Keskkonnaproovidest Pseudomonas putida’t nakatavate faagide eraldamine ja kirjeldamine

Abstract

Käesoleva töö eesmärgiks oli täiendada CEPEST kollektsiooni uute bakteriofaagidega, kasutades isoleerimisel mitmete potentsiaalsete kaitsesüsteemide suhtes defektset Pseudomonas putida tüve ΔDef-12. Samuti prooviti kindlaks teha, millised ΔDef-12 tüves puuduvad kaitsesüsteemid suurendavad P. putida faagiresistentsust. Õnnestus isoleerida 14 faagi ning kollektsiooni lisandus kaks uut perekonda ja kaheksa uut liiki. Faagitolerantsuse testimiseks valiti 17 faagi perekondadest G8, G14, G16, G24 ja G25 ning testiti 13 erinevat P. putida järjestikust deletsioonmutanti, millel puudus erinev arv potentsiaalseid kaitsesüsteeme. Tulemused näitasid, et mitmed testitud kaitsesüsteemid panustasid CEPEST kollektsiooni faagide vastasesse kaitsesse. Süsteemide mõju oli üldiselt perekonnaspetsiifiline ning mõnel juhul ka faagispetsiifiline. Kõige laialdasema kaitse testitud faagide suhtes andis tüüp I restriktsiooni-modifikatsiooni süsteem. Lisaks mängisid olulist rolli faagikaitses ka tüüp II RM süsteem, Gabija, HerA/DUF, PD-T7-1 ja profaagid.