Samaaegselt kromatiini avatust ja splaissimist mõjutavate geneetiliste variantide leidmine

Abstract

Enamuses inimese geenides leiab aset splaissimine, millega suurendatakse võimalike valkude mitmekesisust. Splaissimise geneetiline kontroll toimub läbi keerulise RNA ja regulatoorsete valkude võrgustiku. Eelnevates analüüsides on kindlaks tehtud avatud kromatiini ja splaissimise seos, mis mõnel juhul on vahendatud faktorite CTCF ja HP1 seondumisest kromatiinile. Uurisin kas CTCF või HP1 seondumine on põhiline mehhanism, mille kaudu kromatiini avatus määrab splaissimise. Analüüsis kasutasin ATAC, RNA ja ChIP sekveneerimise andmeid. Leidsin geneetilisi variante, mis mõjutavad nii kromatiini avatust, splaissimist kui ka CTCF seondumist. Siiski ei tundu CTCF ega HP1 seondumine olevat põhiline mehhanism kromatiini avatuse vahendatud splaissimise kontrolliks. Splaissimisega seotud regulatoorsete alade jätkuv uurimine on oluline, sest splaissimisvigu on seostatud paljude geneetiliste haigustega.