Spetsiifiliste ​k ​ -meeride leidmine inimesel toiduallergiat põhjustavate loomaliikide määramiseks

Date

2020

Journal Title

Journal ISSN

Volume Title

Publisher

Tartu Ülikool

Abstract

Tänapäeval on ligi 2% täiskasvanutest toiduallergiad ja ka ristsaastumisel toitu sattunud allergeen osutuda mõnele allergikule ohtlikuks. Allergeenide tuvastamiseks proovist saab kasutada teise põlvkonna sekveneerimisel põhinevaid ​k ​ -meere ehk ​k pikkuseid DNA lõike kasutavad meetodeid, mis pakuvad suurt tundlikkust ning täpsust. Tänu oma haploidsele pärandumisele, rohkusele keskkonnaproovis ja vähesele rekombinatsioonile on liikide eristamiseks tüüpiliselt kasutusel mitokondriaalne DNA. Käesoleva töö põhieesmärk oli töötada välja metoodika spetsiifiliste ​k ​ -meeride leidmiseks sihtmärgiks olevate loomaliikide mitokondritest. Loodud meetod, mis põhineb filtreerimisel kasutades programmi ​nblast ​ , leiab ühele sihtmärgile ​k ​ -meeride komplekti keskmiselt 34 minutiga. Leiti, et saadud ​k ​ -meeride komplektid annavad üldiselt tugeva signaali, kui neid testida sihtmärgi täisgenoomil toorlugemitel

Description

Keywords

k-meerid, toiduallergia, NGS, GenomeTester4

Citation