Sirvi Kuupäev , alustades "2019-06-27" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 6 6

Developing Computational Solutions for Personalized Medicine
(2019-06-27) Reisberg, Sulev; Vilo, Jaak, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Kuigi meditsiin on alati põhinenud patsiendi ja arsti vahelisel individuaalsel suhtlusel, on viimasel aastakümnel, seoses digitaalsete geeniandmete mahu hüppelise kasvuga, tulnud laiemasse kasutusse mõiste “personaalmeditsiin”, mille sisuks on muuta haiguste ennetus ja ravi senisest efektiivsemaks, võttes muuhulgas arvesse infot iga patsiendi individuaalse geneetilise tausta kohta. Sulev Reisbergi doktoritöö on seotud personaalmeditsiini rakendamisega Eesti tervishoiusüsteemis, kasutades Eesti Geenivaramu geeniandmeid ning käsitledes suuremahuliste arvutustega seotud küsimusi. Polügeensed riskiskoorid on matemaatilised arvutusmudelid, mis isiku geneetilise info põhjal ennustavad, kas tal on madal, keskmine või kõrge geneetiline risk teatud haiguse tekkimiseks. Käesolev doktoritöö on üks esimesi, kus sõnastati probleem, et need mudelid sobivad eelkõige eurooplastele, kuid teisest populatsoonist pärit isikule antud haiguse riskihinnang võib olla väär. Farmakogeneetika on valdkond, mis uurib, millise kiirusega meie kehad omastavad ravimeid. Kuigi vastavat teadmust on juba üsnagi palju, puudus seni selge samm-sammuline otsustusloogika, mis kirjeldaks, kuidas isiku geeniandmetest jõuda konkreetse ravimikoguse soovituseni. Sulev Reisbergi doktoritöö raames loodi tarkvara, mis selle töö ära teeb ning mille abil koostati farmakogeneetilise info raportid 44 tuhandele geenidoonorile. Selgus, et tervelt 99,8% geenidoonoritel esineb niisuguseid geenivariante, mis nõuaksid mõne ravimi puhul koguse kohandamist. Selleks, et personaalmeditsiini lahendused jõuaks kliinilistesse protsessidesse, aga ka uute geenide ja haiguste vaheliste seoste uurimiseks, on tarvis need lahendused integreerida olemasolevate terviseinfosüsteemidega. Doktoritöös ühendati omavahel geeniandmed ja digitaalsed terviseandmed ning viidi läbi nn fenoomiülene assotsiatsiooniuuring. Uuringus vaadeldi, milliste muude haigustega on seotud geenimutatsioonid, mis varasemalt on seostatud astma ja maksahaigustega. Tänaseks on käivitunud riiklik projekt vajaliku IT-infratstruktuuri loomiseks, mis võimaldaks võtta Sulev Reisbergi doktoritöö tulemusi kasutusele igapäevases kliinilises praktikas.
Consonantal quantity systems in Estonian and Inari Saami
(2019-06-27) Türk, Helen; Lippus, Pärtel, juhendaja; Pajusalu, Karl, juhendaja; Tartu Ülikool. Humanitaarteaduste ja kunstide valdkond
Kolme pikkuskategooriaga konsonandikeskne vältesüsteem esineb väga vähestes keeltes, teadaolevalt ainult soome-ugri keeltes: eesti, liivi ja inarisaami keeles ning veel mõningates saami keeltes. Doktoritöö keskendub neist kahele – eesti ja inarisaami keelele, millest esimene kuulub soome-ugri keelte läänemeresoome ja teine saami keelterühma. Eesti keeles esineb keerukas kolmevältesüsteem, kus vastandus moodustatakse nii vokaalide, konsonantide kui ka mõlema põhjal. Inarisaami keeles leiab kolm pikkuskategooriat vaid konsonantide puhul, vokaalidel esineb kahene vastandus. Eksperimentaalfoneetiline väitekiri uurib, kuidas kolmene konsonandikeskne kvantiteedisüsteem nendes keeltes foneetiliselt avaldub kõnetaktis. Vaadeldakse omadusi, mis kolme väldet üksteisest eristavad. Teise suurema teemana käsitleb doktoritöö segmentaalse konteksti rolli eesti keele konsonandivälte avaldumisel. Töö tulemused näitavad, et kolme konsonandikeskset väldet eristab nii eesti kui ka inarisaami keeles konsonandi enda kestus, mis on suuremas vältes pikem. Keeltevahelised erinevused tulevad välja kategooriate omavaheliste kestussuhete kaudu: eesti keeles eristuvad teineteisest rohkem esimene ja teine välde, inarisaamis aga teine ja kolmas välde. Kui eesti keeles lüheneb konsonandile järgnev rõhutu silbi vokaal vastavalt konsonandivälte kasvades, siis inarisaamis lühenevad mõlemad, nii konsonandile eelnev rõhulise silbi vokaal kui ka sellele järgnev rõhutu silbi vokaal. Põhitoonikontuurid inarisaami eri struktuuriga kahesilbilistes sõnades märkimisväärselt ei varieeru, kuid konsonandivälte kasvades intensiivsuse väärtuste erinevus esimese ja teise silbi vokaali vahel suureneb. Samas eri vältes oleva vokaalidevahelise helilise konsonandi enda intensiivsus ei muutu. Põhitoon on eesti keeles oluline teise ja kolmanda välte eristamisel, kuid klusiilide puhul, kus põhitooni liikumist jälgida ei saa, on ka leitud, et välte tajumiseks piisab kestuslikest tunnustest. Doktoritöö eesti keele artikulatsioonikatse tulemused näitavad, et kolmese konsonandikeskse välte avaldumisel on oluline osa segmentaalsel kontekstil. Kui mõningate artikulatoorsete liigutuste puhul saab näha vältega seotud kolmeseid mustreid (huulte sulgemisliigutuse kestuses konsonandi hääldamisel, keeleliigutuste kestuses üleminekul konsonandile eelnevalt vokaalilt järgnevale), siis erineva sõnaalgulise konsonandi ja ümbritseva vokaalikonteksti tõttu esineb varieerumist, kus esimene ja teine välde vastanduvad kolmandale või vastandub esimene välde teisele ja kolmandale. Ka spontaankõne materjali põhjal tehtud akustiline analüüs näitas, et erinevate konsonantide puhul realiseerub kolmene välde mõnevõrra erinevalt ning sealjuures on oluline seos konsonandi ja seda ümbritsevate vokaalide omaduste vahel.
The prehistory of Estonia from a genetic perspective: new insights from ancient DNA
(2019-06-27) Saag, Lehti; Metspalu, Mait, juhendaja; Tambets, Kristiina, juhendaja; Kivisild, Toomas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Juba aastakümneid on populatsioonide demograafilist ajalugu vorminud protsesse uuritud tänapäeval elavate inimeste geneetiliste andmete abil. Viimase pea 15 aasta jooksul on sellesse valdkonda hakanud oluliselt panustama ka vana DNA uurimine. Tänapäevaseid genoome analüüsides on võimalik ennustada, millised protsessid ja millal populatsioone mõjutanud on. Vana DNA genoomid on seotud kindla aja ja kohaga minevikus, mis võimaldab neid ennustusi kontrollida ning leida populatsioone, millel tänapäeva genoomidesse panustada ei õnnestunud. Selle doktoritöö peamiseks teemaks on Euroopa ja täpsemalt Eesti demograafiline ajalugu. Nüüdisinimesed jõudsid Euroopasse umbes 45 000 aastat tagasi (a.t.). U. 8000 a.t. jõudis Euroopasse põlluharimine koos Lähis-Ida päritolu inimestega. Eesti erineb mõneti ülejäänud Euroopast – esimesed inimasustuse jäljed pärinevad jääajajärgsest perioodist u. 11 000 a.t., põlluharimine sai alguse alles u. 5000 a.t. nöörkeraamika kultuuri saabumisega ning tänapäeva eestlased, soomlased ja mõned väiksemad Ida-Euroopa ja Lääne-Siberi rahvad räägivad uurali keeli, mis pärinevad ilmselt Volga-Kama piirkonnast. Töö raames uuriti arheoloogia, lingvistika ja geneetika andmeid kõrvutades Eesti elanikke nooremast kiviajast tänapäevani laiemas Euraasia kontekstis. Selgus, et tänapäeva eestlaste genoom on kujunenud mitmete sisserännete tulemusena: küttimise-korilusega seotud kammkeraamika kultuuri Eestisse jõudmisega nooremal kiviajal kaasnes idapoolse päritoluga inimeste lisandumine läänepoolse geneetilise taustaga populatsiooni; u. tuhat aastat hiljem tõid nöörkeraamika kultuuri esindajad meie alale põlluharimisega koos Ida-Euroopa stepi aukhaudade kultuuri inimeste geneetilise komponendi; pronksiaegsete kivikirstkalmetesse maetute genoomides suurenes taas küttide-korilaste geneetiline panus; rauaajal ilmus tarandkalmetesse maetute genoomidesse Siberi geneetiline komponent, mis seob ka tänapäeva eestlasi teiste uurali keelte kõnelejatega Euroopas ja Siberis.
Bioinformatics approaches in personalised pharmacotherapy
(2019-06-27) Tasa, Tõnis; Vilo, Jaak, juhendaja; Milani, Lili, juhendaja; Metsvaht, Tuuli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Kogutavate terviseandmete hulk kasvab kiiresti. Tänu neile andmetele on meditsiinilise ravi pakkumisel võimalik senisest enam arvesse võtta individuaalseid bioloogilisi andmeid. See doktoritöö käsitleb mitmeid personaalses meditsiinis esinevaid probleeme ja näitab, et ravi individualiseerimiseks kasutatavad andmed tulevad väga erinevatest allikatest. Inimestevahelised erinevused teevad ravimite metabolismi ennustamise keerukaks, siiski on ravi käigus kogutavad kontsentratsioonimõõtmised ravimiefekti hindamisel heaks allikaks. Me arendasime välja täppisdoseerimise tööriista, mis võimaldab vankomütsiini ravil vastsündinutele määrata ravi tõhustavat personaalseid doose kasutades selleks nende endi ravi käigus kogutud kontsentratsioone. Suurema osa ravimiteraapiate puhul ei ole võimalik pidevalt ravimi kontsentratsioone koguda. Nende ülejäänud ravimite puhul on heaks informatsiooniallikaks geneetika. Paljude ravimimetabolismiga seotud geneetiliste variantide mõju on piisav, et tingida muutuseid ravi läbiviimisel. Me uurisime geneetika ja ravimite kõrvalmõjude omavahelisi seoseid kasutades rahvastikupõhist lähenemist. See toetus Eesti Geenivaramu geeniandmetele ja teistele laiapõhjalistele terviseandmete registritele. Me leidsime ja valideerisime seose, et CTNNA3 geenis olev geenivariant tõstab oksikaamide ravil olevate inimeste jaoks kõrvalmõjude sagedust. Arvutuslik geneetika toetub kvantitatiivsetele meetoditele, millest kõige levinum on ülegenoomne assotsiatsiooni analüüs (GWAS). Sagedasti kasutatav GWASi järelsamm on aega nõudev GWASist ilmnenud p-väärtuste visuaalne hindamine teiste samas genoomi piirkonnas olevate geneetiliste variantide kontekstis. Selle sammu automatiseerimiseks arendasime me kaks tööriista, Manhattan Harvester ja Cropper, mis võimaldavad automaatselt huvipakkuvaid piirkondi tuvastada ja nende headust hinnata.
Effects of perceived autonomy-supportive and controlling behaviour from physical education teachers on students’ psychological needs and health-related quality of life
(2019-06-27) Tilga, Henri; Hein, Vello, juhendaja; Koka, Andre, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Uuringud on näidanud õpilaste tervisealases elukvaliteedis langustendentsi. Õpilaste tervisealane elukvaliteet on oluline kuna see hõlmab selliseid tervisega seotud aspekte nagu kehaline, sotsiaalne, emotsionaalne ja akadeemiline suutlikkus. Koolikeskkond, sealhulgas õpetaja käitumine, võib omada õpilaste tervisealasele elukvaliteedile olulist mõju. Tuginedes enesemääratlemise teooriale, võib õpetaja käitumist üldises plaanis jagada õpilasi kontrollivaks ja neile autonoomsuse toetust pakkuvaks, mis mõlemad võivad mõjutada õpilaste tervisealast elukvaliteeti. Käesolev doktoritöö koosnes neljast uuringust. Esimeses uuringus töötati välja õpilaste tajutud kehalise kasvatuse õpetaja kognitiivset, protseduurilist ja organisatsioonilist autonoomsuse toetust hindav küsimustik. Teise uuringu tulemustest selgus, et kehalise kasvatuse õpetaja autonoomsuse toetuse tajumine omab õpilaste tervisealasele elukvaliteedile positiivset mõju ainult läbi psühholoogiliste vajaduste rahuldamise. Lisaks näitasid tulemused, et kehalise kasvatuse õpetaja kontrolliva käitumise tajumisel on negatiivne mõju õpilaste tervisealasele elukvaliteedile ainult läbi õpilaste vajaduste frustratsiooni. Kolmanda uuringu tulemustest selgus, et tajutud kehalise kasvatuse õpetaja kontrolliva käitumise ja õpilaste tervisealase elukvaliteedi vaheline kaudne negatiivne seos, vahendatuna läbi psühholoogiliste vajaduste frustratsiooni, ei erine oluliselt õpilastel, kes tajuvad õpetajapoolset autonoomsuse toetust kas madalalt, keskmiselt või kõrgelt. Selle tulemuse põhjal võib öelda, et õpetajapoolse autonoomsuse toetuse tajumine ei vähenda kontrolliva käitumise negatiivset mõju õpilaste tervisealasele elukvaliteedile. Esimese kolme uuringu tulemused olid aluseks veebipõhise sekkumisprogrammi koostamisel. Neljanda uuringu tulemustest selgus, et veebipõhine sekkumisprogramm oli efektiivne suurendamaks õpilaste tajutud õpetajapoolset kognitiivset, protseduurilist ja organisatsioonilist autonoomsuse toetust, samuti õpilaste autonoomsuse, kompetentsuse ja seotuse vajaduse tajumist. Samuti oli sekkumine efektiivne vähendamaks õpilaste tajutud õpetajapoolset hirmutamist ja autonoomsuse vajaduse frustratsiooni. Käesoleva uuringu tulemused näitasid, et kehalise kasvatuse õpetajatel on oluline pakkuda õpilastele kognitiivset, protseduurilist ja organisatsioonilist autonoomsuse toetust ja samuti on tähtis vähendada õpilaste suhtes kontrollivat käitumist.
Финно-угорский дискурс в эстонской этнологии (на примере исследования удмуртской культуры)
(2019-06-27) Карм, Светлана; Леэте, Арт, juhendaja; Tartu Ülikool. Humanitaarteaduste ja kunstide valdkond
Mis on soomeugrilisus ning milline on selle koht Eesti kultuuriajaloos ja etnoloogias? Milline on keelesuguluse kaal eesti rahvusluse ja rahvusliku identiteeti kujundamises? Kui nähtavad on soomeugrilased praegu ning mis roll on selles eestlastel? Doktoritöös käsitlen neid ja teisi küsimusi, mis on seotud kultuurilise ja uurimistegevusega, mis on ajendatud 18. sajandi lõpus avastatud soome-ugri keelte sarnasusest ja 19. sajandi rahvuslikust romantismist ning rahva mütoloogiseerimisest. Eesti keeles viitavad sellele ka sõnad hõimlus, hõimlased, hõimuvaim, hõimutöö ja hõimuharrastus. Neid protsesse iseloomustamiseks kasutan diskursuse mõistet, viitamaks kõigile teemat puudutavatele teadmistele ja praktikatele: kuidas neist asjust kirjutatakse, kõneletakse või mõeldakse; kuidas neid uuritakse ja representeeritakse ning kuidas tuuakse tähendusi. Aga ka sellele, kuidas diskursuse loodud teadmine seostub võimuga, konstrueerib identiteete ja määratleb seda, kuidas teatud asju konkreetsetel ajal, situatsioonides ja kohtades rakendatakse. Soome-ugri diskursuse taustal keskendun oma töös etnoloogia-alastele uuringutele. Eesti kontekstis tähendab „soome-ugri etnoloogia“ kõigepealt teiste soome-ugri ja samojeedi rahvaste kultuuride uurimist. Eesti etnograafia koos teiste distsipliinidega, mis on otseselt seotud Eesti ajaloo, eesti keele, kirjanduse ja kultuuri uurimisega, on ajalooliselt olnud osa rahvusteadustest. Soomeugrilaste uurimine on olnud aga oma rahva ja teiste rahvaste uurimise vahevormiks – soomeugrilasi ei ole eestlastega päris täielikult samastatud, aga neid ei peeta ka võõrasteks. Idapoolseid soome-ugri alasid on tajutud „teadusliku kolooniana“ ja „väikese rahva“ kultuurilise missiooni sümbolina. Lähtudes arusaamast, et ükski rahvuslik akadeemiline traditsioon ei ole täiesti iseseisev ja suletud oma kultuuriruumi, vaid potentsiaalselt avatud intellektuaalsele dialoogile ja vastastikustele mõjudele, vaatlen seda, kuidas on mõjutanud Eesti etnoloogiat teiste riikide rahvateadused. Otsin vastuseid ka küsimusele, kas ja milline on Eesti soome-ugri etnoloogia rahvuslik omapära, mis eristaks seda näiteks Venemaa, Ungari või Soome omast.