DSpace
    • English
    • Deutsch
    • Eesti
  • English 
    • English
    • Deutsch
    • Eesti
  • Login
View Item 
  •   DSpace Home
  • Loodus- ja täppisteaduste valdkond
  • Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
  • MRI magistritööd – Master's theses
  • View Item
  •   DSpace Home
  • Loodus- ja täppisteaduste valdkond
  • Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
  • MRI magistritööd – Master's theses
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Bakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abil

Thumbnail
View/Open
Mihkel_Vaher.pdf (1.119Mb)
Date
2016
Author
Vaher, Mihkel
Metadata
Show full item record
Abstract
Teise põlvkonna sekveneerimine võimaldab anda hulgaliselt infot proovide liigilise koosluse kohta, olgu selleks näiteks inimese mikrobioomi- või keskkonnaproov. Uuemad bakterite tuvastamise programmid kasutavad määramiseks lühikesi kindla pikkusega oligomeere, olles seeläbi kiired, kuid ka mitmete puudustega. Antud töö käigus loodi tarkvara StrainSeeker, mis tuvastab sekveneerimise toorandmetest bakterid tüve tasemeni. StrainSeeker analüüsib kõigi lugemite koondinfot, mitte üksikuid lugemeid eraldi. Lisaks suudab StrainSeeker tuvastada ka andmebaasist puuduvaid organisme ning kiirus ja paindlikkus teevad selle võrreldavaks parimate avaldatud bakterite tuvastamise programmidega.
URI
http://hdl.handle.net/10062/52139
Collections
  • MRI magistritööd – Master's theses [269]

DSpace software copyright © 2002-2016  DuraSpace
Contact Us | Send Feedback
Theme by 
Atmire NV
 

 

Browse

All of DSpaceCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjects

My Account

Login

DSpace software copyright © 2002-2016  DuraSpace
Contact Us | Send Feedback
Theme by 
Atmire NV