Eestis isoleeritud Klebsiella pneumoniae kliiniliste tüvede antibiootikumiresistentsuse tuvastamine sekveneerimisandmetest programmiga DeepARG

Abstract

Antibiootikumiresistentsus on üheks suurimaks globaalseks probleemiks, põhjustades patsientide pikemajalist ravi, kõrgemat suremust ning suuremaid ravikulusid. Ligikaudu kolmandik gramnegatiivsete bakterite põhjustatud haigustest on seotud Klebsiella pneumoniae’ga. Käesolevas töös analüüsitakse DeepARG programmi võimekust ennustada Eestis levivate K. pneumoniae tüvede resistentsusfenotüüpe, võrreldes programmiga ResFinder. Töö tulemusena järeldati, et üldiselt on kõige spetsiifilisem DeepARG-LS mudel ning kõige sensitiivsemad on DeepARG-SS ja ResFinder. Programmide PPV sõltus palju antibiootikumist.