Sirvi Märksõna "Escherichia coli" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 20 40

listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Antibiootikumide klooramfenikool ja erütromütsiin mõju ribosoomide assambleerumisele eubakteris Escherichia coli
(2005) Siibak, Triinu; Peil, Lauri, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Antimikroobsete ainete mõju E. coli CSH26 ja P. putida KT2440 vahelise konjugatsiooni efektiivsusele
(Tartu Ülikool, 2025) Pella, Laura Maria; Ainelo, Hanna , juhendaja; Ivask, Angela, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Antibiootikumiresistentsus on ülemaailmne probleem, mida süvendavad antibiootikumide ebakorrektne ja liigne kasutamine. Üheks põhiliseks resistentsusgeenide leviku mehhanismiks bakteripopulatsioonides on horisontaalne geeniülekanne, täpsemalt konjugatsioon. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk oli uurida, kas mõnel üldlevinud antimikroobsel ainel, nagu hõbedal, vasel või bensalkooniumkloriidil, on mõju Escherichia coli CSH26 (pKJK5) ja Pseudomonas putida KT2440 tn7 GFP vahelisele konjugatsioonile. Katsed viidi läbi nii vedelates tingimustes kui tahketel pindadel, kasutades iga ühendi kolme eelnevalt valitud kontsentratsiooni lisaks kontrollile. Transkonjugantide isoleerimiseks kasutati selektiivset LB tardsöödet. Tulemused näitasid, et antud katsetingimustes ja kontsentratsioonidel testitud ühendid konjugatsioonile märkimisväärset mõju ei avaldanud.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Antimikroobsetele metallpindadele eksponeeritud Escherichia coli ATCC 8739 fenotüübi iseloomustamine
(Tartu Ülikool, 2024) Umerov, Sigrit; Rosenberg, Merilin, juhendaja; Park, Sandra, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Antimikroobseid metallpindu kasutatakse laialdaselt patogeensete bakterite leviku piiramiseks. Siiski ei ole põhjalikult uuritud, kas krooniline ekspositsioon metallist pindadele võib mõjutada bakterite tundlikkust antimikroobsete ainete suhtes. Käesolevas töös uuriti vase ja hõbeda pindadel adapteerunud E. coli ATCC 8739 bakteripopulatsioonide antimikroobset tundlikkust. Leiti, et vase ja hõbeda pindadele eksponeerimine ei muutnud bakterite vase- ja hõbedaioonide tundlikkust ning ei tekitanud ristresistentsust antibiootikumidega. Populatsioonide testimisekäigus selekteeriti vedelas katsekeskkonnas kiiresti vase- ja hõbedaioonide väljavoolusüsteeme aktiveerivaid mutatsioone, mis aga ei andnud eelist pinnaekspositsioonis. Seega võivad bakteriaalsed kaitsemehhanismid ja nende selektsioon erinevates ekspositsioonitingimuses üksteisest oluliselt erineda ning krooniline kokkupuude metallpindadega ei pruugi suurendada ristresistentsuse tekkimise ohtu
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Bacterial ribosome heterogeneity on the example of bL31 paralogs in Escherichia coli
(2022-07-19) Lilleorg, Silva; Liiv, Aivar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Selleks, et ellu jääda, kasvada ja paljuneda, vajavad organismid sadu erinevaid valke, mis toimivad struktuursete komponentide, ensüümide, signaalivahendajate, transpordi- ja säilitusmolekulidena. Lisaks sellele on elutähtis, et valgud oleksid funktsionaalsed sobivas koguses, õigel ajal ja vajalikus kohas – seetõttu on valgusüntees ja selle regulatsioon kesksemaid eluprotsesse. Kõiki valke sünteesivad ribosoomid, RNA-st ja valkudest koosnevad kompleksid. Bakteri ribosoom, selle doktoritöö uurimisobjekt, koosneb kolmest ribosoomi RNAst ja rohkem kui 50 ribosoomi valgust, mis jagunevad kahe subühiku vahel. Eksperimentaalselt on kindlaks tehtud, et nii päris- kui eeltuumsed organismid sisaldavad mõnevõrra erineva ülesehitusega ribosoome. Samas ei ole selle nähtuse – ribosoomide heterogeensuse – bioloogiline tähtsus teada. Käesoleva doktoritöö fookuses on soolekepikese (E. coli) teatud tüüpi ribosoomi valgud (paraloogid), millel on ühine eellane, kuid mis kodeerivad erinevaid valke. Küsimus on, kas E. coli ribosoomid on paraloogide poolest heterogeensed. Mis võiks olla sellise molekulaarse mitmekesisuse roll valgusünteesil ja bakterite kasvu jaoks? E. coli ribosoomide valgulise koostise analüüs tuvastas, et nii kiire kasvu korral kui statsionaarses kasvufaasis esinevad samaaegselt ribosoomi valkude paraloogide poolest heterogeensed ribosoomid. Kasvukatsed näitasid, et ribosoomi valk bL31 paraloogid (bL31A ja bL31B) on olulised, ent mitte samaväärsed bakterite kasvuks madalamatel temperatuuridel. Nimelt annab bL31A olemasolu bakterirakkudele kiire kasvu faasis kasvueelise võrreldes bL31B-ga. bL31A ja bL31B osalevad üksteisega samaväärselt optimaalse translatsiooni initsiatsiooni etapi kiiruse ja ribosoomi subühikute ühendamise tagamisel. Samas näitavad meie tulemused, et võrreldes bL31B-d sisaldavate ribosoomidega on bL31A-d sisaldavad ribosoomid protsessiivsemad ja teevad vähem vigu valgusünteesi käigus. Doktoritöö tulemused avardavad oluliselt teadmisi ribosoomide heterogeensusest bakterites ning ribosoomi valgu bL31 tähtsusest valgusünteesil.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Bioinformaatiliste tööriistade ResFinder ja RGI võrdlus Eestis isoleeritud kliiniliste Escherichia coli tüvede antibiootikumiresistentsuse tuvastamisel
(Tartu Ülikool, 2025) Arna, Sander; Brauer, Age, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Töös kasutati Eestis kogutud kliiniliselt isoleeritud antibiootikumi suhtes resistentseid ja tundlike Escherichia coli tüvede sekveneeritud genoome, MIK väärtuseid ja vastavate antibiootikumide EUCAST murdepunkte, et hinnata kahe levinud homoloogipõhise programmi ResFinderi ja RGI resistentsusfenotüübi määramise efektiivsust. Programmide võrdlemiseks arvutati mõlema programmi spetsiifilisus, sensitiivsus, täpsus ja F1 skoori. Töö tulemusena tuvastati, et nii RGI kui ResFinderi ertapeneemi, amikatsiini ja norfloksatsiini resistentsuse ennustus võime on halb. ResFinder suudab hästi ennustada piperatsilliini, tseftasidiimi ja astreonaami resistentsust.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Biosensing system for the rapid multiplex detection of mastitis-causing pathogens in milk
(2018-04-13) Juronen, Delia; Rinken, Toonika, juhendaja; Rinken, Ago, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Mastiit on udarapõletik, mis enamasti tekib patogeensete mikroorganismide sattumisel läbi nisajuha udaraveerandisse, olles peamine lüpsilehmade nakkushaigus. Mastiidi poolt põhjustatud kahju kogu maailma 271 miljoni piimalehma kohta on hinnanguliselt 16-26 miljardit eurot aastas. Traditsiooniliste meetoditena mastiiti tekitavate bakterite identifitseerimiseks on tänapäeval kasutusel mikrobioloogilised analüüsid, mis võtavad aega 1-2 päeva ja laboratoorsetes tingimustes tehtavad patogeenide geenianalüüsid, mille tegemiseks kulub 6 tundi. Kuna ravi edukuse tagamiseks on selle täpsuse kõrval väga oluline ka selle võimalikult operatiivne alustamine, siis on vajalik välja töötada sellised analüüsimeetodid, mis võimaldavad patogeenide identifitseerimist oluliselt kiiremini kui praegu ning mida on võimalik kasutada farmides kohapeal. Tänasel päeval sellised meetodid puuduvad. Doktoritöö käigus töötati välja biosensorsüsteem ja mõõtemetoodika kolme peamise mastiiti tekitava patogeeni – Staphylococcus aureus’e Escherichia coli ja Streptococcus uberis’e määramiseks nii eraldi kui ühtlasi ka kõikide nimetatud patogeenide koos määramiseks. Biosensorsüsteemi konstrueerimisel uuriti selle tundlikkust, tööpiirkonda, selektiivsust ja sobivust rakendamiseks keerulistes maatriksites nagu piim. Biosensori selektiivsus kindla patogeeni määramiseks teiste bakterite olemasolul oli väga hea ning seda on võimalik kasutada mitme bakteri samaaegseks määramiseks. Väljapakutud biosensorsüsteemil põhinevat mõõtesüsteemi on võimalik kasutada loomade tervise automatiseeritud kontrolliks farmis kohapeal ja seeläbi kiiresti identifitseerida juba varajases staadiumis potentsiaalne haigus. Varajane haiguse avastamine aitab alustada koheselt kiiret ja sobivat ravi, parandades seeläbi looma heaolu ja piima kvaliteeti ning vähendada tootmiskulusid ja majanduslikku kahju.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Biosensori konstrueerimine Escherichia coli määramiseks ja selle kasutamine Tartu Anne kanali veekvaliteedi hindamiseks
(Tartu Ülikool, 2018) Väling, Ingrid; Rinken, Toonika, juhendaja; Jõgi, Eerik, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Käesoleva bakalaureusetöö eesmärgiks oli konstrueerida antigeen-antikeha äratundmisreaktsioonil põhinev biosensor Escherichia coli määramiseks ja testida selle kasutatavust suplusvee kvaliteedi hindamisel Anne kanalist kogutud veeproovide abil. Escherichia coli on imetajate ja teiste püsisoojaste loomade soolestikus elutsev enamasti kahjutu mikroob. Küll aga esineb E. coli bakteril ka patogeenseid tüvesid, mis põhjustavad ägedaid haigusnähtusid nagu kõhulahtisus, haavainfektsioonid ja kuseteede põletikud. Vältimaks patogeense E. coli sattumist inimorganismi ja ennetamaks võimalike haigusnähtude esinemist, on oluline, et E. coli sisaldus vesikeskkondades ei ületaks lubatud piirnorme. Seejuures on äärmiselt oluline, et E. coli sisalduse määramine toimuks kiiresti ning hoiatus potentsiaalse ohu kohta jõuaks inimesteni õigeaegselt. Traditsiooniliste meetoditena E. coli sisalduse määramiseks vesikeskkondades on tänapäeval kasutusel mikrobioloogilised analüüsid, mis võtavad aega 1-2 päeva ja PCR analüüs, mille läbiviimiseks kulub ligikaudu 6 tundi. Üheks võimalikuks alternatiiviks traditsioonilistele kasutusel olevatele meetoditele E. coli määramiseks on biosensorite kasutamine. Biosensorite eeliseks võrreldes teiste olemasolevate analüüsimeetoditega on lühike analüüsiaeg, kõrge selektiivsus määratava analüüdi suhtes, võimalus teostada mõõtmisi reaalajas ning lisaks puudub vajadus proovide eelkontsentreerimiseks. Bakalaureusetöö käigus konstrueeriti esmalt biosensor E. coli määramiseks. E. coli kontsentratsiooni määramiseks koostati kalibreerimisgraafik, mille lineaarne tööpiirkond oli vahemikus 101 – 107 CFU/ml ning veenduti, et soolade olemasolu vees ei mõjuta biosensoriga mõõdetud tulemusi. E. coli määramispiiriks biosensoriga oli 101 CFU/ml ning analüüsi läbiviimise ajaks 20 minutit. Konstrueeritud biosensorit kasutati Anne kanalist kogutud veeproovide analüüsimiseks. Selgus, et Anne kanali linnapoolses osas jäi E. coli sisaldus veeproovides lubatud normatiivi 32 (103 CFU/100 ml) piiridesse, kuid teisel pool Sõpruse silda, kanali Ihaste poolses osas ületas E. coli sisaldus lubatud normatiivi koguni 1000 korda. Biosensoriga saadud tulemuste valideerimiseks oleks edaspidi vajalik teha veeproovide analüüsid erinevate meeetoditega ning võrrelda saadud tulemusi. Võrdlusmeetoditeks sobivad mikrobioloogilised külvid ning qPCR. Lisaks on võimalik väljapakutud biosensortehnoloogiat tulevikus täiendada, et oleks võimalik eristada patogeensed bakterid mittepatogeensetestning vähendada aparatuuri mõõtmeid, et biosensorit oleks mugav veekogude äärde kaasa võtta ning proove saaks läbi viia kohapeal.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Conjugation-driven horizontal gene transfer in bacteria on antimicrobial surfaces
(Tartu Ülikool, 2023) Tomitšik, Levi; Ivask, Angela, juhendaja
Conjugation is the main mechanism of horizontal gene transfer of antibiotic resistance genes between bacteria. There is evidence that the presence of trace amounts of antimicrobials in the environment may increase the conjugation frequency between bacteria and thus, potential spread of antibiotic resistance genes. However, to date the effect of stress conditions, including the presence of antimicrobials, on conjugation is relatively modestly studied and almost no studies are available about the effect of antimicrobial surfaces on conjugation frequency. This study first constructed an optimized conjugation protocol for solid surfaces. For that, a chromosomally marked strain of Pseudomonas putida KT2440 to be used as recipient strain in conjugation, was constructed. As a donor strain, Escherichia coli CSH26 with conjugative plasmid pKJK5 was used. The optimal experimental conditions: organic content, conjugation time, and donor-to-recipient ratio on conjugation frequency, were studied. For the conjugation experiments, a series of copper- silver- and quaternary ammonium- based surfaces that were expected to show an antimicrobial effect, were selected. Plastic and stainless-steel surfaces served as controls with no expected antimicrobial activity. Prior to conjugation, viability of donor and recipient on test surfaces was analyzed and the most toxic surfaces were not included in conjugation assay. On selected surfaces, conjugation experiments were carried out for 24 h and conjugation frequencies were calculated for each surface. The results showed that the presence of low level of copper on surface may promote conjugation while silver- and quaternary ammonium compounds-based surfaces did not significantly affect conjugation frequency.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Development and applications of E. coli immunosensor
(2022-07-13) Jõgi, Eerik; Rinken, Toonika, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Iga aastaga muutuvad keskkonna kvaliteet ja puhtus maailmas aina olulisemaks. Üks tähtsamaid küsimusi on inimeste ligipääs puhtale veele. Kui tavaliselt mõeldakse selle all eelkõige joogivett, siis sama oluline on ka suplusvee puhtus ja ohutus. Üheks vee kvaliteedi parameetriks on tema mikrobioloogiline ohutus, mille hindamiseks kasutatakse teatud bakteriliike, ehk indikaatorliike, mille olemasolu ja arvukuse järgi hinnatakse vee kvaliteeti. Üheks levinumaks indikaatorliigiks vees on Escherichia coli ehk soolekepike. Mõned E. coli tüved võivad olla ka patogeensed. Tavaliselt hinnatakse E. coli arvukust mikrobioloogilistel meetoditel, kultiveerides proove spetsiaalsetel söötmetel, kuid see on aeganõudev. Molekulaarsed meetodid (PCR) on küll kiiremad, kuid nõuavad keeruka aparatuuri kasutamist ning on tundlikud võimaliku saastuse ja proovide maatriksist tuleneva inhibitsiooni suhtes. Doktoritöö eesmärgiks oli välja töötada immunobiosensorsüsteem E. coli tuvastamiseks ning testida selle biosensori rakendamise võimalusi looduslike veeproovide ja kliiniliste uriiniproovide analüüsil. Kasutatud biosensori bioloogiline äratundmiskomponendina kasutati fluorestsentsmärgisega konjugeeritud anti - E. coli ankeha. Analüüsi kõrge tundlikkus saavutati tänu proovis leiduva E. coli sidumisele ühekordse kasutusega mikrokolonnile ning seondunud bakterite spetsiifilisele detekteerimisele. Erinevatest allikatest pärinevates proovides saadud analüüsitulemusi võrreldi alternatiivsete E. coli määramismeetodite, mikrobioloogilise külvi ja kvantitatiivse PCR abil saadud tulemustega. Nimetatud metoodikad võimaldavad küll kõik hinnata E. coli arvukust, kuid mõõdavad erinevaid rakku iseloomustavaid suurusi. Mikrobioloogiliste külvide meetod võtab arvesse elusaid kultiveeritavid rakke; kvantitatiivne PCR hindab E. coli genoomse DNA kogust (elusad + mitte-kultiveeritavad ja surnud rakud), ning biosensor mõõdab E. coli mebraanivalkude kontsentratsiooni proovis. Mõõtes näiteks ühte ja sama veeproovi kirjeldatud meetoditega selgus, et oodatult kõige madalama tulemuse andis mikrobioloogiline meetod (40 korda madalam, kui biosensor), ning ka qPCR meetod andis keskmiselt 4 korda madalama tulemuse kui biosensor. Töö selgitati välja põhjused, mis selliseid erinevusi põhjustasid. Esiteks, biosensoris põhjustasid mõõdetava signaali ka rakkude mehhaanilisel ja keemilisel töötlemisel saadud rakumembraanide fragmendid. Teise olulise tulemusena selgus, et biosensoris kasutatava antikeha äratundmisreaktsioon oli komplekses mikrobioloogilises keskkonnas eeldatust vähem selektiivne. Lisaks E. coli´le on looduslikes keskkondades palju sarnaseid bakteriliike (kolivormseid), millest mõnedel on potentsiaalselt afiinsus immunosensoris kasutatud E. coli antikeha suhtes. Kuna selliste bakterite üldhulk looduslikes vetes võib olla kõrge, siis tuleb biosensori mõõtetulemuste interpreteerimisel arvestada ka nende poolt genereeritava signaaliga. Arvestades erinevate rakufragmentide ning kolivormsete rakkude poolt põhjustatud signaali osakaalu, siis elusate kultiveeritavate E. coli rakkude poolt tingitud signaali osakaal on immunosensori kogusignaalist 10%. E. coli immunosensorit kasutati ka uropatogeense E. coli tuvastamiseks ja kvantiteerimiseks kliinilistes uriiniproovides, kus biosensoriga saadud analüüsitulemused langesid kokku mikrobioloogiliste ja molekulaarsete (qPCR) meetoditega saadud tulemustega. Väljatöötatud biosensorsüsteem võimaldas määrata E. coli sisalduse vee- või uriiniproovides vahemikus 7-107 rakku milliliitris 20 minuti jooksul, mis loob eelduse E. coli automaatseks kohapealseks määramiseks, vältides vajadust proovide transpordiks laborisse ning analüüsile eelnevaks töötluseks.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Escherichia coli 16S rRNA 3’ otsa tuvastamine S1 nukleaasiga
(Tartu Ülikool, 2019) Kimmel, Linda-Marie; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Persistorid on uinuvolekus bakterid, mida antibiootikumid ei tapa ning need takistavad krooniliste bakterinakkuste ravi. Persistorid on paljuski sõltuvad toksiin-antitoksiin (TA) süsteemidest. Selleks, et paremini mõista TA süsteemide rolli persistorite tekkes, kasutatakse antud töös Escherichia coli-t mudelorganismina, et uurida MazE-MazF TA süsteemi toksiini MazF mõju ribosomaalse RNA lõikamisele, tuvastada MazF 16S rRNA lõikesaidid S1 nukleaasiga märkimise meetodil ning arutleda MazF olulisuses stressiribosoomide tekkes
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Escherichia coli 16S rRNA positsioonid, mis mängivad olulist rolli 70S ribosoomi assotsiatsioonis
(2005) Pulk, Arto; Remme, Jaanus, juhendaja
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Escherichia coli 23S rRNA heeliks 69 roll ribosoomis
(2004) Karitkina, Diana; Remme, Jaanus, juhendaja; Liiv, Aivar, juhendaja
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Escherichia coli äratussignaali olemasolu erinevates bakteritüvedes
(Tartu Ülikool, 2015) Maruste, Regina; Jõers, Arvi, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Escherichia coli biosensori kasutamine suplusvee kvaliteedi hindamiseks
(Tartu Ülikool, 2020) Väling, Ingrid; Rinken, Toonika; Jõgi, Eerik; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Käesoleva magistritöö eesmärgiks oli biosensori konstrueerimine Escherichia coli määramiseks looduslikus vees ja selle alusel vee mikrobioloogilise saastatuse hindamine Tartu Anne kanali näitel. Biosensoriga saadud tulemusi võrreldi mikrobioogiliste külvide ning qPCR meetodite abil saadud tulemustega, et hinnata eri meetoditel saadud tulemuste kokkulangevust. Töös uuriti ka vees leiduvate kolivormsete bakerirakkude ning osaliselt ja täielikult lagunenud E. coli rakkude poolt põhjustatud efekti biosensori mõõdetavas signaalis. Magistritöö käigus konstrueeriti biosensor ning viidi läbi E. coli analüüsid kasutades konstrueeritud biosensorit, mikrobioloogiliste külvide meetodit ning qPCR-analüüsi. Konstrueeritud biosensori lineaarne tööpiirkond asus vahemikus 101 – 107 CFU/ml ning määramispiiriks oli < 10 CFU/ml PBS-puhvris ning < 30 CFU/ml Anne kanali veeproovides. Ühe analüüsi läbiviimiseks kuluv aeg oli 20 minutit. Kolmel meetodil (mikrobioloogilised külvid, qPCR ja E. coli biosensor) analüüsitud Anne kanali veeproovide tulemustest selgus, et E. coli ja kolivormsete bakterite arvukus oli suurim augustikuu kolmandal nädalal, seevastu kui qPCR meetodiga saadud tulemused näitasid E. coli suurimat kontsentratsiooni ligikaudu kaks nädalat varem. Erinevate meetodite signaalide dünaamika erinevused on seletatavad elusate ja surnud rakkude suhte osakaalu muutumisega veeproovides. Biosensoriga registreeritud kõrgeim E. coli kontsentratsioon veeproovis oli orienteeruvalt 40 korda kõrgem mikrobioloogiliste külvidega registreeritud kõrgeimast E. coli kontsentratsiooni väärtusest. qPCR meetodiga saadud tulemused olid biosensori tulemustustest orienteeruvalt 4 korda madalamad. Biosensori signaali kõrged väärtused on tingitud sellest, et biosensor määrab nii elusaid, surnuid kui ka „uinunud“ bakterirakke, kuid lisaks registreerib teatud määral ka lagunenud rakkude membraani fragmentidel asetsevaid membraanvalke ning oma osakaalu annavad signaalile ka mittekultiveeritavad kolivormsed bakterid. Biosensoriga analüüsiti kolivormsete bakterite ja erinevatel meetoditel lagundatud E. coli rakkude mõju poolt avalduvat efekti biosensori signaalile. Selgus, et kasutatud polüklonaalne anti- E. coli antikeha omas lisaks E. coli bakteritele afiinsust ka kolivormsete mikroorganismide suhtes. qPCR tulemuste alusel arvutatud signaalimuutuste osakaalud langesid katsevigade piires hästi kokku biosensoriga saadud tulemustega, viidates sellele, et mittekultiveeritavate bakterite signaal on suuresti põhjustatud osaliselt lagunenud E. coli bakteritest. Kolivormsete bakterite suurim efekt biosensori signaalile avaldus sügisel kogutud 40 proovides (13.09.2018). Nii mehhaaniliselt ultrahelisondiga kui keemiliselt SDS- detergendi ja lüsosüümiga lagundatud E. coli rakkude mõju analüüsimise tulemustest selgus, et biosensori signaalile avaldus nende mõõdetav mõju seni kuni lagundamisprotsessidega jõuti raku peptidoglükaankihi lagundamiseni lüsosüümiga. Väljapakutud biosensortehnoloogia on heaks stardiplatvormiks suplusvee ohutuse kiireks kohapealseks hindamiseks. Ohutuskriterimite täpsemaks formuleerimiseks oleks edaspidi vaja põhjalikumalt iseloomustada erinevate bakteriliikide poolt põhjustatud signaali muutusi, samuti elusate ja surnud mikroorganismide sessoonseid osakaalude muutusi biosensori signaalis. Kui osutub vajalikuks biosensori määramispiiri alandamine, on võimalik seda lihtsalt teha proovi ruumala suurendamisega, mis ei vaja mingeid täiendavaid protseduure kui pikendab proovi voolutamiseks (ja seega ka analüüsiks) kuluvat aega. Aparatuuri mõõtmete vähendamisel on võimalik analüüsiseadmete loomine veeproovide automaatseks kohapealseks monitooringuks.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Escherichia coli pinnal liikuvuse testsüsteemi väljatöötamine ja liikuvuse analüüs metallistressi tingimustes
(Tartu Ülikool, 2022) Vaikla, Sandra; Rosenberg, Merilin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Osade antimikroobsete omadustega metallide ja nende nanoosakeste kasutamine võib mõjutada bakterite liikuvust. Suurenenud liikuvust võib potentsiaalselt patogeensete bakterite puhul seostada suurema virulentsusega, mis on aga antimikroobsetes rakendustes ebasoovitav. Liikuvuse parem mõistmine metallistressi tingimustes võimaldab hinnata antimikroobsete lahenduste kitsaskohti erinevates rakendustes. Käesolevas töös töötati välja testsüsteem E. coli ATCC 8739 pinnal liikuvuse uurimiseks eesmärgiga kirjeldada valdkonnas olulise mudelbakteri liikuvust subletaalse metallistressi tingimustes. Tuvastati, et antud tüvi ei kasuta söötme pinnal liikumiseks vibureid ja katsetes positiivse ning negatiivse pinnalaenguga CeO2 nanoosakestega leiti, et bakterite liikuvuse mõjutamisel olid olulised nii katsetingimused kui ka nanoosakeste pinnalaeng.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Escherichia coli produktsiooni mõõtmine limiteeritud toitainetega söötmetel
(Tartu Ülikool, 2020) Kõrgnurm, Koit; Jõers, Arvi, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Mikroobide abil on võimalik sünteesida paljusid erinevaid produkte. Selleks, et nende produktide tootmine ka majanduslikult kasulik oleks, tuleb mikroobid optimeerida oma produkti võimalikult efektiivselt tootma. Tüve optimeerimiseks on ainevahetuse inseneerias mitmeid lähenemisi. Üks lähenemine on kultuuri kasvu peatamine, et suunata rohkem söötme substraate produkti sünteesiks. Töö eesmärk oli leida madalmolekulaarse ühendi tootmise hindamiseks sobiv mudel ja selle abil hinnata, kas lämmastiku või fosfori limitatsiooniga ning suurendatud glükoosi kontsentratsiooniga söötmetel on võimalik suurendada E. coli tootlikust
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Escherichia coli ribosomaalsete valkude dünaamika lag-kasvufaasis
(Tartu Ülikool, 2020) Liigus, Anna; Liiv, Aivar, juhendaja; Reier, Kaspar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Ribosoom on rRNA ja r-valkude kompleks, mis vastutab valgusünteesi eest igas organismis. R-valgud on olulised mitte ainult ribosoomi struktuuri hoidmiseks ja selle funktsioneerimiseks, vaid ka ribosoomi biogeneesi koordineeritud protsessi jaoks. Ribosoomide biogenees on vajalik rakkude kasvu ja jagunemise alustamiseks. Escherichia coli rakkudes algab uute ribosoomide süntees hilises lag-kasvufaasis. Selle töö peamine küsimus on, mis juhtub E. coli r-valkudega lag-kasvufaasis? Vastuse leidmiseks kasutati kvantitatiivset mass-spektromeetria (SILAC) meetodit r-valkude uurimiseks rakukultuuri proteoomis. Tulemused näitasid, et statsionaarse kasvufaasi rakkude r-valgud lagunevad lag-kasvufaasis, kuid mittetäielikult. Kas selle põhjuseks on r-valkude spetsiifiline lagundamine või kogu raku proteoomi lagundamine, on edasiste uuringute jaoks avatud küsimus.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Escherichia coli RNA helikaasi CsdA eraldamine ning selle ATPaasse aktiivsuse iseloomustamine
(Tartu Ülikool, 2014-06-11) Kulikovitš, Angelina; Liiv, Aivar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Escherichia coli statsionaarses faasis tekkiva populatsioonisisese heterogeensuse iseloomustus
(Tartu Ülikool, 2018) Liske, Eliis; Jõers, Arvi, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Üksiku mikroobiraku fenotüüp on määratud nii geenide, ümbritseva keskkonna, kui ka mitmete rakuliste mehhanismide poolt, mis tekitavad fenotüübilisi muutusi. Varasema töö käigus meie laboris on läbivoolutsütomeetriameetodit kasutades leitud, et LB söötmes kasvanud E. coli tüve BW25113 rakkude statsionaarses faasis toimub osade rakkude taasjagunemine (Arvi Jõers, avaldamata andmed). Seega on märgata populatsioonisisest heterogeensust, kus üks osa populatsioonist on soikeseisundis, teine aga kasvab ja jaguneb. Töö eesmärgiks oli määrata, kas E. coli tüve BW25113 rakkude statsionaarses faasis toimuv osade rakkude taasjagunemine on tingitud genotüübilisest või fenotüübilisest muutusest.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Escherichia coli tundmatu kasvufaktori keemiline iseloomustus
(Tartu Ülikool, 2015) Vind, Kristiina; Jõers, Arvi, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut