Sirvi Kuupäev , alustades "2026-01-26" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 2 2

Stomatal CO₂ regulation pathway and its application for modulating tomato plants
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2026-01-26) Koolmeister, Kaspar; Kollist, Hannes, juhendaja; Hõrak, Hanna, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Taimed on aluseks elule Maal, kuid muutuva keskkonna põhjustatud stress toob kaasa mitmeid väljakutseid taimekasvatuses. Kõrgem temperatuur ja madalam õhuniiskus suurendavad taimede veekulu ning ohustavad saagikust, mistõttu on tarvis aretada väiksema veetarbe ja suurema põuataluvusega taimi. Õhulõhed võimaldavad taimedel fotosünteesiks süsihappegaasi omastada, kuid kaotavad selle käigus vett. Õhulõhe koosneb kahest sulgrakust ja nende vahele jäävast õhupilust, mille suurust muudetakse vastavalt keskkonnatingimustele, õhulõhed avanevad valguses, madala CO₂ tingimustes ja kõrge õhuniiskuse korral ning sulguvad pimeduses, kõrge CO₂ tingimustes ja madala õhuniiskuse toimel. Käesolevas doktoritöös uuriti sulgrakkude CO₂ signaalirada ja selle toimimist hariliku müürlooga (Arabidopsis thaliana) taimedes erinevatel CO₂ kontsentratsioonivahemikel ning tavapärase ja madala õhuniiskuse tingimustes. Tuvastati mitogeen-aktiveeritud proteiinkinaaside MPK12 ja MPK4 oluline roll õhulõhede CO₂ regulatsioonis. Õhulõhede vastuste kineetika sõltus CO₂ vahemikust: madalas kuni tavalises kontsentratsioonis olid reaktsioonid aeglasemad ja suurema amplituudiga, samas kui tavalise kuni kõrge CO₂ vahemikus oli sulgumine kiirem ja väiksema amplituudiga. Varasemaid teadmisi õhulõhede CO₂ signaalirajast rakendati tomatis (Solanum lycopersicum), kus täppisaretuse meetoditega inaktiveeriti HT1 homoloogid tomatis. Saadud slht1 slht2 topeltmutandi õhulõhed olid CO₂ muutustele tundetud, kuid reageerisid endiselt madalale õhuniiskusele ja abstsiishappele (ABA). Mutantidel oli madalam õhulõhede juhtivus, väiksem veekulu ja suurem põuataluvus, säilitades metsiktüübiga võrreldava kasvu ja viljade omadused. See töö kirjeldab õhulõhede CO₂ regulatsiooni toimimist eri CO₂ vahemikes ja selle sõltuvust õhuniiskusest. Lisaks toetavad tulemused HT1 modifikatsioonide kasutamist taimede veekulu vähendamiseks.
Long-read metabarcoding: from available tools to reference databases
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2026-01-26) Hakimzadeh, Ali; Anslan, Sten, juhendaja; Tedersoo, Leho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Traditsioonilised meetodid, nagu morfoloogia abil liikide määramine koosluste monitooringuks, on sageli aeganõudvad, eriti mikroskoopiliste organismide puhul, mistõttu on mass-triipkoodistamine (metabarcoding) läbi mass-sekveneerimise saanud populaarseks, kiireks ja kulutõhusaks erinevate koosluste tuvastamise meetodiks. Enim kasutatavad tehnoloogiad mass-triipkoodistamise töövoos on nn teise põlvkonna mass-sekveneerimise platvormid. Kuigi need suudavad genereerida miljoneid kõrge täpsusega DNA fragmente, on teise põlvkonna tehnoloogiate poolt sünteesitud järjestused suhteliselt lühikesed, mis võib limiteerida lähedalt suguluses olevate liikide eristamist. Kolmanda põlvkonna mass-sekveneerimise tehnoloogiad suudavad järjestada palju pikemaid DNA lõike, mis hõlmavad terveid geeniregioone, parandades seeläbi taksonoomilise eristamise võimekust. Suhteliselt uudne võimekus toota palju pikemaid liikide määramiseks sobilikke DNA lõike toob aga kaasa ka uusi analüütilisi väljakutseid: paljud olemasolevad bioinformaatika tööriistad on välja töötatud lühikeste järjestuste analüüsiks, pikkade järjestuste jaoks puuduvad põhjalikud referentsandmebaasid ning kimäärsete (mitte-bioloogiliste) järjestuste moodustumine võib pikkade järjestuste sekveneerimiseks genereerimise käigus olla problemaatilisem. Käesolev doktoritöö annab esiteks ülevaate paljudest olemasolevatest bioinformaatika töövoogudest pakkudes praktilist juhtnööri sobivate bioinformaatiliste tööriistade valimiseks lähtuvalt analüüsitavast andmestruktuurist. Teiseks, töötati välja EUKARYOME andmebaas, mis on esimene kureeritud pikkade ribosomaalse RNA markerite referentsandmebaas, hõlmates üle 172000 liigi. Kolmandaks, antud doktoritöö käigus leiti, et olemasolevad kimäärsete DNA järjestuste tuvastamise algoritmid klassifitseerivad paljusi bioloogilisi järjestusi ekslikult kimääridena, ehk valepositiivsete tuvastuste määr on vaikimisi sätetega suur. Parameetrite peenhäälestamine ja sekundaarsed valideerimisstrateegiad aga parandasid analüüside täpsust. Ühiselt, need doktoritöö tulemused ja ressursid edendavad pikkade järjestuste mass-triipkoodistamise töövoogu kui elurikkuse hindamise usaldusväärset tööriista.