Inimese NAT10 geeni väljalülitamine CRISPR-Cas9 meetodil ja väljalülituse funktsionaalne valideerimine

Abstract

RNA modifikatsioonid on laialdaselt levinud eri tüüpi RNA-des: informatsiooni-RNA-des (mRNA), transpordi-RNA-des (tRNA) ja ribosomaalsetes-RNA-des (rRNA). Üks oluline RNA modifikatsioon on N4-atsetüültsütidiin (ac4C), mille puhul modifitseeritakse lämmastikaluse tsütosiini. ac4C modifikatsioon on katalüüsitud N-atsetüültransferaas 10 (NAT10) poolt, mille puhul arvatakse, et see ensüüm on ainus ac4C modifikatsiooni allikas inimese rakkudes. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk on lülitada välja (knockout – KO) NAT10 geen inimese embrüonaalsetes neeru rakkudes (HEK293F) kasutades CRISPR-Cas9 mehhanismi. CRISPR-Cas9 on väga laialdaselt kasutatav tööriist genoomi modifitseerimiseks ning geenide funktsiooni uurimiseks. Käesoleva bakalaureusetöö tulemusena saadi rakuliinid, kus oli vähenenud NAT10 mRNA suhteline ekspressioon, NAT10 valgu ekspressioon ja võimekus katalüüsida ac4C RNA modifikatsiooni, ning rakuliinide enamus kloonide puhul oli NAT10 geeni väljalülitamine osaline.