Loimurite tuvastamine keskkonnaproovide DNA-st
Date
2023
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Tartu Ülikool
Abstract
Loimurid on hõimkond mikro-loomi, keda leidub peaaegu igas ökosüsteemis. Loimurite
määramine morfoloogia kaudu on raske ja töömahukas, kuid üheks kiiremaks alternatiiviks on
nende tuvastamine DNA-triipkoodi kaudu, kus on oluline õigete praimerite valik. Antud
bakalaureusetöö raames võrreldakse Topstad et al. (2021) töös avaldatud (modifitseerimata) ja
käesolevas töös modifitseeritud praimerite efektiivsust loimuri COI ja 18S rRNA V4
regioonide amplifitseerimiseks eDNA proovidest, mille korjamise meetodid ei olnud
loimurispetsiifilised. Modifitseeritud praimerid amplifitseerisid loimurite DNA-d
efektiivsemalt proovides, kus substraatideks olid vesi ja samblad. Seda näitas suurem
tuvastatud OTU-de arv, mis peegeldab antud töös ka liigirikkust. Lisaks töös hinnati loimurite
perekondade mitmekesisust erinevates keskkonnaproovides. Kõige rohkem loimurite
perekondi tuvastati mullaproovides ja kõige vähem tuvastati samblike proovides.
Description
Keywords
loimurid, DNA triipkoodistamine, PCR praimerid