How sex influences the effect of genetic variants on gene expression?

Abstract

Complex human traits and disease prevalence and risks vary between women and men. It is important to understand and interpret the effect genetic variants have on cells to manage disease and differences in phenotypes. As most genetic variants involved in regulation, the effect of these variants (eQTLs) influences gene expression. Most previous research showed a small amount of sex-biased eQTLs. However, the majority of studies use whole blood samples, which are more likely to produce false positives than purified blood samples, because some blood cells are more abundant in one sex than the other. This work analysed 1187 eQTLs for the present sex-specific effect on gene expression using interaction tests. This approach shows reliability confirmed by the uniform distribution of P-values. In estonian: Inimeste komplekssed tunnused, haiguste levimus ning nendega seotud riskid on meeste ja naiste vahel erinevad. Selleks et haiguseid ja nende erisusi fenotüüpides uurida, on oluline aru saada ning kaardistada erinevate geenide avaldumist rakkudes. Geeniekspressiooni mõjutavad varieeruvused geneetilistes markerites, nagu ekspressiooni kvantitatiivsete tunnuste lookused (eQTL). Varasemad teadustööd pole näidanud suurel hulgal inimese soost mõjutatud eQTLe, kuid enamik töödest on kasutanud täisvere proove. Need annavad suurema tõenäosusega valepositiivseid tulemusi kui rakutüübi kaupa eraldatud proovid, sest mõndasid vererakke esineb ühel sool rohkem kui teisel. Käesolev töö uuris 1187 eQTLi soost sõltuvate efektide esinemisest geeniekspressioonile kasutades interaktsiooniteste. Selle lähenemise usaldusväärsust kinnitab p-väärtuste ühtlane jaotus.