Sirvi Kuupäev , alustades "2010-07-29" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 7 7

Studies on bacterial ribosomes by chemical modification approaches
(2010-07-29) Pulk, Arto
Ribosoom on suur makromolekulaarne kompleks, mis kodeerib päriliku informatsiooni valgulisse olemusse. Eeltuumsete organsimide ribosoom koosneb kaheks alamühikust, väikesest (30S) ja suurest (50S) alamühikust. Ribosoomi kahte alamühikut hoiavad koos ~ 30 erinevat ühendust, mis on jagatud 12 silla (B1a-B8) vahel. Väike alamühik koosneb ühest RNA molekulist (16S rRNA, 1542 nukleotiidi) ja 21-st ribosoomi valgust (S1-S21). Ribosoomi suur alamühik koosneb kahest RNA molekulist (5S rRNA, 120 nukleotiidi ja 23S rRNA, 2904 nukleotiidi) ja 33-st ribosoomi valgust (L1-L36). Minu töös uuritakse ribosomaalse RNA keemiliste positsioonide olulisust ribosoomi kahe alamühiku omavahelisel seonumisel. Keemilise modifitseerimise meetodit kasutades detekteerisime 16S rRNA-s kuus positsiooni (A702, A1418, A1483, U793, U1414 ja U1495), millede modifitseerimine takistab alamühikute assotseerumist. Detekteeritud positsioonid paiknevad tuntud alamühikute vahelistes sildades. Seega alamühikute assotsiatsioonil mängivad olulist rolli sillad B2a (U1495), B2b(U793), B3 (A1418, A1483, U1414) ja B7a (A702). Lisaks sellele töötasime välja meetodi, millega saab uurida RNA suhkur-fosfaat selgroo interaktsioone 23S rRNA-s. Välja töötatud meetodit on võimalik kasutada RNA suhkur-fosfaat selgroo interaktsioonide uurimiseks, substraatide sidumiskohtade määramiseks ja individuaalsete positsioonide mõju määramiseks valgusünteesi erinevates etappides. Kolmandas töös uuritakse ribosoomi valkude võimet välja vahetuda ja selle tulemusena taastada keemiliselt kahjustatud ribosoomide funktsioon. Ribosoomis välja vahetuvate valkude kindlaks tegemiseks, me kasutasime kahte in vitro meetodit, nii radioaktiivset märgistamist kui ka raskete isotoopide eristamise meetodit. Ribosoomi valgud S2, L1, L7/12, L9, L10, L11 ja L33 on kõige kergemini vahetuvad r-valgud. Seega, meie tulemused näitavad, et kahjustatud ribosoome on võimalik parandada valkude asendamise teel.
Uudse kombineeritud fiksaatori võrdlus plaatfiksaatoriga toruluu murdude paranemisel: eksperimentaalne morfoloogiline uuring
(2010-07-29) Uksov, Denis; Tartu Ülikool. Arstiteaduskond; Tartu Ülikool. Anatoomia instituut; Aunapuu, Marina, juhendaja; Arend, Andres, juhendaja; Andrianov, Vladimir, juhendaja
Категория посессивности в удмуртском языке
(2010-07-29) Едыгарова, Светлана; Edygarova, Svetlana
Käesolev töö on pühendatud possessiivsuse kategooria uurimisele udmurdi keeles, täpsemalt selle sisu ning grammatilise väljendamise mooduste kirjeldamisele. Uurimuse keskmes on possessiivsust väljendavad atributiivkonstruktsioonid. Töö on üles ehitatud onomasioloogilisele ja semasioloogilisele uurimismeetoditele. Onomasioloogilist lähenemist nimetatakse ka funktsionaalseks. Seda meetodit kasutades saab kuulumussuhteid vaadelda eelkõige universaalse kultuurilise kontseptina ning uurida nende väljendamise semantilist ja kognitiivset eripära keelevahendite abil (vt nt Seiler 1983; Категория 1979; Heine 1997; Stassen 2009 jt). Teisest küljest vaadeldakse possessiivkonstruktsioone ja nende tähendusi semasioloogilist ehk struktuurset meetodit kasutades (nt Ultan 1978 jt soome-ugri uurijad, vrd. Schlachter 1960; Kokla 1963; Феоктистов 1963; Ким 1984 jt). Väitekirja esimeses peatükis vaadeldakse töö seisukohast olulisi mõisteid ning kirjeldatakse kontseptsioone, mis on käesoleva väitekirja aluseks. Teise peatüki fookuses on peamised possessiivsed situatsioonid, mida vaadeldakse kuulumussuhete semantilises raamistikus ning esitatakse noomenite klassifikatsioon, mille aluseks on nende võime evida vaadeldavaid suhteid. Kolmandas peatükis on kirjeldatud konkreetseid possessiivsust väljendavaid atributiivseid morfoloogilis-süntaktilisi konstruktsioone ning vaadeldud nende distributsiooni ja funktsioneerimise eripära. Neljandas peatükis on vaatluse all predikatiivsed konstruktsioonid ning nende semantilised ja funktsionaalsed iseärasused. Uurimuse teoreetilise aluse moodustavad B. Heine (Heine 1997), H. J. Seileri (Seiler 1983), М. Koptjevskaja-Tamme (Koptjevskaja-Tamm 2003), J. Nicholsi (Nichols 1988), М. Žurinskaja (Журинская 1977, 1978, 1979) ning rühma autorite tööd, kes on uurinud possessiivsuse kategooriat slaavi ja balkani keeltes (Категория 1983, 1989) jt.
Mitmekeelsus Eestis Euroopa Liidu mitmekeelsuse ideaali taustal
(2010-07-29) Tender, Tõnu
Väitekiri koosneb katuspeatükist ning kaheksast artiklist (seitse avaldatud ja üks ilmumas). Töö põhieesmärk on selgitada Eesti mitmekeelsuse arendamise poliitilisi ja sotsiokultuurilisi eeldusi ning võimalusi Euroopa Liidu (EL) mitmekeelsuse ideaali ning tegeliku poliitika taustal. Töö vaatleb ELi mitmekeelsuspoliitikat: mitmekeelsuse-alaseid eesmärke, tegevusi ja dokumente, millist kaalu need liikmesriikidele omavad ja millise õiguslik-poliitilise ruumi loovad; kuidas on ELi institutsioonides korraldatud mitmekeelne asjaajamine; milliseid võimalusi annab liikmesriigi kodanikele ELi ametliku keele staatus; milliseid keelepoliitilisi visioone on EL seadnud ning millised on tegelikud võimalused nende elluviimiseks. Samuti käsitleb töö Eesti mitmekeelsuspoliitikat ELi keelelise mitmekesisuse ning mitmekeelsuse väärtusest lähtuvalt. Analüüsitud on Eesti elanike suhtumist võõrkeeltesse (mitmekeelsusse), vaadeldud, kas Eesti praegune formaalharidussüsteem soodustab mitmekeelsust või mitte ning analüüsitud keelelise mitmekesisuse olulise komponendi — piirkonnakeelte — arengu tingimusi Eestis (võrdlevalt Prantsusmaaga). Mitmekeelsuse arengu struktuursete tegurite kõrval analüüsib väitekiri võõrkeeltega seonduvaid praktikaid ning hoiakuid indiviidi tasandil: võõrkeelte õppimise motivatsiooni ning seoseid tunnetatud sotsiaalse ruumiga — Eesti geopoliitilise ja kultuurilise ruumi avanemine, elanike liikuvus, meedia poolt konstrueeritud ruum jne.
Development of fluorescence-based kinetic and binding assays for characterization of protein kinases and their inhibitors
(2010-07-29) Vaasa, Angela
Proteiinkinaaside (PK-de) poolt katalüüsitav valkude fosforüleerimine on üks tähtsamaid valkude aktiivsuse reguleerimise mehhanisme, mis võimaldab rakkudel reageerida väliskeskkonna muutustele ning suunata elutegevuse tagamiseks olulisi rakusiseseid protsesse. PK-de funktsioneerimishäiretega (eelkõige nende üleekspressiooni ning anomaalselt kõrge aktiivsususega) on seotud mitmed haigused, sealhulgas vähkkasvajad, suhkruhaigus ja Alzheimeri tõbi. Seetõttu on PK-de uurimine ja PK-de aktiivsust blokeerivate inhibiitorite arendamine muutunud oluliseks nii teadusasutustes kui ka ravimitööstustes. Käesoleva töö raames töötati välja fluorestentsi mõõtmisel põhinevad meetodid kinaaside aktiivsuse määramiseks ning kinaaside inhibiitorite iseloomustamiseks, mille rakendatavust demonstreeriti nii kinaase sisaldavates lahustes kui ka elusrakkudes. Esimene arendatud meetod põhineb fluorestsentsmärgistatud cAMP-sõltuva proteiinkinaasi (PKA) substraadi (5-TAMRA-kemptiid) lahutamisel fosforüleeritud produktist planaarkromatograafiliselt ning fosforüleerimisreaktsiooni komponentide kvantifitseerimisel fluorestsentsskänneriga. Antud meetodit rakendati edukalt inhibiitorite, sealhulgas ARC-tüüpi inhibiitorite, iseloomustamiseks. Teine meetod on fluorestentsanisotroopia mõõtmisel põhinev sidumismeetod, mis kasutab fluorestsentsvärviga märgistatud adenosiini analoogi ja arginiini-rikka peptiidi konjugaate, ARC-Photo sonde. Uudseid fluorestsentssonde kasutati kinaaside PKAc ja ROCKII inhibiitorite tuvastamiseks ning sidumisomaduste määramiseks. Tõestati ARC-Photo sondide bisubstraatne iseloom ning nende sobivus kinaaside aktiivsuse määramiseks ning rakendatavus sensorina cAMP kontsentratsiooni mõõtmisel. Järgmiseks sammuks oli sidumismeetodi ülekandmine elusrakkudesse, kuna just elusraku keskkond võimaldab adekvaatselt hinnata inhibiitorite omadusi ning proteiinkinaaside inhibeerimisest tingitud füsioloogilisi efekte. Näidati, et ARC-Photo sondid on võimelised läbima raku plasmamembraani. Sealjuures sõltus sondide võime rakku tungida ja nende lokalisatsioon rakus arginiinide arvust ARC-i peptiidses osas, ühendi kontsentratsioonist ning fluorestsentsvärvi keemilisest loomusest. ARC-Photo sondide struktuuride optimeerimine võimaldas välja töötada Försteri resonantsienergia ülekande (FRET) efektiivsuse mõõtmisel põhineva meetodi PKA aktiivsuse jälgimiseks elusrakkudes.
Multivariate analysis of chemical and biological properties
(2010-07-29) Tulp, Indrek
Käesoleva dissertatsiooni esimeses osas on antud kirjanduse ülevaade uuritud omadustest, milleks on lahustuvus kui ainete fundamentaalne omadus, läbitavus kui ravimiarenduses oluline ainete absorbtsiooni kirjeldav omadus ning tõrje aeg kui sääsetõrje vahendite efektiivsust kirjeldav omadus. Käsitletakse kasutatud omaduste teoreetilist baasi ja praktilist väljundit. Samuti on toodud kasutatud metoodika teoreetilised põhimõtted ning praktilised kasutusnäited. Teises osas on kokku võetud dissertatsiooni raames tehtud uurimustöö kus analüüsiti keemilisi ja bioloogilisi omadusi mitmemõõtmeliste analüüsi meetoditega. Analüüsiti orgaaniliste ühendite lahustuvust, kui ainete fundamentaalset omadust PCA ja QSPR meetoditega. Säärane uudne meetodite kombinatsioon tõi välja olulised strukturaalselt karakteristikud, mis mõjutavad lahustuvust. Need karakteristikud seostati solvatatsiooni vabaenergia liikmetega. Lõplik mudel hõlmab 98.6% kogu andmete informatsioonist. Mustrite analüüs tõi välja kaks peamist interaktsiooni tüüpi. Mittespetsiifilised interaktsioonid, mis hõlmavad endas molekuli suurusest sõltuvaid interaktsioone. Spetsiifilise interaktsioonid, mis koondavad enda alla polaarsusest, elektrostaatikast ja vesiniksidemest tingitud interaktsioone. Uuriti ravimite läbitavust fosfolipiidsest membraanist, kus saadud viie-parameetrilise QSAR mudeli molekulaardeskriptorid kirjeldavad membraani läbitavuse olulisi karakteristikuid nagu vesinikside, laengujaotus, polariseeritavus ja molekuli kuju. Samuti uuriti sääsetõrje vahendite efektiivsust, kus saadud nelja-parameetrilise QSAR mudeli molekulaardeskriptorid kirjeldavad kolme olulist tõrjevahendi efektiivsust mõjutavat karakteristikut: aine aurustumine, strukturaalne sobivus retseptoriga ning keemiline interaktsioon retseptoriga. Dissertatsioonis on edukalt rakendatud QSPR/QSAR ja PCA mitmemõõtmelisi analüüsi meetodeid kus saadud mudelid, nende valideerimine ja diagnostika omavad häid statistilisi karakteristikuid ning näitavad mudelite rakendatavust. Mudelite mehhanistlikud interpretatsioonid on kooskõlas toimuvate keemiliste ja bioloogiliste protsessidega ning seletavad keemiliste ühendite käitumist keskkonnas antud protsesside raames.
Superluminally propagating localized optical pulses
(2010-07-29) Valtna-Lukner, Heli
Käesolev uurimistöö kuulub füüsikalise optika valdkonda ja tegeleb ülilühikeste optiliste ehk valgusimpulsside levi uurimisega. 1983. aastal avaldas ameerika teadlane James Neill Brittingham uurimistöö, mille tihedasse ja keerukasse valemirägasse oli sügavale peidetud info, et elektromagnetlained võivad moodustada ülilühikesi impulsse (ehk ‘lainepakette’), mis on võimelised läbima pikki vahemaid ilma kuju muutmata ehk levi-invariantselt ning mille intensiivsusmaksimumi ruumilised mõõtmed on samas suurusjärgus lainepikkusega, ehk kümme korda väiksemad juuksekarva ristlõikest. See on märkimisväärne eriti seetõttu, et üldreeglina kõik lainepaketid, nagu ka näiteks laseri fokuseeritud kiirtekimp, valguvad levides laiali seda rohkem, mida väiksemad olid nende algsed mõõtmed. Levi-invariantsed laineväljad ehk lokaliseeritud lained leiavad rakendust näiteks mikroosakestega ning -organismidega manipuleerimise metoodikais, fluorestsentsmikroskoopias, mittelineaarses ja ülikiires optikas, plasmakanali juhtimiseks mööda kindlat trajektoori aga ka aatomite optiliseks lõksustamiseks ning nii optilise kui ultraheli kujutise edasikandmiseks. Märkimisväärne ja kirjanduses diskussiooni põhjustanud on ka asjaolu, et teatavat tüüpi lokaliseeritud lainete rühmakiirus on suurem valguse kiirusest (samas keskkonnas) ehk superluminaalne. Nii nagu levi-invariantsus, ei ole superluminaalne rühmakiirus vastuolus fundamentaalsete füüsikaseadustega, vaid vastupidi – sügavamal analüüsil ikkagi kooskõlas nendega. Doktoritöös on uuritud ülevalgusekiirusega levivaid lokaliseeritud laineid, välja on töötatud meetod nende eksperimentaalseks moodustamiseks ning läbi viidud nn Bessel-X impulsi ja selle kiirenevalt ja aeglustuvalt levivate analoogide kõrgrlahutusega ajalis-ruumilised mõõtmised. Muuhulgas on otseste katsete ja mõõtmistega demonstreeritud, et ülilühikese valgusimpulsi difrageerumisel ümmarguselt avalt, kettalt või pilult moodustub tõkke taga superluminaalselt, aeglustuvalt liikuv Besseli-tüüpi lainepakett, mis on klassikalises optikas tuntud Arago-Poissoni täpi impulss-versioon.