Bakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abil

Kuupäev

2016

Ajakirja pealkiri

Ajakirja ISSN

Köite pealkiri

Kirjastaja

Tartu Ülikool

Abstrakt

Teise põlvkonna sekveneerimine võimaldab anda hulgaliselt infot proovide liigilise koosluse kohta, olgu selleks näiteks inimese mikrobioomi- või keskkonnaproov. Uuemad bakterite tuvastamise programmid kasutavad määramiseks lühikesi kindla pikkusega oligomeere, olles seeläbi kiired, kuid ka mitmete puudustega. Antud töö käigus loodi tarkvara StrainSeeker, mis tuvastab sekveneerimise toorandmetest bakterid tüve tasemeni. StrainSeeker analüüsib kõigi lugemite koondinfot, mitte üksikuid lugemeid eraldi. Lisaks suudab StrainSeeker tuvastada ka andmebaasist puuduvaid organisme ning kiirus ja paindlikkus teevad selle võrreldavaks parimate avaldatud bakterite tuvastamise programmidega.

Kirjeldus

Märksõnad

bakterid, identifitseerimine, lugemid, assambleerimata, k-meer

Viide