Sirvi Autor "Rosendahl, Sirli, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 3 3

Kromosomaalsete toksiin-antitoksiin süsteemide ja profaagide mõju Pseudomonas putida faagiresistentsusele
(Tartu Ülikool, 2022) Piirmets, Kendra; Hõrak, Rita, juhendaja; Rosendahl, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Kromosomaalseid toksiin-antitoksiin süsteeme ja profaage peetakse bakteri faagikaitsemehhanismideks. Profaagid kaitsevad bakterit endasarnaste faagide eest, kuid toksiin-antitoksiin süsteemide roll faagiresistentsuses pole veel selge. Sellest lähtuvalt oli käesoleva töö eesmärgiks välja selgitada, kas kromosomaalsetel toksiin-antitoksiin süsteemidel ja profaagidel on mõju Pseudomonas putida faagiresistentsusele. Tulemused näitasid: (1) profaagid suurendavad P. putida faagiresistentsust Vända F1, Vända F2, Erra S1 ja Erra M1 faagidega nakatamisel; (2) P. putida kromosomaalsed toksiin-antitoksiin süsteemid pole faaginakkuse korral kasulikud, vaid pigem kulukad (Erra M1) või ei avalda faaginakkuse korral mingit mõju (Vända F1, Vända F2, Erra S1, Erra jõgi, Emajõgi).
Poomisvastuse mõju Pseudomonas putida mõõdukate faagide infektsioonitsükli valikule
(Tartu Ülikool, 2025) Mägi, Elise; Tamman, Hedvig, juhendaja; Rosendahl, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Mõõdukad bakteriofaagid (faagid) võivad viljeleda nii lüsogeenset kui ka lüütilist elutsüklit ning on võimelised ühelt elutsüklilt teisele üle minema. Infektsioonitsükli valiku eelistust kujundavad mitmesugused nii bakterist kui ka keskkonnast lähtuvad mõjurid. Leidub viiteid, et üheks selliseks elutsükli mõjuteguriks võiks olla ka bakteri poomisvastus, mille vallandab stressitingimustes alarmoon ppGpp. On teada, et P. putida PaW85 genoom sisaldab nelja krüptilist profaagi, kuid seni pole isoleeritud ühtegi seda bakterit nakatavat mõõdukat faagi, mistõttu pole olnud võimalik ppGpp mõju neile uurida. Käesoleva töö eesmärk oli välja selgitada ppGpp ja ühtlasi ka poomisvastuse mõju P. putida profaagide lahkumissagedusele bakteri genoomist ning isoleerida keskkonnatüvedest nakatamisvõimelisi mõõdukaid faage. Tulemused näitavad, et poomisvastus soodustab lüsogeensust profaagidel P1 ja P4, kuid profaagide P2 ja P3 lahkumissagedusele ppGpp mõju ei avalda. Samuti õnnestus KAR37 tüvest isoleerida esimene P. putida PaW85 nakatav mõõdukas faag ViKa.
Pseudomonas putida profaag 1 kodeerib RexAB tüüpi faagikaitse geene
(Tartu Ülikool, 2025) Kängsep, Anu; Hõrak, Rita, juhendaja; Rosendahl, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pseudomonas putida on keskkonnabakter, kelle genoomis on neli profaagi, mis tõstavad tema faagitolerantsust. Meie laboris on leitud, et profaag 1 kaitseb faagide Kompost-2 (7B) ja Konnatiik (5B) eest. Sellest lähtuvalt oli magistritöö eesmärk uurida, millised P1 geenid vastutavad selle kaitse eest ning millist tüüpi faagikaitsesüsteemiga on tegemist. Tulemused näitasid, et faagitolerantsuse eest vastutavad geenid PP_5643 ja PP_5644. Nende produktideks olevad valgud seonduvad teineteisega. Tegemist on RexAB tüüpi kaitsesüsteemiga, millele viitas nii bioinformaatiline analüüs kui ka kaksikhübriidide ja komplementatsioonitüvedega läbiviidud katsed. Lisaks viitasid tulemused, et PP_5643 on faagi sensorvalk ja PP_5644 efektorvalk, mis on võimeline inhibeerima bakteri kasvu.