Sirvi Märksõna "bakterid" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 20 51

listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Antibiotic resistance in connected engineered and natural aquatic environments
(2021-11-29) Tiirik, Kertu; Truu, Jaak, juhendaja; Nõlvak, Hiie, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Antibiootikumid on kõige olulisemad bakteriaalsete infektsioonide ravimiseks mõeldud ained, kuid kõikide antibiootikumide vastu tekib bakteritel ühel hetkel resistentsus, st et antibiootikum ei suuda enam bakterit tappa. Nii on antibiootikumiresistentsusest kujunenud tänapäeval üks suurimaid tervishoiuprobleeme maailmas. See ei ole siiski ainult meditsiinisektori probleem, vaid selle tekke ja leviku taga on ka antibiootikumide kasutamine põllumajanduses ja loomakasvatuses. Reoveepuhastusjaamade heitvesi on üks peamisi teid, kuidas resistentsus tehiskeskkonnast looduslikku keskkonda pääseb, kuna reoveepuhastuse käigus ei eemaldata kõiki antibiootikumijääke, resistentseid baktereid ega ka antibiootikumiresistentsust põhjustavaid geene. Kuna reoveepuhastusjaamade heitvesi juhitakse enamasti looduslikesse veekogudesse, näiteks ojadesse või jõgedesse, suureneb resistentsusnäitajate arv reoveepuhasti väljavoolust allavoolu jäävatel aladel. Antibiootikumiresistentsed bakterid ja resistentsusgeenid võivad kanduda edasi põhjavette, jõgedesse ja lõpuks ka merre. Sealt võivad need omakorda inimesele tagasi kanduda, näiteks saastunud vett juues, mereande süües või ujudes. Siinse doktoritöö eesmärgiks oli kirjeldada, kuidas reoveepuhastusjaamast pärinevad antibiootikumiresistentsusgeenid levivad allavoolu jäävasse ojja, sealt edasi jõkke ning viimaks Läänemerre. Töö tulemustest selgus, et reoveepuhastusjaamal on kõige suurem mõju vahetus läheduses (0,3 kilomeetrit) oleva veekeskkonna mikroobikoosluse struktuurile ja antibiootikumiresistentsusgeenide arvukusele. Samas juba 3,7 kilomeetrit eemal oli jõe bakterikooslus võrreldav reoveepuhastist ülesvoolu jääva alaga. Siiski tulenevalt Läänemere eripäradest – suur reostuskoormus, tihe rannikuala asustatus, suur valgala, aeglane veevahetus, madal vesi – on merekeskkond väga tundlik antibiootikumiresistentsusgeenide reostuse suhtes.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Application of isothermal amplification methods for detection of Chlamydia trachomatis directly from biological samples
(2017-04-05) Jevtuševskaja, Jekaterina; Langel, Ülo, juhendaja; Uusna, Julia, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Praeguseks on teada enam kui 30 erinevat sugulisel teel levivat bakterit, viirust ja parasiiti, kes kõik võivad nakatada kahjustades reproduktiivorganeid. Üheks peamiseks probleemiks on nenede patogeenidega nakatamise aladiagnoos, sest valdavalt kulgevad suguhaigused asümptomaatiliselt. Avastamata ja ravimata suguhaigused võivad põhjustada pikaajalisi ebamugavusi või viia hoopis tervistkahjustavate tagajärgedeni, näiteks tekitada põletikku emakakaelas, munajuhas või kusitis, suurendada emakaväliseraseduse ja isegi viljatuse tõenäosus. Selleks, et võimalikke tüsistusi vähendada on oluline haiguse õigeaegne ravi. Selleks on vajalik patogeenide kiire ja täpne diagnoosimine. Antud projekti eesmärgiks oli arendada ja optimeerida kiire, täpne ning usaldusväärne isotermilise amplifikatsiooni meetod sugulisel teel leviva bakteri C. trachomatise tuvastamiseks otse uriinist, mida oleks võimalik tulevikus rakendada kodukasutuseks mõeldud kiirtestides. Kuna tänapäeval puuduvad täpsed ning usaldusväärsed kiirtestid C. trachomatise tuvastamiseks otse uriinist (tundlikkus on 40% ulatuses, sõltudes bioloogilisest materjalist) on väga oluline selle suuna edasine arendamine. Samas ka bioloogilise materjali eeltöötlusest sõltub olulisel määral eduka patogeense DNA vabastamine rakust ja selle järgnev tuvastamine, seega on ka selle optimeerimine väga oluline. Isotermilised amplifikatsiooni meetodi abil nagu RPA ja LAMP oleks aga võimalik luua platformi kiire, täpse ning usaldusväärse C. trachomatise tuvastamiseks otse bioloogilisest materjalist. RPA meetod suudab kasutada bioloogilise materjali lüüsimiseks kuumust, samas kui LAMP meetodiga on võimalik patogeenset DNA vabastamist ka antimikroobsete peptiidide abil. Suutsime näidata, et isotermilise amplifikatsiooni meetodid nagu RPA ja LAMP tänu oma eelistele nagu tundlikkus, spetsiifilisus, kiirus, täpsus, odavus ning lihtsus saaks optimeerimise järel rakendada tulevikus kiirtestides nii C. trachomatise kui ka erinevate patogeenide tuvastamiseks otse bioloogilisest materjalist.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Aquatic environment: primary reservoir, link, or sink of antibiotic resistance?
(2014-09-22) Voolaid, Veiko
Antibiootikumide avastamisega muudeti paljude haiguste ja raviprotseduuride tulemusi paremuse poole, surmahaigusest sai „külmetushaigus”. Esialgne joovastus, mis kuulutas lõppu bakteriaalsetele infektsioonidele, on tänaseks muutunud suureks mureks kiirelt tekkiva ja leviva resistentsusega nende samade ravimite vastu, mis neid ravima peaks. Kiire resistentsuse tekke ja leviku taga on antibiootikumide laialdane kasutamine nii meditsiinis, veterinaarias, loomakasvatuses ja põllumajanduses. Kuigi me seostame resistentsust meditsiini ja inimkeskkonnaga ning antibiootikumide kasutuselevõtuga inimkonna poolt, siis resistentsus on looduslikus keskkonnas olnud olemas juba miljoneid aastaid. Sellest tulenevalt on ka viimasel ajal üha rohkem tähelepanu hakatud pöörama uurimustele, mis püüavad välja selgitada kas ja kuidas resistentsus looduses on seotud resistentsusega inimkeskkonnas. Antud väitekirjas keskendun ma loodusliku kultiveeritava antibiootikumiresistentse bakteripopulatsiooni kirjeldamisele. Milline on liigiline koosseis ja millistele antibiootikumidele resistentsust esineb. Leidsin, et paljud bakterid uuritud populatsioonis olid resistentsed mitmele antibiootikumile ja esines huvitav ning tugev korrelatsioon erinevate antibiootikumide resistentsuste vahel, mis võiks tähendada, et vastavad geenid esinevad samal mobiilsel elemendil või resistentsus on vahendatud sama väljutuspumba poolt. Teadmine, mis suunas resistentsusgeenid liiguvad, kas loodusest „haiglatesse” või vastupidi, on puudulik. Sellest tulenevalt oli üheks väitekirja osaks uurida millist mõju avaldab reoveepuhastusjaamade heitvesi allavoolu jäävale looduskeskkonnale seoses antibiootikumide resistentsusega. Selleks määrasime uurimisrühmaga kvantitatiivselt mitme resistentsusgeeni esinemissageduse reovees ja heitvees. Reoveepuhastusjaamu peetakse resistentsuse levikus ja ülekandumises olulisteks keskkondadeks, kuid meie tulemused seda ei kinnita. Heitvees olevate resistentsusgeenide arvukus ei olnud suurem kui reovees, samal ajal suhteline arvukus võrreldes bakteriarvukusega ka oluliselt ei vähenenud.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Bacterial communities associated with fungal fruitbodies
(2020-11-11) Pent, Mari; Põldmaa, Kadri, juhendaja; Bahram, Mohammad, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Päristuumsed organismid on soodsaks elupaigaks erinevatele mikroobidele, kes aitavad tagada peremehe tervise, arengu ja kohasuse. Kuigi seened on liigirikas ja mitmekesine organismirühm, on nende viljakehadega seotud bakterikooslusi seni vähe uuritud. Täiendavad teadmised seente ja bakterite suhetest on aga olulised nii nende ökoloogilise rolli paremaks mõistmiseks kui ka seente edukaks kasvatamiseks. Doktoritöö eesmärgiks oli uurida bakterikoosluste struktuuri ja funktsioone kandseente viljakehades, kasutades selleks eelkõige järgmise põlvkonna sekveneerimismeetodeid. Lisaks analüüsiti peremehest ja keskkonnast tulenevaid tegureid, pöörates erilist tähelepanu, milline on mullakeskkonna mõju seent asustava mikroobikoosluse kujunemisel. Tulemused näitasid, et peremeesseen ise mõjutab viljakeha bakterikooslust rohkemal määral kui keskkonnategurid. Peremehe tunnustest osutus oluliseks sugulus teiste seentega ehk taksonoomiline kuuluvus, aga ka seene eluviisi mõju. Esmakordselt leidis tõendamist, et analoogselt teiste päristuumsetega, määrab ühe seeneliigi piires bakterikoosluse struktuuri ja funktsioonid suuresti peremeesseene genotüüp. Viljakeha keemilised omadused varieeruvad nii erinevate seenerühmade kui ka kõdulagundavate ning mükoriisaseente vahel ja mängivad tähtsat rolli viljakehade bakterikoosluste kujunemisel. Keskkonnateguritest mõjutasid seene viljakeha bakterikooslust mitmed mullaomadused, eelkõige happelisus. Lisaks leidis kinnitust, et enamik seentes elavatest bakteritest pärineb ümbritsevast mullast. Suurem osa seenebakterite funktsionaalsetest geenidest on süsinikühendite, aminohapete, valkude, kofaktorite ja vitamiinide ainevahetuse teenistuses. Seega võib baktereid koos tema peremeesseenega käsitleda kui tervikuna toimivat holobionti, kus kõik osapooled täidavad kindlaid ülesandeid. Seen-bakter suhete edasine uurimine on igal juhul oluline mõistmaks paremini nende rolli erinevates keskkondades.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Bacterial ribosome heterogeneity on the example of bL31 paralogs in Escherichia coli
(2022-07-19) Lilleorg, Silva; Liiv, Aivar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Selleks, et ellu jääda, kasvada ja paljuneda, vajavad organismid sadu erinevaid valke, mis toimivad struktuursete komponentide, ensüümide, signaalivahendajate, transpordi- ja säilitusmolekulidena. Lisaks sellele on elutähtis, et valgud oleksid funktsionaalsed sobivas koguses, õigel ajal ja vajalikus kohas – seetõttu on valgusüntees ja selle regulatsioon kesksemaid eluprotsesse. Kõiki valke sünteesivad ribosoomid, RNA-st ja valkudest koosnevad kompleksid. Bakteri ribosoom, selle doktoritöö uurimisobjekt, koosneb kolmest ribosoomi RNAst ja rohkem kui 50 ribosoomi valgust, mis jagunevad kahe subühiku vahel. Eksperimentaalselt on kindlaks tehtud, et nii päris- kui eeltuumsed organismid sisaldavad mõnevõrra erineva ülesehitusega ribosoome. Samas ei ole selle nähtuse – ribosoomide heterogeensuse – bioloogiline tähtsus teada. Käesoleva doktoritöö fookuses on soolekepikese (E. coli) teatud tüüpi ribosoomi valgud (paraloogid), millel on ühine eellane, kuid mis kodeerivad erinevaid valke. Küsimus on, kas E. coli ribosoomid on paraloogide poolest heterogeensed. Mis võiks olla sellise molekulaarse mitmekesisuse roll valgusünteesil ja bakterite kasvu jaoks? E. coli ribosoomide valgulise koostise analüüs tuvastas, et nii kiire kasvu korral kui statsionaarses kasvufaasis esinevad samaaegselt ribosoomi valkude paraloogide poolest heterogeensed ribosoomid. Kasvukatsed näitasid, et ribosoomi valk bL31 paraloogid (bL31A ja bL31B) on olulised, ent mitte samaväärsed bakterite kasvuks madalamatel temperatuuridel. Nimelt annab bL31A olemasolu bakterirakkudele kiire kasvu faasis kasvueelise võrreldes bL31B-ga. bL31A ja bL31B osalevad üksteisega samaväärselt optimaalse translatsiooni initsiatsiooni etapi kiiruse ja ribosoomi subühikute ühendamise tagamisel. Samas näitavad meie tulemused, et võrreldes bL31B-d sisaldavate ribosoomidega on bL31A-d sisaldavad ribosoomid protsessiivsemad ja teevad vähem vigu valgusünteesi käigus. Doktoritöö tulemused avardavad oluliselt teadmisi ribosoomide heterogeensusest bakterites ning ribosoomi valgu bL31 tähtsusest valgusünteesil.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Bacterial toxin-antitoxin systems: transcriptional cross-activation and characterization of a novel mqsRA system
(2013-10-25) Kasari, Villu
Paljud bakterid kinnituvad pindadele ja moodustavad enda ümber limase kaitsekihi. Sellist kasvuviisi kutsutakse biokileks ja see tagab bakterile parema kaitse kahjulike mõjurite eest nagu näiteks antibiootikumid või peremehe immuunsüsteem. Biokilede tõttu tekivad korduvad infektsioonid, mis on tõsiseks meditsiiniliseks probleemiks. Biokiledes on suurenenud ajutiselt mitte-kasvavate bakterite hulk, kes ei oma eriomaseid mehhanisme antibiootikumide vastu võitlemiseks, kuid kes oma uinunud oleku tõttu ei allu ravile. Neis uinunud rakkudes on tugevalt avaldunud toksiin-antitoksiini (TA) süsteeme kodeerivad geenid. Toksiin on valk, mis takistab mõnda bakteri enda olulist rakulist protsessi. Paljud toksiinid lõikavad mRNA-d, takistades nii valkude sünteesi ja bakterite kasvu. Antitoksiin on valk, mis toksiiniga seondudes võimaldab bakteril jälle kasvada. Seega aktiveerunud toksiinid võivad põhjustada nende uinunud bakterite teket biofilmis. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks oli kirjeldada TA süsteemide omavahelist rist-aktiveerimist ja testida, kas soolebakteri Escherichia coli geenid mqsR ja mqsA moodustavad uue TA süsteemi. Uurimustulemustest selgus, et MqsR pidurdab tugevalt bakterite kasvu, samas MqsA pärsib MqsR toksilist mõju ja reguleerib mõlema geeni avaldumist. Seega tõestasime, et MqsRA on uus TA süsteem. Teiseks näitasime, et TA süsteemide vahel esineb rist-aktivatsioon. Täiendavalt selgus, et see rist-aktivatsioon võib olla mõjutatud TA mRNAde lõikamisest, mille tulemusel toodab bakter rohkem toksiine kui antitoksiine. Kokkuvõtteks, töö tulemusel selgitati TA geenide üheaegse avaldumise tagamaid, mis toetavad TA süsteemide seost uinunud bakterite tekkel.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Bakterid samblike sees ja ümber
(Tartu Ülikool, 2020) Kasyanova, Polina; Jüriado, Inga; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Botaanika osakond
Bakalaureusetöö eesmärgiks on välja tuua samblike ja bakterite omavahelised seosed. Anda ülevaade bakterite funktsioonidest, mitmekesisusest ning paiknemisest samblikutallusel. Kirjeldatakse bakterikoosluste erinevusi sõltuvalt lihheniseerunud seene liigist.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Bakterite eristamine fluoromeetri spektrist masinõppe abil
(Tartu Ülikool, 2024) Rõõm, Rimmo; Rebane, Ott, juhendaja; Aljanaki, Anna, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
In this master thesis, the most suitable machine learning solution is found for the fluorometer device H2B-Spectral developed by LDI Innovation OÜ. The machine learning methods tested in this thesis aim to improve the differentiation of various microorganisms on selected solid surfaces. The device functions as a multi-channel fluorometer, exciting the measured sample surface with three different ultraviolet wavelengths and reading the emitted optical fluorescence signal on three different wavelength channels. Based on the obtained eight number data (one channel provides no information), the sensor's software must classify the measurement point into pre-learned classes. In this study, over thirteen classes of various microorganisms are measured, and different machine learning methods (including decision tree, random forest, KNN, support vector machine, ensemble voting) are compared for their classification performance. The most effective classification method identified in this study will be implemented in the standard machine learning system in the software for H2B-Spectral.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Bakterite kinnitumine mikroseente niidistikule biofilmi näitel
(Tartu Ülikool, 2023) Hindriksoo, Helery; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Antud uurimistöö keskendub potentsiaalselt taime kasvu soodustavate ja taimepatogeenide vastu võitlemisel kasutatavate bakterite ja mikroseente omavaheliste interaktsioonide uurimisele. Tulemustest selgus, et töös kasutatud mikroseened olid eeldatavasti hüdrofoobse rakupinnaga, bakteritest olid hüdrofoobsed vaid Rouxiella sp. ja Pseudomonas helleri. Bakteritest oli parim biofilmi moodustaja Pseudomonas koreensis, mikroseentest kõik peale Trichoderma sp. Ükski bakter ei inhibeerinud Trichoderma sp. kasvu ja üleüldiselt inhibeerisid mikroseente kasvu tugevamalt rohkem biofilmi moodustavad bakterid. Kokkuvõtteks võib öelda, et bakterite kinnitumine seente hüüfidele sõltub nii konkreetsest seenest kui ka konkreetsest bakterist.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Bakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abil
(Tartu Ülikool, 2016) Vaher, Mihkel; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Teise põlvkonna sekveneerimine võimaldab anda hulgaliselt infot proovide liigilise koosluse kohta, olgu selleks näiteks inimese mikrobioomi- või keskkonnaproov. Uuemad bakterite tuvastamise programmid kasutavad määramiseks lühikesi kindla pikkusega oligomeere, olles seeläbi kiired, kuid ka mitmete puudustega. Antud töö käigus loodi tarkvara StrainSeeker, mis tuvastab sekveneerimise toorandmetest bakterid tüve tasemeni. StrainSeeker analüüsib kõigi lugemite koondinfot, mitte üksikuid lugemeid eraldi. Lisaks suudab StrainSeeker tuvastada ka andmebaasist puuduvaid organisme ning kiirus ja paindlikkus teevad selle võrreldavaks parimate avaldatud bakterite tuvastamise programmidega.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
ColR-ColS signalling system and transposition of Tn4652 in the adaptation of Pseudomonas putida
(2010-12-22) Kivistik, Paula Ann
Kõik elusorganismid peavad ellujäämise nimel kohanema ümbritseva keskkonnaga, mis võib pidevalt muutuda. Bakterid on silmale nähtamatud ainuraksed organismid, kes suudavad ellu jääda ka nii äärmuslikes tingimustes nagu kuumaveeallikad, ookeani süvikud, polaarjää jne. Bakteriperekond Pseudomonas on tuntud oma hea kohanemisvõime poolest, mis laseb neil asustada erinevaid keskkondi nagu muld, vesi, taimed, loomad ja ka inimene. Nimetatud perekonna liikmed suudavad kohaneda ka antibiootikumidega, mis tekitab probleeme nüüdisaegses meditsiinis. Pseudomonas aeruginosa on osutunud ravile allumatuks bakteriks, kuna suudab taluda mitmeid antibiootikume. Mikroobi kohanemine keskkonnaga toimub läbi füsioloogiliste või geneetiliste muutuste. Bakteriraku füsioloogias toimuvaid muutusi kutsuvad esile erinevad signaalsüsteemid, mis tajuvad keskkonna vaheldumist. Geneetiline kohandumine uute tingimustega on pikaajalisem ja järglastele edasi kanduv, kuna muutused toimuvad organismi genoomis. Käesolev töö on keskendunud bakteriperekonna Pseudomonas osava kohanemise tagamaade selgitamisele ohutu keskkonnabakteri Pseudomonas putida näitel. Antud töö uurib signaalsüsteemi, mida on seostatud mitmesuguste protsessidega nagu virulentsuse, mutatsiooniprotsesside, antibiootikumide ja raskemetallide resistentsusega ning mikroobi võimega asustada taimejuuri. Minu tööst selgub, et uuritud signaaliraja peamiseks märklauaks on bakterirakku ümbritsev membraan, kusjuures mõjutatud on nii membraanis paiknevad valgud kui ka lipiidid ja samuti rakku toetav sein ning kaitsev kapsel. Need tulemused selgitavad, kuidas suudab üks signaalirada vahendada muutusi erinevates protsessides ja seeläbi osaleda bakteriraku kohanemises.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Das Verhalten der Bacterien des Fleischwassers gegen einige Antiseptiva : Inaugural-Dissertation zur Erlangung des Grades eines Doctors der Medicin
(Dorpat : [Druck von C. Mattiesen], 1880) Jalan de la Croix, Nicolai
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Das Verhalten von Harnbacterien gegen einige Antiseptica : Inaugural-Dissertation zur Erlangung des Grades eines Doctors der Medicin
(Dorpat : Mattiesen, 1879) Haberkorn, Theodor
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Diversity, genomics, and potential functions of fungus-inhabiting bacteria
(2023-05-26) Gohar, Daniyal; Bahram, Mohammad, juhendaja; Põldmaa, Kadri, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Baktereid võib leida kõikvõimalikest keskkondadest nii vabalt elavate organismidena kui ka päristuumsete organismide sümbiontide ja haigustekitajatena. Vastastikku kasulike suhete korral saavad bakterid peremehelt süsinikuühendeid ja elupaika, pakkudes peremehele vastutasuks mitmesuguseid hüvesid. Taoliste sümbiontsete suhete uurimine on oluliselt panustanud inimese tervise parendamisse, aga aidanud ka soodustada kultuurtaimede kasvu, parandada nende stressitaluvust ja suurendada vastupanuvõimet haigustele. Taimede ja loomade kõrval moodustavad päristuumsete riigi ka seened, kuid teadmised nende mikrobioomide kohta on piiratud. Seened on looduses olulised nii orgaanilise aine lagundajatena kui ka erinevates sümbioosides. Inimese seisukohast on eelkõige tähtsad taimede ja loomade haiguste tekitajad, aga ka söögiks tarbitavad seente viljakehad. Hiljutised uuringud on näidanud, et seente viljakehad on elupaigaks mitmekesistele bakterikooslustele, mis võivad mõjutada oma peremehe kasvu, toota seenele vajalikke vitamiine ning soodustada eoste idanemist. Siiski on meie teadmised seente bakterikoosluste koosseisust ja funktsioonidest praegu veel küllaltki piiratud. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks oli kirjeldada bakterikoosluste mitmekesisust ja nende varieeruvuse mustreid seente viljakehade eri arengustaadiumide, aga ka peremehe taksonite ja geograafiliste piirkondade lõikes. Lisaks analüüsiti bakterigenoomides kajastuvaid tunnuseid, mis võiksid olla määravad seente asustamiseks vajalike kohtastumiste kujunemisel. Saadud töö tulemused näitasid, et bakterid, kes võivad kasvu soodustada, on viljakehas arvukad kogu selle arengutsükli vältel, samas kui viljakeha vananedes kasvab seenele kahjulike ja surnud orgaanikast toituvate bakterite osakaal. Selgus, et bakterite mitmekesisus ja koosluste koosseis varieerub sõltuvalt peremeesseene evolutsioonilisest päritolust, samas kui kliima ja mulla omaduste osa selles ei ole oluline. Bakterite genoomide analüüs näitas, et neil on mitmesuguseid ensüüme, mis võimaldavad saada peremeesseene biomassist energiat, aidates samas peremehel oma keskkonnast toitaineid hankida. Seentes elavate bakterite funktsiooni ja koosluse struktuuri selgitamine aitab kaasa bakterite ja seente vaheliste keerukate suhete mõistmisele erinevates ökosüsteemides.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Ein Beitrag zur Biologie der Bacterien : Inaugural-Dissertation zur Erlangung des Grades eines Doctors der Medicin / verfasst und mit Bewilligung Einer Hochverordneten Medicinischen Facultät der Kaiserlichen Universität zu Dorpat zur öffentlichen Vertheidigung bestimmt
(Dorpat : Schnakenburg, 1879-09-21T08:35:22Z) Kuehn, Peter
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Ein Beitrag zur Biologie einiger Schizomyceten : Inaugural-Dissertation zur Erlangung des Grades eines Doctors der Medicin
(Dorpat : C. Mattiesen, 1880) Boehlendorff, Hermann von
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Eksitonid Ca sisaldavates fotosünteesivates bakterites
(Tartu Ülikool, 2023) Lehtmets, Alexandra; Linnanto, Juha Matti, juhendaja; Freiberg, Arvi, juhendaja; Rätsep, Margus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Füüsika instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Episoomsete elementidega bakteritüvede akriflaviinresistentsusest
(Tartu : Tartu Riiklik Ülikool, 1973) Ilus, Tiiu; Heinaru, Ain, juhendaja
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Finding novel factors affecting the mutation frequency: a case study of tRNA modification enzymes TruA and RluA
(2022-11-02) Tagel, Mari; Kivisaar, Maia, juhendaja; Ilves, Heili, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Bakterid suudavad elada kõikjal, kuid karmide ja muutlike keskkonnatingimustega kohanemiseks on aga vaja geneetilist varieeruvust. Bakterites on selle põhiliseks allikaks mutatsioonid. Evolutsiooni mõistmiseks on vaja selgitada molekulaarseid mehhanisme, mis mõjutavad mutatsioonide tekkesagedust. Käesolevas töös kirjeldasin ja analüüsisin uut testsüsteemi, mis võimaldab tuvastada mutatsioonisagedust mõjutavaid faktoreid bakteriperekonnas Pseudomonas. Kirjeldatud testsüsteemi abil õnnestus mullabakteris Pseudomonas putida tuvastada nii varem kirjeldatud kui ka uusi mutatsioonisagedust mõjutavaid geene. Üllatavaim leid oli tRNA modifikatsiooniensüümide TruA ja RluA mõju mutatsioonisagedusele. tRNAd on väikesed molekulid, mis valgusünteesil kannavad valkude ehituskive ribosoomi. Selleks, et paremini oma funktsiooni täita, on paljud nukleotiidid tRNAdes modifitseeritud. Modifikatsioonidel võib olla palju ülesandeid, näiteks aitavad modifikatsioonid tRNAdel saavutada õiget struktuuri või suurendavad translatsiooni täpsust. TruA ja RluA modifitseerivad U nukleotiidi pseudouridiiniks, tehes seda erineval poolel tRNA antikoodonist. Näitasime, et TruA ja RluA tehtud modifikatsioonide puudumisel suureneb P. putidas mutatsioonisagedus. Mõistmaks paremini nende ensüümide olulisust, analüüsisime translatsiooni täpsust, stressi taluvust, proteoomi ja üldist elulemust P. putida TruA ja RluA defektsetes tüvedes. Lisaks sellele selgitasime võrdlevalt TruA ja RluA rolle ka Pseudomonas aeruginosa ja Escherichia coli rakkudes. Saadud tulemustest on näha, kuidas konserveerunud funktsiooniga valgud võivad põhjustada erinevates bakterites erinevaid fenotüüpe. Samuti ilmestab käesolev töö, kuivõrd mitmekesised ja ootamatud tegurid võivad mõjutada DNAs mutatsioonide teket.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Fitness effects of chromosomal toxin-antitoxin systems in Pseudomonas putida
(2023-06-05) Rosendahl, Sirli; Hõrak, Rita, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Enamiku bakterite kromosoomides leidub mitmeid toksiin-antitoksiin (TA) lookusi, mis kodeerivad bakterile kahjulikku toksiini ning seda neutraliseerivat antitoksiini. Selliste potentsiaalselt surmavate geenide laialdane levik bakterite genoomides on üllatav ning võiks viidata, et TA süsteemid on bakterile mingit moodi kasulikud. Kuigi TA süsteeme on põhjalikult uuritud, pole seni jõutud üksmeelele nende tähtsuses bakteritele. On näidatud, et mõned TA süsteemid stabiliseerivad genoomis leiduvat mobiilset DNA-d, samas kui teised kaitsevad baktereid faagirünnaku korral. Arvatakse, et mõned TA süsteemid võivad olla olulised bakteri stressivastuses. Samas leidub ka uuringuid, mis viitavad, et TA süsteemid võivad olla isekad DNA elemendid, millest pole bakterile mingit kasu. Käesolev doktoritöö keskendub mullabakteri Pseudomonas putida kromosoomis leiduvatele TA süsteemidele, millest kõige põhjalikumalt on seni uuritud GraTA süsteemi. Toksiin GraT on vaid mõõdukalt toksiline ribosoom-sõltuv mRNaas, mis põhjustab külmatundlikku kasvu- ja ribosoomi biogeneesi defekti. Üllatuslikult leiti, et GraT põhjustatud ribosoomi biogeneesi defekti mõjutab bakteri peamine šaperonvalk DnaK, kuid varasemates katsetes jäi DnaK täpne roll selgusetuks. Kuigi GraT on funktsionaalne toksiin ja mõjutab antitoksiini GraA puudumisel P. putida stressitaluvust, ei ole kogu TA süsteemi deleteerimisel P. putida’le mingit efekti. See tõstatas küsimuse, et milline on graTA lookuse ning teiste TA süsteemide tähtsus P. putida’le. Kasutades proteoomi analüüsi, kirjeldab käesolev doktoritöö P. putida vastust toksiinile GraT. Samuti selgitati DnaK šaperoni rolli GraT toksilisuse reguleerimisel. Selgus, et DnaK soodustab GraT toksilisust, abistades ilmselt GraT-d voltumisel. Doktoritöö näitab, et uuritud tingimustes pole 13 TA süsteemist P. putida’le kasu. Pigem võivad nad teatud tingimustes, nagu konkurentsikatsetes ja faagirünnaku korral, bakteri kohasust vähendada. Käesoleva doktoritöö tulemused avardavad teadmisi TA süsteemide bioloogilise tähtsuse kohta ja viitavad selgelt TA süsteemide isekale olemusele.