Sirvi Autor "Leppik, Margus, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 10 10

C-hepatiidi viiruse NS5B geeni amplifitseerimise ja sekveneerimise optimeerimine
(Tartu Ülikool, 2024) Lember, Anni; Šablinskaja, Arina, juhendaja; Leppik, Margus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Tänapäeval on otsese toimega viirusvastased ravimid (DAA-d) põhilisteks C-hepatiidi viiruse (HCV) infektsioonist vabanemise võimalusteks. Üha rohkem takistavad DAA-de edukat toimimist viiruse ravimiresistentsusega seotud mutatsioonid, mille määramine on eduka ravi seisukohalt ülioluline. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk oli optimeerida HCV NS5B geeni amplifitseerimise ja sekveneerimise protokollid, et neid saaks kasutada Eestis levivate HCV variantide puhul. Töö tulemusena saadi optimeeritud ning töötavad PCR ja sekveneerimise protokollid, millega on võimalik määrata HCV NS5B geeni 159–321 ah ulatuses ravimiresistentsuse mutatsioone.
Kimäärse pseudouridiini süntaasi spetsiifika iseloomustamine
(Tartu Ülikool, 2014-06-11) Garber, Natalja; Leppik, Margus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Kuulmislangusega seotud mitokondri RNR1 geenimutatsioonide re-sekveneerimine rakuvabast DNA-st
(Tartu Ülikool, 2025) Uusküla, Benelote; Krjutškov, Kaarel, juhendaja; Leppik, Margus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Kuulmislangust põhjustavad kolm mutatsiooni mitokondri RNR1 geenis: m.1095T>C, m.1494C>T ja m.1555A>G. Need mutatsioonid muudavad 12S rRNA järjestuse mitokondris sarnaseks prokarüoodi 16S rRNA järjestusele, mis põhjustab aminoglükosiidide paremat seondumist ning ototoksilisust. Käesolevas töös uuriti mitteinvasiivse prenataalse testimise (NIPT) tulemustes mutatsioonide esinemissagedust täiendava PCR-amplifikatsiooni ja re-sekveneerimise läbi. Mutantne alleel kinnitati, kui selle osakaal kõigist lugemitest sekveneerimistulemustes ületas 50%. Kolme mutatsiooni kumulatiivne esinemissagedus oli 0,23%. Re-sekveneerimise kinnituse abil oli võimalik NIPT tulemustest eemaldada valepositiivsed tulemused ja kinnitada tõelised mutatsiooniga proovid 100% spetsiifilisusega. Mutatsiooni kajastamine elektroonilistes terviseandmetes aitab vältida aminoglükosiidide manustamisest põhjustatud kuulmislanguse teket riskialleelidega patsientidel.
Pagaripärmi ribosoomi peptidüültransferaasi keskuse piirkonnas paiknevate evolutsiooniliselt konserveerunud rRNA modifikatsioonide mõju temperatuuritundlikkusele
(Tartu Ülikool, 2025) Varik, Ronald; Leppik, Margus, juhendaja; Tamm, Tiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Ribosoomi koostises olevad RNA molekulid sisaldavad palju modifitseeritud nukleotiide. Ribosomaalse RNA modifikatsioonidel on tähtis roll ribosoomi funktsiooni optimeerimisel. Väikesed tuumakese RNA-d ehk snoRNA-d on üheks viisiks, kuidas rRNA modifikatsioonide muster määratakse. Eriti tähtis roll on omistatud modifikatsioonidele, mis asuvad ribosoomi funktsionaalsetes piirkondades nagu näiteks peptidüültransferaasi keskuses. PTC-s leidub nii evolutsiooniliselt konserveerunud rRNA modifikatsioone kui ka mittekonserveerunud modifikatsioone. Käesolevas töös selgitatakse, kuidas nelja konserveerunud PTC modifikatsiooni (Ψ2826, Um2921, Gm2619, m5C2870) puudumine mõjutab S. cerevisiae külmatundlikkust.
Pagaripärmi Saccharomyces cerevisiae ribosoomi subühikutevahelise silla eB12 olulisus IRES-vahendatud translatsioonis
(Tartu Ülikool, 2021) Kattel, Carolin; Tamm, Tiina, juhendaja; Leppik, Margus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Saccharomyces cerevisiae ribosoom koosneb väikesest (40S) ja suurest (60S) subühikust, mille assotsieerumisel 80S partikliks on olulised 17 subühikute vahelist silda. Magistritöö eesmärgiks oli selgitada kas ja kuidas mõjutab ribosoomi subühikute vahelise silla eB12 puudumine nii kanoonilist kui ka IRES-vahendatud translatsiooni ning ribosomaalsete subühikute assotsieerumist muteeritud IRES-järjestustel. In vitro translatsiooni katsetest selgus, et eB12 silla puudumine ribosoomist mõjutab nii 5’-cap sõltuvat kui ka CrPV IGR IRES-vahendatud valgusünteesi. In vitro assotsiatsiooni katsetest selgus, et metsiktüüpi 40S ja puuduva eB12 sillaga 60S ribosomaalsete subühikute assotsiatsiooniks on vajalik metsiktüüpi IGR IRES struktuur
Rakkusisenevate peptiidide efektiivsuse hindamine miRNA transpordil inimese primaarsetes keratinotsüütides
(Tartu Ülikool, 2025) Bavykin, Boris; Andla, Hanna, juhendaja; Leppik, Margus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Rakku sisenevad peptiidid (RSP-d) kujutavad endast potentsiaalset platvormi terapeutiliste nukleiinhapete, sealhulgas mikroRNA-de (miRNA), kohaletoimetamiseks. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärgiks oli hinnata kolme PF14 analoogi efektiivsust miR-146a transpordil primaarsetesse inimese keratinotsüütidesse (NHEK). MiR-146a on teadaolevalt negatiivne regulaator NF-κB signaalirajas ning selle sihipärane rakku kohaletoimetamine pakub potentsiaali mitmete põletikuliste haiguste, sealhulgas atoopilise dermatiidi, ravis. Töös hinnati RSP-de poolt vahendatud transfektsiooni edukust, miR-146a sihtmärkgeenide ekspressiooni muutusi ja komplekside toimet rakkude elumusele. Tulemustest selgus, et kõik testitud peptiidid olid suutelised viima miRNA-t rakku, säilitades selle funktsionaalsuse ning näidates minimaalset toksilisust. Eriti paljulubavad tulemused saadi RDP25 puhul. Käesolev töö toetab RSP-de kasutamist vektorina miRNA-põhises ravis.
Ribosoomivalgu eL41 asukoha määramine Saccharomyces cerevisiae ribosoomi alaühikute vaheliste sildade deletsioonitüvede abil
(Tartu Ülikool, 2024) Fridolin, Kaarel; Leppik, Margus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Ribosoom on keeruline bioloogiline masin, mille toimimine ja ehitus pole siiani lõplikult teada. Teadmiste hulk aina suureneb, mistõttu tuleb mõned varasemad teadmised uute valguses üle vaadata. Üheks selliseks teadmiseks on ribosomaalse valgu eL41 asukoht ribosoomis. Üldiselt on defineeritud seda valku, nagu nimes olev täht L viitab, suure alaühiku komponendina, kuid tänaseks on see seotud kahtluse alla. Käesoleva töö eesmärgiks oli näidata eL41 asukohta Saccharomyces cerevisiae ribosoomis, kasutades selleks ribosoomi alaühikute vaheliste sildade deletsioonitüvesid ja nende in vitro reassotsiatsiooni võimekust. Eksperimentaalselt näidatakse, et S. cerevisiae puhul on eL41 ribosoomi suure alaühiku valk.
Ribosoomivalkude (L31/L36) paraloogide iseloomustamine Escherichia colis
(Tartu Ülikool, 2014-06-11) Anni, Heili; Leppik, Margus, juhendaja; Virumäe, Kai, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
RNA modifikatsiooni m6Am roll inimese keratinotsüütide rakulise vastuse reguleerimisel
(Tartu Ülikool, 2024) Kirpu, Martin; Kudrin, Pavel, juhendaja; Leppik, Margus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
RNA modifikatsioonid on keemilised funktsionaalsed rühmad, mis esinevad RNA lämmastikalusel, riboosil või fosfaatjäägil. Modifikatsioone leidub näiteks: informatsiooni RNA-s (mRNA), transport-RNA-s (tRNA), ribosomaalses RNA-s (rRNA) ning paljudel teistel RNA tüüpidel. Üks modifikatsioonidest on mRNA-l esinev N6,2′-O-dimetüüladenosiin (m6Am), kus metüleeritakse riboosi suhkur teises positsioonis ja lämmastikalus kuuendas positsioonis. Imetajatel katalüüsib m6Am modifikatsiooni vaid üks ensüüm: fosforüleeritud C terminaalse domääniga interakteeruv faktor 1 (PCIF1). Bakalaureusetöö eesmärk on vaigistada (knockdown (KD)) PCIF1 normaalsetes inimese epidermaalsetes keratinotsüütides (NHEK), ning teha kindlaks kuidas m6Am puudumine mõjutab valitud efekti rakulise vastusega seotud geenide avaldumist. Töö tulemusena leiti, et PCIF1 KD põhjustab Janus kinaaside ja signaali edasikandvate ja transkriptsiooni aktiveerivate valkudega (JAK-STAT) signaaliraja geenide ülesreguleerimist nii mRNA kui ka valgu tasemel ning toodi välja võimalik seos psoriaasiga ja atoopilise dermatiidiga.
The role of S4-like RNA-binding and catalytic domains in the activity and specificity of bacterial pseudouridine synthases RluC and RluD in vitro
(Tartu Ülikool, 2015) Aid, Jekaterina; Remme, Jaanus, juhendaja; Leppik, Margus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut