Sirvi Kuupäev , alustades "2017-06-10" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 14 14

Ennetava farmakogeneetilise testimise vajalikkus ning potentsiaal Eesti tervishoiusüsteemis
(Tartu Ülikool, 2017-06-10) Ranne, Pauliine; MSc, Kristi Krebs, juhendaja; Ph.D, Lili Milani, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Bakalaureusetöö annab ülevaate farmakogeneetikaalastest avastustest ning nende rakendamise võimalustest meditsiinis. Lisaks uuritakse töös Eesti Geenivaramu andmete põhjal, milliseid varasemalt tõestatud geneetilise seosega ravimeid Eestis väljakirjutatakse ning kui paljudel biopanga doonoritel on geenivariandid, mis mõjutavad nende ravimite normaalset omastamist. Selle põhjal näitab töö ennetava farmakogeneetilise testimise kasutuselevõtu võimalikku kasulikkust ravimite väljakirjutamisel ka Eesti tervishoiusüsteemis.
Erineva lainepikkusega valguse mõju süsihappegaasi kontsentratsiooni muutustest tingitud õhulõ-hede sulgumisele ja avanemisele
(Tartu Ülikool, 2017-06-10) Koolmeister, Kaspar; PhD, Hanna Hõrak, juhendaja; PhD, Hannes Kollist, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Õhulõhed on poorid taime lehtede ja varte pinnal, mis reguleerivad taimede veevahetust. Taimede õhulõhede avanemis- ja sulgumismehhanismide mõistmine on oluline, sest sooje-neva kliima, CO2 kontsentratsiooni tõusu ja kahanevate veevarudega võib tulevikus kujuneda eluliselt tähtsaks taimede veekasutuse efektiivsuse suurendamine. Seetõttu uuriti käesole-vas töös valguse mõju süsihappegaasi kontsentratsiooni muutuse poolt algatatud õhulõhede reaktsioonidele. Selleks teostati gaasivahetuseksperimendid hariliku müürlooga (Arabidopsis thaliana) kahe ökotüübi ja vääristubakaga (Nicotiana tabacum). Katsete tulemustest selgus, et eri lainepikkusega valgus omab mõju õhulõhede reageerimisele ja see tundub olevat liigiti varieeruv.
SLAC1 anioonkanali N- ja C-terminuse roll Arabidopsis thaliana õhulõhede regulatsioonis
(Tartu Ülikool, 2017-06-10) Ginter, Toomas; MSc, Maris Nuhkat, juhendaja; PhD, Hannes Kollist, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Efektiivsema põllumajanduse jaoks on tarvis taimi, mis tulevad paremini toime erinevate keskkonnategurite ja nende muutustega. Üks tegur on taime gaasivahetus atmosfääriga, mis on reguleeritd õhulõhede poolt. Õhulõhede regulatsiooni detailsete mehhanismide uurimine aitab kaasa põuatolerantsete ja teiste kasulike sortide aretamisele. Käesolevas bakalaureusetöös uuriti hariliku müürlooga, Arabidopsis thaliana, SLAC1 valgu lühendatud amino- ja/või karboksü-terminusega mutantide õhulõhede reaktsioone õhuniiskuse vähendamisele, ABA, CO2 ja osooni kontsentratsiooni tõusule ning pimedusele. Selgus, et SLAC1 anioonkanali vahendatud õhulõhede vastus õhuniiskuse vähendamisele, CO2 kontsentratsiooni tõusule ning pimedusele sõltub SLAC1 valgu transmembraansest kanalist, kuid ei sõltu N- ja C-terminaalsetest otstest. Seevastu viitab uuring sellele, et N- ja C-terminustel võib mingi roll olla ABA vastuses ja kindlasti on oluline roll sulgraku reageerimisel osooni kontsentratsiooni kasvule.
HIV-1 viiruslaadsete partiklite mahasurumine triaziini- põhiste ühenditega
(Tartu Ülikool, 2017-06-10) Punger, Tatjana; MD, PhD, Eva Žusinaite, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Tänapäeval eksisteerib pidev vajadus uute HIV-1 inhibiitorite avastamiseks. Käesoleva töö eesmärgiks oli uurida kuue uue triaziini-põhise sünteetilise ühendi võimet inhibeerida HIV-1 viiruslaadseid partikleid. Töö käigus valmistati HIV-1 viiruslaadsed partiklid, mis ekspresseerisid markerina Gaussia lutsiferaasi, ning leiti ühendite maksimaalsed mittetsütotoksilised kontsentratsioonid. Inhibeerimisvõime hindamiseks mõõdeti Gaussia lutsiferaasi aktiivsust nakatatud rakkude lüsaatidest. Parima inhibeerimisvõimega oli ühend TRZ-0, mis näitas doosist sõltuvat mahasurumist.
Saccharomyces cerevisiae helikaasi Irc3 ekspresseerimine E.coli BL 21 RIL tüvedes ja puhastatud valgu funktsionaalne analüüs
(Tartu Ülikool, 2017-06-10) Kõbin, Mihkel; Prof. Juhan Sedman, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Irc3 ensüüm on DExH/D-box klassi kuuluv pärmi mitokondriaalne DNA helikaas, mis on vajalik S. cerevisae mitokondriaalse DNA terviklikkuse säilitamiseks. Antud töö eesmärk oli leida optimaalsed tingimused, mille juures ekspresseerida Irc3 sünteesi, puhastada välja Irc3 helikaas ning viia läbi ATPaasse aktiivsuse mõõtmised puhastatud valgupreparaadiga, et vaadata, kas antud valgul on säilinud aktiivsus in vitro tingimustes. Tööst selgus, et optimaalsed tingimused, mille juures Irc3 sünteesi ekspresseerida, oli 20ᴼC, OD 0,4 ja 4h ning antud tingimustel ekspresseeritud ja välja puhastatud Irc3 helikaasi aktiivsus säilib in vitro tingimustes.
Ogataea polymorpha maltaas: valgu ja selle mutantide iseloomustamine ja mikroplaadipõhise aktiivsuse analüüsi meetodi väljatöötamine
(Tartu Ülikool, 2017-06-10) Põšnograjeva, Kristina; Tiina Alamäe, juhendaja; MSc, Katrin Viigand, juhendaja; MSc, Karin Ernits, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pärmi Ogataea polymorpha maltaas MAL1 on α-glükosidaas, milles on optimeeritud kaks ensümaatilist aktiivsust, mille jaoks pagaripärmil on kahte tüüpi α-glükosidaasid – maltaasid ja isomaltaasid. MAL1 on laia substraadivaliku tõttu huvitav objekt α-glükosidaaside substraadispetsiifikat mõjutavate aminohapete uurimiseks. Lisaks suhkrute lõhustamisele võivad α-glükosidaasid neid ka transglükosüülida. Suhkrute transglükosüülimireaktsiooni produktid – oligosahhariidid – on sageli prebiootiliste või antikariogeensete omadustega. MAL1 võib oma laia substraadivaliku tõttu sünteesida huvitavaid oligosahhariide. Käesolevas töös uuriti MAL1 substraadispetsiifikat määravaid aminohappeid mutatsioonanalüüsi abil ning seati sisse metoodika, mille abil saab edaspidi sellealast uurimistööd teha odavamalt ja kiiremini. Samuti uuriti MAL1 transglükosüülimisvõimet ning -reaktsiooni produkte.
Neuropathology and brain atrophy in Wolfram syndrome
(Tartu Ülikool, 2017-06-10) Tulva, Kerli; PhD Miriam Ann Hickey, supervisor; PhD, Tambet Tõnissoo, supervisor; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Wolfram syndrome is a rare autosomal recessive disease. It is caused by mutations in the WFS1 gene. The symptoms appear early in childhood including at first diabetes mellitus followed by optic nerve atrophy. Wolfram syndrome has currently no cure. Studies with patients have shown that most of atrophy occurs in the brain stem and cerebellum. Our work in the laboratory with the mouse model of WS has shown that the trigeminal nerve shows a critical role in disease progression. The aim of this work was to characterize very early changes in pathology in a mouse model of WS. In this thesis, I demonstrate how severely affected these mice are, by the time of initial brain changes detected using magnetic resonance imaging (MRI). The results showed that very young mice had a reduction in the cerebellar volume. The trigeminal tract size was also reduced. The used methods help to better understand early disease and to ultimately pinpoint earliest neurodegenerative changes for better management of these patients.
ALD-kaetud nanoosakeste ning räniplaatide mõju inimese fibroblastidele
(Tartu Ülikool, 2017-06-10) Vetik, Rait; PhD, MD Viljar Jaks, juhendaja; PhD Mariliis Klaas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Kuna nanomaterjalid pakuvad võimalust uute meditsiiniliste rakenduste jaoks, on tähtis võimalikke kõrvalmõjusid kontrollida. Antud töös on vaadeldud aatomkihtsadestamisega kaetud raua nanopartiklite ja räniplaatide mõju inimese fibroblastidele. Teostatud on koekultuuri katsed, rakkude arvukuse mõõtmine ja immunofluorestsentsvärvimine. Võrreldud on erinevate nanokilede mõju rakkude proliferatsioonile ja apoptoosile.
Mutantide tekkesagedust suurendavad geenid bakteris Pseudomonas putida
(Tartu Ülikool, 2017-06-10) Sidorenko, Valeria; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Bakterite loomulikus elukeskkonnas puutuvad nad pidevalt kokku eri liiki stressoritega. Neednfaktorid (nt. kemikaalid, kiirgus) kahjustavad DNA struktuuri. DNA kahjustuste korral replikatsioon peatub ning juhul, kui kahjustust ei parandata õigeaegselt, võib see raku jaoks olla letaalne. DNA vigu võivad teiktada näiteks replikatsiooni läbiviiv DNA polümeraas, DNA ja RNA omavahelised kokkupõrked, viguderohked DNA polümeraasid jm. Sellistes tingimustes ellujäämiseks on bakteritel mitmeid DNA vigu parandaivaid mehhanisme. Kuid siiski võivad vead jääda parandamata, mille tulemusena kinnistuvad need järgmise replikatsioonitsükli jooksul mutatsioonina DNA järjestuses. Käesolevas töös on püütud tuvastada geene Pseudomonas putida bakteris, mis osalevad mutantide tekkesageduse suurendamises ja seeläbi soodustavad bakterite evolutsioneerumist.
Stomatal Conductance Depends on Abscisic Acid Production in Both Guard Cells and in Phloem Companion Cells
(Tartu Ülikool, 2017-06-10) Parik, Helen; PhD, Dmitry Yarmolinsky, supervisor; Prof. Hannes Kollist , supervisor; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
The question how plants use water is important as water availability is often a limiting factor for plant growth. Stomata are mainly responsible for water loss from plant tissues and, therefore, regulatory mechanisms controlling stomatal apertures are in the research focus of plant water management. Abscisic acid (ABA) has an important role in reducing stomatal conductance, however, importance of ABA biosynthesis in guard cells and in phloem is not fully studied. To address this question, we generated transgenic plants with restored ABA biosynthesis either in guard cells or in phloem by using tissue-specific promoters. Our study shows that both guard cells and phloem companion cells can produce ABA in quantities which are enough to regulate plant development and stomatal conductance on the level of wildtype plants.
Saccharomyces cerevisiae mudelsüsteemi konstrueerimine uurimaks histoon H3 atsetüleerimise olulisust kaheahelalise DNA katke parandamises
(Tartu Ülikool, 2017-06-10) Sein, Hanna; PhD, Kadri Peil, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pagaripärmi iga rakutsükli G1 faasis toimub HO-endonukleaasi indutseeritud DNA kaheahelalise katke tegemine, mis algatab paardumistüübi vahetuse. Selle katke parandamine toimub geenikonversiooni mehhanismiga. Laboratoorsetes tüvedes on HO-endonukleaasi ekspressioon tavaliselt inaktiveeritud. Käesolevas töös aga kasutatakse galaktoosi kontrolli all oleva promootoriga HO-endonukleaasi tehtud lõiget kaheahelalise katke parandamise uurimiseks mutantsete histoonidega S. cerevisisae tüvedes, kus valitud lüsiinijäägid histoonil H3 on muteeritud arginiinideks (K9R, K14R, K23R ja kolmekordne mutant K9,14,23R). Töö käigus leiti, et kõige tundlikum kaheahelalistele katketele on H3K9,14,23R mutatsioonidega tüvi. Üksikmutantide puhul efekti ei nähtud.
Pseudomonas putida GraA antitoksiini lagundava proteaasi otsinguil
(Tartu Ülikool, 2017-06-10) Saar, Nils Joonas Kristian; MSc, Andres Ainelo, juhendaja; PhD, Rita Hõrak, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Toksiin-antitoksiin süsteemid on bakterites laialt levinud kahekomponendilised moodulid, mida seostatakse üldise stressivastuse regulatsiooni, faagivastase kaitse ja biofilmi moodustamisega. Toksiin-antitoksiin süsteemid mõjutavad raku kasvu toksiini aktiivsuse vahendusel. Normaalse kasvu juures on toksiin seotud temale vastava antitoksiiniga ja toksiini aktiivsus on seeläbi neutraliseeritud. Üks Pseudomonas putida toksiin-antitoksiin süsteemidest on GraTA, kus GraA on antitoksiin ja GraT on toksiin. GraT aktiveerimiseks lagundatakse GraA toksiin-antitoksiin süsteemidele ebatavaliselt endoproteolüütiliselt. Käesolevas töös otsisin transposoonmutageneesiga geeni, mis kodeerib GraA-d lagundavat proteaasi. Kuna mul ei õnnestunud ühtegi sellist geeni identifitseerida, viitab see, et GraA-d lagundav proteaas on rakule elutähtis. Siiski õnnestus uudsete leidudena identifitseerida GacS/GacA süsteemi ja energiametabolismi seosed GraTA regulatsiooniga.
mtDNA stressist tingitud metaboolse paindlikkuse muutused äädikakärbse Drosophila melanogasteri lihaskoes
(Tartu Ülikool, 2017-06-10) Bahhir, Diana; PhD, Priit Jõers, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Drosophila melanogaster laialt kasutatakse geneetilises eksperemedites inimeste haiguste uurimiseks. Drosophilal on homoloogsed inimestega geenid ning analoogsed organid inimeste kudedega. Käesoleva bakalaureusetöös näidatakse, et transgeense DNA nukleaasi ekspressiooni poolt indutseeritud mtDNA stress lihaskoes viib tõenäoliselt metaboolse paindumatuse tekkeni ja kallutas energiavarude tarbimist tugevalt lipiidide suunas, demonstreerides uudset seost mtDNA stressi ja diabeedi vahel.
Nisu ja maisi õhulõhede juhtivuse, regulatsiooni ning fotosünteesi võrdlev analüüs
(Tartu Ülikool, 2017-06-10) Meigas, Egon; PhD, Ebe Merilo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Nisu ja mais on globaalselt kolme kõige tähtsama teravilja hulgas. Tagamaks kasvavale inimpopulatsioonile piisavalt toitu, oleks vaja taimede saagikust tõsta. Selleks tuleb uurida õhulõhede regulatsiooni ning fotosünteesi mitte ainult mudeltaimedel, vaid eelkõige teraviljadel. Käesolevas töös on uuritud ning võrreldud nisu ja maisi õhulõhede juhtivust ning fotosünteesi kiirust normaaloludes ning nende reaktsioone taimehormoon abstsiishappele (ABA), osoonile ning süsihappegaasi kontsentratsioonile. Selgus, et võrreldes nisuga, iseloomustavad maisi oluliselt madalam õhulõhede juhtivus tavaolukorras, fotosünteesi väiksem tundikkus CO2 kontsentratsiooni suhtes ning õhulõhede tolerantsus kasutatud ABA kontsentratsiooni suhtes. Mõlema liigi fotosünteesid tavaolukorras olid võrdsed, samuti reageerisid mõlemad osoonile.