Sirvi Autor "Viggor, Signe, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 12 12

Alkaani hüdroksülaasi, AlkB, mitmekesisus Läänemere bakterites
(Tartu Ülikool, 2014-06-11) Lenskaja, Anastassia; Viggor, Signe, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Alkaanide lagundamise iseloomustamine Acinetobacter venetianus tüves ICP1
(Tartu Ülikool, 2021) Peterson, Celeste; Viggor, Signe, juhendaja; Jõesaar, Merike, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Tõsiseid keskkonnaprobleeme põhjustavad naftareostused on ülemaailmne probleem, nende likvideerimiseks on vaja efektiivseid ja keskkonnasõbralikke meetodeid. Käesolevas töös uuriti Acinetobacter venetianus tüve ICP1 metaboolset võimet lagundada toornaftas leiduvaid n alkaane. Tüve ICP1 täisgenoomi analüüsil tuvastati neli alkaani hüdroksülaasi geeni (alkMa, alkMb, P450 ja almA), mis paiknevad genoomis hajusalt ning eraldi operonides. Geenide alkMa, alkMb ja P450 ekspressiooni indutseerivad n-alkaanid C9-C32 ja toornafta. Geeni almA ekpressiooni tasemed olid kõrgemad, kui induktoritena kasutati C22 ja toornaftat. MATH testi tulemused erinevate hüdrofoobsete orgaaniliste solventidega näitasid, et A. venetianus tüve ICP1 raku pind on hüdrofoobne. Käesolev uurimistöö näitas, et A. venetianus ICP1 on võimeline lagundama alifaatseid süsivesinikke ning seda bakterit võiks kasutada naftareostuse likvideerimiseks bioaugmentatsiooni meetodil.
AlkB järjestuste mitmekesisuse võrdlemine Läänemere 2008. ja 2009. aasta alkB klooniraamatukogude põhjal
(Tartu Ülikool, 2013) Pärnpuu, Liis; Viggor, Signe, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
C1 ühendid ja Pseudomonas putida stressivastused
(Tartu Ülikool, 2024) Linno, Kirke; Jõesaar, Merike, juhendaja; Viggor, Signe, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Üha olulisem on leida keskkonnasõbralikke viise keemiliste ühendite tööstuslikuks tootmiseks. Üheks võimaluseks on kasutada baktereid, mis suudavad kasvada C1 ühenditel. Käesolevas magistritöös uuriti Pseudomonas putida tüve KT2440 ning antud tüve põhjal geneetiliselt muundatud tüvede KT2440_C1-S-Aux ning KT2440_C1-S-Aux_pM_C. necator (CSA_pMnec) stressivastuseid metanooli ja formiaadi lisamisel kasvukeskkonda. Madalad metanooli ning formiaadi kontsentratsioonid ei põhjustanud nendel tüvedel SOS-vastust ega oksüdatiivse stressi taseme tõusu. Kõrgematel C1 substraatide kontsentratsioonidel oli näha oksüdatiivse stressi tõusu. Mutantsete tüvede membraan oli tundlikum kemikaalide poolt põhjustatud stressi suhtes kui KT2440 membraan, samas formiaat ei mõjunud nende membraanidele kahjustavalt. Kõrgemad metanooli kontsentratsioonid muutsid rakkude membraanid läbilaskvaks. Tüve CSA_pMnec membraan on vastupidavam 25% metanoolile võrreldes teiste uuritud tüvedega. Lisaks stressivastuste tekkele oli näha ka muutusi mutantsete rakkude morfoloogias ning katalaasses aktiivsuses.
Heat shock and chemical-induced stress response of Pseudomonas putida strains
(Tartu Ülikool, 2024) Grigorjeva, Jūlija; Jõesaar, Merike, juhendaja; Viggor, Signe, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Tehnoloogiainstituut
The C1 chemicals, such as formate and methanol, are potential feedstocks for sustainable bioproduction. This thesis investigates whether microorganisms that have been genetically modified to assimilate these substances through the reductive glycine pathway face stress. The growth experiments in C1 substrates under heat shock and chemical stress conditions by using stress response reporter systems, pAG032 and pBSibp_Amp, were performed. pBSibp_Amp is a better choice for measuring the heat shock response because it gives much higher ratios than pAG032, and fluorescent bacterial proteins, naturally produced by P. putida and the red fluorescent protein’s fluorescence spectra from plasmid do not overlap. Genetically modified strains can tolerate high concentrations of methanol and formate but do not yield biomass in these growth conditions.
Keskkonnaproovidest lignotsellulolüütiliste bakterite isoleerimine
(Tartu Ülikool, 2025) Annok, Tuuli; Viggor, Signe, juhendaja; Jõesaar, Merike, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Lignotselluloosist jääkainena eraldatud ligniin on biotehnoloogias suure potentsiaaliga biopolümeer, mille struktuuris leidub palju huvipakkuvaid monomeere ja aromaatseid ühendeid, mida väärindada. Käesoleva töö raames isoleeriti tiigiveest ja lehekompostist 45 bakteritüve, millele tehti erinevaid biokeemilisi teste ja fülogeneetilisi analüüse, et tuvastada lignotsellulolüütilise aktiivsusega tüvesid. Katsete käigus selgitati välja tüvede võime lagundada tselluloosi ja hemitselluloosi komponente lignotselluloosis ehk erinevaid süsivesikuid ning ligniini lagunemisel tekkivaid aromaatseid vaheühendeid. Lisaks testiti lignotselluloosi lagundavate ensüümide tsellulaas, amülaas, 𝜷-1,4-glükosidaas ja lakaas olemasolu, millest viimane on oluline ligniini lagundamisel. Kõikidest isoleeritud tüvedest koostati fülogeneesipuu, mis annab infot tüvede jaotumisest hõimkondadesse.
Kirde-Eesti tööstus piirkonna isolaatide naftaleeni ja fenooli lagundamise võimekus
(Tartu Ülikool, 2025) Must, Adeele; Viggor, Signe, juhendaja; Jõesaar, Merike, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Eesti põlevkivitööstuse piirkonnas on pikaajalise reostuse tõttu kujunenud unikaalsed mikroobikooslused, kus baktereid on kohastunud lagundama toksilisi aromaatseid ühendeid, nagu naftaleen jafenool.1988.aastal“Estonia”kaevandusepõlengu kustutamise järel viidi looduses- se laboris konstrueeritud bakteritüved, mis kandis fenooli lagundavat operoni pheBA. Antud töös uuriti,kas see operon on aastakümneid hiljem looduses säilinud. 2023.aastal Kirde-Eestist kogutud proovidest isoleeriti 89 naftaleeni lagundavat bakteritüve ning leiti, kirjeldati samadest proovipunktidest erinevalt eraldades saadud tüve 2S2RP1, mis kannab endiselt pheBA operoni plasmiidilisel kujul. See näitab, et biopuhastuses kasutatud tehislik operon võib looduses püsida ja levida, pakkudes väärtuslikku teavet tulevaste biotervenduse lahenduste jaoks.
Läänemere pinnavee ja setete mikroobide mitmekesisus külmal perioodil: naftasaaduste lagundamise kataboolne potentsiaal
(Tartu Ülikool, 2018) Liivapuu, Kevin; Viggor, Signe, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Naftareostuse risk Läänemerel suureneb iga aastaga tiheneva laevaliikluse tõttu. Töös uuriti talvisel perioodil Läänemere pinnaveest ja setetest isoleeritud naftasaadusi lagundavaid baktereid ning mikroobikoosluste muutumist erinevatel temperatuuridel toornafta lisamisel. Analüüsil selgus, et erinevad keskkonnategurid (soolsus, temperatuur, alkaanide kontsentratsioon jne.) mõjutavad mikroobikoosluste koostist. 16S rRNA geeni fülogeneetilise analüüsi alusel domineerisid talvisel perioodil isoleeritud tüvede hulgas hõimkonnad Proteobacteria ja Actinobacteria. Leiti, et Läänemere bakterid on võimelised lagundama erinevaid alifaatseid ja aromaatseid süsivesinikke ning nende lagundamiseks vajalik kataboolsete geenide hulk ja mitmekesisus on suur.
Pseudomonaadide võime lagundada metüül- ja klorosalitsülaate fenooli või salitsülaati sisaldavatest segudest
(Tartu Ülikool, 2025) Saan, Deili; Jõesaar, Merike, juhendaja; Viggor, Signe, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Selles töös uuriti P. pseudoalcaligenes C70, P. fluorescens PC20 ja P. putida NCIB 9816-4 võimet lagundada metüül- ja klorosalitsülaate fenooli või Na-salitsülaati sisaldavatest segudest. Katsete käigus kasvatati tüvesid fenooli või salitsülaati sisaldavates minimaal- või R2A söötmetes kuhu oli lisatud metüül- või klorosalitsülaate. Samuti määrati salitsülaadi 1-hüdroksülaase ning katehhooli dioksügenaase kodeerivate geenide ekspressioon segasubstraatidel kasvanud rakkudes ning spektrofotomeetriliselt hinnati substraatide ja vaheühendite kontsentratsiooni muutumist ajas. Töös saadud tulemuste põhjal suudavad tüved P. putida NCIB 9816-4 ja P. fluorescens PC20 segasubstraatidest lagundada vaid 4- ja 5-metüülsalitsülaati. Kõige efektiivsem segasubstraatide lagundaja on P. pseudoalcaligenes C70, mis suudab metüülsalitsülaadid nii fenooli kui ka salitsülaati sisaldavast söötmest ära kasutada.
Puidujäätmete komposti mikroobikoosluse kirjeldamine
(Tartu Ülikool, 2015) Toomik, Elerin; Viggor, Signe, juhendaja; Menert, Anne, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Salitsülaadi ning metüülsalitsülaatide lagundamine erinevates perekonna Pseudomonas liikides
(Tartu Ülikool, 2022) Barrow, Rasmus Robert; Jõesaar, Merike, juhendaja; Viggor, Signe, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Salitsülaat on polütsüklilise aromaatse ühendi, naftaleeni, lagundamise käigus tekkiv vaheühend, millel on toksiline toime isegi seda lagundavatele mikroorganismidele. P. pseudoalcaligenes tüvi C70 omab redundantseid salitsülaadi 1-hüdroksülaase ja redundantseid katehhooli 2,3-dioksügenaase, mis on võtmeensüümid salitsülaadi edasises lagundamises. Käesolevas töös võrreldi tüve C70 kasvuparameetreid ning geeniekspressiooni tasemeid ilma redundantsete salitsülaadi lagundamise geenideta referentstüvedega, P. fluorescens PC20 ja P. putida NCIB 9816-4. Lisaks selgitati MGE insertsiooni mõju P. putida võimele lagundada salitsülaati ja metüülsalitsülaate. Kasutatud tingimustel ei olnud tüvel C70 eelist salitsülaadi ega metüülsalitsülaatide lagundamisel referentstüvede suhtes. Märksõnad: Salitsülaadi 1-hüdroksülaas, katehhooli dioksügenaasid, aromaatsed ühendid, redundantsus, Na-salitsülaat, qRT-PCR
The influence of bariatric surgery methods on the Firmicutes/Bacteroidetes ratio in obese patients
(Tartu Ülikool, 2018) Botšarova, Olga; Štšepetova, Jelena, juhendaja; Viggor, Signe, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Obesity is a worldwide health problem that negatively affects the quality of life. Obese individuals have a high risk for a number of serious chronic diseases. The development of obesity in humans is influenced by proportions of the phyla Firmicutes and Bacteroidetes in the intestinal microbiota. Bariatric surgery is an invasive method that has been successfully used in obesity treatment. The present study was performed to compare the counts of phyla Firmicutes and Bacteroidetes in faecal samples of pre- and post- bariatric surgery (sleeve gastrectomy and roux-en-Y gastric bypass) patients. Obtained results indicated that both bariatric surgery methods had effect on body mass index (BMI) and the counts of the Firmicutes phylum. Patient gender also had an influence on the changes in gut bacterial composition after bariatric surgery.