Sirvi Märksõna "aminohapped" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 15 15

listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Advanced method development strategy for derivatization LC/ESI/MS
(2012-06-28) Rebane, Riin
Aminohapete tundlikuks analüüsiks kasutatakse derivatiseerimise vedelikkromatograafia-elektropihustus-ionisatsioon-massispektromeetriat (LC/ESI/MS). Antud töö raames kontrolliti kõikide metoodika etappide sobivust aminohapete analüüsiks LC-ESI-MSiga. Esiteks töötati välja metoodikad viie derivatiseeriva reagendi kasutamiseks: Fmoc-Cl, DNS, Deemm, TAHS ning laboris disainitud ja sünteesitud uudse fosfaseenil põhineva reagendi (FOSF) jaoks ja võrreldi neid. Kokkuvõtvalt on Deemm parim derivatiseeriv reagent pakkudes kompromissi hea tundlikkuse ja kromatograafilise lahutuse vahel. Käesolevas töös uuriti esmakorselt derivatiseerimisprotseduuride sobivust LC/ESI/MS analüüsiga. Tulemused näitasid, et derivatiseeriva segu puhvri valik mõjutab oluliselt signaali stabiilsust ja intensiivsust. Samuti tehti töö käigus kindlaks reagentidele kõige paremini sobivad kromatograafilised eluendid ja uuriti erinevaid võimalusi tundlikkuse parandamiseks. Teostati ka ionisatsiooni efektiivuste mõõtmisi logIE skaala täiendamiseks ning uuriti põhjalikumalt MS optimeerimist, mis andsid olulist lisainformatsiooni, et meetodiarendus oleks veelgi täielikum ja süstemaatilisem. Praktilised rakendused näitasid derivatiseerimise LC/ESI/MS analüüsi head sobivust tundlikuks aminohapete sisalduse määramiseks meeproovidest ning selenoaminohapete määramiseks vereseerumist ja toidust (sibulast). Töö tulemusena näidati, et derivatiseerimise LC/ESI/MS meetodiarenduseks on vaja kaasata uusi aspekte, et võimaldada veelgi madalamaid määramispiire. Antud töö koondab kokku olulisemad aspektid ning pakub seega välja parendatud meetodiarenduse strateegia derivatiseerimise LC/ESI/MS jaoks.
listelement.badge.access-status Embargo ,
Aluselise ja amfoteersete omadustega komponentide kromatograafiline eraldamine ja identifitseerimine keerulises looduslikus süsteemis
(Tartu : Tartu Riiklik Ülikool, 1982) Netšajeva, Maie; Ilomets, Tullio, juhendaja
listelement.badge.access-status Embargo ,
Biosünteesil saadud produkti aminohappelise koostise määramine
(Tartu : Tartu Riiklik Ülikool, 1982) Kuusksalu, Anne; Ilomets, Tullio, juhendaja
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Characterization of amino acid derivatization reagents for LC-MS analysis
(2017-07-06) Oldekop, Maarja-Liisa; Rebane, Riin, juhendaja; Herodes, Koit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Aminohapped on valkude „ehituskivideks“, neil on oluline roll ainevahetuses ja seega ka haiguste diagnoosimisel ja toiduainetes. Seetõttu on olulised ka aminohapete madalad sisaldused, näiteks kaasasündinud ainevahetushäirete tuvastamisel vastsündinute verest. Madala sisaldusega ainete uurimiseks keerulistes proovides (nt aminohapped toiduainetes või veres) kasutatakse tänapäeval vedelikkromatograafia-massispektromeetria (LC-MS) meetodit, mis lahutab segud komponentideks (LC) ja tuvastab need (MS). LC-MS analüüsiks peavad analüüsitavad ained kromatograafiliselt lahutuma ja efektiivselt ioniseeruma. Selle saavutamiseks on mõnel juhul, sh aminohapete analüüsil, vaja ained keemiliselt muundada sobivasse vormi, mida nimetatakse derivatiseerimiseks. LC-MS analüüsi olulisimaks nõrkuseks on proovi muude komponentide poolt põhjustatud ebamäärasus analüüsitulemustes, mida nimetatakse maatriksiefektiks. Derivatiseerimisega LC-MS analüüsil esinevaid maatriksiefekte on vähe uuritud. Käesolevas töös uuriti maatriksiefekte, mis esinevad derivatiseeritud aminohapete LC-MS analüüsil. Selleks kasutati kolme meetodit, nelja juba kasutusel olevat ja kahte Tartu Ülikoolis väljatöötatud derivatiseerivat reagenti ning ühe rakendusena määrati 22 aminohappe sisaldused kaheksas kodumaises taimeekstraktis. Leiti, et erinevate derivatiseerivate reagentide korral on maatriksiefektid erinevad. Maatriksiefekte põhjustasid üldjuhul proovide teised komponendid, kuid mõnel juhul ka derivatiseerimisel kasutatud abistavad ained. Leiti, et tavalisest erineva MS ioonallika (APCI) ja detekteerimisrežiimi (negatiivsete ioonide ESI) kasutamine aminohapete derivaatide analüüsimiseks võimaldab märkimisväärselt vähendada maatriksiefekte. Töö tulemused võimaldavad konkreetse analüütilise probleemi lahendamiseks valida sobiva derivatiseeriva reagendi koos vastava detekteerimisrežiimiga. Samuti aitavad töö tulemused kaasa uudsete derivatiseerivate reagentide arendamisele ja disainile
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Derivatization reagents used in negative mode electrospray LC-MS
(2023-07-17) Zapata Flores, Ernesto De Jesus; Herodes, Koit, juhendaja; Leito, Ivo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Aminohapete jahtimine! Kas olete kunagi mõelnud, et aminohapped ei esine mitte ainult valkude koostises? Oma uurimistöös otsin vabu aminohappeid, mida võib leida erinevatest jookidest, nagu tomatimahl, arbuusimahl ja kali. Võite küsida, miks me peame teadma vabade aminohapete kohta? Aga sellepärast, et need võivad mõjutada meie toidu maitset, anda tõendeid toiduaine geograafilise päritolu kohta või isegi olla tõendiks teatud toodete autentsuse kohta. Aminohapped on väga erilised molekulid, kuna need sisaldavad samas molekulis nii aluselist aminorühma kui ka happelist karboksüülrühma. Seetõttu on neid üsna keeruline analüüsida, ja need tuleb neid muundada, või nagu me ütleme, need tuleb "derivatiseerida". Selle transformatsiooni tulemusena saadakse aminohapete derivaadid. Neid uusi molekule on erinevate tehnikatega lihtsam tuvastada. Oma uurimistöös kasutan peamiselt vedelikkromatograafiat massispektromeetrilise detekteerimisega negatiivse ionisatsiooni režiimis. Vedelikkromatograafia aitab eraldada aminohapete derivaate prooviks oleva joogi teistest komponentidest, massispektromeetria aga ioniseerib derivaadid negatiivses režiimis. See tähendab, et tuvastatakse negatiivselt laetud ioone, mis tagab, et analüüsin tegelikult aminohapete derivaate ja mitte mingeid muid ühendeid! Võrreldes positiivse ionisatsiooni režiimiga mõjutavad proovide endi põhjustatud maatriksiefektid negatiivse ionisatsiooni režiimis saadud tulemusi vähem. Kokkuvõttes võimaldab minu töö saada aminohapete analüüsil usaldusväärsemaid tulemusi kui on seni võimalik olnud.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Derivatization-targeted LC-MS analysis of compounds containing amino group
(2024-07-15) Silva Maciel, Larissa; Herodes, Koit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Aminoühendid, eriti aminohapped, omavad suurt bioloogilist tähtsust, nagu ka nende tuvastamine kliinilises diagnostikas ning näiteks taimede metaboolsete radade ja biomarkerite uurimisel. Nendes valdkondades kasutatakse sageli kõrglahutusega massispektromeetriat (HRMS). Keerulise koostisega proovides tuvastatakse aga liiga palju ühendeid. Selles töös võetakse kasutusele derivatiseerimisele suunatud analüüsi lähenemisviis, mis ühendab derivatiseerimise ja ühiste fragmentide massispektromeetrilise tuvastamise derivatiseeritud analüütides. Nii on võimalik piirata detekteeritavate ühendite hulka konkreetse funktsionaalrühma alusel. See lähenemine kasutab MS detekteerimiseks eellasioonide skaneerimise (PIS) režiimi, kui fragmenteerumisel tekib ühine laetud fragment, ja neutraali kao (NLS) režiimi, kui tekib ühine neutraalne fragment. Meetod optimeeriti aminoühendite tuvastamiseks, kasutades derivatiseerimist dietüületoksümetüleenmalonaadiga (DEEMM) ja NLS-režiimi kolmekordse kvadrupooliga (QqQ) instrumendis, pakkudes kõrget selektiivsust aminoühendite suhtes madalatel kontsentratsioonidel . Meetodit rakendati Vahemere piirkonnast pärit 5 taimeliigi 42 proovi puhul, mis näitas, et aminoühendite sisalduse alusel on võimalik eristada taimeperekondi. Meetodit kasutati ka vabade aminoühendite sisalduse määramiseks põllumajanduslike kõrvalsaaduste kui võimalike söödalisandite analüüsimiseks.Meetodi abil tuvastati taimeekstraktides edukalt 50 aminoühendit ning enamik neist ka kvantifitseeriti.
listelement.badge.access-status Embargo ,
Haapsalu lahe peloidi humiinhappelise osa uurimine
(Tartu Ülikool, 1989) Sädeme, Marianne; Ilomets, Tullio, juhendaja
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
On the amino acid composition of some fodder plants grown in the Estonian S.S.R.
(Tartu : Eesti Põllumajanduse Akadeemia, 1961) Tali, Vladimir
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Preparation of α-aza-amino acid precursors and related compounds by novel methods of reductive one-pot alkylation and direct alkylation
(2018-07-05) Mastitski, Anton; Järv, Jaak, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Peptiidid koosnevad aminohaptest ja omavad elusorganismis väga tähtsat rolli, reguleerides suurt hulka organismis toimuvatest protsessidest. Kahjuks on aga peptiidide ravimitena kasutamine raskendatud. Suurimaks problemiks on see, et organismis on olemas ensüüme, mis esimese võimaluse korral peptiidi tükkideks lagundavad ja seeläbi nende vajalik aktiivsus kaob. Selle tõttu on arendatud erinevaid peptiidide stabiilsuse tõstmise võtteid. Üheks variandiks on loodusliku kiraalse aminohappe asendamine asa-aminohappega, mille struktuuris on kiraalne C-aatom asendatud lämmastiku aatomiga. Sellist struktuuri looduses ei esine ja ensüümid ei saa sellise peptiidi lagundamisega kergesti hakkama. Kahjuks ei ole aga asa-aminohapped püsivad ja lagunevad iseeneselikult. Selle tõttu on vaja asa-peptiidide sünteesiks asa-aminohapete prekursoreid, mis on hüdrasiini kaitstud derivaadid. Nende ühendite valmistamine on raskendatud lähteainete halva kättesaadavuse, pikkade sünteesiskeemide ning kalleid väärismetalle sisaldavate katalüsaatorte ja keerulise eriaparatuuri vajaduste tõttu. Seepärast ei ole ka kõikide looduslike aminohapetel asa-prekursoreid seni kirjeldatud ning nende saamiseks on vajalik arendada uusi ja mugavamaid sünteesimeetodeid. Käesolev doktoritöö kirjeldab mitut uut asa-aminohappe prekursorite sünteesimeetodit ja samuti on töös valmistatiud seni puudunud asa-metioniini prekursorid.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Study of ionization efficiencies for derivatized compounds in LC/ESI/MS and their application for targeted analysis
(2020-07-14) Gornischeff, Artur; Rebane, Riin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Aminohapped on looduslikus materjalis esinevad ained, mis annavad maitse-, lõhna- ja muud omadused. Aminohappeline koostis viinamarjades või humalas kandub edasi ka nendest toodetavatesse veinidesse ja õlledesse ning nende sisalduse määramine võimaldab kindlaks teha näiteks joogi päritolu või eristada võltsitud jooke originaalidest. Kuna jookides esineb enamasti mitmeid erinevaid aminohappeid, siis kasutatakse nende määramiseks meetodit, kus esmalt eraldatakse kromatograafia abil aminohapped segust (nt veinist), misjärel antakse neile (ionisatsiooniallikas) laeng ning sellest tekkinud laenguga osakeste hulk registreeritakse massidetektoris. Seejärel saabki juba määrata, millised aminohapped ja millisel hulgal proovis esinevad. Aminohapete analüüsi probleemiks on aga see, et need on väga väikesed molekulid ning samuti esineb neid proovides vähe. Selleks, et need oleks paremini massidetektoris detekteeritavad, kasutatakse keemilist reaktsiooni (derivatiseerimist), et tõsta selektiivsust ja alandada määramispiiri. Veelgi väiksemate hulkade määramiseks on vajalik uurida fragmenteeritud aminohapete derivaate, mis tähendab seda, et enne analüüsi peab olema teada, milliseid aminohappeid proovist otsitakse. Muuhulgas on täpse analüüsi läbiviimiseks vaja proovis sisalduvaid aminohappeid kõrvutada puhaste aminohapetega ehk standardainetega, sest see, kui palju tekib erinevate aminohapete korral laetud osakesi ionisatsiooniallikas, võib erineda tuhandeid kordi. Käesoleva doktoritöö peamine eesmärk oli uurida, kas ja kuidas oleks derivatiseeritud aminohapete määramiseks võimalik kasutada nende standardseid signaaliintensiivsusi ionisatsiooniallikas, et eemaldada standardainete kasutamise vajadus. Doktoritöö raames töötati välja meetod, mis võimaldas veinides ja õlledes standardainetevaba aminohapete määramist ka fragmenteeritud aminohapete derivaatide korral, mis võimaldab selektiivsemat ja madalamate määramispiiridega meetodeid. Töö tulemus avab paljusid võimalusi erinevate rakenduste jaoks, mida on võimalik laiendada ka teistele derivatiseerivatele reagentidele ja analüütidele.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Synthesis of acetogenin analogues. Asymmetric transfer hydrogenation coupled with dynamic kinetic resolution of α-amido-β-keto esters
(2013-10-04) Villo, Piret
Atsetogeniinid on huvitav grupp looduslikke ühendeid, millel on leitud selektiivne tsütotoksilisus vähirakkude vastu. Kuigi atsetogeniine on juba mõnda aega uuritud, ei ole nende struktuuri ja bioloogilise toime suhe veel selge. Oluline on uurida ka atsetogeniinide sünteesimisvõimalusi, panustades nii nende erinevate struktuuride paremale kättesaadavusele, kuna taimeekstraktid sisaldavad atsetogeniine vähestes kogustes ja tihti mitut erinevat atsetogeniini struktuuri korraga. Antud uurimistöös sünteesiti kuus atsetogeniini analoogi ja hinnati nende bioloogilist toimet mudelvähirakuliinil. Väljatöötatud sünteesirada saab kohandada igale sünteesitud analoogile, mis erinevad üksteisest ühe keskse ühiku poolest. Seega saab analoogi erinevad struktuurielemendid eraldi valmis sünteesida ja lõpp-ühendiks kokku panna alles viimastes etappides. Sünteesi juures pöörati erilist tähelepanu aatomite ruumilisele asetusele struktuuris ehk stereokeemiale, millel on tihti väga oluline mõju ühendi bioloogilisele toimele. Neli ühte tüüpi analoogi mõjutasid rakukasvu üksteisega võrreldaval määral, kuigi ei viinud nii palju mudelvähirakke rakusurmani kui looduslikud atsetogeniinid; kaks teist tüüpi analoogi avaldasid rakukasvule vähem mõju. Uurimistöö teine osa käsitleb võrreldes esimese teemaga suhteliselt väikeste ühendite, aminohappe derivaatide, sünteesi. Selliseid ühendeid saab edukalt kasutada keerukamate molekulide sünteesil. Töös keskenduti aminohappe derivaatide sünteesivõimalusele asümmeetrilise vesiniku ülekande teel läbi dünaamilise kineetilise lahutamise, mis andis kõrgeid saagiseid. Reaktsiooni käigus liideti aminohappe derivaadi eellasele üks vesiniku aatom kõrge stereoselektiivsusega. Vesiniku aatom pärines ühelt teiselt reaktsioonis osalevalt orgaaniliselt ühendilt, mitte gaasiliselt vesinikult nagu sarnaste reaktsioonide puhul tihti kasutatakse. Leitud meetod võimaldab reaktsiooni läbi viia toatemperatuuril ja õhukeskkonnas, vältides gaasilise vesiniku ja kõrgete rõhkude kasutamist.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Synthesis of aza-β3-amino acid containing peptides and kinetic study of their phosphorylation by protein kinase A
(2012-05-18) Kisseljova, Ksenija
Paljud bioloogiliselt aktiivsed ained kuuluvad peptiidide klassi. Peptiidide kasutamist ravimitena segab aga nende kiire lagunemine elusorganismis seal leiduvate proteaaside toimel. Stabiilsuse suurendamiseks on võimalik keemiliselt modifitseerida peptiidsidemeid ning nii luua peptiidi-taolisi ühendeid, mis on elusrakus stabiilsemad kui tavalised peptiidid. Samas ei tohi selline peptiidi struktuuri muutmine oluliselt mõjutada selle aine bioloogilist toimet, mille põhjustab molekuli selektiivne toime tema märklauaks oleva sidumistsentriga retseptorvalgul või ensüümil. Eeldatakse, et sellise selektiivse sidumise tingimuseks on peptiidimolekuli moodustavate aminohapete külgrühmade struktuuri ja järjestuse molekulaarne äratundmine märklauaks oleva sidumistsentri poolt. Küsimus on seega selles, millised mõjud peptiidi äratundmisele toob kaasa peptiidsideme keemiline modifitseerimine ja millised on erinevate modifitseerimise viiside toimed. Nendele küsimustele vastuse otsimine on käesoleva uurimistöö üldisem eesmärk. Selle saavutamiseks oli aga vajalik mitmete keemiliste probleemide lahendamine, alates peptiidsideme analoogide sünteesist ning lõpetades modifitseeritud peptiidide bioloogilise aktiivsuse uuringutega mudelsüsteemis. Mudelsüsteemina kasutati cAMP-sõltuva proteiinkinaasi katalüütilist alaühikut, mis edukalt toimib peptiididega ning mille jaoks on selles protsessis ilmneva molekulaarse äratundmise mehhanisme põhjalikult uuritud. Lähtudes neist teadmistest sünteesiti selles töös peptiidi RRASVA analoogid, kus igas positsioonis (välja arvatud seriin) vahetati looduslik aminohape aza-3-aminohappe jäägi või siis N-metüleeritud aza-3-aminohappe jäägi vastu. Uuriti ka varianti, kus samas lähtepeptiidis oli asendatud korraga kaks looduslikku aminohapet. Sellisel teel saadi kolm seeriat peptidomimeetilisi proteiinkinaasi substraate, mille toimet selle ensüümi aktiivtsentriga iseloomustati nende fosforüleerimise reaktsiooni kineetika kaudu. Töö tulemuste põhjal võib järeldada, et mitme peptiidahela modifikatsiooni samaaegne olemasolu raskendab oluliselt substraadi molekulaarset äratundmist, samas kui ühe modifikatsiooni olemasolu võimaldab saada loodusliku ühendiga võrreldavaid tulemusi. Töös arutatakse võimalikke põhjuseid, kuidas peptiidsideme modifitseerimine võib mõjutada aminohapete külgrühmade kaudu toimivat aine molekulaarset äratundmist. Tehtud järeldused on olulised järgmiste peptidomimeetikute loomisel, sest võimaldavad teatud määral ette ennustada nende ainete bioaktiivsust.
listelement.badge.access-status Embargo ,
The dielectric absorption of solutions of amino acids in water and water-ethanol mixtures
(1939) Parts, Adolf
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Ultraheli mõjust Saccharomyces cerevisiae biomassi produktiivsusele ja vabade aminohapete sisaldusele
(Tartu Riiklik Ülikool, 1966) Reitav, Elvi; Viileberg, Laine, juhendaja
listelement.badge.access-status Embargo ,
Valguliste liimainete dansüülitud aminohapete analüüs kõrgrõhu vedelikukromatograafia abil
(Tartu Ülikool, 2000) Štšepetova, Jelena; Ilomets, Tullio, juhendaja