Inimese NAT10 geeni väljalülitamine CRISPR-Cas9 meetodil ja väljalülituse funktsionaalne valideerimine
Date
2023
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Tartu Ülikool
Abstract
RNA modifikatsioonid on laialdaselt levinud eri tüüpi RNA-des: informatsiooni-RNA-des
(mRNA), transpordi-RNA-des (tRNA) ja ribosomaalsetes-RNA-des (rRNA). Üks oluline
RNA modifikatsioon on N4-atsetüültsütidiin (ac4C), mille puhul modifitseeritakse
lämmastikaluse tsütosiini. ac4C modifikatsioon on katalüüsitud N-atsetüültransferaas 10
(NAT10) poolt, mille puhul arvatakse, et see ensüüm on ainus ac4C modifikatsiooni allikas
inimese rakkudes. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk on lülitada välja (knockout – KO)
NAT10 geen inimese embrüonaalsetes neeru rakkudes (HEK293F) kasutades CRISPR-Cas9
mehhanismi. CRISPR-Cas9 on väga laialdaselt kasutatav tööriist genoomi modifitseerimiseks
ning geenide funktsiooni uurimiseks. Käesoleva bakalaureusetöö tulemusena saadi rakuliinid,
kus oli vähenenud NAT10 mRNA suhteline ekspressioon, NAT10 valgu ekspressioon ja
võimekus katalüüsida ac4C RNA modifikatsiooni, ning rakuliinide enamus kloonide puhul oli
NAT10 geeni väljalülitamine osaline.
Description
Keywords
ac4C, NAT10, CRISPR-Cas9, knockout, HEK293F