Loodus- ja täppisteaduste valdkond

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/10062/10069

Browse

Browsing Loodus- ja täppisteaduste valdkond by Subject "18S rDNA ja ITS2 ala"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 1 of 1
  • Thumbnail Image
    Item
    Seenekoosluste tuvastamine jääajajärgsetest järve põhjasetetest 18S rDNA ja ITS2 ala järjestuste põhise meetodiga
    (Tartu Ülikool, 2016) Talas, Liisi; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Järve põhjasetetest seente mitmekesisuse ja ökoloogilise rolli hindamiseks kasutati ajaloolisele DNAle optimeeritud PCRi koos ITS2 ja 18S rDNA ala praimeritega. Seente mitmekesisuse ja liigrikkuse hindamiseks arvutati Chao1, Shannon-Weaver ja tasakaaluindeksid. Kokku tuvastati 343 seente perekonda, mis kuulusid 8 hõimkonda. Domineerivateks hõimkondadeks olid Basidiomycota ja Ascomycota. Universaalsete 18S rDNA praimerite abil tuvastati lisaks taimi (sh okaspuid), loomi ja protiste. Okaspuude esinemist järve ümbruses toetab Pinus ja Picea taimeperekonna parasiitsete seente tuvastamine settest ITS2 ala abil. Ökoloogiliselt rollilt esines tuvastatud seente seas rohkelt taimeparasiite, taimeseoselisi seeni ja saprotroofe. Esines ka putukate parasiite, koprofiilseid ja seenparasiitseid seeni. Paleoelustiku rekonstrueerimiseks ja organismidevaheliste seoste leidmiseks osutus tulemuslikuks kasutada ITS2 ja 18S rDNA ala koos.