Sirvi Autor "Mägi, Elise" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 3 3

listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Poomisvastuse mõju Pseudomonas putida mõõdukate faagide infektsioonitsükli valikule
(Tartu Ülikool, 2025) Mägi, Elise; Tamman, Hedvig, juhendaja; Rosendahl, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Mõõdukad bakteriofaagid (faagid) võivad viljeleda nii lüsogeenset kui ka lüütilist elutsüklit ning on võimelised ühelt elutsüklilt teisele üle minema. Infektsioonitsükli valiku eelistust kujundavad mitmesugused nii bakterist kui ka keskkonnast lähtuvad mõjurid. Leidub viiteid, et üheks selliseks elutsükli mõjuteguriks võiks olla ka bakteri poomisvastus, mille vallandab stressitingimustes alarmoon ppGpp. On teada, et P. putida PaW85 genoom sisaldab nelja krüptilist profaagi, kuid seni pole isoleeritud ühtegi seda bakterit nakatavat mõõdukat faagi, mistõttu pole olnud võimalik ppGpp mõju neile uurida. Käesoleva töö eesmärk oli välja selgitada ppGpp ja ühtlasi ka poomisvastuse mõju P. putida profaagide lahkumissagedusele bakteri genoomist ning isoleerida keskkonnatüvedest nakatamisvõimelisi mõõdukaid faage. Tulemused näitavad, et poomisvastus soodustab lüsogeensust profaagidel P1 ja P4, kuid profaagide P2 ja P3 lahkumissagedusele ppGpp mõju ei avalda. Samuti õnnestus KAR37 tüvest isoleerida esimene P. putida PaW85 nakatav mõõdukas faag ViKa.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
ppGpp Pseudomonas putida faagivastases kaitses
(Tartu Ülikool, 2023) Mägi, Elise; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Bakterid peavad elu jooksul toime tulema väga erinevate stressitingimustega, teiste seas bakteriofaagide (faagide) rünnakutega. Paljude stressitingimuste üleelamiseks on bakteritel vajalik poomisvastus, mille vallandab alarmoonmolekul ppGpp. Lisaks teistele stressiolukordadele on ppGpp vahendatud poomisvastuse olulisust täheldatud ka bakteri kaitses faagirünnakute vastu, kuid selle täpsed mehhanismid pole veel selged. Samuti pole seda Pseudomonas putida puhul varasemalt uuritud, kuna varasemalt on isoleeritud vaid üksikuid seda bakerit nakatavaid faage. Käesoleva töö eesmärk oli faagide ppGpp-sõltuvust uurides välja selgitada ppGpp ja ühtlasi ka poomisvastuse mõju P. putida faagitaluvusele. Tulemused näitavad, et ppGpp-l on faagiresistentsuses oluline roll, suurendades P. putida faagitaluvust 74% uuritud faagide korral ning osade faagide puhul kuni ligi 100 korda võrreldes ppGpp deletsioontüvega. Veel näitavad tulemused, et ppGpp-sõltuvuse tugevus on varieeruv ning erineb uuritud faagidel tugevalt. Samuti ilmnes poomisvastuse kaitse erinev tugevus tahkel ja vedelas söötmes.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
The opposite effects of stringent response on phage infection of Pseudomonas putida
(2026-01-02) Lewańczyk, Alicja Cecylia; Hinnu, Mariliis; Mägi, Elise; Rikberg, Roger; Brauer, Age; Tamman, Hedvig
Guanosine tetra- and pentaphosphate ((p)ppGpp) are one of the key players in the stress response of bacteria. Accumulation of these alarmones activates the stringent response, usually triggered by different nutritional stresses. For Pseudomonas putida, there is only limited data available on the importance of the stringent response in stress situations. Also, in recent years, different specific phage defence systems have received much attention, but little is known about the involvement of stringent response in phage infection. Here, we show that P. putida PaW85 (p)ppGpp0 is prototrophic and tolerates chemical stress well. However, in the stationary phase P. putida cells deprived of (p)ppGpp have impaired membrane integrity. In addition, we conducted a large-scale screening of stringent response effects on phage infections using the CEPEST phage collection. We tested 67 phages of 22 different species and revealed that the lack of (p)ppGpp has opposing effects on phage infection with nearly half of the tested phages showing higher infection efficiency on the (p)ppGpp0 cells, whereas the other half shows reduced infection. We show that the differences in phage infection efficiency for phages Aura and Amme-3 are not caused by adsorption rate differences, but alterations in downstream steps of the infection cycle—prolonged latent period in the absence of (p)ppGpp or unproductive infection in the presence of (p)ppGpp. Altogether, results indicate that the role of stringent response in phage infection is highly diverse, and over half of the times the presence of (p)ppGpp facilitates phage infections rather than protects the cells.