Sirvi Autor "Kurg, Reet, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 20 24

Cancer-testis antigen MAGE-A4 is incorporated into extracellular vesicles and is exposed to the surface
(2022-06-29) Reinsalu, Olavi; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Vähkkasvaja on väga kompleksne haigus, mis on endiselt üks suurimaid surma põhjusi maailmas. Seetõttu on vähi-uuringud olnud prioriteetne suund teaduses pikka aega. Vähivastane immuunteraapia on paljulubav uudne tehnoloogia, mis seisneb inimese enda immuunsüsteemi ergutamises vähiga tõhusamalt võitlemiseks. Üheks immuunteraapia eelduseks on sihtmärgi ehk antigeenide olemasolu, mis on spetsiifilised just vähkkoe suhtes. Vähi-testis antigeenid (ingl lüh CTA) on valgud, mida tavapäraselt rakud toodavad ehk ekspresseerivad peamiselt munandites ehk testistes, kuid haiguslikult võivad need olla kõrgel tasemel ekspresseeritud ka erinevates vähkkasvajates. On näidatud, et CTA-d osalevad vähi arengut soodustavates protsessides, kuid antigeenidena võivad need esile kutsuda ka vähivastast immuunvastust. MAGE-A4, kui tuntud CTA, on tsütoplasmas või rakutuumas lokaliseeruv osalise korrapäratu struktuuriga valk, millel on kirjeldatud nii vähi kasvu soodustavaid kui ka pärssivaid omadusi. MAGE-A4 täpsest rakulisest funktsioonist on endiselt vähe teada. Üks moodus, kuidas vähk oma arengut ning levikut kehas toetab on rakuväliste ehk ekstratsellulaarsete vesiikulite (EV-d) rakendamine soodsate tingimuste tekitamiseks kehas. EV-d on membraaniga ümbritsetud nanoskaalas osakesed, mida rakud vabastavad endast rakuvälisesse ruumi. EV-sid võib leida kõigist kehavedelikest nagu näiteks verest või uriinist. EV-sid peetakse rakuvahelise suhtluse vahendajateks, sest need on võimelised edastama bioaktiivseid molekule ühest rakust teise. Sellise laia rolli tõttu osalevad EV-d pea kõikides füsioloogilistes ja patoloogilistes protsessides kehas, sh ka vähis. Viiruslaadsed partiklid (VLP-d) on EV-de sarnase struktuuri ja suurusega osakesed, mis erinevad ainult viiruse kapsiidi poolest, mis paikneb vesiikuli sees. VLP-d viiruse genoomi ei sisalda ja pole seetõttu nakkusohtlikud. VLP-de moodustumist on võimalik esile kutsuda kui viia rakkudesse viiruse kapsiidi valgu geen. Tänu biosobivusele ja -stabiilsusele peetakse EV-sid ja VLP-sid potentsiaalseteks vahenditeks uudsetes vähivastastes teraapia ja diagnostika tehnoloogiates. Käesolevas lõputöös avastati, et MAGE-A4 paigutatakse Moloney hiire leukeemia viiruse VLP-desse ja natiivsetesse EV-desse rakkude poolt, mis MAGE-A4 ekspresseerivad. Nii kunstlikult indutseeritud VLP-d kui ka natiivselt moodustunud EV-d eksponeerivad MAGE-A4 nende välispinnal, mis on üllatav nähtus kui arvestada MAGE-A4 rakusisest lokalisatsiooni. MAGE-A4 oli tuvastatav erinevate suurustega EV populatsioonidest, mis viitab MAGE-A4 inkorporeerimisele EV-desse erinevatest alatüüpidest. Tüüpilistes EV-de hoiustamistingimustes olid MAGE-A4 kandvad EV-d (MAGEA4-EV-d) väga stabiilsed – 21 päeva pikkuse mõõtmisperioodi jooksul ei tuvastatud MAGE-A4 kontsentratsioonis ega EV omadustes muutusi. Kuid enam kui kaks sulatus-külmutustsüklit avaldavad MAGEA4-EV-dele kahjulikku mõju, millele viitas tuvastatud MAGE-A4 kontsentratsiooni langus. MAGEA4-EV-de keemiliste töötluste tulemused vihjasid MAGE-A4 seondumisele EV-de membraanile pigem hüdrofoobsete interaktsioonide toel, mitte aga elektrostaatiliste jõudude abil. Puhastatud MAGE-A4 valku ja EV-sid kokku segades järeldati, et MAGE-A4-l on biokeemilisi omadusi, mis võimaldavad sellel seonduda vesiikulite välismembraanile rakulisi mehhanisme kasutamata. MAGE-A4 ekspresseeriti ka liitvalguna rohelise fluorestsentse valguga EGFP-ga hiire fibroblastides, millest eraldati EV-d. Nende analüüsimisel selgus, et MAGE-A4 on võimeline suunama EV-desse täiendavat bioloogilist materjali, mis tavaliselt sinna ei pakita. Liitvalguna ekspresseerimine ei takistanud MAGE-A4 eksponeerumast ka EV-de pinnal nii rakust eraldatuna kui ka passiivse kontakti võimaldamisel. Nende tulemuste põhjal järeldati, et MAGE-A4 võib olla inkorporeeritud EV-desse ja VLP-desse ning paigutatud nende pinnale nii sihipäraste rakuliste radade kui ka MAGE-A4 biokeemiliste omaduste tõttu. Töös kirjeldatud omadused teevad MAGE-A4-st atraktiivse sihtmärgi EV-põhistes uudsetes vähivastastes teraapiates ning mitte-invasiivses diagnostikas.
Characterization of the TRMT112-methyltransferase network in mammalian cells
(Tartu Ülikool, 2021) Brūmele, Baiba; Kurg, Reet, juhendaja; Mutso, Margit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
TRMT112 is a small evolutionary conserved protein that acts as a co-factor and activator for different methyltransferases involved in rRNA, tRNA and protein methylation. In mammalian cells TRMT112 interacts with WBSCR22, N6AMT1, METTL5, ALKBH8, TRMT11, THUMPD2 and THUMPD3. During this research subcellular localisation and mutual interactions of TRMT112 and its partners were studied. TRMT112 level and localization in the cells is tightly regulated and there is a positive feedback loop between TRMT112 and its partners. TRMT112 interacts with all its partners in a similar way, but single amino acid mutations on the surface of TRMT112 reveal several differences as well. Lastly, partial genomic knockout of TRMT112 using CRISPR/Cas9 system significantly reduces WBSCR22 protein level in mammalian cells. In summary, mammalian TRMT112 can be considered as a central “hub” protein that regulates the activity of several of the methyltransferases it interacts with.
Diagnostic potential of extracellular vesicles in sepsis: identification of biomarkers through nanoflow cytometry analysis
(Tartu Ülikool, 2024) Tolokonnikova, Luiza; Chahwan, Richard, juhendaja; Yim, Kevin, juhendaja; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
This thesis investigates the diagnostic potential of extracellular vesicles (EVs) in sepsis, comparing their surface protein compositions with those of healthy individuals and patients with Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS). Using state-of-the-art nanoflow cytometry, this study aims to identify specific EV-based biomarkers that can facilitate the early and rapid diagnosis and effective management of sepsis, offering new perspectives in the field of critical care. The study included patients with sepsis (n=18), patients with ARDS (n=18), patients with combined sepsis and ARDS (n=18), and healthy donors (n=14). Statistical analysis revealed that several of the 17 analyzed EV surface markers differed significantly between the various groups. In the sepsis group, 10 markers were differentially expressed compared to healthy donors. In the ARDS group, a total of 12 markers were differentially expressed compared to healthy donors, with most of them overlapping with the sepsis group.
Exploring the potential of a liquid biopsy approach for melanoma diagnostics and the role of extracellular vesicles in atherosclerosis development
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2025-01-14) Kurg, Kristiina; Kurg, Reet, juhendaja; Ustav, Mart, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Doktoritöö eesmärgiks oli kaardistada MAGE-A4 ja MAGE-A10 vastaste autoantikehade ning patsientide seerumist puhastatud rakuväliste vesiikulite potentsiaali vedelbiopsia markeritena melanoomi diagnostikas. Lisaks sellele oli eesmärgiks leida, kas müokardiinfarkti põdenud patsientide seerumist eraldatud rakuvälistel vesiikulitel on erinevad omadused kui kontrollrühma patsientidel. „Vedelbiopsia“ on lai termin, mida kasutatakse kehavedelike testimise kirjeldamiseks. Vedelbiopsia meetodeid saab kasutada biomolekulaarsete tunnuste tuvastamiseks ning saadud info võib anda märku haiguste esinemise kohta. Autoantikehad võivad olla esimesed vihjed kasvaja arengust ning avalduda märkimisväärselt varem kui ilmnevad kliinilised sümptomid. Melanoomi antigeeni geeni, MAGE, valkude superperekonna osad liikmed on kasvaja-testis antigeenid (CTA-d). Tegemist on valkudega, mis võivad kasvajate korral avalduda ja põhjustada autoantikehade teket. Ekstratsellulaarsed ehk rakuvälised vesiikulid (EV-d) on rakust pärinevad nanosuurustes osakesed, mis sisaldavad vanemrakkudest pärit bioaktiivseid komponente. Antud doktoritöö tulemused näitavad, et autoantikehi ja ekstratsellulaarseid vesiikuleid saab kasutada vedelbiopsia testides melanoomi diagnoosimiseks. Lisaks võivad ekstratsellulaarsed vesiikulid ise omada bioloogiliselt aktiivseid funktsioone erinevate haiguste, antud juhul ateroskleroosi, arengus.
Immunoglobuliin G omaduste parandamine keelemudelite abil GLUT1 vastase antikeha näitel
(Tartu Ülikool, 2025) Tilk, Raimond; van der Hoek, Ave, juhendaja; Saluri, Mihkel, juhendaja; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Glükoosi transporter tüüp 1 (GLUT1) valku ekspresseerivate vähirakkude vastu on loodud antikeha, mis indutseerib nende apoptoosi. Immunoglobuliinil avastati ravimikandidaadiks saamist takistav omadus, nimelt ei suudetud kontsentratsiooni tõsta piisavalt kõrgeks, et säiliks selle ravitoime. Probleemi lahendamisel võeti abiks keelemudelid, mis pakkusid algmolekulile üheaminohappelisi mutatsioone. Antud magistritöös uuritakse keelemudelite võimekust pakkuda välja üheaminohappelisi mutatsioone antikeha järjestuses. Mudeli poolt pakutud molekulidel sooviti välja selgitada nende arendatavusega seotud omadused ja sobivus prekliinilisteks katseteks.
Inimese WBSCR22 valgu aktiivsus pagaripärmis Saccharomyces cerevisiae
(Tartu Ülikool, 2014-06-17) Leetsi, Lilian; Kurg, Reet, juhendaja; Õunap, Kadri, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Isolation of extracellular vesicles induced by Chlamydia pneumoniae infection
(Tartu Ülikool, 2024) Pelypenko, Vadym; Kurg, Reet, juhendaja; Hanski, Leena, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Tehnoloogiainstituut
Chlamydia pneumoniae is an obligate intracellular parasite distinguished by the increased resistance based on the unique life cycle including the switches between several morphological forms of high pathogenicity, resistance or metabolic activity. Despite the high antibody prevalence and diverse transmission ways, these days there is no optimal method of diagnostics of chronic form of chlamydial pneumonia. Here we introduce the study aimed to establish and optimize the protocol for isolating the extracellular vesicles derived from infected A549 lung epithelial cells and THP-1 monocytes, as well as for initial evaluation of vesicles amount produced by treated and non-treated cells via the total protein content and the level of CD63 exosome marker.
MAGE-A10 ekspressiooni uurimine inimese melanoomi rakkudes
(Tartu Ülikool, 2024) Petersell, Teivi; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Melanoomseoselisi antigeene (MAGE) on viimasel aastakümnel palju uuritud. MAGE valgud ekspresseeruvad paljudes vähirakkudes ja on leitud, et neid antigeene on kahte erinevat tüüpi. I tüüpi valgud ekspresseeruvad vähkides. Töös keskendutakse MAGE-A10 ekspressiooni uurimisele inimese melanoomi rakkudes (MeVo rakuliin). MeVo rakud hakkavad tootma pigmenti, kui neid on umbes kuu aega kasvatatud. Rakkudes toimuvad lisaks ka muutused morfoloogias ja MAGE-A10 ekspresseerimisel. Töös uuritakse veel ka teiste valkude ekspressiooni muutusi pigmenteerunud rakkudes. Huvitavaks avastuseks oli heterokromatiinsete alade teke pigmenti tootvates rakkudes. Edasi peaks uurima, miks MAGE-A10 ekspressioon MeVo rakkudes kaob ja kuidas mõjutab see melanoomi progresseerumist.
Melanoomi antigeenidega pseudotüpeeritud viirus-laadsete partiklite genereerimine
(Tartu Ülikool, 2014-06-16) Jagur, Sergei; Kurg, Reet, juhendaja; Gildemann, Kiira, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Melanoomi antigeenidega rikastatud viirus-laadsete partiklite iseloomustamine
(Tartu Ülikool, 2015) Reinsalu, Olavi; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Metüültransferaasi N6AMT1 roll β-tubuliini isotüüpide ja mikrotuubulite dünaamika regulatsioonis
(Tartu Ülikool, 2024) Suija, Mihkel; Mutso, Margit, juhendaja; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
N6AMT1 on evolutsiooniliselt konserveerunud metüültransferaas, mis osaleb erinevate rakuliste protsesside, nagu migratsioon, rakkude jagunemine ja apoptoos, regulatsioonis. Magistritöö käigus uuriti muutusi β-tubuliini isotüüpide osakaalus ja mikrotuubulite dünaamikas osteosarkoomi rakkudes, kus N6AMT1 oli vaigistatud. N6AMT1 vaigistamine muutis rakkudes olevate β-tubuliini isotüüpide omavahelist osakaalu läbi transkriptsiooni, kuid ei vähendanud oluliselt üldist tubuliinide sisaldust. Samuti leiti, et N6AMT1 vaigistamine suurendas mikrotuubulite kasvukiirust ja pikkust kuid aeglustas potentsiaalselt tsentrosomaalse nukleatsiooni kiirust. Lõpuks näidati läbi ko-immunopretsipitatsiooni, et N6AMT1 ja teised TRMT112-ga interakteeruvad metüültransferaasid WBSCR22, THUMPD2, THUMPD3 ja TRMT11 võivad interakteeruda tubuliinidega. Kokkuvõttes selgus töö tulemusel, et metüültransferaasil N6AMT1 on oluline roll mikrotuubulite dünaamika regulatsioonis, mille funktsioonaalne tähendus vajab aga edasist uurimist.
Metüültransferaaside ko-faktori TRMT112 mutatsioonanalüüs
(Tartu Ülikool, 2021) Sarap, Robert Johannes; Mutso, Margit, juhendaja; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Metülatsioon on biokeemiline protsess, mis omab mitmeid olulisi rolle geenide ekspressioonis ja kasvajate tekkes. Reguleerimata metülatsioon on tihedalt seotud paljude terviseprobleemidega. Metülatsiooni viivad läbi metüültransferaasid, mis transpordivad metüülrühma sihtmärgile. Metüültransferaasid vajavad oma metaboolse stabiilsuse ja ensümaatilise aktiivsuse jaoks ko-faktorit TRMT112. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärgiks oli uurida, kuidas mõjutavad TRMT112 mutatsioonid valgu stabiilsust ja ekspressiooni ning seondumist metüültransferaasidega
Papilloomiviiruse L1 valgul põhinevate viiruslaadsete partiklite moodustamine in vitro
(2004) Sõber, Siim; Kurg, Reet, juhendaja
Polüploidsete suurte vähirakkude iseloomustamine RD rakuliinis
(Tartu Ülikool, 2025) Tilga, Marleen; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Polüploidseid suuri vähirakke peetakse üheks võimalikuks vähi ravimiresistentsuse ning taastekke põhjustajaks. Neid rakke iseloomustab atüüpiline tuumamorfoloogia, sealhulgas mitmetuumsus ja vahel ka multilobulaarsus. Polüploidsete suurte vähirakkude teket on täheldatud pärast vähiravi. Varasemalt pole neid rakke põhjalikult uuritud, sest on arvatud, et nad on vaigistatud ning ei mõjuta kasvaja arengut. Hiljutised avastused on aga näidanud vastupidist – polüploidsetel suurtel vähirakkudel võib olla oluline roll tuumorigeneesis. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk on iseloomustada polüploidseid suuri vähirakke RD rakuliinis, hinnata nende ja atüüpiliste jagunemiste sagedust ning kirjeldada nende tekke- ja jagunemismehhanisme.
Ribosoomi biogeneesi metüültransferaas WBSCR22 on reguleeritud rakus TRMT112 poolt
(Tartu Ülikool, 2014-06-17) Matsoo, Maarja; Kurg, Reet, juhendaja; Õunap, Kadri, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
rRNA metüültransferaas WBSCR22 ja TRMT112 interaktsiooni uurimine imetaja rakkudes
(Tartu Ülikool, 2015) Toming, Heilike; Õunap, Kadri, juhendaja; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
SARS-CoV-2-vastase ravimantikeha prekliiniline arendamine
(Tartu Ülikool, 2022) Hermet, Paule; Usatv Jr, Mart, juhendaja; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Monoklonaalsed antikehad on üks kiiremini kasvavaid ravimklasse, mis on kõrgelt hinnatud just oma märklauaspetsiifilisuse ja laia kasutusala poolest. Monoklonaalseid antikehi on võimalik isoleerida immuniseeritud loomorganismidest, kuid enne inimeses kasutamist on tarvis need antikehad muuta inimese sarnasemaks ehk humaniseerida ning optimeerida sobivaks nende füüsikalis-keemilised omadused. Käesoleva magistritöö eesmärgiks oli humaniseerida küülikust isoleeritud antikeha, iseloomustada selle funktsionaalsed omadused ning arendada see potentsiaalseks ravimkandidaadiks. Magistritöö eksperimentide tulemusena saavutati kõrge humaniseeritusega antikeha, mis näitab subnanomolaarsetel kontsentratsioonidel pan-neutraliseerivat funktsionaalsust kõikide hetkel (mai 2022) levivate viirusvariantide suhtes.
Studies on the Role of Papillomavirus E2 Proteins in Virus DNA Replication
(2016-11-11) Kivipõld, Piia; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Papilloomiviirused on selgroogsete seas laialt levinud väikesed, koespetsiifilised DNA viirused, mis nakatavad naha või limaskesta epiteelkoes asuvaid keratinotsüüte. Inimese papilloomiviiruse (HPV) suurim meditsiiniline tähtsus seisneb tema võimes põhjustada mitmeid pahaloomulisi kasvajaid, sealhulgas emakakaelavähki, mis on naiste seas esinemissageduselt teisel kohal rinnavähi järel ning kõrge suremusega. HPV-d jagunevad kõrge ja madala vähitekke riskiga viirusteks. Madala riskiga viirused (HPV11, HPV6 jt) põhjustavad healoomulisi vohandeid, näiteks soolatüükaid ja kondüloome, mis tervetel inimestel kaovad immuunsüsteemi toimel aasta või paari jooksul. Pahaloomulised kasvajad võivad aja jooksul areneda rakkudest, mis on nakatunud kõrge riski HPV-dega (HPV16, HPV18 jt). Praeguseks saadaolevad HPV-vastased vaktsiinid on küll efektiivsed uue nakkuse ärahoidmisel, kuid ei paku paraku kaitset kõigi kõrge riskiga HPV-de osas, samuti on nad kulukad ning halvasti kättesaadavad arengumaades, kus leiab aset 80% emakakaelavähist tingitud surmadest. Kuigi maailmas on miljoneid HPV-ga nakatunud inimesi, ei ole tänaseks veel välja töötatud spetsiifilist viirusvastast ravi. Seetõttu on HPV-alane uurimistöö endiselt päevakorral, et paremini mõista viiruse onkogeensust ja leida uusi viise nakkuse ärahoidmiseks ning olemasolevate ravivõtete täiendamiseks. Papilloomiviiruse E2 valk osaleb viiruse DNA replikatsiooni algatamisel koos viiruse peamise replikatsioonivalguga E1. Lisaks reguleerib E2 valk viiruse varajaste geenide avaldumist ning mängib olulist rolli viiruse genoomi episomaalsel säilimisel kinnitades rakkude jagunemise käigus viiruse genoomid raku kromosoomide külge. Samas ekspresseerib papilloomiviirus lisaks täispikale E2 valgule ka sama valgu lühikesi vorme, mille ülesandeks on reguleerida täispika E2 valgu funktsioone. Eelnevalt on meie grupp näidanud, et täispikast ja transaktivatsiooni domeeni mitteomavast lühikesest E2 valgust moodustunud E2 heterodimeerid on võimelised toetama viiruse varajaste geenide transkriptsiooni ja DNA replikatsiooni. Antud töö esimeses publikatsioonis uurisin detailsemalt E2 heterodimeeri paiknemist rakus ning selle rolli viiruse DNA replikatsioonil veise papilloomiviiruse tüüp 1 (BPV1) E2 näitel. Leidsin, et BPV1 E2 heterodimeer paikneb sarnaselt täispika E2 homodimeerile rakulise kromatiini fraktsioonis, mis on kooskõlas E2 heterodimeeri võimega toetada viiruse geenide transkriptsiooni ja DNA replikatsiooni. Lisaks näitasin, et BPV1 E2 heterodimeer on võimeline siduma viiruse E1 valgu replikatsiooni alguspunktile viiruse genoomis ning toetama viiruse DNA replikatsiooni initsiatsiooni. Samas ei suutnud E2 heterodimeer säilitada viiruse genoomi jagunevates rakkudes pikema aja jooksul. Käesoleva tööga seotud järgnevas publikatsioonis uurisin HPV18 ja HPV11 E2 heterodimeeride osalust viiruse DNA replikatsioonil ning leidsin, et sarnaselt BPV1 E2 heterodimeerile toetab ka HPV E2 heterodimeer viiruse DNA replikatsiooni initsiatsiooni, kuid pole võimeline tagama viiruse genoomi pikaajalist säilimist rakus. Seega on E2 heterodimeeri võime toetada viiruse genoomi replikatsiooni initsiatsiooni konserveerunud erinevate papilloomiviiruste seas ning täispika E2 homodimeeri ja E2 heterodimeeri vaheline dünaamika on oluline reguleerimaks viiruse DNA paljundamist ja säilumist viirusega nakatunud rakkudes. HPV E2 heterodimeer oli võimeline ka maha suruma viiruse varajaste geenide avaldumist samas ulatuses kui täispika E2 homodimeer. Lisaks leidsin, et HPV18 on võimeline kodeerima transaktivatsiooni domeeni mitteomavat E8^E2 valku, mille üheks rolliks on inhibeerida HPV18 genoomi replikatsiooni, käitudes seega sarnaselt teiste papilloomiviiruste seas tuvastatud E8^E2 valkudega. Käesoleva töö kolmandaks tahuks on papilloomiviiruse DNA replikatsiooni toimumiskoha uurimine rakus. Leidsin, et HPV replikatsioonikeskuste paiknemine raku tuumas kattub osaliselt tuumsete struktuuriüksuste ND10 asetusega. Nimelt paiknesid HPV18 ja HPV11 replikatsioonivalgud E1 ja E2 kas osaliselt koos või kõrvuti ND10 struktuursete valkudega PML ja DAXX, viidates sellele, et sarnaselt teistele raku tuumas replitseeruvatele DNA viirustele (herpesviirused, adenoviirused jt) algatab ka HPV oma replikatsioonitsükli ND10 läheduses. Kuigi ND10 mängib olulist rolli rakku sisenevate viiruste replikatsiooni inhibeerimisel, on mitmed viirused leidnud viise ND10 inhibeerivast toimest vabanemiseks, sealhulgas ND10 struktuuri lõhkumise või ND10 struktuursete valkude lagundamise läbi. Üks ND10 valkudest, mis inhibeerib mitmete ND10 läheduses paljunevate viiruste replikatsiooni, on DAXX valk. Oma töös leidsin, et DAXX valk moduleerib ka HPV18 ja HPV11 varajaste geenide avaldumist ja DNA replikatsiooni. Üllatuslikult ei omanud aga DAXX valk negatiivset toimet, vaid mõjutas positiivselt HPV geeniekspressiooni ja genoomi lühiajalist replikatsiooni uuritavates rakkudes. Kokkuvõtvalt uurisin töö käigus papilloomiviiruse peamise regulaatorvalgu E2 rolli viiruse DNA replikatsioonil ning viiruse replikatsiooni toimumiskohta rakus ja sellega seotud ühe rakulise faktori, DAXX valgu, mõju viiruse replikatsioonile.
The N-terminus of Melanoma-associated antigen A10 interacts with peripheral nucleoporins
(Tartu Ülikool, 2024) Nesterovich, Alexey; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Tehnoloogiainstituut
Showing common features of tumorigenesis, Melanoma-associated antigen A10 (MAGEA10) possesses the potential for cancer therapy. MAGEA10 is a highly immunogenic MAGEA family member that acts as a hub protein and is associated with global hypomethylation. The N-terminus of MAGEA10 is involved in its expression, nuclear transport, and electrophoretic mobility shift. This thesis aims to characterise further the N-terminus of MAGEA10 and find its potential interaction partners.
Uncovering the TRMT112 methyltransferase network and characterising the cellular functions of TRMT112-network member N6AMT1
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2025-08-27) Brūmele, Baiba; Kurg, Reet, juhendaja; Mutso, Margit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Käesoleva doktoritöö eesmärk oli uurida evolutsiooniliselt konserveerunud metüültransferaasi ko-faktorit TRMT112 ja sellega interakteeruvaid metüültransferaase, keskendudes eelkõige TRMT112 interaktsioonipartnerile N6AMT1. Metüültransferaasid on valgud, mis katalüseerivad metüülrühma ülekannet erinevatele molekulaarsetele substraatidele, näiteks RNA-le, DNA-le ja teistele valkudele, ning reguleerivad seeläbi nende rakulisi funktsioone. Muutusi metüültransferaaside korrektsel funktsioneerimisel on seostatud erinevate haigustega siinhulgas neurodegeneratiivsete häirete ja vähiga. Seetõttu on oluline mõista metüültransferaaside täpseid funktsioone ja nende omavahelisi koostoime võrgustike inimrakkudes. Eukarüootsetes rakkudes on metüültransferaasi kofaktor TRMT112 ja TRMT112-ga seonduvad metüültransferaasid olulised valgusünteesi regulaatorid. Teadmised TRMT112-võrgustiku metüültransferaasidest ja nende funktsioonidest inimrakkudes on aga endiselt puudulikud. Käesoleva töö tulemused näitasid, et inimese rakkudes interakteerub TRMT112 vähemalt seitsme erineva metüültransferaasiga: N6AMT1, WBSCR22, METTL5, ALKBH8, TRMT11, THUMPD2 ja THUMPD3. Seejuures selgus, et metüültransferaaside ja TRMT112 omavaheline interaktsioon on lisaks vajalik ka nende vastastikuseks stabilisatsiooniks. Samuti näidati, et TRMT112-võrgustiku metüültransferaas N6AMT1 osaleb rakkude proliferatsiooni regulatsioonil, kuna selle vaigistamine põhjustas aeglasemat rakkude jagunemist ja muutusi korrektses rakutsükli progressioonis, eelkõige aeglasemas mitoosist väljumisel ja G1/S faasi üleminekul. Siinhulgas leiti, et N6AMT1 vaigistamine põhjustab ühe G1/S faasi üleminekuks olulise faktori tsükliin E allaregulatsiooni nii valgu kui ka mRNA tasemel. Viimaks näidati, et mitmed N6AMT1-vastased antikehad annavad ristreaktsiooni mitoosiks olulise valgu Aurora kinaas A-ga, mis võib olla põhjustatud mõlemale valgule unikaalse ENNPEE motiivi tõttu. Kokkuvõtvalt laiendasid selle doktoritöö tulemused meie arusaama TRMT112 metüültransferaaside võrgustikust ja üldisemalt metüültransferaasidega seotud rakkulistest protsessidest.