Sirvi Märksõna "Pseudomonas putida" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 20 60

listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Antimikroobsete ainete mõju E. coli CSH26 ja P. putida KT2440 vahelise konjugatsiooni efektiivsusele
(Tartu Ülikool, 2025) Pella, Laura Maria; Ainelo, Hanna , juhendaja; Ivask, Angela, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Antibiootikumiresistentsus on ülemaailmne probleem, mida süvendavad antibiootikumide ebakorrektne ja liigne kasutamine. Üheks põhiliseks resistentsusgeenide leviku mehhanismiks bakteripopulatsioonides on horisontaalne geeniülekanne, täpsemalt konjugatsioon. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk oli uurida, kas mõnel üldlevinud antimikroobsel ainel, nagu hõbedal, vasel või bensalkooniumkloriidil, on mõju Escherichia coli CSH26 (pKJK5) ja Pseudomonas putida KT2440 tn7 GFP vahelisele konjugatsioonile. Katsed viidi läbi nii vedelates tingimustes kui tahketel pindadel, kasutades iga ühendi kolme eelnevalt valitud kontsentratsiooni lisaks kontrollile. Transkonjugantide isoleerimiseks kasutati selektiivset LB tardsöödet. Tulemused näitasid, et antud katsetingimustes ja kontsentratsioonidel testitud ühendid konjugatsioonile märkimisväärset mõju ei avaldanud.
listelement.badge.access-status Embargo ,
C1 ühendid ja Pseudomonas putida stressivastused
(Tartu Ülikool, 2024) Linno, Kirke; Jõesaar, Merike, juhendaja; Viggor, Signe, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Üha olulisem on leida keskkonnasõbralikke viise keemiliste ühendite tööstuslikuks tootmiseks. Üheks võimaluseks on kasutada baktereid, mis suudavad kasvada C1 ühenditel. Käesolevas magistritöös uuriti Pseudomonas putida tüve KT2440 ning antud tüve põhjal geneetiliselt muundatud tüvede KT2440_C1-S-Aux ning KT2440_C1-S-Aux_pM_C. necator (CSA_pMnec) stressivastuseid metanooli ja formiaadi lisamisel kasvukeskkonda. Madalad metanooli ning formiaadi kontsentratsioonid ei põhjustanud nendel tüvedel SOS-vastust ega oksüdatiivse stressi taseme tõusu. Kõrgematel C1 substraatide kontsentratsioonidel oli näha oksüdatiivse stressi tõusu. Mutantsete tüvede membraan oli tundlikum kemikaalide poolt põhjustatud stressi suhtes kui KT2440 membraan, samas formiaat ei mõjunud nende membraanidele kahjustavalt. Kõrgemad metanooli kontsentratsioonid muutsid rakkude membraanid läbilaskvaks. Tüve CSA_pMnec membraan on vastupidavam 25% metanoolile võrreldes teiste uuritud tüvedega. Lisaks stressivastuste tekkele oli näha ka muutusi mutantsete rakkude morfoloogias ning katalaasses aktiivsuses.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
ColR-ColS signalling system and transposition of Tn4652 in the adaptation of Pseudomonas putida
(2010-12-22) Kivistik, Paula Ann
Kõik elusorganismid peavad ellujäämise nimel kohanema ümbritseva keskkonnaga, mis võib pidevalt muutuda. Bakterid on silmale nähtamatud ainuraksed organismid, kes suudavad ellu jääda ka nii äärmuslikes tingimustes nagu kuumaveeallikad, ookeani süvikud, polaarjää jne. Bakteriperekond Pseudomonas on tuntud oma hea kohanemisvõime poolest, mis laseb neil asustada erinevaid keskkondi nagu muld, vesi, taimed, loomad ja ka inimene. Nimetatud perekonna liikmed suudavad kohaneda ka antibiootikumidega, mis tekitab probleeme nüüdisaegses meditsiinis. Pseudomonas aeruginosa on osutunud ravile allumatuks bakteriks, kuna suudab taluda mitmeid antibiootikume. Mikroobi kohanemine keskkonnaga toimub läbi füsioloogiliste või geneetiliste muutuste. Bakteriraku füsioloogias toimuvaid muutusi kutsuvad esile erinevad signaalsüsteemid, mis tajuvad keskkonna vaheldumist. Geneetiline kohandumine uute tingimustega on pikaajalisem ja järglastele edasi kanduv, kuna muutused toimuvad organismi genoomis. Käesolev töö on keskendunud bakteriperekonna Pseudomonas osava kohanemise tagamaade selgitamisele ohutu keskkonnabakteri Pseudomonas putida näitel. Antud töö uurib signaalsüsteemi, mida on seostatud mitmesuguste protsessidega nagu virulentsuse, mutatsiooniprotsesside, antibiootikumide ja raskemetallide resistentsusega ning mikroobi võimega asustada taimejuuri. Minu tööst selgub, et uuritud signaaliraja peamiseks märklauaks on bakterirakku ümbritsev membraan, kusjuures mõjutatud on nii membraanis paiknevad valgud kui ka lipiidid ja samuti rakku toetav sein ning kaitsev kapsel. Need tulemused selgitavad, kuidas suudab üks signaalirada vahendada muutusi erinevates protsessides ja seeläbi osaleda bakteriraku kohanemises.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Conjugation-driven horizontal gene transfer in bacteria on antimicrobial surfaces
(Tartu Ülikool, 2023) Tomitšik, Levi; Ivask, Angela, juhendaja
Conjugation is the main mechanism of horizontal gene transfer of antibiotic resistance genes between bacteria. There is evidence that the presence of trace amounts of antimicrobials in the environment may increase the conjugation frequency between bacteria and thus, potential spread of antibiotic resistance genes. However, to date the effect of stress conditions, including the presence of antimicrobials, on conjugation is relatively modestly studied and almost no studies are available about the effect of antimicrobial surfaces on conjugation frequency. This study first constructed an optimized conjugation protocol for solid surfaces. For that, a chromosomally marked strain of Pseudomonas putida KT2440 to be used as recipient strain in conjugation, was constructed. As a donor strain, Escherichia coli CSH26 with conjugative plasmid pKJK5 was used. The optimal experimental conditions: organic content, conjugation time, and donor-to-recipient ratio on conjugation frequency, were studied. For the conjugation experiments, a series of copper- silver- and quaternary ammonium- based surfaces that were expected to show an antimicrobial effect, were selected. Plastic and stainless-steel surfaces served as controls with no expected antimicrobial activity. Prior to conjugation, viability of donor and recipient on test surfaces was analyzed and the most toxic surfaces were not included in conjugation assay. On selected surfaces, conjugation experiments were carried out for 24 h and conjugation frequencies were calculated for each surface. The results showed that the presence of low level of copper on surface may promote conjugation while silver- and quaternary ammonium compounds-based surfaces did not significantly affect conjugation frequency.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Deploying Pseudomonas putida for the conversion of aromatic compounds from fractionated industrial hydrolysis lignin
(Tartu Ülikool, 2023) Morehead, Philip Arthur; Bottoms, Scott, juhendaja; Salmar, Siim, juhendaja; Loog, Mart, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Tehnoloogiainstituut
The world’s most abundant natural aromatic polymer is paradoxically one of its most un- derutilized feedstocks. Lignin is the pulp and paper industry’s primary by-product, and it shows great potential as a renewable and carbon-neutral source of industrially relevant chemicals. The utilization of Pseudomonas putida, a robust bacterium known to catabolize aromatic compounds natively, was explored in this study as a promising approach for lignin valorization. To this end, dry hydrolysis lignin (HL) was used as the feedstock, and various HL fractionation techniques were applied, including alkaline extraction, to obtain lignin monomers, dimers, and trimers in solution for use as a growth medium. The composition of the fractionated HL media was ascertained using a range of analytical techniques. Changes in composition during flask cultivations helped inform the selection of target genes for deletion to direct compounds in the benzoate degradation pathway towards the production of cis,cis-muconic acid, an intermediate of nylon 6,6, which finds applications in industrial components, textiles, automotive parts, and electronics.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
DNA polümeeraas IV osalus Pseudomonas putida rakkudes toimuvates mutatsiooniprotsessides
(2004) Tegova, Radi; Tover, Andres, juhendaja; Kivisaar, Maia, juhendaja
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
DNA reparatsioon Pseudomonas putida rakkudes
(2006) Tark, Mariliis; Tover, Andres, juhendaja; Kivisaar, Maia, juhendaja
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Ekstratsellulaarsete peptiidide mõju Pseudomonas putida biofilmile fis-i üleekspressiooni tingimustes
(Tartu Ülikool, 2020) Puhm, Marge; Teras, Riho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pseudomonas putida on taimede kasvu soodustav bakter, mis koloniseerib taimede juuri ja moodustab biofilmi. Taimejuurtele kinnitumiseks ja biofilmi moodustamiseks toodab P. putida pinnavalku LapA, mille ekspressiooni mõjutab olulisel määral globaalne regulaatorvalk Fis (ingl factor for inversion stimulation). Fis-i üleekspressiooni biofilmi võimendav efekt ilmneb polükatioonse peptiidi olemasolul bakteri kasvukeskkonnas ning biofilmi soodustav toime käib arvatavasti adhesioonivalgu LapA kaudu.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Finding novel factors affecting the mutation frequency: a case study of tRNA modification enzymes TruA and RluA
(2022-11-02) Tagel, Mari; Kivisaar, Maia, juhendaja; Ilves, Heili, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Bakterid suudavad elada kõikjal, kuid karmide ja muutlike keskkonnatingimustega kohanemiseks on aga vaja geneetilist varieeruvust. Bakterites on selle põhiliseks allikaks mutatsioonid. Evolutsiooni mõistmiseks on vaja selgitada molekulaarseid mehhanisme, mis mõjutavad mutatsioonide tekkesagedust. Käesolevas töös kirjeldasin ja analüüsisin uut testsüsteemi, mis võimaldab tuvastada mutatsioonisagedust mõjutavaid faktoreid bakteriperekonnas Pseudomonas. Kirjeldatud testsüsteemi abil õnnestus mullabakteris Pseudomonas putida tuvastada nii varem kirjeldatud kui ka uusi mutatsioonisagedust mõjutavaid geene. Üllatavaim leid oli tRNA modifikatsiooniensüümide TruA ja RluA mõju mutatsioonisagedusele. tRNAd on väikesed molekulid, mis valgusünteesil kannavad valkude ehituskive ribosoomi. Selleks, et paremini oma funktsiooni täita, on paljud nukleotiidid tRNAdes modifitseeritud. Modifikatsioonidel võib olla palju ülesandeid, näiteks aitavad modifikatsioonid tRNAdel saavutada õiget struktuuri või suurendavad translatsiooni täpsust. TruA ja RluA modifitseerivad U nukleotiidi pseudouridiiniks, tehes seda erineval poolel tRNA antikoodonist. Näitasime, et TruA ja RluA tehtud modifikatsioonide puudumisel suureneb P. putidas mutatsioonisagedus. Mõistmaks paremini nende ensüümide olulisust, analüüsisime translatsiooni täpsust, stressi taluvust, proteoomi ja üldist elulemust P. putida TruA ja RluA defektsetes tüvedes. Lisaks sellele selgitasime võrdlevalt TruA ja RluA rolle ka Pseudomonas aeruginosa ja Escherichia coli rakkudes. Saadud tulemustest on näha, kuidas konserveerunud funktsiooniga valgud võivad põhjustada erinevates bakterites erinevaid fenotüüpe. Samuti ilmestab käesolev töö, kuivõrd mitmekesised ja ootamatud tegurid võivad mõjutada DNAs mutatsioonide teket.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Fis regulates Pseudomonas putida biofilm formation by controlling the expression of lapA
(2018-05-17) Ainelo, Hanna; Teras, Riho, juhendaja
Bakterid elavad looduses valdavalt biofilmis, pinnale kinnituvate bakterite kogumis. Biofilmis elamisel on bakterite jaoks mitmeid eeliseid. Biofilmis elavad bakterid on kahjulike keskkonnamõjude eest paremini kaitstud ja heades tingimustes aitab pinnale kinnitumine nendesse tingimusesse jäädagi. Biofilm ei ole kasulik mitte ainult bakteritele, vaid paljud biofilmi moodustavad bakterid on vajalikud ka taimedele. Üheks selliseks bakteriks on Pseudomonas putida, mida uurin oma doktoritöös. P. putida moodustab biofilmi taime juurtel ja kaitseb taimi, ka põllumajanduslikult olulisi kultuure, haigustekitajate eest ning soodustab nende kasvu. Käesoleva töö käigus leiti juhuslikult, et P. putida biofilmi mõjutab bakteri keskne regulaatorvalk Fis. Kui bakterid satuvad headesse tingimustesse, siis Fis-i roll on suunata nad kiirelt kasvama ja kui toitained saavad otsa, siis aeglustada kasv jälle maha. Me nägime, et liiga palju Fis-i tootvad bakterid ei suuda ringi liikuda. Sealt tekkis kahtlus, et äkki nad ei liigu sellepärast, et jäävad hoopis paigale ja moodustavad biofilmi. See teooria osutus tõeseks ja püstitas kohe järgmise küsimuse, kuidas Fis suunab bakterid biofilmi moodustama? Me leidsime, et Fis soodustab ühe väga suure kleepvalgu tootmist. See kleepvalk, LapA, on biofilmi tekkeks väga oluline, kuna võimaldab bakteritel nii pinnale kui teineteisega kleepuda. Käesolevas töös näitasime, et Fis seondub kahes kohas lapA geeni ette ja just neid kohti kasutades soodustab LapA tootmist. Lisaks kirjeldasime need kohad (promootorid), kust algab lapA mRNA tootmine. Kui tavaliselt on ühel geenil üks või kaks promootorit, siis lapA geenil on neid lausa kuus. Kokkuvõttes lõi see töö uusi teadmisi P. putida biofilmi regulatsioonist ja aitab seega paremini mõista selle kasuliku mullabakteri elu väga olulist etappi.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Fitness effects of chromosomal toxin-antitoxin systems in Pseudomonas putida
(2023-06-05) Rosendahl, Sirli; Hõrak, Rita, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Enamiku bakterite kromosoomides leidub mitmeid toksiin-antitoksiin (TA) lookusi, mis kodeerivad bakterile kahjulikku toksiini ning seda neutraliseerivat antitoksiini. Selliste potentsiaalselt surmavate geenide laialdane levik bakterite genoomides on üllatav ning võiks viidata, et TA süsteemid on bakterile mingit moodi kasulikud. Kuigi TA süsteeme on põhjalikult uuritud, pole seni jõutud üksmeelele nende tähtsuses bakteritele. On näidatud, et mõned TA süsteemid stabiliseerivad genoomis leiduvat mobiilset DNA-d, samas kui teised kaitsevad baktereid faagirünnaku korral. Arvatakse, et mõned TA süsteemid võivad olla olulised bakteri stressivastuses. Samas leidub ka uuringuid, mis viitavad, et TA süsteemid võivad olla isekad DNA elemendid, millest pole bakterile mingit kasu. Käesolev doktoritöö keskendub mullabakteri Pseudomonas putida kromosoomis leiduvatele TA süsteemidele, millest kõige põhjalikumalt on seni uuritud GraTA süsteemi. Toksiin GraT on vaid mõõdukalt toksiline ribosoom-sõltuv mRNaas, mis põhjustab külmatundlikku kasvu- ja ribosoomi biogeneesi defekti. Üllatuslikult leiti, et GraT põhjustatud ribosoomi biogeneesi defekti mõjutab bakteri peamine šaperonvalk DnaK, kuid varasemates katsetes jäi DnaK täpne roll selgusetuks. Kuigi GraT on funktsionaalne toksiin ja mõjutab antitoksiini GraA puudumisel P. putida stressitaluvust, ei ole kogu TA süsteemi deleteerimisel P. putida’le mingit efekti. See tõstatas küsimuse, et milline on graTA lookuse ning teiste TA süsteemide tähtsus P. putida’le. Kasutades proteoomi analüüsi, kirjeldab käesolev doktoritöö P. putida vastust toksiinile GraT. Samuti selgitati DnaK šaperoni rolli GraT toksilisuse reguleerimisel. Selgus, et DnaK soodustab GraT toksilisust, abistades ilmselt GraT-d voltumisel. Doktoritöö näitab, et uuritud tingimustes pole 13 TA süsteemist P. putida’le kasu. Pigem võivad nad teatud tingimustes, nagu konkurentsikatsetes ja faagirünnaku korral, bakteri kohasust vähendada. Käesoleva doktoritöö tulemused avardavad teadmisi TA süsteemide bioloogilise tähtsuse kohta ja viitavad selgelt TA süsteemide isekale olemusele.
listelement.badge.access-status Embargo ,
Heat shock and chemical-induced stress response of Pseudomonas putida strains
(Tartu Ülikool, 2024) Grigorjeva, Jūlija; Jõesaar, Merike, juhendaja; Viggor, Signe, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Tehnoloogiainstituut
The C1 chemicals, such as formate and methanol, are potential feedstocks for sustainable bioproduction. This thesis investigates whether microorganisms that have been genetically modified to assimilate these substances through the reductive glycine pathway face stress. The growth experiments in C1 substrates under heat shock and chemical stress conditions by using stress response reporter systems, pAG032 and pBSibp_Amp, were performed. pBSibp_Amp is a better choice for measuring the heat shock response because it gives much higher ratios than pAG032, and fluorescent bacterial proteins, naturally produced by P. putida and the red fluorescent protein’s fluorescence spectra from plasmid do not overlap. Genetically modified strains can tolerate high concentrations of methanol and formate but do not yield biomass in these growth conditions.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Kromosomaalsed toksiini-antitoksiini süsteemid Pseudomonas putida faagitolerantsuses
(Tartu Ülikool, 2023) Blei, Sander; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Kromosomaalsed toksiini-antitoksiini süsteemid arvatakse olevat tähtsad bakteri faagiresistentsuses, kuid Pseudomonas putida korral ei ole seda võimalikku funktsiooni veel palju uuritud. Sellest lähtuvalt oli käesoleva töö eesmärgiks selgitada välja P. putida kromosomaalsete toksiini-antitoksiini süsteemide mõju tema faagiresistentsusele ning uurida ka nende toksiini-antitoksiini süsteemide toksiinide mõju faagiresistentsusele. 23 faagi analüüs näitas, et P. putida kromosomaalsete toksiini-antitoksiini süsteemide olemasolu üldiselt ei mõjutanud tema faagiresistentsust. Leiti vaid üks faag (Kompost 1), kelle nakkus oli TA süsteemidest mõjutatud, aga vastu ootusi mõjus TA süsteemide olemasolu P. putida faagiresistentsusele negatiivselt. Antitoksiini defektsete tüvede analüüs näitas, et vaid kaks toksiini (Res ja RelE) suurendasid bakteri resistentsust üksikute faagide suhtes. Enamasti toksiinid kas ei mõjutanud või hoopis vähendasid P. putida faagiresistentsust.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Kromosomaalsete toksiin-antitoksiin süsteemide hind bakterile Pseudomonas putida
(Tartu Ülikool, 2019) Rooni, Krista; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Arvatakse, et kromosomaalsed toksiin-antitoksiin (TA) süsteemid on bakteritele olulised erinevate keskkonna-stressidega toimetulekuks. Aktiivseid valke kodeerivate genoomsete TA süsteemide rohkus viitab, et kromosomaalsed TA süsteemid peaksid bakterile kasulikud olema, samas pole tihti operoni deleteerimisel bakterile mingit negatiivset mõju täheldatud. Käesoleva uurimistöö eesmärgiks oli testida hüpoteesi, et kromosomaalsed TA süsteemid on bakterile P. putida kulukad. Samuti selgitasin mõningate P. putida toksiinide toksilisuse määra konkurentsikatses. Tulemused näitasid: (1) toksiin-antitoksiin süsteemid ei ole bakterile otseselt vajalikud, kuid pole talle ka koormaks. Kuna toksiin-antitoksiin süsteemid ei ole bakterile kulukad võib järeldada, et ka valikusurve nende süsteemide genoomist eemaldamiseks on nõrk; (2) P. putida toksiinid MazF, RelE ja HicA-1 on inaktiivsed; (3) P. putida toksiin MqsR on aktiivne.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Kromosomaalsete toksiin-antitoksiin süsteemide ja profaagide mõju Pseudomonas putida faagiresistentsusele
(Tartu Ülikool, 2022) Piirmets, Kendra; Hõrak, Rita, juhendaja; Rosendahl, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Kromosomaalseid toksiin-antitoksiin süsteeme ja profaage peetakse bakteri faagikaitsemehhanismideks. Profaagid kaitsevad bakterit endasarnaste faagide eest, kuid toksiin-antitoksiin süsteemide roll faagiresistentsuses pole veel selge. Sellest lähtuvalt oli käesoleva töö eesmärgiks välja selgitada, kas kromosomaalsetel toksiin-antitoksiin süsteemidel ja profaagidel on mõju Pseudomonas putida faagiresistentsusele. Tulemused näitasid: (1) profaagid suurendavad P. putida faagiresistentsust Vända F1, Vända F2, Erra S1 ja Erra M1 faagidega nakatamisel; (2) P. putida kromosomaalsed toksiin-antitoksiin süsteemid pole faaginakkuse korral kasulikud, vaid pigem kulukad (Erra M1) või ei avalda faaginakkuse korral mingit mõju (Vända F1, Vända F2, Erra S1, Erra jõgi, Emajõgi).
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
LapF-i ja taimemetaboliitide mõju Pseudomonas putida biofilmile ja kasvule
(Tartu Ülikool, 2020) Aaver, Mia-Nicolena; Teras, Riho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pseudomonas putida on taimede kasvu soodustav bakter, mis kinnitub taime juurtele ja moodustab seal biofilmi. P. putida tõrjub taimepatogeene ja aitab toitaineid pinnasest kätte saada. Biofilmi moodustamisel ja raku hüdrofoobsuse kujunemisel mängib rolli valk LapF. Töös uurisin nelja taime kaitsemehhanismidega seotud kemikaali (naatriumsalitsülaadi, katehhooli, H₂O₂ ja paraquat’i) mõju P. putida kasvule ja biofilmi biomassile. Lisaks uurisin, kas LapF olemasolu parandab bakteri vastupanuvõimet kemikaalidele. Selgus, et kõik neli kemikaali mõjutavad bakteri kasvu ja biofilmi. LapF-i puudumisel ja naatriumsalitsülaadi lisamisel oli bakteri biofilmi biomass väiksem ning generatsiooniaeg pikem. Teiste kemikaalide puhul LapF-l olulist mõju polnud
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Mullabakter Pseudomonas putida Cro/CI tüüpi transkriptsiooniregulaator PP_3125 kui fluoriidi transporteri crcB geeni regulaator
(Tartu Ülikool, 2024) Privoi, Egle; Ets, Lea, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Väga hea stressitaluvusega mullabakter Pseudomonas putida on välja töötanud mehhanismi fluoriidiga toimetulekuks. Põhiline fluoriidi detoksifitseerija P. putidas on CrcB transporter, mis on passiivne ioonkanal, mida mööda transporditakse fluoriidi anioonid rakust välja. Siiani pole teada crcB geeni regulatsioon Pseudomonas putidas. Meie laboris varasemalt tehtud katsetele toetudes oli põhjust pidada potentsiaalseks crcB geeni reguleerijaks transkriptsiooniregulaatorit PP_3125. Sellest tulenevalt oli käesoleva tööeesmärk välja selgitada, ka Cro/CI tüüpi transkriptsiooniregulaator PP_3125 reguleerib Pseudomonas putida fluoriidi transporteri crcB geeni.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Mullabakter Pseudomonas putida fluoriiditolerantsuses osalevate geenide PP_3125 ja PP_2037 transkriptsiooni regulatsioon
(Tartu Ülikool, 2024) Juhe, Lisette; Ets, Lea, juhendaja; Ilves, Heili, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Fluoriid on mineraal, mida leidub looduslikult erinevates keskkondades – nii vees, mullas kui ka taimedes. Oma antimikroobse toimega mõjub see bakteritele toksiliselt. Siiski suudavad mitmed bakterid ellu jääda ka kõrge fluoriidi kontsentratsiooniga keskkonnas. Leitud on erinevaid mehhanisme, kuidas bakterid fluoriidi toksilisusega toime tulevad. Mullabakter Pseudomonas putida-s on selleks fluoriidioonide eksportvalk CrcB. Meie uurimisgrupi varasemate katsete põhjal on alust arvata, et P. putida-s on lisaks CrcB transporterile veel fluoriiditolerantsusega seotud valke. Käesolevas töös uuriti P. putida kahe geeni: transkriptsiooniregulaator PP_3125 ja aldolaasi PP_2037 transkriptsiooni regulatsiooni, selgitamaks välja, kas ka nende kodeeritud valgud on seotud fluoriiditolerantsusega.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Mullabakter Pseudomonas putida fluoriiditolerantsust mõjutavad mehhanismid
(Tartu Ülikool, 2022) Lopp, Lea; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Fluor on leviku poolest 13 element maakoores. Fluori ühendit NaF lisatakse hambapastadele ja mõnel pool maailmas ka joogiveele, kuna fluoriidil on kaariest ennetav toime. Juba mõne millimolaarne fluoriidi kontsentratsioon mõjub bakterite kasvule pärssivalt, samas puutuvad bakterid eri keskkondades kokku kõrgete fluori ühendite kontsentratsioonidega. Mehhanismidest, kuidas bakterid fluoriidi taluda suudavad, on vähe teada. Mullabakter Pseudomonas putida-l on fluoriidiga toimetulekuks fluoriidioonide transporter CrcB. Varasemalt on meie laboris näidatud, et P. putida tüves, kus puudub CrcB transporter, tekivad spontaansed fluoriidi taluvad mutandid, mis näitab, et lisaks CrcB transporterile leidub veel mehhanisme, mis P. putida-l fluoriidi taluda võimaldavad. Käesolevas töös uuriti P. putida fluoriiditolerantsust mõjutavaid mehhanisme, mis esinevad bakteris lisaks CrcB transporterile ning kirjeldati katsete käigus leitud transkriptsiooniregulaatori mõju P. putida fluoriiditolerantsusele.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Mullabakter Pseudomonas putida GacS-GacA signaaliraja osalus statsionaarse kasvufaasi sigmafaktor RpoS-i regulatsioonis
(Tartu Ülikool, 2023) Anton, Grete; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Bakterid, nagu ka teised elusorganismid, on stressile vastuvõtlikud. Bakterirakud tunnetavad keskkonnast tulenevaid muutusi signaalsüsteemidega, mis vahendavad muutusi rakkude füsioloogiasse. Gram-negatiivsetel bakteritel on üheks selliseks konserveerunud GacS-GacA kahekomponentne signaalsüsteem. Stressitingimustes on σ-faktorid olulised transkriptsiooni reguleerimiseks, võimaldades stressiga toimetulekuks vajalike geenide avaldumist. Osades pseudomonaadides on kirjeldatud, et GacS-GacA signaalsüsteem võib reguleerida üldise stressispetsiifilise sigmafaktor RpoS-i hulka rakus. Käesoleva töö eesmärk oli leida, kas GacS GacA signaalirada mõjutab statsionaarse kasvufaasi sigmafaktor RpoS-i valgu hulka mullabakter Pseudomonas putida rakkudes.