Sirvi Kuupäev , alustades "2026-07-02" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 4 4

listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Population dynamics and health in medieval Europe: an archaeogenomic perspective
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2026-07-02) Sasso, Stefania; Tambets, Kritsiina, juhendaja; Kivisild, Toomas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Väitekiri käsitleb keskaja rahvastikuprotsesse Belgias ja Eestis, kasutades vana DNA analüüsi, et rekonstrueerida populatsioonide kujunemist ja muutumist läbi aja. Töö lähtub arusaamast, et keskaeg ei olnud Euroopas ühtne periood, vaid selle areng erines piirkonniti. Esimeses osas uuritakse varakeskaegse Merovingide dünastia aegset rahvastikku tänapäeva Belgia aladel, Põhjamere rannikul asuva Koksijde matusekoha indiviidide näitel. Ilmnes, et populatsioon ei olnud geneetiliselt homogeenne, vaid koosnes kahest põhilisest päritolukomponendist: valdavast Inglismaa keskaegsete populatsioonidega ning väiksemast, varasemate gallia rühmadega seotud komponendist. Teises osas keskendutakse Belgia sisemaal asuvale keskaegsele Sint‑Truideni keskusele, mis kujunes kloostri ümber ja oli palverännakupaik. Aastatuhandeid kasutusel olnud matusepaiga indiviidide analüüs näitab elanikkonna kujunemislugu algsest heterogeensest populatsioonist geneetiliselt ühtseks ning tänapäeva piirkondlike populatsioonidega sarnaseks. Kolmandas osas uuritakse Eesti keskaega, mille algus seostub 13. sajandi Põhjala ristisõdadega ja kristluse levikuga. Vana DNA andmed näitavad, et keskaegsed Eesti linnad olid geneetiliselt mitmekesised, hõlmates nii kohalikke kui ka Kesk‑ ja Lääne-Euroopa päritolu inimesi, kes kuulusid erinevatesse sotsiaalsetesse rühmadesse, samas kui maapiirkonnad säilitasid valdavalt kohaliku geneetilise päritoluga elanikkonna. Lõpuks analüüsitakse uuritud indiviidide terviseseisundit inimese beetaherpesviiruste 6A ja 6B näitel, mis tuvastati esmakordselt muistsetes inimsäilmetes. See töö võimaldas näidata, et need viirused olid Euroopas levinud juba vähemalt rauaajast alates ning et piisavalt mahukate vana DNA andmestike abil on võimalik täpsustada patogeenide pikaajalist evolutsioonilugu.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
A biosemiotic theory of semiogenesis: building a testable hypothesis for normative self-regulation
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2026-07-02) Bacigalupi, James Augustus; Kull, Kalevi, juhendaja; Favareau, Donald Francis, juhendaja; Tartu Ülikool. Humanitaarteaduste ja kunstide valdkond
See dissertatsioon on ajendatud kesksest küsimusest: kuidas on elussüsteemides võimalik iidsete tähenduste loomine ja väärtuste genereerimine? Töös uuritakse kõige lihtsamaid protsesse, mis võimaldavad tähenduse moodustumist elussüsteemides ehk semiogeneesi. Näidatakse, mida on vaja lisada küberneetilisele iseregulatsiooni mudelile, et sünniksid semiootilised protsessid. Arendatud on tehnoloogilist skeemi ja selle testimise teooriat, millega empiiriliselt näidata, kuidas ja millistes tingimustes dünaamilises võrgustikus võivad resonantsi ja superpositsiooni kaudu ilmuda elementaarsed tähendus-struktuurid ja individuatsioon. Semiogeneesi mudel sobib kokku mitme erineva klassikalise tähendusloome mudeliga – Charles Peirce’i, Jakob von Uexkülli, Juri Lotmani ja Gilbert Simondoni mudeliga. Seega näidatakse, kuidas biosemiootiline mudel võimaldab neid teooriaid omavahel ühendada.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
From sequences to knowledge: challenges and opportunities of genome-resolved metagenomics
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2026-07-02) Pantiukh, Kateryna; Org, Elin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Inimese soolestikus elab suur hulk baktereid ja teisi mikroorganisme, kes aitavad seedida toitu, toetavad immuunsüsteemi, toodavad olulisi keemilisi ühendeid ning võivad kaitsta meid haigustekitajate eest. Samas võivad mõned mikroobide tegevused olla seotud haiguste tekkega. Kuigi soolestiku mikrobioomi seos inimese tervisega on selge, ei tea me veel piisavalt, mida mikroobid täpselt teevad ja miks võivad sama liigi mikroobid erinevalt mõjuda. Käesolev doktoritöö uurib seda küsimust genoomipõhise metagenoomika abil, mis võimaldab taastada mikroobide genoome metagenoomsetest järjestusandmetest. Doktoritöö põhineb Eesti mikrobioomi kohordi andmetel ja keskendub sellele, mida annab mikrobioomi uurimisel juurde genoomitaseme täpsus. Esmalt näidati, et kahel lühikeste lugemitega sekveneerimisplatvormil saadud metagenoomiandmed annavad taksonoomilise koostise kohta väga sarnase tulemuse. See toetab eri platvormidel toodetud andmete kooskasutamist, kuid näitab ka, et funktsionaalne analüüs on tehniliste erinevuste suhtes tundlikum. Teiseks taastati sügavalt sekveneeritud kohordiproovidest populatsioonipõhine mikroobigenoomide kogu. Selle töö tulemusena saadi 84 762 metagenoomi põhjal taastatud genoomi, mis esindavad 2 257 bakterite ja arhede liiki, sealhulgas 353 varem kirjeldamata liiki. Lisaks täiendati Eesti populatsiooni põhjal inimese soolestiku arhede referentskogu. Seda genoomide kogu kasutades töötati doktoritöös välja raamistik mikrobioomi ja tervise seoste uurimiseks senisest täpsemal, liigisisest varieeruvust arvestaval tasandil. Tulemused näitasid, et osa tervisega seotud seoseid ilmneb alles siis, kui vaadata mikroobiliigi sisse. See on oluline, sest sama mikroobiliigi esindajad võivad kanda erinevaid geene, omada erinevat funktsionaalset võimekust ning seetõttu mõjutada inimese organismi erineval viisil. Kokkuvõttes näitab doktoritöö, et populatsioonipõhised mikroobigenoomide andmebaasid ja täpsemad analüüsimeetodid aitavad liikuda küsimuselt, millised mikroobid on olemas, edasi küsimuseni, millised mikroobide genoomsed variandid võivad mõjutada inimese tervist.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Reading the archaeological record through ancient biomolecules: preservation, disease landscapes, and human-microbe interactions in the past
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2026-07-02) Bonucci, Biancamaria; Scheib, Christiana Lyn, juhendaja; Tambets, Kristiina, juhendaja; de Dios Martinez, Antonio, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Arheoloogilisi säilmeid uuritakse sageli kui jälgi inimestest: nende luudest, hammastest, esemetest ja matmispaikadest. See väitekiri vaatleb aga üht teist osa minevikust, mis jääb tavaliselt nähtamatuks: mikroobe. Bakterid, viirused ning nende DNA ja valgud võivad arheoloogilistes materjalides säilida sajandeid või isegi aastatuhandeid, pakkudes uusi võimalusi tervise, haiguste, toitumise, keskkondade ning inimeste ja loomade vaheliste kontaktide uurimiseks. Vana DNA ja vanade valkude analüüsi abil uurib see töö, kuidas erinevad materjalid säilitavad bioloogilist teavet. See näitab, et väärtuslikke jälgi minevikust võivad säilitada mitte ainult hambad ja luud, vaid ka sageli tähelepanuta jäetud materjalid, näiteks inimjäänustele kinnitunud mineraalsed konkretsioonid ja luude külge jäänud setted. Need materjalid võivad sisaldada inimese, mikroobide, loomade ja keskkonnaga seotud signaale ning võimaldavad mõnikord saada teavet, kahjustades samal ajal väärtuslikke arheoloogilisi säilmeid võimalikult vähe. Väitekiri uurib ka seda, kuidas vana DNA võib aidata jälitada muistseid nakkushaigusi isegi siis, kui nende kohta puuduvad ajaloolised või skeletipõhised tõendid. Tänapäeva Belgias asuval Sint-Truideni keskaegsel kalmistul näitas mikroobne sõelumine mitme patogeeni olemasolu, sealhulgas katkubakteri Yersinia pestis esinemist, kuigi kirjalikud allikad ei maini sel ajal linnas katku. See näitab, kuidas molekulaarne tõendusmaterjal võib paljastada haigussündmusi, mis jätsid ajaloolistesse allikatesse vähe jälgi või ei jätnud neid üldse. Teine uurimus keskendub eelajaloolisele Euroopale, kus Yersinia pestis leiti koos zoonootilise bakteriga Erysipelothrix rhusiopathiae, osutades keerukatele suhetele inimeste, loomade ja mikroobide vahel minevikus. Kokkuvõttes näitab see väitekiri, et kõik arheoloogilised säilmed võivad jutustada lugusid. Mikroobse arheoloogia kaudu uurituna võivad need säilitada varjatud bioloogilisi lugusid säilimise, nakkuste, keskkonna ning igapäevaste inimese ja mikroobi vaheliste suhete kohta. Ühendades arheoloogia, vana DNA ja vanad valgud, aitab see töö laiendada arheoloogilist teavet kaugemale sellest, mida on võimalik näha palja silmaga.