Sirvi Autor "Teras, Riho, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 11 11

Ekstratsellulaarsete peptiidide mõju Pseudomonas putida biofilmile fis-i üleekspressiooni tingimustes
(Tartu Ülikool, 2020) Puhm, Marge; Teras, Riho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pseudomonas putida on taimede kasvu soodustav bakter, mis koloniseerib taimede juuri ja moodustab biofilmi. Taimejuurtele kinnitumiseks ja biofilmi moodustamiseks toodab P. putida pinnavalku LapA, mille ekspressiooni mõjutab olulisel määral globaalne regulaatorvalk Fis (ingl factor for inversion stimulation). Fis-i üleekspressiooni biofilmi võimendav efekt ilmneb polükatioonse peptiidi olemasolul bakteri kasvukeskkonnas ning biofilmi soodustav toime käib arvatavasti adhesioonivalgu LapA kaudu.
Fis regulates Pseudomonas putida biofilm formation by controlling the expression of lapA
(2018-05-17) Ainelo, Hanna; Teras, Riho, juhendaja
Bakterid elavad looduses valdavalt biofilmis, pinnale kinnituvate bakterite kogumis. Biofilmis elamisel on bakterite jaoks mitmeid eeliseid. Biofilmis elavad bakterid on kahjulike keskkonnamõjude eest paremini kaitstud ja heades tingimustes aitab pinnale kinnitumine nendesse tingimusesse jäädagi. Biofilm ei ole kasulik mitte ainult bakteritele, vaid paljud biofilmi moodustavad bakterid on vajalikud ka taimedele. Üheks selliseks bakteriks on Pseudomonas putida, mida uurin oma doktoritöös. P. putida moodustab biofilmi taime juurtel ja kaitseb taimi, ka põllumajanduslikult olulisi kultuure, haigustekitajate eest ning soodustab nende kasvu. Käesoleva töö käigus leiti juhuslikult, et P. putida biofilmi mõjutab bakteri keskne regulaatorvalk Fis. Kui bakterid satuvad headesse tingimustesse, siis Fis-i roll on suunata nad kiirelt kasvama ja kui toitained saavad otsa, siis aeglustada kasv jälle maha. Me nägime, et liiga palju Fis-i tootvad bakterid ei suuda ringi liikuda. Sealt tekkis kahtlus, et äkki nad ei liigu sellepärast, et jäävad hoopis paigale ja moodustavad biofilmi. See teooria osutus tõeseks ja püstitas kohe järgmise küsimuse, kuidas Fis suunab bakterid biofilmi moodustama? Me leidsime, et Fis soodustab ühe väga suure kleepvalgu tootmist. See kleepvalk, LapA, on biofilmi tekkeks väga oluline, kuna võimaldab bakteritel nii pinnale kui teineteisega kleepuda. Käesolevas töös näitasime, et Fis seondub kahes kohas lapA geeni ette ja just neid kohti kasutades soodustab LapA tootmist. Lisaks kirjeldasime need kohad (promootorid), kust algab lapA mRNA tootmine. Kui tavaliselt on ühel geenil üks või kaks promootorit, siis lapA geenil on neid lausa kuus. Kokkuvõttes lõi see töö uusi teadmisi P. putida biofilmi regulatsioonist ja aitab seega paremini mõista selle kasuliku mullabakteri elu väga olulist etappi.
Geeni lapG transkriptsiooni regulatsioon Pseudomonas putida’s
(Tartu Ülikool, 2024) Räis, Gea Maris; Teras, Riho, juhendaja; Hendrikson, Johanna, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Käesolevas töös uuritakse Pseudomonas putida geeni lapG ning PP_0163 transkriptsiooni regulatsiooni sõltuvust sigmafaktorist RpoS, globaalsest regulaatorist Fis ja keskkonnas olevast fosforist. P. putida on risosfäärne bakter, mis eelistab elada biofilmina taimejuurtel, kuna seal on rohkem toitaineid, kui risosfäärist kaugemal olevas mullas. Varasemalt on uuritud põhjalikult P. putida biofilmi jaoks oluliste lap geenide, nagu lapA posttranskripsioonilist regulatsiooni ning lapE transkriptsioonilist regulatsiooni. Samas, LapG puhul on uuritud posttranslatsioonilist regulatsiooni kuid vähem lapG transkriptsiooni. Käesolevas töös leiti, et lapG promootor(id) asub/asuvad geenidevahelisel alal ning geenil PP_0163 võib olla isegi kaks promootorit, millest üks asub geenidevahelisel alal, teine lapG-s
Inimese kliinilistest materjalidest ja normaalsest soole mikrofloorast isoleeritud Escherichia coli tüvede virulentsusfaktorid
(Tartu Ülikool, 2013) Lillo, Jana; Sepp, Epp, juhendaja; Kõljalg, Siiri, juhendaja; Teras, Riho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
LapF-i ja taimemetaboliitide mõju Pseudomonas putida biofilmile ja kasvule
(Tartu Ülikool, 2020) Aaver, Mia-Nicolena; Teras, Riho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pseudomonas putida on taimede kasvu soodustav bakter, mis kinnitub taime juurtele ja moodustab seal biofilmi. P. putida tõrjub taimepatogeene ja aitab toitaineid pinnasest kätte saada. Biofilmi moodustamisel ja raku hüdrofoobsuse kujunemisel mängib rolli valk LapF. Töös uurisin nelja taime kaitsemehhanismidega seotud kemikaali (naatriumsalitsülaadi, katehhooli, H₂O₂ ja paraquat’i) mõju P. putida kasvule ja biofilmi biomassile. Lisaks uurisin, kas LapF olemasolu parandab bakteri vastupanuvõimet kemikaalidele. Selgus, et kõik neli kemikaali mõjutavad bakteri kasvu ja biofilmi. LapF-i puudumisel ja naatriumsalitsülaadi lisamisel oli bakteri biofilmi biomass väiksem ning generatsiooniaeg pikem. Teiste kemikaalide puhul LapF-l olulist mõju polnud
MikroRNAde ekspressiooni muutuste tuvastamine vitiliigohaigete perifeerse vere mononukleaarsetes rakkudes
(Tartu Ülikool, 2014-06-17) Sarv, Siiri; Reimann, Ene, juhendaja; Teras, Riho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pseudomonas putida geenide pfeR-II ja gacS promootorite asukoht ja võimalik regulatsioon ekskludoniga
(Tartu Ülikool, 2022) Hendrikson, Johanna; Teras, Riho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
P. putida on laialdase levikuga bakter, mis muuhulgas koloniseerib risosfääri ning millel on kirjeldatud taimekasvu soodustavat mõju. Biofilmi moodustumisel on taimejuurte koloniseerimises on oluline roll. GacS-GacA on kahekomponendiline süsteem, mille aktivatsioon soodustab biofilmi teket. PfeR-II valgu funktsioon ei ole teada, kuid võib olla seotud raua omastamisega. Antud töö käigus tuvastati P. putida geenide gacS ja pfeR-II promootorid ning uuriti antud promootorite sõltuvust alternatiivsest sigma faktorist RpoS ja globaalse regulaatorvalgu Fis mõju. Lisaks hinnati erinevate faktorite mõju geeni pfeR-II transkriptsioonile.
Pseudomonas putida globaalse regulaatori Fis osalus biofilmi moodustumises
(Tartu Ülikool, 2013) Moor, Hanna; Teras, Riho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Reportersüsteemi loomine ekskludoni uurimiseks bakteris Pseudomonas putida
(Tartu Ülikool, 2024) Keskküla, Mia-Lota; Teras, Riho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Bakterite geenid paiknevad genoomis tihedalt ja leidub geene, mis jagavad promootorala ja mille regulatsioon toimub samalt alalt. Üks selline regulatsiooni viis on ekskludon. Bakteril Pseudomonas putida puudub tööriist vastassuunaliste geenide transkriptsiooni uurimiseks. Selle töö eesmärk oli leida sobiv fluorestseeruvate valkude (FV) paar, mida saaks kasutada P. putida’s lihtsalt ja kiirelt vastassuunalise transkriptsiooni uurimiseks samaaegselt. Lisaks oli oluline, et reportersüsteem oleks kasutatav ka täissöötmes. Selleks konstrueeriti plasmiid vastavad plasmiidid. Töös kasutati nõrka gacS-PP_1651 ja tugevat olevast NuoA1-Fm3mut promootorala. Selle töö käigus leiti, et kõige paremini sobivad P. putida’s koos kasutamiseks FV-d mScarlet-I ja mVenus, mida sai kasutada mõõtmiseks nii LB kui M9-glc-CAA söötmes.
The role of global regulator Fis in regulating the expression of lapF and the hydrophobicity of soil bacterium Pseudomonas putida
(2018-05-17) Lahesaare, Andrio; Teras, Riho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Bakteritel on pikaaegse evolutsiooni käigus välja kujunenud omadused ja mehhanismid selleks, et olla kohanemisvõimelised ja jääda ellu mitmesugustes keskkonnatingimustes. Vastavalt vajadusele muudavad bakterid oma eluvormi, ujudes vabalt keskkonnas ringi või olles paiksed ja moodustades koos teiste bakteritega ühise kooseluvormi, mida nimetatakse ka biofilmiks. Biofilmis elades on bakterid paremini kaitstud kahjulike keskkonnamõjude eest. Üleminek liikuvalt eluviisilt paiksele algab tavaliselt bakterite kinnitumisega elusale või elutule pinnale. Erinevatele pindadele kinnitudes võivad bakterid tekitada tõsist kahju näiteks meditsiini ja tööstusvaldkondades. Samas, biofilmi moodustavaid baktereid on kasutatud ka edukalt näiteks mürgiste ühendite eemaldamiseks keskkonnast. Üks peamisi bakteriraku pinna omadusi, mis aitab kinnitumisele kaasa, on hüdrofoobsus. Hüdrofoobsema pinnaga rakud liituvad ehk agregeeruvad omavahel paremini, tänu millele nad vähendavad kättesaadavat rakupinda kahjulikele ainetele. Näiteks mullabakter Pseudomonas putida muudab oma rakupinda hüdrofoobsemaks kokkupuutel erinevate toksiliste ainetega. P. putida on kosmopoliitne bakter, mis tihti elab taimejuurtel ja soodustab taimede kasvu. Üldiselt mullabakterid eelistavad elada taimejuurte ümber risosfääris, sest taimed eritavad juurte kaudu bakterite jaoks kergesti kasutatavaid toitaineid. Samas, taimed võivad juurte kaudu ümbritsevasse mulda eritada ka toksilisi ühendeid. Seega bakterid peavad kohanema nii kasvu soodustavate kui ka pärssivate tingimustega. Käesolevas töös kirjeldatakse P. putida pinna hüdrofoobsufaktorit LapF-i ning selle geeni regulatsiooni Fis-ga. Varem ei ole avaldatud seoseid LapF-i ja P. putida pinna hüdrofoobsuse vahel ega ole ka teada detailsemat infot lapF geeni ekspressiooni regulatsiooni kohta. P. putida rakud, mis toodavad pinnavalku LapF, on stressitingimustes hüdrofoobsemad võrreldes rakkudega, kus puudub LapF. LapF-st tulenev hüdrofoobsem rakupind võib omada potentsiaalset kaitsvat rolli P. putida’le. LapF-ga P. putida’l on soodustatud rakkude liitumine, tänu millele vähendatakse toksilistele ainetele kättesaadavat rakupinda. Kirjeldatud kaudne kaitsemehhanism võib olla üks seni avastamata LapF-i rolle mullabakteris P. putida.
Söötmekomponentide mõju Pseudomonas putida biofilmile
(Tartu Ülikool, 2018) Puhm, Marge; Teras, Riho, juhendaja; Ainelo, Hanna, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pseudomonas putida on levinud mullabakter, mis risosfääris elades soodustab taime kasvu, vähendades taimepatogeenide nakatamise efektiivsust. Selleks, et P. putida püsiks juurtel ning konkureeriks patogeenidega, moodustab ta biofilmi. Globaalne regulaator Fis soodustab P. putida biofilmi teket täissöötmes LB, kuid defineeritud söötmes M9 glc CAA ei soodusta biofilmi. Selles töös püstitati hüpotees, et Fis-i biofilmi soodustav toime sõltub söötmekomponentidest, milles bakterit kasvatatakse. Teisisõnu, keskkonnast kättesaadavad toitained mõjutavad P. putida biofilmi moodustumist. Katsetest selgus, et Fis-i soodustav efekt P. putida biofilmi moodustumisele sõltub söötmest, milles baktereid kasvatati ning varem kirjeldatud fis-i üleekspressiooni biofilmi suurendav toime LB täissöötmes ei ole tingitud toitainete hulgast, vaid võib olla seotud valgulise komponendi sisaldusega söötmes.