Bioinformaatiliste tööriistade ResFinder ja RGI võrdlus Eestis isoleeritud kliiniliste Escherichia coli tüvede antibiootikumiresistentsuse tuvastamisel

Lühendatud kirje lehekülg
dc.contributor.advisorBrauer, Age, juhendaja
dc.contributor.authorArna, Sander
dc.contributor.otherTartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkondet
dc.contributor.otherTartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutet
dc.date.accessioned2025-08-05T06:54:00Z
dc.date.available2025-08-05T06:54:00Z
dc.date.issued2025
dc.description.abstractTöös kasutati Eestis kogutud kliiniliselt isoleeritud antibiootikumi suhtes resistentseid ja tundlike Escherichia coli tüvede sekveneeritud genoome, MIK väärtuseid ja vastavate antibiootikumide EUCAST murdepunkte, et hinnata kahe levinud homoloogipõhise programmi ResFinderi ja RGI resistentsusfenotüübi määramise efektiivsust. Programmide võrdlemiseks arvutati mõlema programmi spetsiifilisus, sensitiivsus, täpsus ja F1 skoori. Töö tulemusena tuvastati, et nii RGI kui ResFinderi ertapeneemi, amikatsiini ja norfloksatsiini resistentsuse ennustus võime on halb. ResFinder suudab hästi ennustada piperatsilliini, tseftasidiimi ja astreonaami resistentsust.
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/10062/112344
dc.language.isoet
dc.publisherTartu Ülikoolet
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Estoniaen
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/ee/
dc.subjectResFinder
dc.subjectRGI
dc.subjectantibiootikumiresistentsus
dc.subjectkliinilised isolaadid
dc.subjectEscherichia coli
dc.subject.otherbakalaureusetöödet
dc.titleBioinformaatiliste tööriistade ResFinder ja RGI võrdlus Eestis isoleeritud kliiniliste Escherichia coli tüvede antibiootikumiresistentsuse tuvastamisel
dc.typeThesisen

Failid

Originaal pakett

Nüüd näidatakse 1 - 1 1
Pisipilt
Nimi:
Sander_Arna.pdf
Suurus:
2.25 MB
Formaat:
Adobe Portable Document Format
Lae alla

Kollektsioonid

MRI bakalaureusetööd – Bachelor's theses