Sirvi Autor "Sedman, Tiina, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 6 6

Aktiivse proteiinkinaasi N3 tootmine imetajarakkudes bakuloviiruste abil
(Tartu Ülikool, 2024) Undrits, Elisabeth; Viht, Kaido, juhendaja; Sedman, Tiina, juhendaja; Kopantšuk, Sergei, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Proteiinkinaas N3 seonduvate inhibiitorite arendamise vastu on kasvav huvi, kuid katseteks aktiivse kinaasi tootmiseks tuleb optimeerida ekspressioonisüsteem, millega saaks toota nii PKN3 kui seda aktiveerivat kinaasi PDPK1. Käesolevas töös kasutati mitme geeni koekspressiooniks imetajarakkudes MultiBacMam™ tehnoloogiat, mille käigus loodi 11 dual promootoriga (ekspresseerimiseks putukas ja imetajas) bakuloviirust. Valkude ekspressiooni kontrolliti immunofluorestsentsmikroskoopia ja Western blot meetoditel.
Hansenula polymorpha rekombinatiivse helikaasi Irc3 ekspressioon, puhastamine ja aktiivsuse võrdlus Saccharomyces cerevisiae Irc3-ga
(Tartu Ülikool, 2018) Maal, Kadri; Sedman, Tiina, juhendaja; Sedman, Juhan, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
H. polymorpha on termotolerantne metülotroofne pärmseen, mille optimaalne kasvutemperatuur on 45 C (Levine ja Cooney, 1973) ning mis sobib hästi rekombinantsete valkude tootmiseks (Hollenberg ja Gellissen, 1997). Irc3 on mitokondriaalne helikaas, mis on oluline mitokondriaalse DNA säilitamisel (Sedman jt., 2014). Antud töö eesmärgiks oli ekspresseerida ja puhastada H. polymorpha Irc3 helikaas ning viia läbi ATPaasse aktiivsuse mõõtmised erinevatel temperatuuridel, et vaadata võimalikku temperatuuri mõju Irc3 valgu aktiivsusele. Samad katsed viidi läbi ka S. cerevisiae Irc3-ga. Katsete tulemusena selgus, et H. polymorpha Irc3 valgul esines ATPaasset aktiivsust veel ka 42 C juures, kuid S. cerevisiae valgul mitte. See näitas, et H. polymorpha Irc3 valk on termostabiilsem võrreldes S. cerevisiae Irc3-ga.
Irc valkude mõju Saccharomyces cerevisiae spooride elumusele ja mitokondriaalse DNA stabiilsusele
(Tartu Ülikool, 2014-06-10) Falten, Carolin; Sedman, Tiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Irc3 is a mitochondrial branch migration enzyme in Saccharomyces cerevisiae
(2018-02-15) Gaidutšik, Ilja; Sedman, Juhan, juhendaja; Sedman, Tiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Mitokonder (mt) on raku organell, mida tihtipeale seostatakse oksüdatiivse fosforüleerimisega ehk energia tootmisega ATP kujul. Mitokondris on oma genoom, mis kodeerib mõningaid valgulisi komponente oksüdatiivse fosforüülimise läbiviimiseks. Seetõttu on mitokondri genoom hädavajalik enamike eukarüootsete organismide ellujäämiseks. Kuna mt genoom ei kodeeri kõiki mitokondri funktsioneerimiseks vajalikke valke, siis on enamik mitokondriaalseid valke tuuma päritolu. Kuidas mitokondriaalset DNAd säilitatakse ja millised valgud selles osalevad pole lõplikult teada. Seda protsessi aitab paremini mõista uute mtDNA säilitamises osalevate valguliste faktorite väljaselgitamine. Pagaripärm S. cerevisiae on eukarüootne mudelorganism, mille eripäraks on võime eksisteerida ilma mtDNA-ta. See teeb antud mudelorganismi mugavaks mudelobjektiks mtDNA säilitamisega seotud protsesside uurimisel. Antud töö eesmärk oli uurida valgu Irc3 bioloogilist rolli pagaripärims. Senini oli teada, et see valk sisaldab konserveerunud helikaasseid motiive ning tundmatu funktsiooniga C-terminaalset domeeni. Lisaks arvati, et Irc3 omab funktsiooni mitokondris. Leidsime, et Irc3 on tõepoolest mitokondriaalne valk, mis on vajalik mtDNA säilitamiseks. Lisaks näitasid biokeemilised katsed, et Irc3 on spetsiifiline DNA helikaas, mis töötab hargnenuid DNA struktuuridega nagu replikatioonikahvlid ja Holliday ühendused. Uurides valku Irc3 lähemalt selgus, et ensüümi C-terminaalne domeen tagab valgu spetsifilisuse nimetatud struktuuride suhtes ja on vajalik enamuste ensüümi aktiivsuste säilimiseks. Minu doktoritöö tulemusel paigutub Irc3 spetsiifiliste helikaaside hulka. Need valgud funktsioneerivad homoloogilise rekombinatsiooni valdkonnas. Arvatavasti omab Irc3 pärmi mitokondris mitu funktsiooni olles nii spetsiifilise mtDNA reparatsiooni raja, käivitaja, homoloogilise rekombinatsiooni katalüüsija kui ka rekombinatsiooni kontrollija. Rekombinatsioon on sage protsess pärmi mitokondris ja hädavajalik mtDNA säilitamiseks. Antud töö näitas veenvalt, et helikaasse aktiivsusega valk, mis töötab hargnenud DNA molekulide peal, on vajalik pärmi mitokondriaalse säilitamise DNA jaoks.
IRC3 valgu mõju mitokondriaalse genoomi stabiilsusele
(Tartu Ülikool, 2013) Villemson, Karin; Sedman, Tiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Mitokondriaalsel helikaasil Hmi1 ja transkriptsioonil on oluline mõju mitokondriaalse DNA sünteesile S. cerevisiae rho- mutantides
(Tartu Ülikool, 2018) Salumäe, Astrid; Sedman, Tiina, juhendaja; Sedman, Juhan, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pärmi mitokondri ja mitokondriaalse DNA (mtDNA) uurimiseks kasutatakse petite mutante, kuid siiani on teadmata, kuidas toimub mtDNA replikatsiooni nii metsiktüüpi (rho+) kui defektse mtDNA-ga (rho-) petite mutantides. Selgusetu on ka aktiivse ori-ga rho- tüvede hüpersupressiivsuse mehhanism. Välja on käidud kaks replikatsiooni initsiatsiooni mudelit: RNA praimeerimisega ja rekombinatsioonist sõltuv. Antud töös uuriti kahe rho+ mtDNA säilitamiseks vajaliku mitokondriaalse valgu, RNA polümeraasi Rpo41 ja mtDNA helikaasi Hmi1 deletsiooni mõju rho- tüvede mtDNA replikatsiooni intermediaatidele