Pseudomonas putida tüüp I restriktsioon-modifikatsioon süsteem faagivastases kaitses

Abstract

Faagid on baktereid nakatavad viirused ja nad on kõige arvukamad geneetilised elemendid biosfääris. Bakterid on evolutsiooni käigus omandanud mitmeid faagivastaseid kaitsemehhanisme. Enamus bakterite genoomis leidub restriktsioon-modifikatsioon süsteeme, mis on võimelised eristama võõr-DNA-d peremeesraku DNA-st ja neil on seega oluline roll faagivastases kaitses. Kuna Pseudomonas putida faagivastast kaitset on väga vähe uuritud siis käesoleva töö eesmärk oli uurida, kas P. putida tüüp I restriktsioon-modifikatsioon (RM-I) süsteemil on roll faagivastases kaitses või mitte. Testiti RM-I süsteemi valkude (HsdR, HsdM, HsdS) aktiivsust in vitro lõikusreaktsioonides genoomse DNA-ga ning konstrueerides RM-I deletsioontüve, mille mõju faagivastasele kaitsele testiti tilkkülvides. Töö tulemustele põhinedes on on RM-I süsteemi roll faagivastases kaitses testitud tingimustes kaheldav.