Koopiaarvu variatsioonide mõju ravimi kõrvaltoimete tekkimisele

Abstract

Koopiaarvu variatsioonid (CNV-d) on muutused inimese DNA-s, mille käigus on DNA piirkonnad kadunud või mitmekordistunud. Farmakogeenid on geenid, mille produktid osalevad ravimite lagundamisel. Bakalaureusetöö põhieesmärk on hinnata farmakogeenidega ülekattes olevate CNV-de mõju ravimi kõrvaltoimete tekkimisele. Selleks luuakse esmalt teoreetiline raamistik CNV-de käsitlemiseks. Töös näidatakse, kuidas CNV-sid simuleerida, ning simulatsioonide abil näidatakse Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramus välja töötatud CNV kvaliteediskoori paremust võrreldes populaarse CNV-sid määrava algoritmiga. Simulatsioonidega määratakse kindlaks ka CNV ja ravimi kõrvaltoime minimaalsed suhtelised sagedused, mille korral saavutatakse piisavalt suur võimsus seose avastamiseks. Simulatsioonide tulemusi arvestades viiakse läbi praktiline analüüs CNV-de ja ravimi kõrvaltoimete vaheliste seoste avastamiseks Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu ja UK Biopanga andmetel. Analüüside käigus leiti oluline seos HLA-A geeniga ülekattes olevate duplikatsioonide ning rohtudest ja ravimitest tingitud üldise nahalööbe vahel.