Log-suhte teisendustel põhinevad ennustusmudelid soolevähi diagnoosimiseks mikrobioomi andmetelt
Date
2021
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Magistritöö eesmärk on uurida kompositsionaalsete andmete teooriast tuttavate log-suhte transformatsioonide ja masinõppemeetodite mõju soolevähi ennustusmudelite üldistusvõimele. Täpsemalt uuritakse aditiivse, paariviisilise ning tsentreeritud log-suhte teisenduste ning elastse võrgu ja juhumetsa meetodite kombinatsioonidel põhinevate soolevähki prognoosivate mudelite ennustus- ja üldistusvõimet viie populatsiooni soolestiku mikrobioomi andmeid kasutades. Lisaeesmärk on teada saada parimaid tulemusi andev metoodika, mida saaks võtta aluseks Eesti soolevähi sõeluuringu programmi edendamiseks.
Description
Keywords
mikrobioom, kompositsioon, log-suhte teisendus, regulariseeritud logistiline regressioon, juhumets, microbiome, random forest, regularized logistic regression, log-ratio transformation, composition