Loimurite tuvastamine keskkonnaproovide DNA-st

Abstract

Loimurid on hõimkond mikro-loomi, keda leidub peaaegu igas ökosüsteemis. Loimurite määramine morfoloogia kaudu on raske ja töömahukas, kuid üheks kiiremaks alternatiiviks on nende tuvastamine DNA-triipkoodi kaudu, kus on oluline õigete praimerite valik. Antud bakalaureusetöö raames võrreldakse Topstad et al. (2021) töös avaldatud (modifitseerimata) ja käesolevas töös modifitseeritud praimerite efektiivsust loimuri COI ja 18S rRNA V4 regioonide amplifitseerimiseks eDNA proovidest, mille korjamise meetodid ei olnud loimurispetsiifilised. Modifitseeritud praimerid amplifitseerisid loimurite DNA-d efektiivsemalt proovides, kus substraatideks olid vesi ja samblad. Seda näitas suurem tuvastatud OTU-de arv, mis peegeldab antud töös ka liigirikkust. Lisaks töös hinnati loimurite perekondade mitmekesisust erinevates keskkonnaproovides. Kõige rohkem loimurite perekondi tuvastati mullaproovides ja kõige vähem tuvastati samblike proovides.