Sirvi Kuupäev , alustades "2022-07-19" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 3 3

Improving the personalized prediction of complex traits and diseases: application to type 2 diabetes
(2022-07-19) Pärna, Katri; Pagani, Luca, juhendaja; Marnetto, Davide, juhendaja; Snieder, Harold, juhendaja; Nolte, Ilja M., juhendaja; Fischer, Krista, juhendaja; Mägi, Reedik, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; University of Groningen
Tänapäeva maailmas on komplekshaigused üheks juhtivaks haigestumuse ja suremuse põhjuseks. Komplekshaigused tekivad mitmete geneetiliste ja mitte-geneetiliste (nt elustiili ja keskkonna) riskitegurite ning nendevaheliste keerukate koosmõjude tulemusel. Kuna need haigused põhjustavad terviseprobleeme ja on liigselt koormavad tervishoiusüsteemidele, siis otsivad teadlased lahendusi, kuidas neid haigusi avastada veel enne nende väljakujunemist. On teada, et erinevused geneetiliste komponentide ja elustiili osas põhjustavad haigusriski varieerumist inimeste vahel, mistõttu üheks lahenduseks selliste keerukate haiguste ennetamisel peetakse personaalset lähenemist, mis inimese geneetilise ja mitte-geneetilise info põhjal ennustaks tema haigusriski. Käesolevas väitekirjas käsitleti komplekshaigusena teist tüüpi diabeeti (T2D), mis tekib kõrge veresuhkru taseme korral ning põhjustab õigeaegse ja korrektse ravi puudumisel tüsistusi. T2D teadaolevateks riskiteguriteks on kõrgem vanus, madal kehaline aktiivsus, liigne kaloraaž, madal sotsiaalmajanduslik staatus, suitsetamine ja alkoholi tarvitamine. Geneetilisi riskitegureid ja nende seoseid elustiili ning keskkondlike riskiteguritega on küll uuritud, aga haiguse keerukuse tõttu pole täpseid toimemehhanisme veel välja selgitatud. Seetõttu uuriti käesolevas väitekirjas inimese genoomi, et mõista, kuidas paremini kasutada geneetilist informatsiooni T2D riski prognoosimiseks. Selleks kasutati polügeenset riskiskoori (PRS), mis summeerib inimese haiguse tekke geneetilise riski ja mille abil tuvastatakse juba praegu kõrgesse T2D riskirühma kuuluvaid indiviide. Siiski on veel mitmeid vastakaid seisukohti praeguseks väljatöötatud PRS-ide geneetilise riski hindamises. Näiteks ei pruugi PRS-i ennustustäpsus olla piisav või seda ei ole võimalik arvutada iga indiviidi jaoks sarnaselt, kuna iga genoom on mõjutatud suure hulga riskitegurite poolt, mis võivad erinevates populatsioonides erineda. Käesoleva väitekirja teadusartiklitel põhinevad viis peatükki keskendusid personaliseeritud T2D ennetuse parendamisele geneetiliste meetodite kaudu, PRS-i metoodiliste piirangute käsitlemisele ning epigeneetiliste riskitegurite rolli uurimisele T2D korral. Esimeses peatükis valideeriti kahes suures Euroopa biopangas PRS-meetodina topeltkaalutud geneetiline riskiskoor. Teises peatükis töötati välja uued PRS-meetodid, et parandada PRS-i ülekantavust neile indiviididele, kelle esivanemad pärinevad erinevatest populatsioonidest, kelle genoomid olid segunenud ja keda oli tänu uudsete geneetiliste meetodite kasutamisele võimalik uurida. Kolmandas peatükis uuriti PRS-i ülekantavust kahe Euroopa populatsiooni vahel, kus genoomid võivad erineda mitmete populatsioonispetsiifiliste tegurite tõttu. Neljandas peatükis testiti metülatsiooniskooride (MS) seost T2D ja selle glükeemiliste endofenotüüpidega, et teha kindlaks, kas epigeneetilised mehhanismid vahendavad keskkonna ja geeni-keskkonna koosmõjusid T2D tekkes. Viiendas peatükis anti ülevaade genoomika valdkonna viimastest arengutest ning nende rakendamise võimalustest personaalmeditsiinis just Eesti Geenivaramu näitel. Töö tulemused näitasid, et topeltkaalutud GRS töötas paremini kui traditsiooniline GRS. Uued PRS-id, mis kasutasid geneetilise lookuse kindlast populatsioonist põlvnemise hindamise meetodit, parandasid komplekstunnuste prognoosimise täpsust hiljuti segunenud indiviidide puhul, kes varasemalt jäeti geneetilistest uuringutest välja, kuid uudse PRS meetodi tõttu on võimalik neid nüüd kaasata personaalmeditsiini uuringutesse. Uudne populatsioonistruktuuri korrigeerimisviis geneetilistes analüüsides ei parandanud PRS ülekantavust kahe Euroopa kohordi vahel ja isegi traditsioonilise lähenemisviisiga saadud PRS sisaldas populatsioonistruktuuri. MS-id näitasid, et epigeneetika on võimalik molekulaarne vahelüli, mis peegeldab keskkonna ja elustiili mõju T2D-le ja selle endofenotüüpidele. Töö tulemused näitavad komplekstunnuste ja -haiguste personaalse ennetuse täpsema ja laialdasema rakenduse võimalikkust, mis viib meid sammu lähemale personaalmeditsiinile eesmärgiga pikendada inimeste tervena elatud aastate arvu.
Bacterial ribosome heterogeneity on the example of bL31 paralogs in Escherichia coli
(2022-07-19) Lilleorg, Silva; Liiv, Aivar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Selleks, et ellu jääda, kasvada ja paljuneda, vajavad organismid sadu erinevaid valke, mis toimivad struktuursete komponentide, ensüümide, signaalivahendajate, transpordi- ja säilitusmolekulidena. Lisaks sellele on elutähtis, et valgud oleksid funktsionaalsed sobivas koguses, õigel ajal ja vajalikus kohas – seetõttu on valgusüntees ja selle regulatsioon kesksemaid eluprotsesse. Kõiki valke sünteesivad ribosoomid, RNA-st ja valkudest koosnevad kompleksid. Bakteri ribosoom, selle doktoritöö uurimisobjekt, koosneb kolmest ribosoomi RNAst ja rohkem kui 50 ribosoomi valgust, mis jagunevad kahe subühiku vahel. Eksperimentaalselt on kindlaks tehtud, et nii päris- kui eeltuumsed organismid sisaldavad mõnevõrra erineva ülesehitusega ribosoome. Samas ei ole selle nähtuse – ribosoomide heterogeensuse – bioloogiline tähtsus teada. Käesoleva doktoritöö fookuses on soolekepikese (E. coli) teatud tüüpi ribosoomi valgud (paraloogid), millel on ühine eellane, kuid mis kodeerivad erinevaid valke. Küsimus on, kas E. coli ribosoomid on paraloogide poolest heterogeensed. Mis võiks olla sellise molekulaarse mitmekesisuse roll valgusünteesil ja bakterite kasvu jaoks? E. coli ribosoomide valgulise koostise analüüs tuvastas, et nii kiire kasvu korral kui statsionaarses kasvufaasis esinevad samaaegselt ribosoomi valkude paraloogide poolest heterogeensed ribosoomid. Kasvukatsed näitasid, et ribosoomi valk bL31 paraloogid (bL31A ja bL31B) on olulised, ent mitte samaväärsed bakterite kasvuks madalamatel temperatuuridel. Nimelt annab bL31A olemasolu bakterirakkudele kiire kasvu faasis kasvueelise võrreldes bL31B-ga. bL31A ja bL31B osalevad üksteisega samaväärselt optimaalse translatsiooni initsiatsiooni etapi kiiruse ja ribosoomi subühikute ühendamise tagamisel. Samas näitavad meie tulemused, et võrreldes bL31B-d sisaldavate ribosoomidega on bL31A-d sisaldavad ribosoomid protsessiivsemad ja teevad vähem vigu valgusünteesi käigus. Doktoritöö tulemused avardavad oluliselt teadmisi ribosoomide heterogeensusest bakterites ning ribosoomi valgu bL31 tähtsusest valgusünteesil.
Effects of specific inspiratory muscle warm-up on maximal inspiratory pressure, rowing performance, and VO kinetics
(2022-07-19) Arend, Mati; Mäestu, Jarek, juhendaja; Kivastik, Jana, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Võidu saavutamine tippspordis võib sõltuda mõnest kümnendiksekundist või sentimeetrist – otsustavaks teguriks võib saada treeningu professionaalne planeerimine pisiasjadeni, mis on vastavuses sportlase ja treeneri seatud eesmärkidega. Treenerid ja sportlased on pidevalt otsimas erinevaid võimalusi kehalise töövõime parandamiseks, mis võimaldavad treenida suurema mahu või intensiivsusega. Üheks täiendavaks treeningmeetodiks on pakutud spetsiifilist sissehingamiselihaste treeningvahendeid ning levinum vahend selleks on PowerBreathe®, mida käesolevas doktoritöös kasutati, et uurida kõrgel tasemel võistlevatel Eesti sõudjatel sissehingamislihaste väsimust, spetsiifilise sissehingamislihaste soojenduse mõju sooritusvõimele. Hingamislihaste treeningut on peamiselt kasutatud kroonilise obstruktiivse kopsuhaiguse, astma ja ka südamehaigustega patsientidel. Mitmed uurimisrühmad on näidanud, et regulaarne sissehingamislihaste treening nelja kuni kaheksa nädala jooksul parandab ka hästitreenitud sportlastel sissehingamislihaste jõudu kuni 54% ja mõjub positiivselt sooritusvõimele nii jooksjatel, ratturitel kui ka sõudjatel. Vähem on aga uuritud ainult ühekordse sissehingamislihaste soojenduse kasutamist enne koormust ja selle mõju sõudjate sooritusvõimele. Varasemalt arvati, et hingamissüsteem ei ole kõrge intensiivsusega kehalisel tööl limiteerivaks teguriks, kuid üha enam teadusuuringuid tõestavad, et meie keha võime treenida kõrgetel intensiivsustel võib üsna olulisel määral olla limiteeritud hingamissüsteemi võimekusest. Maksimaalse intensiivsuse lähedastel koormustel suureneb sportlaste minutiventilatsioon, mis tähendab, et hingamislihased peavad kontraheeruma suurema jõuga ning kiiremini. Kokkuvõttes võib käesoleva doktoritöö uuringute põhjal öelda, et varasemalt kasutusel olnud spetsiifiline sissehingamislihaste soojendus intensiivsusel 40% maksimaalsest suuõõnerõhust sissehingamisel (MIP) ei parandanud sõudjate sooritusvõimet ega ka hapnikutarbimise dünaamikat. Käesoleva töö tulemusena avaldus, et hindamissüsteemi aktiveerimiseks võiks paremini sobida kõrgem intensiivsus 60% MIP, mis vajaks edasisi uuringuid nii sõudjatel kui ka teistel vastupidavusalade esindajatel. Spetsiifilise sissehingamislihaste treenimise, treening- ja võistluseelse sissehingamislihaste soojenduse ja treeningu või võistlusjärgse lõdvestuse lisamine olemasolevatele meetoditele oleks lisaväärtus hingamislihaste väsimuse edasi lükkamiseks, mis võiks aidata sooritusvõime paranemisele kaasa.