Genoomiotsingu töövoogude arendamine BioCC OÜ jaoks

Abstract

The company BioCC OÜ consistently requires the study of microbial genes and their metabolic by-products, also known as metabolites, in its production process. This routine process, however, takes up a lot of time, which could be better used for other tasks. The aim of this work is to create assisting workflows for the workers, which would automate most of this process. As part of this work, the workflows were developed in collaboration with the company, transforming initial ideas into a working solution. In total, two automated workflows are created along with an accompanying AI agent, which joins together both production data and information from scientific literature. Finally, the completed workflows and agent are analysed and potential future improvements are proposed.

Ettevõte BioCC OÜ tootmisprotsessis on läbivalt vajalik mikroorganismide genoomi ja ainevahetusproduktide, ehk metaboliitide uurimine. See rutiinne protsess aga võtab tarbetult kaua aega, mida BioCC töötajad võiksid kasutada muude sisukamate ülesannete jaoks. Töö eesmärk on luua töötajaid assisteerivad töövood, mis automatiseeriksid enamuse sellest protsessist ning seeläbi vähendaksid töötajate ajakulu ning looksid eeldused andmete lisaväärindamiseks. Töö raames disainitakse need töövood koostöös ettevõttega. Esialgsetest mõtetest luuakse nende jaoks toimiv lahendus. Kokku valmib kaks automatiseeritud töövoogu ning nendega kaasnev AI agent, mis ühendab omavahel teaduskirjanduse ning geenitootmisandmed. Lõpus analüüsitakse valminud tööd ning tuuakse välja, milliseid edasiarendusi oleks tulevikus nende puhul võimalik teha.