Endofüütsed bakterid Eestis kasvatatavates juurviljades

Abstract

Antud töös uuriti viie Eestis kasvatatava juurvilja koore ja sisu bakterite kooslusi ning optimeeriti katsesüsteemi, eesmärgiga saavutada esinduslik valim juurviljade endofüütsete bakterite liigirikkusest. Selleks kasutati kahte erinevat DNA eraldamismeetodit ja bakterite identifitseerimiseks amplifitseeriti PCR 16S rDNA V4 hüpervariaabel regiooni, mis sekveneeriti Illumina MiSeq tehnoloogiaga. Kahe erineva DNA eraldamismeetodiga õnnestus samadest proovidest identifitseerida olulisel määral erinevad bakteriliigid. Analüüs näitas, et juurviljade koore endofüütsete bakterite kooslused on mitmekesisemad, kui sisu omad. Kõikide juurviljade koores kui ka sisus domineerisid Gammaproteobacteria esindajad. Koores oli rohkem Alpahaproteobacteria, Actinobacteria, Betaproteobacteria ja Bacteroidetese esindajaid. Sisus oli lisaks gammaproteobakteritele ka klass Bacilli esindajaid. Tööst selgus, et juurviljade mirkobioom on väga mitmekesine ja oluline on jätkata nende edasist uurimist.