Perekondliku hüperkolesteroleemiaga seotud regulatoorsete variantide identifitseerimine Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu geenidoonorite täisgenoomi järjestustest

Abstract

Perekondlik hüperkolesteroleemia on lipoproteiinide metabolismi häire, millele on iseloomulik kõrge LDL-kolesterooli tase ja varase südame isheemiatõve esinemine. Tegemist on monogeense haigusega, mis on peamiselt põhjustatud mutatsioonidest LDLR, APOB, PCSK9 ja LDLRAP1 geenides. Ligi 20%-l kliinilise diagnoosiga patsientidel ei esine aga mutatsiooni üheski eelmainitud geenis, mis viitab nii võimaliku polügeense efekti kui ka tuvastamata haiguspõhjuslike geenivariantide esinemisele. Käesoleva töö eesmärgiks oli leida perekondliku hüperkolesteroleemiaga seotud regulatoorsed variandid Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu geenidoonorite täisgenoomi järjestustest haigusega assotsieeruvate geenide üleselt. Selleks viidi läbi LDL-kolesterooli ja ApoB tasemetel põhinevad assotsiatsioonanalüüsid, kasutades lineaarse regressiooni mudeleid. Töö tulemusena identifitseeriti 7 potentsiaalset regulatoorset varianti, mille roll perekondliku hüperkolesteroleemia kontekstis viitab võimalikele seni tuvastamata molekulaarsetele mehhanismidele.