Show simple item record

dc.contributor.authorShyp, Viktoria
dc.date.accessioned2012-10-02T12:14:22Z
dc.date.available2012-10-02T12:14:22Z
dc.date.issued2012-10-02
dc.identifier.isbn978–9949–32–133–9 (print)
dc.identifier.isbn978–9949–32–134–6 (pdf)
dc.identifier.issn2228–0855
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10062/27110
dc.descriptionVäitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioone.et
dc.description.abstractG-nukleotiidide GTP, GDP ja alarmooni ppGpp kontsentratsioonid mõjutavad oluliselt translatsiooni bakterirakus. Käesoleva töö raames uurisin mehhanisme ppGpp sünteesiks, selle alarmooni märklaudu ning translatsioonis osalevate GTPaaside regulatsioonimehhanisme. Stressitingimustes, eeskätt toitainete nappuse korral, tõuseb alarmooni ppGpp tase bakterirakus. Käesolevas töös näitasime, et ppGpp stimuleerib iseenda RelA valgu vahendatud sünteesi. Selline positiivse tagasisidestusega mehhanism tagab kiire stressivastuse. Eelnevalt oli teada, et ppGpp inhibeerib mitmeid ribosoom-seoselisi trans¬latsiooni¬¬¬¬faktoreid. Samas ei olnud teada, milline neist võiks olla selle alarmooni peamine märklaud. Käesoleva too käigus tegime kindlaks, et initsiatsioonifaktor kaks (IF2) seondab seda alarmooni oluliselt tugevamini kui teised trans¬latsioonifaktorid. Seega võiks olla tegemist ppGpp põhilise märk-lauaga. IF2 on üks translatsiooni masinavärgi põhikomponente. Eelpool märkisin ära, et stressitingimustes võib selle valguga võib seonduda ppGpp. Tavaolekus toimuva translatsiooni käigus seondub IF2 initsiaator tRNA, GTP/GDP ja ribosoomiga. Käesoleva töö käigus tegime kindlaks, et G-nukleotiidide ja initsiaator-tRNA seondumine on üksteisest sõltumatud sündmused. Samas näitasime, et G-nukleotiidid mõjutavad IF2e ja elongatsioonifaktor G (EF-G) seondumist ribosoomile. Täheldasime, et oma märklauaks oleva ribosomaalse RNA fragmendiga seonduvad need valgud eelistatud GTP vormis.et
dc.description.abstractG nucleotides - GTP, GDP, and the stringent alarmon ppGpp - significantly affect bacterial translation. In frame of this work we studied ppGpp synthesis and translational GTPases regulation mechanisms. The level of ppGpp changes during the stress conditions, particularly under nutrients deprivation. In this work, we have shown that ppGpp stimulates its own RelA-mediated synthesis. Such positive feedback regulation provides a mechanism of quick response to stress. It was suggested previously that ppGpp inhibits several ribosome-associated translational factors. However, the primary target was not known. We have determined that initiation factor 2 (IF2), one of the most essential component of bacterial translational machinery, associates tighter with alarmon nucleotide than other translational factors that makes it the main target for ppGpp in translation. We have determined that the G-nucleotide and initiator tRNA binding events are independent of each other. At the same time, we have shown that GDP affects IF2 and elongation factor G (EF-G) binding to the ribosomal element. Ribosomal RNA fragment from factors binding site associates preferentially with GTP-bound form of these proteins.en
dc.language.isoenet
dc.relation.ispartofseriesDissertationes technologiae Universitatis Tartuensis;7
dc.subjectGTPet
dc.subjecttranslatsioon (biol.)et
dc.subjecttranslatsioonifaktoridet
dc.subjectbakterigeneetikaet
dc.subjectGTPen
dc.subjecttranslation (biol.)en
dc.subjecttranslation factorsen
dc.subjectbacterial geneticsen
dc.subject.otherdissertatsioonidet
dc.subject.otherETDen
dc.subject.otherdissertationen
dc.subject.otherväitekiriet
dc.titleG nucleotide regulation of translational GTPases and the stringent response factor RelAen
dc.title.alternativeTranslatsiooniliste GTPaaside ja poomisvastuse faktori RelA reguleerimine G nucleotiidide pooltet
dc.typeThesisen


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record