Sirvi Märksõna "DNA" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 20 25

listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
5S rDNA copy number in WGS data
(2022) Naghiyev, Farid
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Advances in microarray-based copy number variation discovery and phenotypic associations
(2024-05-10) Jõeloo, Maarja; Mägi, Reedik, juhendaja; Metspalu, Andres, juhendaja; Salumets, Andres, juhendaja; Morris, Andrew P., juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Bioloogiatunnist teame, et igal inimesel on kogu DNAst kaks koopiat – üks emalt, teine isalt. Uurides genoomi lähemalt, võib aga mitmete DNA piirkondade puhul näha sellest reeglist kõrvalekaldeid. Neid põhjustavad muutused inimese genoomis, mille tulemusena on mingi DNA piirkond kadunud või mitmekordistunud, ning mida nimetatakse DNA koopiaarvu variatsioonideks (ingl. k. copy number variation ehk CNV). Algselt seostati CNVsid eelkõige raskekujuliste arenguhäiretega, kuid nüüdseks on teada, et CNV piirkondi leidub kõigi inimeste DNAs. Sellest hoolimata on CNVde mõju inimese terviseriskidele hinnatud märkimisväärseks. Et nende efekti paremini kaardistada, oleme oma töös keskendunud CNVde analüüsimetoodika arendamisele ning CNVde ja haiguste ning muude meditsiiniliselt oluliste tunnuste vaheliste seoste tuvastamisele. CNV piirkondade määramine on arvutuslikult keerukas ning valepositiivsete leidude osakaal on suur. Et hinnata iga leitud CNV piirkonna usaldusväärsust, lõime kvaliteedimudeli, mille kasutamine suurendas oluliselt CNVde ning huvipakkuvate tunnuste vaheliste seoste tuvastamise võimekust. Ülejäänud töös keskendusimegi selliste seoste leidmisele. Koostöös erinevate andmekogude ja biopankadega tuvastasime kokku mitusada seost CNVde ning mitmete haiguste ja muude tunnuste vahel. Nägime, et tihti on üks CNV seotud mitmete väga erinevate haiguste või tunnustega. Ühte sellist, inimese 16. kromosoomis paiknevat CNVd, mida oli varasemalt seostatud autismi, skisofreenia, pea ümbermõõdu, ja kehamassiindeksiga, seostasime lausa 38 erineva tunnusega, sealhulgas puberteedi alguse vanusega. Piirkonda lähemalt uurides leidsime sealt kaks geeni, millele ennustasime põhjuslikku mõju puberteedieale. Kokkuvõttes parendab meie töö CNVde määramise metoodikat ning kaardistab uusi haiguste ja muude tunnustega seotud CNVsid ning nendes paiknevaid põhjuslikke geene. Nende analüüsidega astume sammu lähemale huvipakkuvate tunnuste geneetilise tagapõhja täielikule määramisele.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Autoimmune Regulator protein interaction with DNA-dependent protein kinase and its role in apoptosis
(2014-05-05) Liiv, Ingrid
AIRE valk on transkriptsioonifaktor, mis reguleerib koespetsiifiliste autoantigeenide ekspressioone. AIRE geeni mutatsiooni tulemusena tekib autoimmuunne polüendokrinopaatia (APECED), mis on pärilik retsessiivne immuunsüsteemi haigus. Seda haigust iseloomustab immuuntolerantsuse häire organismi enda antigeenide suhtes, kus peamiselt on kahjustunud endokriinorganid autoreaktiivsete T ja B rakkude reaktsioonide tõttu. Monogeense etioloogia tõttu on APECED-i patogenees olnud organ-spetsiifiliste autoimmuunhaiguste uuringute mudeliks. AIRE valku toodetakse peamiselt tüümuses, kuid ka perifeersetes immuunorganites, põrnas, lümfisõlmedes ja loote maksas. Tüümuses toodavad AIRE-t spetsiifilised medulla epiteeli ja monotsüütidest pärinevad dendriitrakud, mis esitlevad autoantigeene T rakkudele negatiivse selektsiooni käigus. Vastav protsess on vajalik autoreaktiivsete T rakkude ellimineerimiseks ning organismi tsentraalse immuuntolerantsuse kujunemiseks. AIRE mutatsioonide korral valgu funktsionaalne aktiivsus kaob, mistõttu ei toimu piisaval määral koespetsiifilist geeniekspressiooni ega vastavate autoantigeenide esitlemist arenevatele T rakkudele. Seetõttu küpsevad tüümuses autoreaktiivsed T rakud, mis viib haiguse tekkele. Käesoleva töö eesmärgiks oli uurida AIRE valgu funktsioone molekulaarsel tasemel. Selleks kasutati valkude biokeemia ja rakukultuuri meetodeid ning rakkude/kudede analüüsiks immuunfluorestsents mikroskoopiat. Me leidsime esmakordselt, et AIRE-ga interakteerub DNA-sõltuv proteiinkinaas (DNA-PK), Ku70 ja Ku80 valkkompleks. Me tuvastasime, et DNA-PK fosforüleerib AIRE-t treoniin 68 ja seriin 156 positsioonidel, mis osutusid olulisteks valgu bioloogiliseks funktsiooniks, transkriptsiooni aktivatsiooniks. Me uurisime haigust põhjustavate AIRE valgu mutantide transkriptsioonilist aktiivsust AIRE-sõltuvate koespetsiifiliste geenide (involukriin, S100A8) promootoritel ning varem mudelina kasutatud interferoon-beeta geeni promootorit. Me leidsime, et enamus, kuid mitte kõik AIRE HSR (homogeneously staining region) domääni mutatsioonid inaktiveerisid valgu transkriptsoonilist aktiivsust. Samuti üldine transkriptsiooni aktivatsiooni valk CBP ei suutnud aktiveerida transkriptsiooniliselt inaktiivseid HSR domääni mutante. Lisaks me leidsime seose HSR domääni mutantide transkriptsioonilise aktiivsuse ja valgu struktuuri vahel. Me avastasime esmakordselt, et AIRE HSR domään omab CARD (caspase recruitment domain) struktuuri, mis on omane programmeeritud rakusurma ehk apoptoosiga ja põletikuga seotud valkudele. Me leidsime, et AIRE HSR/CARD domään põhjustab rakkudes apoptoosi. Me kirjeldasime esmakordselt, et AIRE-ga indutseeritud apotoosi korral translokeerub GAPDH valk tsütoplasmast tuuma. Seda leidu me detekteerisime kahes epiteeli rakuliinis, kuid ka inimese tüümuses, AIRE-positiivsetes medullaarsetes epiteelirakkudes. Kokkuvõttes, meie uuringud avardasid teadmisi AIRE valgu funktsiooni ja struktuuri kohta, mis on olulised autoimmuunhaiguste molekulaarsete mehhanismide mõistmiseks.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Characterization of ancient Eurasian influences within modern human genomes
(2021-07-02) Yelmen, Burak; Pagani, Luca, juhendaja; Metspalu, Mait, juhendaja; Kivisild, Toomas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Tänapäeva inimgenoomid on iidsete komponentide segu. Tänu vana DNA (aDNA) uuringute arengule saame me nende komponentide päritolu kindlaks teha ja neid uurida. Kuid aDNA ei pruugi olla kättesaadav või võib paljudel juhtudel olla madala kvaliteediga, kuna DNA struktuur laguneb aja ja erinevate keskkonnamõjude tõttu. Õnneks saame neid iidseid kihte kindlaks teha ja eraldada ka tänapäeva inimgenoomidest, kasutades lokaalse põlvnemise tuletamise meetodeid. Selle lähenemisega saame uurida segunenud populatsioone, millel on tugevalt erinevad põlvnemiskomponendid, demograafilisest ja funktsionaalsest aspektist. Käesolev doktoritöö keskendub kahele sellisele rühmale: Lõuna-Aasia populatsioonidele, mis koosnevad Lääne-Euraasia ja Lõuna-Aasia komponentidest, ja Etioopia populatsioonidele, mis koosnevad Euraasia ja Aafrika komponentidest. Doktoritöö esimeses osas käsitletakse Lõuna-Aasia mineviku demograafilisi sündmusi, ulatuslikku genoomset varieeruvust ja segunemisjärgset looduslikku valikut, genereerides tänapäeva Lõuna-Aasia genoomide kahe peamise põlvnemiskomponendi jaoks surrogaadid. Teises osas hinnatakse üht lokaalse põlvnemise tuletamise põhist meetodit segunenud genoomide põlvnemiskomponentides valiku tuvastamise parandamise osas ja meetodit rakendatakse Lõuna-Aasia genoomide puhul. Kolmandas ja viimases osas rakendatakse esimeses osas kirjeldatule sarnast lähenemist Etioopia genoomide puhul, et määrata täpselt tänapäeva etiooplaste Euraasia põlvnemiskomponendi allikas.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
DNA koopiaarvu muutused primaarse munasarjade puudulikkusega naistel
(Tartu Ülikool, 2013) Hiieleek, Kati; Kurg, Ants, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar -ja rakubioloogia instituut
listelement.badge.access-status Embargo ,
DNA-motiivide anaIüüsimise tarkvara m:Profiler
(Tartu Ülikool, 2009) Adari, Mirko; Kull, Meelis, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Genes involved in cardiovascular traits: detection of genetic variation in Estonian and Czech populations
(2010-10-20) Kepp, Katrin
Südameveresoonkonna haigusi (SVH) peetakse tänapäeva lääne ühiskonna üheks sagedasemaks enneaegse surma põhjustajaks. Vastuvõtlikust SV haiguste suhtes on sõltuv pärilikkusest kuid ka elustiilist ja keskkonnast tulenevatest teguritest. Olulist rolli mängivad see juures ülekaalulisus, vähene füüsiline aktiivsus, liigne soola- ja alkoholitarbimine ning suitsetamine. Perekondadel põhinevad ja kaksikute uuringud on näidanud, et SVH pärilik komponent võib olla väga varieeruv. Lisaks keskkonnast tingitud riskiteguritele on geneetilised uuringute tulemusena tuvastanud, et erinevate SVHte vormide kujunemiseni võivad viia mutatsioon(id), mis esinevad ühes geenis (üksiku geeni ehk monogeenne vorm) kui ka mitmed mutatsioonid erinevates geenides (multigeenne vorm) korraga. Levinumad on neist multigeensed vormid, mis teevad haiguse kujunemisel osalevate mutatsioonide leidmise protsessi keeruliseks ja aeganõudvaks tegevuseks. Inimeste haigustega seotud geene ning nendes esinevate mutatsioonide leidmiseks on läbi aegade kasutatud genoomis esinevaid kindlaid geneetilisi piirkondi ehk markereid. Neist kõige levinumad on ühe nukleotiidsed polümorfismid (ÜNPd). ÜNPdel põhinevaid tänapäeval laialdast kasutust leidnud üle kogu genoomi analüüsid, mille tulemusena on kaardistatud mitmeid sh. SVHte kujunemisel osalevaid DNA lookusi. Kuid lisaks ÜNPdele, esineb genoomis ka veel teisi pikemaid geneetilisi markereid nagu insertsioonid ja deletsioonid (indelid) ning mille rolli inimese haiguste kujunemisel on oluliselt vähem uuritud. Kirjeldades geneetilist varieeruvust mitmetes inimese SVHte kandidaatgeenides selgus, et DNA järjestuse varieeruvus geenide regulatoorsetes piirkondades, nagu seda on promootorid ja evolutsiooniliselt konserveerunud mittekodeerivad piirkonnad, on suhteliselt madal. Vähene varieeruvus geenide funktsiooni mõjutavates alades annab alust arvata, et uuritud geenide roll SVH kujunemisel ei sõltu mitte ainult nendes leiduvate polümorfismide poolt, vaid ilmselt hoopis keerulisemas koostöös individuaalsete ekspressiooni reguleerivate üksustega. Uuringute käigus tuvastasin ühe konserveerunud indiviiditi väga varieeruva piirkonna, inimese SVH kandiaatgeenis. Leitud piirkonnas esines mitmeid eri pikkusega seni varasemalt kirjeldamata indeleid. Šimpansi, reesusmakaagi ja inimese vastavate genoomipiirkondade võrdlemisel selgus veel, et tegemist on inimese spetsiifilise deletsiooniga. Läbi viidud assotsiatsioonianalüüs kahes Ida-Euroopa populatsioonis näitas seost uuritud geeni sagedasema variandi, 14bp indeli, kandjastaatuse ja suurenenud CAD haigestumise riski vahel tšehhi valimis. Risk oli veelgi kõrgem metaboolse sündroomiga koronaartõvega patsientidel. Lisaks esines seos ka 14bp indel variandi ja triglütseriidide tasemete vahel tšehhidel ning 14bp indel variandi ja HR ja LDL tasemete vahel mõlema valimi (tsehhid ja eestlased) tervetel kontrollidel. Nii käesolev töö kui ka mõned varasemad tööd on näidanud, et seni vähe uuritud geneetilised variandid, nagu indelid võivad omada palju olulisemat rolli inimeste komplekshaiguste (nagu SVHd) kujunemisel kui seni arvatud.
listelement.badge.access-status Embargo ,
Genetic algorithm for the improved discovery of DNA regulatory elements
(Tartu Ülikool, 2007) Stalnuhhin, Anton; Tretjakov, Konstantin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
listelement.badge.access-status Embargo ,
Hariliku jõevähi geneetilisest varieeriuvusest
(Tartu Ülikool, 1996) Vasemägi, Anti; Paaver, Tiit, juhendaja
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Kaksikspiraal : [pärilikkusaine DNA struktuuri avastamisest]
(1970) Watson, James D.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Korduste arvu hindamine tsentromeeris
(2023) Kimmel, Karita; Möls, Märt, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Inimese genoomis on piirkondi, mis sisaldavad korduseid. Üheks palju korduseid sisaldavaks piirkonnaks on tsentromeer - koht, kust saab alguse DNA replikatsioon rakkude jagunemise korral. Bakalaureusetöös keskendutakse tsentromeeri piirkonnas esinevate korduste arvule. Töös uuritakse kolme (erinevatel kromosoomidel paiknevat) korduvat motiivi ja kirjeldatakse nende kolme korduva motiivi korduste arvu jaotust Eestis. Tutvustatakse statistilisi meetodeid korduste arvu hindamiseks; segujaotusel põhinevaid mudeleid korduste arvu jaotuse kirjeldamiseks ja uuritakse kui palju korduste arvu variante võiks Eestis esineda.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
pheBA operoni esinemine Ida-Virumaa jõgedest eraldatud mikroobikoosluse DNAs
(Tartu Ülikool, 2013) Õispuu, Enely; Vedler, Eve, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogia teaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
listelement.badge.access-status Embargo ,
Pinnase, matmise ja hoiustamise aja mõju vana DNA säilimisele Eestist leitud inimluudes
(Tartu Ülikool, 2023) Kaseorg, Mairi; Kriiska, Aivar, juhendaja; Tambets, Kristiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Ajaloo ja arheoloogia instituut; Tartu Ülikool. Humanitaarteaduste ja kunstide valdkond
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Probleemsete DNA sekveneerimisel saadud andmete klassifitseerimistäpsuse tõstmine
(Tartu Ülikool, 2025) Lihhatšova, Oksana; Möls, Märt, juhendaja; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Bakalaureusetöö eesmärk on uurida, miks üks geeniandmetel põhinenud klassifitseerimisotsus osutus valeks, ning töötada välja meetodid, mis aitaksid parandada klassifitseerimistäpsust ja suurendada mudeli usaldusväärsust. Töös analüüsitakse valesti klassifitseeritud isiku juhtumit, et tuvastada, millised geneetilised markerid võisid vale otsuse kujunemisele kaasa aidata, ning tehakse ettepanekuid mudeli täpsuse suurendamiseks. Lisaks töötatakse välja 3 alternatiivset meetodit: suurima tõepära meetod evolutsioonilise dispersioonikomponendi hindamiseks, keskmiste kauguste arvutamine lisadispersiooniga ja geneetiliste markerite eelnev filtreerimine. Samuti viiakse läbi simulatsioonid, et hinnata väljapakutud meetodite klassifitseerimistäpsust kontrollitud keskkonnas. Töö tulemustest selgus, et kõik 3 pakutud meetodit parandasid klassifitseerimistäpsust märgatavalt.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Rakuvaba DNA spordis
(Tartu Ülikool, 2017) Haug, Marianne; Mooses, Martin, juhendaja; Tartu Ülikool. Sporditeaduste ja füsioteraapia instituut; Tartu Ülikool. Kehalise kasvatuse ja spordi õppekava
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Replication and Recombination of mitochondrial DNA in Yeast
(2010-11-16) Gerhold, Joachim M.
Mitokondrid on kõrgemate organismide nagu loomade, taimede ja seente rakkudes olevad väikesed organellid. Mitokondrid on esmatähtsad ainevahetusel ja üks nende peamisi ülesandeid on energia tootmine. Selleks on mitokondritel vaja mitmeid valke, mis on koondunud membraaniga seotud kompleksidesse. Enamus nendest valkudest on kodeeritud tuuma kromosoomide poolt, kuid mõned hädavajalikud subühikud mitokondri DNA poolt. Mitokondrid peavad seega oma väikest genoomi hästi säilitama, et vigadeta DNA-d saaks transkribeerida ja funktsionaalseid valke toota, näiteks energia saamiseks. Kaua aega usuti, et kõikide eukarüootsete rakkude mitokondrite DNA näeb samasugune välja ning seda paljundatakse ja säilitatakse sarnaselt nii loomades, taimedes kui seentes. Pärmseeni, mille uurimiseks on olemas head geneetilise vahendid, kasutatakse seepärast eukarüootide mudelina. Selles väitekirjas kirjeldatud analüüsid tõestavad, et kuigi loomade ja pärmide mitokondriaalse DNA (mtDNA) säilitamises on sarnasusi, on seal ka olulisi erinevusi, mida ei ole siiani selgelt välja toodud. Näiteks on loomade mtDNA ringikujuline, pärmide mtDNA aga lineaarne ja harunenud. Loomade DNA süntees algab spetsiaalse RNA-praimeri sünteesiga kindlas DNA punktis. Pärmides paarduvad ja rekombineeruvad homoloogsed DNA järjestused omavahel, mille käigus üks homoloogne DNA invaseerub teise struktuuri. See invasioon tekitab DNA sünteesi alguspunkti, mis funktsionaalselt vastab loomade RNA-praimerile. Need erinevad DNA säilitamise süsteemid vajavad spetsiifilisi valke. Viimastel aastatel on näidatud, et pärmide ja loomade mitokondrites on palju sarnaseid, aga ka mitmeid erinevaid valke. Need leiud ja käesoleva väitekirja tulemused on olulised ka väljaspool baasteadust. Käesolevas uurimuses kasutati mudelorganismina pärmi Candida albicans. Erinevalt enam uuritud pagaripärmist Saccharomyces cerevisiae põhjustab C. albicans naha ja limaskestade nakkusi. Nõrgestunud immuunsüsteemiga patsientidele (nt. vähi ja AIDSi haigetele) võivad need nakkused olla eluohtlikud. Käesoleva töö tulemused võivad aidata leida ravimeid, mis tõrjuvad seenhaigusi, samas inimesele vähe või üldse mitte kahju tegemata.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Statistilised mudelid bakterite segude määramiseks
(2020) Laaneväli, Anna; Möls, Märt, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Matemaatika ja statistika instituut
Proovis sisalduva bakterite DNA sekveneerimisel on võimalik öelda, milliste bakterite DNAd proovis nähti ning mis koguses. Sekveneerimisel saadud andmeid on võimalik analüüsida vähimruutude, mittenegatiivsete vähimruutude või suurima tõepära meetodit kasutades, tuvastamaks bakterite tüvesid ning hindamaks nende k-meeride katvust. Magistritöö eesmärgiks on võrrelda kolme nimetatud meetodi käitumist sekveneerimisvigade olemasolu korral, vastavalt vigadega arvestades kui arvestamata. Vaatlusaluseid meetodeid rakendatakse ka ühe reaalse proovi sekveneerimisel kogutud andmete (saadud Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudist) analüüsil.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Studies on DNA replication initiation in Saccharomyces cerevisiae
(2013-04-03) Lõoke, Marko
DNA kui eluslooduse keskne molekul kannab endas informatsiooni mis on vajalik organismi ülesehitamiseks ja funktsioneerimiseks. Selleks, et DNA-s olevast informatsioonist oleks võimalik luua elusat olendit, olgu see siis bakter või inimene, on esmalt vajalik seda informatsiooni lugeda ja edasi toimetada. Molekulaarses mõttes tähendab see seda, et DNA molekuli peal toimub pidev sagimine. Informatsiooni lugevad molekulaarsed masinad liiguvad üksteise järel mööda kromosoome ja kirjutavad selles sisalduva informatsiooni uude molekuli - RNA-sse. Saadud RNA molekulide alusel aga sünteesitakse elusate organismide peamised ehituskivid ehk valgud. Valkude ehitamiseks mõeldud informatsiooni lugemise taustal on aga vajalik tagada ka rakkude jagunemine. Selleks tuleb DNA-s sisalduv informatsioon edasi kanda kõikidesse tütarrakkudesse ja enne rakkude jagunemist olemasolevatest DNA molekulidest sünteesima uue koopia. Taaskord tuleb esmalt lugeda vanas DNA molekulis olev informatsioon ja selle alusel sünteesida uus. Siinkohal tuleb aga meeles pidada, et sünteesi aluseks oleval DNA-l on juba suur hulk teisi molekule, mis aitavad organismil funktsioneerida. DNA paljundamise masinavärk peab aga sellises olukorras, kus DNA juba on pidevas kasutuses, suutma ülima täpsusega sünteesida uue identse molekuli. Ühe eesmärgina antud uurimustöö raames uuritigi protsesse mis võimaldavad DNA täpse paljundamise sellises situatsioonis. Leidsime, et DNA kopeerimise algatamine on RNA-de pideva sünteesimise tõttu tõsiselt häiritud ja selle tõttu peab seda protsessi igas rakus korduvalt uuesti alustama. Õnneks ei kaota DNA kopeerimise masinad, mis on ajutiselt DNA molekulilt eemaldatud oma võimet uut DNA-d sünteesida. Lisaks DNA kasutamise suurele intensiivsusele raskendab DNA kasutamist ka selle molekuli suurus. Näiteks inimese DNA kogupikkus on 3 meetrit, see tuleb aga mahutada 100 mikromeetri pikkustesse rakkudesse. Selle võimaldamiseks on DNA tihedalt kokku pakitud, analoogselt niidile mis on keeratud ümber niidirulli. DNA kopeerimise algatamiseks tuleb seega esmalt leida piirkonnad mille kokkupakkimise aste on väiksem ja millele on võimalik hõlpsalt juurde pääseda. Seda protsessi uurides leidsime, et rakkudes hoitakse DNA kopeerimise algatamiseks mõeldud alad aktiivselt ligipääsetavatena. Kui neid piirkondi liigutada teistesse kromosoomidesse, jäävad nad endiselt avatuks. Sellise olukorra tagamiseks seonduvad DNA-le spetsiifilised valgud mis takistavad selle kokku pakkimist. Kui need valgud eemaldada või muteerida DNA piirkondi kuhu nad seonduvad, on DNA kopeerimise algatamine häiritud.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Studies on the Role of Papillomavirus E2 Proteins in Virus DNA Replication
(2016-11-11) Kivipõld, Piia; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Papilloomiviirused on selgroogsete seas laialt levinud väikesed, koespetsiifilised DNA viirused, mis nakatavad naha või limaskesta epiteelkoes asuvaid keratinotsüüte. Inimese papilloomiviiruse (HPV) suurim meditsiiniline tähtsus seisneb tema võimes põhjustada mitmeid pahaloomulisi kasvajaid, sealhulgas emakakaelavähki, mis on naiste seas esinemissageduselt teisel kohal rinnavähi järel ning kõrge suremusega. HPV-d jagunevad kõrge ja madala vähitekke riskiga viirusteks. Madala riskiga viirused (HPV11, HPV6 jt) põhjustavad healoomulisi vohandeid, näiteks soolatüükaid ja kondüloome, mis tervetel inimestel kaovad immuunsüsteemi toimel aasta või paari jooksul. Pahaloomulised kasvajad võivad aja jooksul areneda rakkudest, mis on nakatunud kõrge riski HPV-dega (HPV16, HPV18 jt). Praeguseks saadaolevad HPV-vastased vaktsiinid on küll efektiivsed uue nakkuse ärahoidmisel, kuid ei paku paraku kaitset kõigi kõrge riskiga HPV-de osas, samuti on nad kulukad ning halvasti kättesaadavad arengumaades, kus leiab aset 80% emakakaelavähist tingitud surmadest. Kuigi maailmas on miljoneid HPV-ga nakatunud inimesi, ei ole tänaseks veel välja töötatud spetsiifilist viirusvastast ravi. Seetõttu on HPV-alane uurimistöö endiselt päevakorral, et paremini mõista viiruse onkogeensust ja leida uusi viise nakkuse ärahoidmiseks ning olemasolevate ravivõtete täiendamiseks. Papilloomiviiruse E2 valk osaleb viiruse DNA replikatsiooni algatamisel koos viiruse peamise replikatsioonivalguga E1. Lisaks reguleerib E2 valk viiruse varajaste geenide avaldumist ning mängib olulist rolli viiruse genoomi episomaalsel säilimisel kinnitades rakkude jagunemise käigus viiruse genoomid raku kromosoomide külge. Samas ekspresseerib papilloomiviirus lisaks täispikale E2 valgule ka sama valgu lühikesi vorme, mille ülesandeks on reguleerida täispika E2 valgu funktsioone. Eelnevalt on meie grupp näidanud, et täispikast ja transaktivatsiooni domeeni mitteomavast lühikesest E2 valgust moodustunud E2 heterodimeerid on võimelised toetama viiruse varajaste geenide transkriptsiooni ja DNA replikatsiooni. Antud töö esimeses publikatsioonis uurisin detailsemalt E2 heterodimeeri paiknemist rakus ning selle rolli viiruse DNA replikatsioonil veise papilloomiviiruse tüüp 1 (BPV1) E2 näitel. Leidsin, et BPV1 E2 heterodimeer paikneb sarnaselt täispika E2 homodimeerile rakulise kromatiini fraktsioonis, mis on kooskõlas E2 heterodimeeri võimega toetada viiruse geenide transkriptsiooni ja DNA replikatsiooni. Lisaks näitasin, et BPV1 E2 heterodimeer on võimeline siduma viiruse E1 valgu replikatsiooni alguspunktile viiruse genoomis ning toetama viiruse DNA replikatsiooni initsiatsiooni. Samas ei suutnud E2 heterodimeer säilitada viiruse genoomi jagunevates rakkudes pikema aja jooksul. Käesoleva tööga seotud järgnevas publikatsioonis uurisin HPV18 ja HPV11 E2 heterodimeeride osalust viiruse DNA replikatsioonil ning leidsin, et sarnaselt BPV1 E2 heterodimeerile toetab ka HPV E2 heterodimeer viiruse DNA replikatsiooni initsiatsiooni, kuid pole võimeline tagama viiruse genoomi pikaajalist säilimist rakus. Seega on E2 heterodimeeri võime toetada viiruse genoomi replikatsiooni initsiatsiooni konserveerunud erinevate papilloomiviiruste seas ning täispika E2 homodimeeri ja E2 heterodimeeri vaheline dünaamika on oluline reguleerimaks viiruse DNA paljundamist ja säilumist viirusega nakatunud rakkudes. HPV E2 heterodimeer oli võimeline ka maha suruma viiruse varajaste geenide avaldumist samas ulatuses kui täispika E2 homodimeer. Lisaks leidsin, et HPV18 on võimeline kodeerima transaktivatsiooni domeeni mitteomavat E8^E2 valku, mille üheks rolliks on inhibeerida HPV18 genoomi replikatsiooni, käitudes seega sarnaselt teiste papilloomiviiruste seas tuvastatud E8^E2 valkudega. Käesoleva töö kolmandaks tahuks on papilloomiviiruse DNA replikatsiooni toimumiskoha uurimine rakus. Leidsin, et HPV replikatsioonikeskuste paiknemine raku tuumas kattub osaliselt tuumsete struktuuriüksuste ND10 asetusega. Nimelt paiknesid HPV18 ja HPV11 replikatsioonivalgud E1 ja E2 kas osaliselt koos või kõrvuti ND10 struktuursete valkudega PML ja DAXX, viidates sellele, et sarnaselt teistele raku tuumas replitseeruvatele DNA viirustele (herpesviirused, adenoviirused jt) algatab ka HPV oma replikatsioonitsükli ND10 läheduses. Kuigi ND10 mängib olulist rolli rakku sisenevate viiruste replikatsiooni inhibeerimisel, on mitmed viirused leidnud viise ND10 inhibeerivast toimest vabanemiseks, sealhulgas ND10 struktuuri lõhkumise või ND10 struktuursete valkude lagundamise läbi. Üks ND10 valkudest, mis inhibeerib mitmete ND10 läheduses paljunevate viiruste replikatsiooni, on DAXX valk. Oma töös leidsin, et DAXX valk moduleerib ka HPV18 ja HPV11 varajaste geenide avaldumist ja DNA replikatsiooni. Üllatuslikult ei omanud aga DAXX valk negatiivset toimet, vaid mõjutas positiivselt HPV geeniekspressiooni ja genoomi lühiajalist replikatsiooni uuritavates rakkudes. Kokkuvõtvalt uurisin töö käigus papilloomiviiruse peamise regulaatorvalgu E2 rolli viiruse DNA replikatsioonil ning viiruse replikatsiooni toimumiskohta rakus ja sellega seotud ühe rakulise faktori, DAXX valgu, mõju viiruse replikatsioonile.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
The evolutionary history of complex traits: implications of archaic admixture
(2024-09-26) Yermakovich, Danat; Dannemann, Michael, juhendaja; Eriksson, Jon Anders, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Aafrikas arenenud anatoomiliselt kaasaegsed inimesed (AKI) eksisteerisid koos teiste arhailiste inimrühmadega, keda teatakse Neandertali ja Denissi inimestena. Erinevad elupaigad oma ainulaadsete keskkonnast tingitud väljakutsetega, millega need kolm inimrühma enam kui 200 000 aasta jooksul kokku puutusid, põhjustasid tõenäoliselt ainulaadsed kohastumusmustrid. Kui AKI-d umbes 60 000 aastat tagasi Aafrikast välja rändasid ja kogu kogu maailma asustasid, kohtusid nad Euraasia eri osades nii Neandertali kui ka Denissi inimestega ning segunesid nendega. Nende minevikus toimunud segunemiste tulemusena sisaldavad praeguste mitte-aafriklaste genoomid endiselt ~2% neandertallaste DNA-d ja okeaanlaste genoomid sisaldavad lisaks 2–5% denislaste DNA-d. Arhaililiste inimeste geenivariantide uurimine on paljastanud olulisi seoseid erinevate tunnustega, mis on seotud immunoloogia, käitumise, naha ja juuste omadustega ning erinevate keskkonnast tulenevate kohastumistega Meie arusaam arhailiste geenivariantide funktsionaalsest rollist tänapäeva inimestes on siiski piiratud, peamiselt geneetiliselt mitmekesiste populatsioonide genoomsete ja fenotüüpsete andmekogumite kättesaadavuse tõttu. See lõputöö kasutab ära kasvavaid funktsionaalseid ja genoomseid andmekogusid, et täiendada meie teadmisi Neandertali ja Denissi inimeste introgresseerunud DNA fenotüüpse, regulatoorse ja evolutsioonilise mõju kohta tänapäeva inimestele. Esimene uuring keskendus introgresseerunud neandertallaste DNA mõjule tänapäeva inimeste haigustele ja mitte-haiguslikelefenotüüpidele. Teises teadustöös uurisime neandertallaste DNA rolli kaugelt toimivas regulatsioonis tänapäeva inimestel. Kolmandas uuringus kirjeldasime arhailise introgresseerunud DNA võimalikku mõju kohastumisele kahes Paapua Uus-Guinea mägismaa ja madaliku populatsioonis. Kõik kolm uuringut täiendasid meie teadmisi neandertallaste ja denislaste DNA evolutsioonilistest ja funktsionaalsetest rollidest tänapäeva inimestes. Need leiud aitavad meil paremini mõista arhailiste geenivariantide panust, rikastades meie teadmisi kahe väljasurnud inimrühma kohta.