Vigadega sekveneerimisandmete analüüs. Sekveneerimiskatvuse hindamine
Laen...
Kuupäev
Autorid
Ajakirja pealkiri
Ajakirja ISSN
Köite pealkiri
Kirjastaja
Tartu Ülikool
Abstrakt
Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk on võrrelda aritmeetilise keskmise ja Poissoni segumudeli täpsust keskmise sekveneerimiskatvuse hindamisel erindite olemasolu korral. Simuleeritakse erindeid sisaldavaid andmed, leitakse mõlema meetodi hinnangud ning otsitakse erindite osakaalu, millest alates üks meetod teisest täpsemaks muutub. Töös antakse ülevaade sekveneerimisest ning sellega kaasnevatest bioloogiamõistetest, kirjeldadakse vajalikku metoodikat ning saadud tulemusi. Tulemuseks leiti 9 meetodite lõikumispunkti erinditele vastava parameetri erinevate väärtuste korral. Tulemused näitavad enamikul juhtudest Poissoni segumudeli kasutamise olulisust erindite osakaalu kasvades.
Kirjeldus
Märksõnad
tõepärasuhte test, Poissoni segumudel, suurima tõepära hinnang, segujaotus, sekveneerimiskatvus, lugem, sekveneerimine, genoom, likelihood ratio test, Poisson mixture model, maximum likelihood method, mixture distribution, sequencing coverage, read, sequencing, genome