükoosi, glükoneogeneesi ja anaeroobset glükolüüsi, kuid hilisemas vanuses kui haigus rohkem progresseerunud, eelistatult lipolüüsi. Lisaks esines noorematel KO hiirtel glükosuuria, mis tüüpiliselt diabeedi varajases staadiumis ei esine. Näitasime, et redutseeritud GSH kontsentratsioon on üldiselt KO hiirte kudedes madalam kui metsiktüüpi (WT) liigikaaslastel. Maksakoes siiski täheldasime mõningast GSH taseme tõusu noortel hiirtel, mis viitab GSH sünteesi intensiivistumisele stressitingimustes. Antioksüdantse ensüümi GSH peroksüdaasi aktiivsus oli südames ja maksas KO hiirtel kõrgem ja GSH reduktaasi aktiivsus madalam võrreldes WT hiirtega. Neerukoes oli mõlema ensüümi aktiivsus KO hiirtel kõrgem. Antioksüdantite manustamine parandas eelkõige GSH taset südames ja maksakoes ning suurendas vanematel ja vähendas noorematel hiirtel GSH süsteemi ensüümide aktiivsust. Hüpotermia-indutseeritud rakkudes on kõrgem totaalse GSH kontsentratsioon metsik-tüüpi hiire embrüonaalsetes fibroblastides ja HeLa rakkudes, kusjuures esimestes vähenes oksüdeeritud GSH tase ja teises jäi see muutumatuks.
Profiling of DNA methylation patterns as biomarkers of human disease
(2019-04-29) Modhukur, Vijayachitra; Vilo, Jaak, juhendaja; Rajashekar, Balaji, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
DNA-s sisalduv geneetiline informatsioon annab vajalikud juhised organismi kasvuks ja arenguks. Lisaks DNA nukleotiidsele järjestusele mõjutavad neid protsesse ka DNA-s esinevad modifikatsioonid. Enim uuritud DNA modifikatsioon on DNA metülatsioon, mis tähendab metüülrühma lisamist tsütosiini külge. DNA on tihtilugu metüleeritud regiooniti, moodustades niinimetatud metülatsioonimustreid. Need “mustrid“ osalevad geeniekspressiooni regulatsioonis, lülitades teatud rakkudes geene sisse ja välja või kohandades nende aktiivsust. On oluline märkida, et DNA metülatsioon on tugevalt mõjutatud keskkonnateguritest, nimelt vastavalt keskkonnatingimustele võidakse teatud regioone metüleerida või vastupidi, metüülrühmi eemaldada. Seega on DNA metülatsioon üheks vahelüliks geneetika ja keskkonna vahel. Paljud neist “mustritest“ on omased tavalistele bioloogilistele protsessidele, kuid leidub ka selliseid, mis viitavad haiguse olemasolule. Näiteks on spetsiifilisi metülatsioonimustreid täheldatud diabeedi, neuroloogiliste häirete ja vähi puhul. Seetõttu peetakse neid “mustreid“ ka headeks biomarkeri kandidaatideks, sobides iseloomustama näiteks teatud haiguste kulgu. Käesolev väitekiri keskendubki DNA metülatsiooni uurimisele erinevates kudedes ja seisundites, et leida potentsiaalseid biomarkereid. Selleks kasutati erinevaid bioinformaatika ja statistika meetodeid. Kokku viidi läbi kolm publitseeritud uuringut, mille käigus uuriti nii koe- kui endometrioosispetsiifilisi biomarkeri kandidaate kui ka DNA metülatsiooni muutusi emaka endomeetriumi embrüole vastuvõtlikuks muutumise perioodil. Lisaks arendati doktoritöö raames välja uudne ja kasutajasõbralik veebirakendus – MethSurv, mis kasutades suurprojekti “The Cancer Genome Atlas” (TCGA) andmeid, võimaldab kasutajal uurida vähipatsientide elumust konkreetse DNA metülatsioonil põhineva prognostiliste markeri põhjal.