Browsing by Author "Laan, Maris, juhendaja"
Now showing 1 - 17 of 17
- Results Per Page
- Sort Options
Item Clinical and biochemical markers for the prediction and early diagnosis of pregnancy related complications(2023-10-25) Hanson, Ele; Rull, Kristiina, juhendaja; Laan, Maris, juhendaja; Karro, Helle, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkondKuigi enamus rasedustest kulgeb probleemideta, kogeb iga neljas naine raseduse ajal tüsistusi. Aastatel 2012 - 2018 uurisime preeklampsia (PE) ja gestatsioondiabeedi (GDM) riskitegurite esinemissagedust ning sõeltestide efektiivsust Tartu Ülikooli Kliinikumi naistekliinikus jälgimisel olnud rasedate hulgas. PE on rasedustüsistus, millele viitab vererõhu tõus raseduse teises pooles ning lisanduvad muude organite kahjustuse sümptomid. Vähemalt üks PE riskile viitav riskitegur (PE varasema raseduse ajal, krooniline hüpertensioon, diabeet, kunstlik viljastamine, mitmikrasedus, esimene oodatav sünnitus, rasvumine ja ema vanus > 40 a) esines 53%-l uuritud rasedatest. Riskiteguri olemasolu suurendas PE tekke riski 7,8 korda. Suurem tõenäosus PE tekkimiseks oli rasedatel, kellel oli diabeet või PE eelneva raseduse ajal. Enamusel riskiteguritega rasedatest PE ei teki. Raseduse III trimestri PE riski hindamiseks analüüsisime kahe platsentast pärineva biomarkeri (sFlt-1 ja PlGF) taset III trimestril kogutud vereproovidest. Test tuvastas 58% naistest, kellel hiljem diagnoositi PE, valepositiivseid tulemusi oli 10%. PE juhtude varast avastamist on võimalik parandada uudse multimarker testi abil. Kombineerides biomarkereid (sFlt-1, PlGF, ADAM12, sENG ja leptin) ning kliinilist infot (raseduse kestus ja ema kaal verevõtul) on võimalik tuvastada 100% rasedatest, kelle hiljem diagnoositakse PE. Antud testil oli valepositiivseid juhte 4%. GDM on üks sagedaseimaid rasedustüsistusi, mis diagnoositakse, kui raseduse ajal teostatud glükoosi tolerantsus testil (GTT) on veresuhkru väärtus normist kõrgem. Eestis suunatakse GTT-le rasedad, kellel on varasem GDM või suurekaaluline vastsündinu, diabeet lähisugulasel, polütsüstiliste munasarjade sündroom, paastusuhkur >5,1 mmol/L, glükosuuria, ülekaalulisus, liigne rasedusaegne kaaluiive või kahtlus suurele lootele. Uuringus leiti, et seitsme aasta jooksul on suurenenud GDM riskiteguritega naiste arv, rohkem rasedaid suunatakse GTT-le ning samuti on tõusnud GDM esinemissagedus. Rasedad, kellel on GDM riskitegurid, isegi kui GTT on normis, on ohustatud suuremast rasedusaegsest kaaluiibest ja sünnitavad suurema sünnikaaluga lapse.Item Development of predictive multimarker test for preeclampsia in early and late pregnancy(2023-06-15) Ratnik, Kaspar; Laan, Maris, juhendaja; Kisand, Kalle, juhendaja; Rull, Kristiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkondSõltuvalt maailmajaost ja riigis kättesaadavast tervishoiuteenuse kvaliteedist mõjutab preeklampsia (PE) 3–5% kõigist rasedustest. Selle peamisteks kliinilisteks sümptomiteks on raseduse teisel poolel arenev hüpertensioon ja proteinuuria. PE võib põhjustada emal organpuudulikkust ning ka ema ja/või loote surma. PE-d iseloomustav uteroplatsentaarne puudulikkus põhjustab raskendatud ainevahetust ema ja loote vahel, laguproduktide eemaldamist ja üldist regulatiivset pärsingut. Kliiniliselt eristatakse varajast, enne 34. rasedusnädalat avalduvat ja hilist, alates 34. rasedusnädalast avalduvat PE-d. Tänapäeval peetakse oluliseks varajast PE ennustust aspiriinil põhineva profülaktika alustamiseks ning hilisemas raseduse faasis haiguse kinnitamist või välistamist. Varajane ennustus põhineb ema baasnäitajatel (eelnev raseduste arv, vanus, varasem PE, rass), ultraheli uuringul ja vereseerumist määratavatel PlGF või PAPP-A tasemetest. Kombineeritud riskihinnang võimaldab tuvastada 90% varajastest PE juhtudest, hilise PE korral aga ainult 40%. PE riskihinnang sFlt-1/PlGF kaudu on raseduse teisel poolel efektiivne ainult varajase PE korral. Hilise PE korral on see lähenemine spetsiifiline ainult 75% juhtudel. Käesoleva doktoritöö eesmärk oli luua uuenduslik multimarker-immuunuuring ja kombineerida selle abil saadud mõõtmiste andmestikust PE ennustusmudelid: 1. Töötada välja uudne Luminex® xMAP-il põhinev immuunuuring 6PLEX PE seoseliste seerumi biomarkerite määramiseks: ADAM12, sENG, leptiin, PlGF, sFlt-1 ja PTX3. 2. PE ennustus oli III trimestril kogutud proovidest kõige parem, kui ennustusmudelisse kaasati viis biomarkerit (sFlt-1, PlGF, ADAM12, sENG, leptiin) koos ema lisa-faktoritega. Nimetatud mudeli PE ennustustäpsus oli 96,5%. 3. I trimestri PE ennustusmudeli väljatöötamisel kasutati masinõppel põhinevat algoritmi, mis tagas parima PE ennustusmudelina 88,2% täpsuse (kaasates ADAM12, PTX3, sFlt-1 ja emapoolsed faktorid). Platsenta FLT1 rs4769613 genotüübi kaasamisel paranes I trimestri PE ennustusmudeli täpsus 93,5%-ni. Doktoritöö tulemusena töötasin välja kõrge tundlikkuse ja spetsiifilisusega innovaatilise multimarker-immuunuuringu 6PLEX, mis võimaldab ema vereproovi alusel kõrge täpsusega hinnata PE tekkeriski raseduse esimesel ja teisel poolel. Sellise uuringu eeliseks on kuluefektiivsus ja aja kokkuhoid, kuna huvipakkuvad biomarkerid määratakse samaaegselt ühest proovimaterjalist.Item E2F8 geeni varieeruvuse määramine Eesti korduva raseduse katkemise valimis(Tartu Ülikool, 2019) Villemson, Marion; Laan, Maris, juhendaja; Kasak, Laura, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKäesolevas töös anti ülevaade korduvat raseduse katkemist (KRK) põhjustavatest teguritest, transkriptsioonifaktoritest üldiselt ning E2F transkriptsioonifaktorite perekonnast. Töö eesmärgiks oli uurida seost E2F transkriptsioonifaktorite ja KRK vahel. Eksperimentaalses osas viidi KRK valimis läbi geneetilise varieeruvuse skriining transkriptsioonifaktor E2F8 DNA-ga seondumise domeenis. Töö tulemusena leiti, et KRK valimis ühelgi indiviidil E2F8 DNA-ga seondumise domeenis varieeruvusi ei esinenud, kuid tuvastati 8 introonsetes regioonides paiknevat ühenukleotiidset varianti (SNV). Neli tuvastatud harvaesinevat (alleelisagedus <0,01) SNV-d, rs72906006 A/G, rs199864182 T/C, rs76950800 C/T ja rs376159333 C/T esinesid KRK populatsioonis kordades sagedamini võrreldes The Genome Aggregation Database andmebaasis olevate eestlaste andmetega.Item Genome structural variation modulating the placenta and pregnancy maintenance(2018-04-06) Kasak, Laura; Laan, Maris, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkondEma ja loote vaheline suhtlus loob aluse raseduse edukaks kulgemiseks. Rasedus on naise jaoks füsioloogiline väljakutse, mida kinnitab nii varaste (korduv raseduse katkemine, KRK) kui hiliste (preeklampsia, gestatsioonidiabeet, raseduskestuse kohta suur/väike sünnikaal) rasedustüsistuste rohkus. Rasedusaegseid komplikatsioone on sageli seostatud puuduliku platsenta invasiooni ning funktsiooniga, seetõttu on äärmiselt oluline täielik arusaam platsenta bioloogiast. Platsenta geenide avaldumise tase ja dünaamika reguleerib platsenta funktsiooni ja seeläbi raseduse kulgemist. Inimese platsenta RNA molekulide profiili moduleerib geneetiline varieeruvus, millest kõige enam on uuritud ühenukleotiidseid muutusi. Käesolevas doktoritöös uuriti esmakordselt DNA koopiaarvu muutuste (copy number variation, CNV) mõju teadmata põhjusega KRK (=>3 järjestikust raseduse katkemist) tekkes. CNV-d põhjustavad nähtust, kus teatud genoomi osad on kustutatud ja teistest on tehtud lisakoopiaid. CNV-sid on seostatud mitmete erinevate haigustega, kuid vähe on uuringuid rasedustüsistuste vallas. Kogu genoomi CNV piirkondade uuring Eesti ja Taani valimites tuvastas lisakoopia ehk duplikatsiooni 5. kromosoomil, mis suurendab KRK riski naistel ligi viis korda. Antud duplikatsioon hõlmab kahte platsentas kõrgelt avaldunud geeni (PDZD2 ja GOLPH3), mida pole varasemalt rasedusega seostatud. Lisauuringus leiti, et KRK vanemate genoomides leidub enam pikki kromosoomide otste ja keskmete läheduses asuvaid muutusi, mis võivad soosida vigu kromosoomide normaalsel jagunemisel. Lisaks võrreldi kogu genoomi CNV-de profiili vanemate verest ja platsentast eraldatud DNA-s nii normaalse raseduse erinevatel trimestritel kui rasedustüsistuste korral. Tulemused näitavad, et raseduse edukaks kulgemiseks ajab platsenta oma rakkude genoomi sassi justkui vähkkasvaja. Seetõttu esineb platsenta genoomis suurel hulgal muutusi, eelkõige duplikatsioone: ligi kuus korda enam kui vanematel genoomis. Kui aga ümberkorraldusi on liiga vähe, võivad tekkida mitmed rasedusaegsed komplikatsioonid. Duplikatsioonid hõlmasid geene, mis on seotud embrüonaalse arenguga ja platsenta rakkude invasiooni toetava protsessiga. See viitab sellele, et platsenta genoomis toimunud muutused soodustavad organi tööd ja raseduse edukat kulgemist.Item Inimese luteiniseeriva hormooni ja kooriongonadotropiini beeta-subühiku geeniperekond: struktuur ja potentsiaalne seotus korduvate spontaanabortidega(2005) Nagirnaja, Liina; Laan, Maris, juhendajaItem Kaasasündinud munandite laskumise häire pärilikud tegurid(Tartu Ülikool, 2022) Belova, Galina; Laan, Maris, juhendaja; Kasak, Laura, juhendaja; Juchnewitsch, Anna-Grete, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutMunandite laskumatus ehk krüptorhism on sageli esinev kaasasündinud arenguhäire vastsündinud poistel, mille korral on munandikotis puudu vähemalt üks munand. Krüptorhism võib esineda mõne arengugeneetilise sündroomi raames või isoleeritult. Mittesündroomse krüptorhismiga seostuvaid geneetilisi variante on peamiselt seostatud INSL3, RXFP2 (INSL3 retseptor) ja Androgeeni retseptori geenidega. Eksoomi sekveneerimine (ES) on laialdaselt kasutatav tehnoloogia tänapäeva personaalmeditsiinis, mida saab rakendada haigusseoseliste geenivariantide avastamisel. Käesoleva magistritöö esimeseks eesmärgiks oli koostada teaduskirjanduse põhjal krüptorhismi kandidaatgeenide nimekiri. Teiseks eesmärgiks oli teostada ES andmete alusel kandidaatgeenide uuring, et tuvastada haigusseoselisi geenivariante krüptorhismi ja sellega kaasneva spermatogeneesihäire diagnoosiga meestel.Item Placental transcriptome and miRNome in normal and complicated pregnancies(2023-05-19) Inno, Rain; Laan, Maris, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkondIga raseduse kulg on unikaalne aga iga ema soov on see läbida komplikatsioonideta ning saada endale täie tervise juures vastsündinu. Palju oleneb raseda elustiilist ja geneetikast millise tulemini jõutakse. Ma saame elustiili harjumusi muuta ja parandada aga geneetikaga saame hinnata võimalike probleemide riske. Selle jaoks vajame täpseid teadmisi kuidas platsentas geenide ja mikroRNAde ekspressioon on reguleeritud. Platsenta töötab kui ema ja loote vaheline suhtlusvahend, reguleerides hapniku ja toitainete transporti lootele ja sealsete jääkainete eemaldamist. Platsenta kasv on kiire ning selle jaoks on vajalik täpne geenide ekspressiooni taseme regulatsioon, et tagada lootele võimalikult soodne kasvukeskkond. Üheks geenide ekspressiooni regulaatoriteks on mikroRNAd, mis võimaldavad kiiresti reguleerida geenide ekspressiooni taset. Käesolev uuring keskendus geenide ja mikroRNAde profiili uurimisele platsenta koes tervete ja komplikatsioonidega raseduste korral. Lisaks hindasime millised regulaatorid on veel olulised mikroRNAde ekspressiooni taseme muutuseks. Leidsime, et preeklampsia korral on platsentas muutunud suurel hulgal geenide (n=215) ja mikroRNAde (n=66) ekspressiooni tase võrreldes normaalsete platsentadega. Lisaks leidsime, et tulenevalt gestatsiooni ajast on mikroRNAdel varieeruv ekspressiooni profiil. Platsenta spetsiifiliste mikroRNAde analüüsimisel leidsime, et vastavalt mikroRNA klastrile on neil kindel gestatsiooni ajast tingitud ekspressioon. Geenide ja mikroRNAde ekspressiooni andmestikku omavahelisel võrdlusel, leidsime nende vahelise tugeva seose, mis võimaldas mikroRNAd grupeerida funktsiooni alusel. Andmete analüüs, mis kasutab ühiselt nii geenide kui mikroRNAde ekspressiooni andmeid annab meile parema ülevaate kuidas erinevad raseduskomplikatsioonid mõjutavad geenide ja mikroRNAde ekspressiooni muutust.Item Platsenta geenide ekspressiooni moduleerivad mikroRNAd(Tartu Ülikool, 2015) Inno, Rain; Laan, Maris, juhendaja; Sõber, Siim, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutItem Raseduskomplikatsioonide biomarkerid ning leitud geenide ekspressiooni mõjutavad eQTLid(Tartu Ülikool, 2015) Kikas, Triin; Laan, Maris, juhendaja; Rull, Kristiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutItem Rekombinatsioonipunktide jaotus inimese 19. ja 22. kromosoomis(2004) Puurand, Tarmo; Laan, Maris, juhendajaItem Retsessiivsete ja X-liiteliste pärilike haiguste haigusseoseliste geenivariantide kandlustestid pereloome eas noortele - tänased võimalused ja seisukohad maailmas(Tartu Ülikool, 2021) Lall, Eliise; Laan, Maris, juhendaja; Rull, Kristiina, juhendaja; Ainaar, Mare, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKandlustest on sõeluuring, mille käigus on võimalik tuvastada, kas pealtnäha terve inimene on haigusseoselise geenivariandi kandja. Haigusseoseline geenivariant võib kombinatsioonis teiselt vanemalt päritud geenivariandiga põhjustada rasket pärilikku harvikhaigust, mis põhjustab tulevase lapse elukvaliteedi halvenemist. Antud bakalaureusetöö esimeseks eesmärgiks on anda kirjanduse ülevaade retsessiivsete ja X-liiteliste pärilike haiguste haigusseoseliste geenivariantide kandlustestide põhimõtetest ning kaardistada praegu olemasolevad ja rakendatavad kandlustestide programmid maailmas. Teine eesmärk on koostada sotsioloogiline uuring ning selle põhjal selgitada välja, kuidas suhtuvad Tartu Ülikoolis kõrgharidust omandavad pereloome eas noored kandlustestidesse ja millised on nende arvamused.Item Sekundaarsed geneetilised leiud viljatutel meestel ja nende kliiniline olulisus(Tartu Ülikool, 2021) Lillepea, Kristiina; Kasak, Laura, juhendaja; Laan, Maris, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutViljatuse põhjuseid ei suudeta leida kuni 20% azoospermiaga meestest. Idiopaatilise viljatuse diagnoosimiseks on üks kulutõhusamaid meetodeid eksoomi sekveneerimine, mille raames on patsientidel võimalik uurida ka sekundaarseid leide. Käesoleva töö peamiseks eesmärgiks oli tuvastada sekundaarsed leiud 85 geenis idiopaatilise mitte-obstruktiivse azoospermiaga meeste valimis. Lähtudes hüpoteesist, et viljatusel ja kasvajate arengul võib olla ühine geneetiline etioloogia, uuriti lisaks onkogeensete variantide rikastatust antud valimil. Töö käigus tuvastati 29 sekundaarset leidu 3,5% patsientidest, mis on proportsionaalne eelnevate teadustöödega. Onkogeensete variantide rikastatust ei leitud, kuid analüüsitud kasvajate juhtgeenide piiratud arvu ja väikse valimi tõttu võis seos jääda tuvastamata.Item Single nucleotide variants affecting placental gene expression and pregnancy outcome(2021-07-02) Kikas, Triin; Laan, Maris, juhendaja; Rull, Kristiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkondPlatsenta on unikaalne organ, mis eksisteerib inimkehas ainult raseduse ajal ning kõrvalekalded selle normaalsest arengust ja funktsioonist võivad kaasa tuua rasedustüsistusi, näiteks preeklampsia. Nende üks riskitegureid on nihe oluliste platsenta geenide avaldumise profiilis. Mehhanismid, mis vastutavad platsenta genoomi regulatsiooni eest vastavalt loote vajadustele ja raseduse etapile pole seni detailselt teada. Muude regulaatorite seas on esile tõusnud ka geneetiliste variantide ehk eVariantide mõju geenide avaldumise taseme mõjutajatena. Platsenta koes on neid seni vähe uuritud. Antud töö eesmärk oli uurida platsenta genoomi variantide mõju geenide avaldumisele ning rasedustüsistuste tekke riskile. Esiteks analüüsin kahe preeklampsia kandidaatgeeni Vaskulaarse endoteeli kasvufaktori retseptor 1 (FLT1) ja Stanniokaltsiin 1 (STC1) varieeruvust. Eesti rasedate valimis (2097 naist) tuvastasin FLT1 geeni lähedal asuva variandi tugeva ning spetsiifilise seose preeklampsia esinemise riskiga. On huvitav, et see variant mõjutas FLT1 geeni avaldumise taset ainult preeklampsia juhtumite platsentades. Leidsin ka STC1 geeniprodukti taset mõjutava geenivariandi, kuid selle seos preeklampsiaga vajab veel täiendavaid uuringuid. Teiseks viisin läbi ülegenoomse analüüsi, et uurida laiemalt platsenta kude mõjutavaid eVariante. Tuvastasin 199 geneetilist seost, mis mõjutasid 63 geeni avaldumist. Neist 13 olid varasemalt platsentas kirjeldamata. Illustreerides platsenta geneetiliste variantide laia fenotüübilist mõju, oli osa leitud geenivariante varasemalt seostatud täiskasvanuea haiguste riskidega või olid minu analüüsitud valimis seotud vastsündinu kasvuparameetritega. Kombineerides tulemusi varasema kirjandusega, koostasin koondnimekirja ~400 platsenta geenist, mille avaldumine on mõjutatud geneetilisest varieeruvusest. See ülevaade on hea lähtepunkt tulevastele platsenta eVariantide uurimustele nii bioloogilises kui meditsiinilises võtmes, e.g., seoses rasedustüsistusetega.Item STC1 polümorfismide seos riskiga preeklampsia tekkeks(Tartu Ülikool, 2013) Kikas, Triin; Laan, Maris, juhendaja; Juhanson, Peeter, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut.Item Tervete rasedate naiste kehavedelikest eraldatud mikroRNA-de profiil(Tartu Ülikool, 2020) Belova, Galina; Inno, Rain, juhendaja; Sikka, Timo Tõnis, juhendaja; Laan, Maris, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutMikroRNA-de (miRNA-de) peamine eesmärk on reguleerida post-transkriptsiooniliselt geenide ekspressiooni kas translatsiooni inhibeerimise või mRNA degradeerimise kaudu. Erinevate kudede poolt produtseeritud ekstratsellulaarsed miRNA-d on leitavad kehavedelikes ning nende muutuva ekspressiooni tõttu saab neid kasutada mitteinvasiivsete biomarkeritena haiguste detekteerimisel. Platsenta kui rasedusaegne organ ekspresseerib samuti kindlas koguses miRNA-sid, mille ekspressioonitasemeid on võimalik jälgida ema vereringest. Hiljuti märkimisväärset panust mitteinvasiivsete biomarkerite väljatöötamisse on avaldanud uriinis ringlevad miRNA-d. Seetõttu antud bakalaureusetöö eesmärk on leida, kas tervete rasedate uriinis on olemas platsentaspetsiifilised miRNA-d, mille kaudu oleks võimalik tulevikus mitteinvasiivselt tuvastada rasedusega kaasnevaid komplikatsiooneItem Uus polümorfne AluYb8 hüpertensiooni kandidaatgeenis WNK1: Levik ning mõju geeni funktsioonile(Tartu Ülikool, 2008) Putku, Margus; Laan, Maris, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutItem Worldwide variation of follicle-stimulating hormone beta-subunit gene and its potential association with reproductive success(2006) Grigorova, Marina; Laan, Maris, juhendaja