Melanoomi antigeene kandvate viiruslaadsete partiklite proteoomianalüüs

Abstract

Suurem osa rakutüüpidest vabastab ekstratsellulaarseid vesiikuleid ‒ membraaniga ümbritsetud valkude, nukleiinhapete ja teiste biomolekulide kandjaid, mis osalevad nende molekulide transpordis rakkude ja kudede vahel, olles kaasatud rakkudevahelisse kommunikatsiooni, koagulatsiooni, tuumorigeneesi ja immuunraktsiooni protsessi. Terminit ekstratsellulaarne vesiikul kasutatakse mis tahes sekreteeritud vesiikulite ‒ nii eksosoomide, mikrovesiikulite kui apoptootiliste kehade kohta. Mikrovesiikulid, mida mõnikord nimetatakse ka mikroosakesteks, on plasmamembraanist saadud 100‒1000 nm läbimõõduga osakesed, mis tekivad plasmamembraani väljapoole pungumisel. Sarnaselt ekstratsellulaarsete mikrovesiikulite pungumisega punguvad ka retroviirused, kus viiruse gag valgumolekul indutseerib spontaanset mikrovesiikulite või viiruslaadsete osakeste teket imetajate rakkudes. Viiruslaadseid partikleid saab kasutada, esitamaks immuunsüsteemile võõrepitoope. Gag põhise viiruse laadseid partikleid kasutatakse vaktsiinidena, sest need stimuleerivad humoraalset ja rakulist immuunvastust. (Kurg jt, 2016.) Melanoomiga seotud antigeenid (MAGE), mis indutseerivad tsütotoksiliste T-lümfotsüütide teket, kuuluvad vähi-testise antigeenide perekonda ja avastati melanoomirakkude uurimisel. Valke MAGEA10, MAGEA4, MART1, TRP1 ja MCAM ekspresseeritakse paljudes vähitüvedes ja seetõttu peetakse neid potentsiaalseks sihtmärgiks vähktõvevaktsiinide ja immunoteraapia loomisel. Uuringus „Biochemical and proteomic characterization of retrovirus Gag based microparticles carrying melanoma antigens” (Kurg jt, 2016) genereeriti viiruslaadseid partikleid MLV gag valku kasutades. Melanoomi antigeenid MAGEA4, MAGEA10, MART1, TRP1 ja MCAM koekspresseeriti koos MLV gag valguga hiire fibroblastides ja mõõdeti valkude suhtelist arvukust saadud rakuväliste partiklite sees. Käesoleva bakalaurusetöö eesmärk on leida eelnevalt mainitud valkude seosed teiste valkude suhtelise arvukusega mikrovesiikulites, kasutades LFQ intensiivsuse analüüsi pakettidega R-studio ja SPSS. Analüüsimiseks on kasutatud andmeid, mis on saadud uurimusest „Biochemical and proteomic characterization of retrovirus Gag based microparticles carrying melanoma antigens” (Kurg jt, 2016). Töö on koostatud Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituudis.